Transkripsi dan Modifikasi Pasca Transkripsi

Resume
untuk memenuhi salah satu persyaratan dalam menyelesaikan matakuliah genetika dan
evolusi yang diampu oleh Prof. Dr. agr. H. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si.

Oleh
Arif Hidayat 190341764439
Maya Agustin 190341764438
Zurienia Mimi Bibiyana 190341864402

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
PROGRAM STUDI S2 PENDIDIKAN BIOLOGI
Maret 2020
MULTIPLE ALEL

Alel ganda (multiple alel) adalah apabila dalam satu lokus terdapat lebih dari satu
pasang alel pada kromosom homolog. Contoh : warna bulu pada kelinci dan golongan darah
sistem A-B-O pada manusia.Mutasi dalam suatu gen dapat diatur dalam urutan linier,
menunjukkan bahwa gen itu sendiri memiliki konstruksi linier yang sama dengan susunan gen
pada kromosom. Jadi, peta genetis bersifat linear di dalam maupun di antara lokus: peta itu
terdiri dari urutan yang tak terputus di dalamnya gen berada. Kesimpulan ini secara alami
mengarah ke pandangan modern yang dirangkum dalam GAMBAR 2.1 bahwa materi genetik
kromosom terdiri dari panjang DNA yang tidak terputus yang mewakili banyak gen.

Kode Gen untuk PoLypeptide SingLe

Mutasi pada gen mengubah aktivitas protein yang menjadi tanggung jawabnya.
Modifikasi dalam hipotesis diperlukan untuk mengakomodasi protein yang terdiri dari lebih
dari satu subunit. Jika semua subunitnya sama, proteinnya adalah homomultimer, diwakili oleh
satu gen. Jika subunitnya berbeda, proteinnya adalah heteromultimer. Dinyatakan sebagai
aturan yang lebih umum yang berlaku untuk setiap protein heteromultimerik, satu gen: satu
hipotesis enzim menjadi lebih tepat dinyatakan sebagai satu gen: satu rantai polipeptida

Penting untuk diingat bahwa gen tidak secara langsung menghasilkan protein. Seperti
yang ditunjukkan sebelumnya pada Gambar 1.2, sebuah gen mengkode RNA, yang pada
gilirannya dapat mengkode protein.. Prinsip dasarnya adalah bahwa gen adalah urutan DNA
yang menentukan urutan produk independen. Proses ekspresi gen dapat berakhir dalam suatu
produk baik RNA atau protein Mutasi adalah peristiwa acak berkaitan dengan struktur gen,
sehingga kemungkinan terbesar adalah bahwa ia akan merusak atau bahkan menghapuskan
fungsi gen. Alel tipe liar karenanya dominan. (Ini mengasumsikan bahwa jumlah protein yang
cukup dibuat oleh alel wildtype tunggal. Ketika ini tidak benar, jumlah yang lebih kecil yang
dibuat oleh satu alel dibandingkan dengan dua alel menghasilkan fenotipe menengah dari alel
dominan sebagian dalam heterozigot).

Mutasi pada Gen yang Sama Tidak Dapat Melengkapi

 Mutasi pada gen hanya memengaruhi protein yang dikode oleh salinan mutan gen dan
tidak memengaruhi protein yang dikodekan oleh alel lainnya.
 Kegagalan dua mutasi untuk melengkapi (menghasilkan fenotipe liar ketika mereka
hadir dalam konfigurasi trans dalam heterozigot berarti mereka adalah bagian dari gen
yang sama.

Bagaimana kita menentukan apakah dua mutasi yang menyebabkan fenotipe yang sama
terletak pada gen yang sama? Jika mereka memetakan berdekatan, mereka mungkin alel.
Namun, mereka juga bisa mewakili mutasi pada dua gen berbeda yang proteinnya terlibat
dalam fungsi yang sama. Tes komplementasi digunakan untuk menentukan apakah dua mutasi
terletak pada gen yang sama atau pada gen yang berbeda. Tes terdiri dari membuat heterozigot
untuk dua mutasi (dengan mengawinkan orang tua yang homozigot untuk setiap mutasi).
Cistron didefinisikan oleh uji komplementasi. Gen diwakili oleh spiral; bintang merah
mengidentifikasi situs-situs mutasi.

