Asam 1

Studi Dinamika Molekular dan Kinetika Reaksi
pada Asam Nitrat

Yuri Prastika
Jurusan Kimia FMIPA Universitas Negeri Padang

email : yuriprastika23@gmail.com
ABSTRAK
Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dinamika molekular dan kinetika reaksi pada
molekul HNO3 (Nitric Acid splitting). Metoda yang digunakan adalah pemodelan komputasi
dengan Chemdraw. Metode optimasi dilakukan dengan menggunakan aplikasi Chem3D15.0 dan
ChemDraw Profesional 15.0. Kedua metoda digunakan untuk menjelaskan pemodelan asam nitrat.
Hasil yang didapat memberikan kondisi optimum untuk mendeskripsikan molekul secara
pemodelan-experimental.
Keywords : nitric acid splitting, Pemodelan, Optimasi,
PENDAHULUAN
Dinamika molekuler adalah suatu bentuk simulasi komputer dimana atom dan molekul
diizinkan untuk berinteraksi dalam jangka waktu tertentu dengan pendekatan secara fisik yang
diketahui memberikan pandangan dari gerak dan partikel. Dinamika molekuler merupakan tahapan
lebih lanjut dari mekanika molekuler dan didasari oleh prinsip bahwa atom dari suatu molekul
merasakan kekuatan untuk bergerak (Becker, et al., 2001)
Dinamika molekuler merupakan suatu simulasi secara virtual yang dapat digunakan untuk
melihat interaksi mikroskopik antar molekul. Melalui simulasi dinamika molekuler, akan
didapatkan data-data statik dan dinamik antar molekul yang berikatan pada skala atomik,seperti
kecepatan, rheologi, maupun gangguan yang bergantung kepada waktu (Allen, 2004).
Simulasi dinamika molekuler dapat digunakan dengan menggunakan beberapa aplikasi
seperti Amber dan Gromac. Melalui simulasi dinamika molekuler yang dilakukan, maka informasi
kinetika dan termodinamika suatu protein dapat ditelusuri lebih lanjut (Karplus & Kuriyan, 2007).
Asam nitrat (HNO3) adalah asam cair tak berwarna yang banyak digunakan dalam
pembuatan bahan peledak dan pupuk. Bila dilarutkan dalam air, molekul asam nitrat terpisah
(atau terdisosiasi) menjadi ion hidrogen (H +) dan ion nitrat (NO3). Fakta bahwa hampir setiap
molekul asam nitrat terdisosiasi inilah yang membuat asam nitrat menjadi asam kuat. Asam nitrat
sering merupakan bahan awal dalam produksi industri nitrat untuk pupuk.
Asam nitrat dibuat dengan reaksi amonia dengan gas oksigen. Asam nitrat yang
diproduksi kemudian dapat digunakan untuk membuat berbagai senyawa. Ini adalah proses yang
memungkinkan sejumlah besar pupuk diproduksi dengan biaya yang relatif murah.
Asam nitrat juga terbentuk dari reaksi oksida nitrogen yang dihasilkan selama
pembakaran (pembakaran) bahan bakar fosil di mesin mobil. Oksida nitrogen ini bereaksi dengan
air di atmosfer dan membentuk asam nitrat, salah satu penyebab hujan asam. Tingginya kadar
nitrat dalam air minum dapat berkontribusi pada pembentukan nitrosamin, sekelompok senyawa
karsinogenik (kanker penyebab) (K. Lee Lerner and Brenda Wilmoth Lerner, 2008)
METODA PENELITIAN
Penelitian ini menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi (Software) Chem
Office 2008 (ChemUltra versi 11 dan ChemBio3D versi 11), Perangkat Laptop PC dengan
Processor Intel® Core ™ i3.
Penelitian dilakukan beberapa tahapan, yakni (1) Analisis molekul HNO3 secara dua
dimensi menggunakan ChemUltra ; dan (2) Analisis molekul HNO3 melalui dinamika molekul
secara mekanika dan ab initio. Pemodelan dilakukan dengan mengasumsikan pada satu molekul
C6H12O6 dengan beberapa kemungkinan pergerakan dan vibrasional yang terjadi.
Molekul HNO3 dilukis dengan menggunakan ChemUltra dengan cara pilih Structure dan
Convert Name to Structure. Pada layar kerja, tulis nitric acid, lalu pilih OK. Setelah Rumus
Molekul asam nitrat terbentuk, lakukan analisis senyawa. Proses analisis dilakukan pada bagian
View, dengan optional show analysis window dan show chemical properties windows.
Pada analisis 3D dilakukan dengan mentransformasikan molekul 2D ke ChemBio 3D dan.
Pada bagian ChemBio 3D, struktur HNO3 menjadi 3 Dimensi dan dapat dianalisis kondisi sebelum
optimasi dengan pilihan select, sesuai pengukuran dan observasi yang diinginkan. Misalnya,
pengukuran jarak antara atom, pengukuran sudut antara atom dan pengukuran sisi permukaan dari
geometri molekul HNO3.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Analisis 2D pada Molekul HNO3
Molekul HNO3 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra dan berdasarkan Analisis Window
dan Chemical Properties Window. Molekul glukosa hasil analisis 2 Dimensi seperti terlihat pada
gambar 1, memiliki sifat sifat fisika seperti temperature dan volume kritis, titik didih dan titik leleh
serta sifat elemental berupa panas pembentukan dan energy bebas Gibbs.
Formula kimia: Sifat kimia :