Mutasi Dapat Menyebabkan Kehilangan Fungsi atau Keuntungan Fungsi

Berbagai kemungkinan efek mutasi pada gen dirangkum dalam GAMBAR 2.4.

Ketika suatu gen telah diidentifikasi, wawasan tentang fungsinya pada prinsipnya dapat
diperoleh dengan menghasilkan organisme mutan yang seluruhnya kekurangan gen. Mutasi
yang sepenuhnya menghilangkan fungsi gen-biasanya karena gen telah dihapus-disebut mutasi
nol. Jika sebuah gen penting, mutasi nol adalah mematikan.

Untuk menentukan pengaruh gen terhadap fenotipe, penting untuk mengkarakterisasi mutan
nol. Ketika suatu mutasi gagal mempengaruhi fenotip, selalu mungkin karena ini adalah produk
aktif yang cukup mutasi yang bocor dibuat untuk memenuhi fungsinya, walaupun aktivitasnya
dikurangi secara kuantitatif atau secara kualitatif berbeda dari tipe liar. Namun, jika mutan nol
gagal mempengaruhi fenotipe, kita dapat dengan aman menyimpulkan bahwa fungsi gen tidak
diperlukan.
GAMBAR 2 Mutasi yang tidak memengaruhi urutan atau fungsi protein hening. Mutasi yang
menghapus semua aktivitas protein adalah nol. Mutasi titik yang menyebabkan kehilangan
fungsi resesif; yang menyebabkan perolehan fungsi dominan.

Mutasi null, atau mutasi lain yang mengganggu fungsi gen (tetapi tidak serta merta
menghapusnya sepenuhnya), disebut mutasi kehilangan fungsi. Mutasi fungsi banyak bersifat
resesif (seperti pada contoh Gambar 2.2). Terkadang mutasi memiliki efek sebaliknya dan
menyebabkan protein memperoleh fungsi baru; perubahan semacam itu disebut mutasi gain-
of-fungsi. Mutasi gain-of-fungsi dominan Tidak semua mutasi pada DNA menyebabkan
perubahan fenotip yang terdeteksi. Mutasi tanpa efek yang jelas disebut mutasi diam. Mereka
jatuh ke dalam dua jenis: Satu jenis melibatkan perubahan basa dalam D A yang tidak
menyebabkan perubahan apapun pada asam amino yang ada dalam protein yang sesuai. Tipe
kedua mengubah asam amino, tetapi penggantian protein tidak mempengaruhi aktivitasnya; ini
disebut substitusi netral.

Jika mutasi resesif dihasilkan oleh setiap perubahan dalam gen yang mencegah produksi
protein aktif, harus ada sejumlah besar mutasi tersebut pada gen siapa pun. Banyak penggantian
asam amino dapat mengubah struktur protein secukupnya untuk menghambat fungsinya Varian
berbeda dari gen yang sama disebut banyak alel, dan keberadaannya memungkinkan untuk
membuat heterozigot antara alel mutan. Hubungan antara alel yang berlipat ganda ini memiliki
berbagai bentuk. Dalam kasus yang paling sederhana, kode tipe liar untuk produk protein yang
fungsional. Alel mutan) kode untuk protein yang tidak fungsional

Tetapi sering ada kasus di mana serangkaian alel mutan memiliki fenotipe yang berbeda.
Sebagai contoh, fungsi tipe liar dari lokus putih Drosophila melanogaster diperlukan untuk
pengembangan warna merah normal pada mata. Lokus ini dinamai untuk efek mutasi ekstrim
(nol), yang menyebabkan lalat memiliki mata putih pada homozigot mutan. Untuk
menggambarkan alel tipe liar dan mutan, genotipe liar ditunjukkan dengan superskrip plus
setelah nama lokus (wt adalah alel tipe liar untuk warna mata [merah] pada D. melanogaster).
Kadang-kadang + digunakan dengan sendirinya untuk menggambarkan alel tipe liar, dan hanya
alel mutan yang ditunjukkan dengan nama lokus.

Bentuk gen yang sepenuhnya cacat (atau tidak adanya fenotipe) dapat ditunjukkan dengan
superskrip minus. Untuk membedakan antara berbagai alel mutan dengan efek yang berbeda,
superskrip lain dapat diperkenalkan, seperti Wi atau w Ketika beberapa alel ada. seekor hewan
bisa menjadi heterozigot yang membawa dua alel mutan yang berbeda. Fenotip heterozigot
semacam itu tergantung pada sifat aktivitas residual dari setiap alel. Hubungan antara dua alel
mutan pada prinsipnya adalah tidak berbeda dari yang antara tipe liar dan alel mutan: satu alel
mungkin dominan, mungkin ada dominasi parsial, atau mungkin ada menjadi kodominan.

Sebuah Lokus Mungkin Memiliki Lebih dari Satu Alel tipe liar

HOW MANY GENES ARE ESSENTIALS?

• Tidak semua gen penting. Pada ragi dan lalat, penghapusan <50% gen memiliki efek yang
dapat dideteksi.

• Ketika dua atau lebih gen berlebihan, mutasi pada salah satu dari mereka mungkin tidak
memiliki efek yang dapat dideteksi.

• Kita tidak sepenuhnya memahami kelangsungan hidup dalam genom gen yang tampaknya
dapat diabaikan.

Seleksi alam adalah kekuatan yang memastikan bahwa gen yang berguna dipertahankan dalam
genom. Mutasi terjadi secara acak, dan efek paling umum pada ORF adalah merusak produk
protein. ioiFrekuensi alel yang tidak menguntungkan dalam populasi seimbang antara generasi
mutasi baru dan penghapusan mutasi lama. Seleksi alam harus mencegah mutasi terakumulasi
dalam gen. Nasib terakhir dari gen yang tidak lagi berguna adalah mengakumulasi mutasi
hingga tidak dapat dikenali lagi. Pemeliharaan gen menyiratkan bahwa itu memberikan
keuntungan selektif pada organisme. Dalam perjalanan evolusi, meskipun, bahkan keuntungan
relatif kecil mungkin menjadi subjek seleksi alam, dan cacat fenotipik mungkin tidak serta
merta dapat segera terdeteksi sebagai hasil mutasi. Namun, kami ingin mengetahui berapa
banyak gen yang sebenarnya penting. Ini berarti bahwa ketidakhadiran mereka mematikan bagi
organisme. Dalam kasus organisme diploid, tentu saja berarti mutasi nol homozigot
mematikan.

Salah satu pendekatan untuk masalah jumlah gen adalah untuk menentukan jumlah gen esensial
dengan analisis mutasional. Jika kita menjenuhkan beberapa wilayah kromosom tertentu
dengan mutasi yang mematikan, mutasi tersebut harus dipetakan ke dalam sejumlah kelompok
komplemen yang sesuai dengan jumlah lokus mematikan di wilayah itu. Dengan
mengekstrapolasi ke genom secara keseluruhan, kami dapat menghitung jumlah total gen
esensial. Pada organisme dengan genom terkecil yang diketahui (M.genitalium), insersi acak
memiliki efek yang dapat dideteksi hanya pada sekitar dua pertiga gen. Demikian pula, kurang
dari setengah gen E. coli tampaknya penting. Proporsi bahkan lebih rendah pada ragi S.
cerevisiae. Ketika insersi dimasukkan secara acak ke dalam genom dalam satu analisis awal
hanya 12% yang lethaL dan 14% lainnya menghambat pertumbuhan. Mayoritas (70%) dari
insersi tidak berpengaruh. Survei yang lebih sistematis berdasarkan penghapusan sepenuhnya
masing-masing dari 5.916 gen (> 96% dari gen yang diidentifikasi) menunjukkan bahwa hanya
18,7% yang penting untuk pertumbuhan pada media kaya (yaitu, ketika nutrisi disediakan
sepenuhnya). GAMBAR 5.19 menunjukkan bahwa ini termasuk gen dalam semua kategori.
Satu-satunya konsentrasi cacat yang menonjol adalah pengkodean gen untuk produk yang
terlibat dalam sintesis protein, di mana -50% sangat penting. Tentu saja, pendekatan ini
meremehkan jumlah gen yang penting bagi ragi untuk hidup di alam liar, ketika tidak tersedia
nutrisi yang baik.
GAMBAR 5.49 Gen ragi esensial ditemukan di semua kelas. Bilah biru menunjukkan proporsi
total masing-masing kelas gen, bilah merah menunjukkan yang penting

GAMBAR 5.20 merangkum hasil analisis sistematis efek hilangnya fungsi gen dalam cacing
C. elegans. Sekuens gen individu diprediksi dari sekuens genom, dan dengan menargetkan
RNA penghambatan terhadap sekuens ini (lihat Bagian 13.10, Gangguan RNA Terkait dengan
Pembungkaman Gene) serangkaian besar cacing dibuat di mana satu (prediksi) gen dicegah.
dari berfungsi di setiap cacing. Efek terdeteksi pada fenotipe hanya diamati untuk 10% dari
KO ini, menunjukkan bahwa sebagian besar gen tidak memainkan peran penting Ada proporsi
yang lebih besar dari gen esensial (21%) di antara gen-gen cacing yang memiliki rekan dalam
eukariota lainnya, menunjukkan bahwa gen yang dilestarikan secara luas cenderung
memainkan fungsi yang lebih mendasar. Ada juga peningkatan proporsi gen esensial di antara
mereka yang hadir hanya dalam satu salinan per genom haploid, dibandingkan dengan mereka
yang ada beberapa salinan gen terkait atau identik. Ini menunjukkan bahwa banyak gen
multipel mungkin merupakan duplikasi yang relatif baru yang dapat menggantikan fungsi satu
sama lain.

Analisis ekstensif jumlah gen esensial dalam eukariota yang lebih tinggi telah dilakukan di
Drosophila melalui upaya untuk mengkorelasikan yang terlihat aspek struktur kromosom
dengan jumlah unit genetik fungsional. Gagasan bahwa ini mungkin muncul awalnya dari
adanya pita di kromosom polytene D. melanogaster. (Kromosom ini ditemukan pada tahap
perkembangan tertentu dan mewakili bentuk fisik yang tidak biasa, di mana serangkaian pita
[lebih formal disebut kromomer] jelas; lihat Bagian 28.10, Kromosom Bentuk Polytene Band.)
Dari konsep awal bahwa pita mungkin mewakili urutan linier gen, kita sampai pada upaya
untuk mengkorelasikan organisasi gen dengan organisasi band. Ada -5000 band di set haploid
D. melanogaster; mereka bervariasi dalam ukuran di atas urutan besarnya, tetapi rata-rata ada
-20 kb DNA per band
GAMBAR 5 20 Analisis sistematis hilangnya fungsi untuk 86% gen cacing menunjukkan
bahwa hanya 10% memiliki efek yang dapat terdeteksi pada fenotipe.

Setiap mutasi yang mematikan diambil untuk mengidentifikasi lokus yang penting bagi
organisme. Kadang-kadang mutasi menyebabkan efek merusak yang terlihat singkat dari
mematikan, dalam hal ini kami juga menghitungnya sebagai mengidentifikasi lokus penting.
Ketika mutasi ditempatkan ke dalam kelompok pelengkap, jumlahnya dapat dibandingkan
dengan jumlah pita di wilayah tersebut, atau kelompok pelengkap individu bahkan dapat
ditugaskan ke pita individual. Tujuan dari percobaan ini adalah untuk menentukan apakah ada
hubungan yang konsisten antara pita dan gen. Misalnya, apakah setiap pita mengandung satu
gen?

Total analisis yang telah dilakukan selama 30 tahun terakhir, jumlah kelompok komplemen
yang mematikan adalah -70% dari jumlah band. Ini adalah pertanyaan terbuka apakah ada
signifikansi fungsional untuk hubungan ini. Terlepas dari penyebabnya, kesetaraan memberi
kita perkiraan yang masuk akal untuk jumlah gen mematikan - 3600. Dengan ukuran apa pun,
jumlah lokus mematikan di Drosophila secara signifikan lebih kecil dari jumlah total gen

Jika proporsi gen esensial manusia mirip dengan eukariota lainnya, kami akan memperkirakan
kisaran 4000 hingga 8000 gen, di mana mutasi akan mematikan atau menghasilkan efek yang
jelas merusak. Saat ini 1.300 gen telah diidentifikasi di mana mutasi menyebabkan cacat nyata.
Ini adalah proporsi substansial dari total yang diharapkan, terutama mengingat fakta bahwa
banyak gen mematikan dapat bertindak sangat dini sehingga kita tidak pernah melihat efeknya.
Bagaimana kita menjelaskan kelangsungan hidup gen yang penghapusannya tampaknya tidak
berpengaruh? Penjelasan yang paling mungkin adalah bahwa organisme memiliki cara
alternatif untuk memenuhi fungsi yang sama. Kemungkinan paling sederhana adalah bahwa
ada redundansi, dan bahwa beberapa gen hadir dalam banyak salinan. Ini memang benar dalam
beberapa kasus, di mana banyak gen (terkait) harus dihilangkan untuk menghasilkan efek.
Dalam skenario yang sedikit lebih kompleks, suatu organisme mungkin memiliki dua jalur
terpisah yang mampu menyediakan beberapa aktivitas. Inaktivasi kedua jalur dengan
sendirinya tidak akan merusak, tetapi kemunculan mutasi secara simultan pada gen dari kedua
jalur akan merusak.

Situasi seperti itu dapat diuji dengan menggabungkan mutasi. Pada prinsipnya, penghapusan
dalam dua gen, yang keduanya tidak mematikan dengan sendirinya, dimasukkan ke dalam
strain yang sama. Jika ganda mati mutan, strain disebut mematikan sintetis. Teknik ini telah
digunakan untuk efek yang bagus dengan ragi di mana isolasi ganda mutan dapat diotomatisasi.
Prosedur ini disebut sintesis susunan genetik sintetis (SGA). GAMBAR 5 22 merangkum hasil
analisis di mana layar SGA dibuat untuk masing-masing 132 penghapusan yang layak dengan
menguji apakah itu bisa bertahan dalam kombinasi dengan siapa pun dari 4.700 penghapusan
yang layak. Setiap orang dari gen uji memiliki setidaknya satu pasangan dengan mana
kombinasi itu mematikan, dan sebagian besar gen uji memiliki banyak pasangan seperti itu;
median adalah -25 mitra, dan jumlah terbesar ditunjukkan oleh satu gen uji yang memiliki 146
mitra yang mematikan. Sebagian kecil (-10%) dari kode pasangan mutan yang berinteraksi
untuk protein yang berinteraksi secara fisik.

GAMBAR 5.21 Cacat genetik yang paling dikenal dalam gen manusia adalah karena mutasi
titik. Mayoritas langsung mempengaruhi urutan protein. Sisanya karena penyisipan,
penghapusan, atau penataan ulang berbagai ukuran.

GAMBAR 5.22 Semua 132 gen uji mutan memiliki beberapa kombinasi yang mematikan
ketika dikombinasikan dengan masing-masing 4700 mutasi tidak mematikan. Bagan
menunjukkan berapa banyak gen yang saling berinteraksi mematikan untuk setiap gen uji.