Chemical Formula: HNO3 Boiling Point: 347.66 [K]
Exact Mass: 63.00 Melting Point: 259.75 [K]
Molecular Weight: 63.01 Critical Temp: 521.86 [K]
m/z: 63.00 (100.0%) Critical Pres: 86.69 [Bar]
Elemental Analysis: H, 1.60; Critical Vol: 90.5 [cm3/mol]
N, 22,23; O, 76. Gibbs Energy: -182.16
[kJ/mol]
Log P: -0.1
MR:
Henry's Law: 0
Heat of Form: -280.85
[kJ/mol]
ClogP :-3.461
CMR :0.942
LogS : 0.008169
pKa : N/A
Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul HNO3 dengan ChemBioDraw Ultra

(Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
Analisis 3D pada Molekul HNO3
Molekul HNO3 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra diproyeksikan pada

ChemBio3D untuk analisis 3 Dimensi. Proses ini akan membantu untuk melihat pola pergerakan
molekul secara optimal dan kemungkinan dinamika glukosa selama berinteraksi di lingkungan saat
proses splitting berlangsung. Sebelum molekul asam nitrat dioptimasi, atom N(1) dan O(3)
berjarak 1.311 A, dan sudut ikatan atom N(1) dan O(3) adalah 121.6o , jarak oksigen [O(2)] dengan
pasangan elektron bebas adalah 0.599 A, atom N(1) dan O(4) berjarak 1.310 A, dan sudut ikatan
atom N(1) dan O(3) adalah 118.3o dan atom N(1) dan O(2) berjarak 1.615 A.
a b
c d
Gambar 2. Analisis 3D pada molekul HNO3 model Ball and Stick. (a) jarak antara
atom N(1) dengan O(3), (b) jarak antara atom O(2) dengan pasangan
elektron bebas (PEB), (c) jarak antara atom N(1) dengan O(4) , (d) jarak
antara atom N(1) dengan O(2) (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
a b c
Gambar 3. Analisis 3D pada molekul HNO3 model Ball and Stick. (a) molekul HNO3
terdiri dari 1 atom H (bola putih), (b) molekul HNO3 dengan dua Pasang
Elektron Bebas (PEB, bola pink) dan (c) penampang girasi molekul
HNO3 pada permukaan molekul pada sisi positif (merah) dan pada sisi
bermuatan negative (biru) (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
a b
c d
Gambar 4. Analisis 3D pada molekul HNO3 model Ball and Stick. (a) molekul HNO3
dengan choose surface model connoly molecular dan display model solid
(b) molekul dengan choose surface model solvent accesible dan display
model solid (c) molekul HNO3 dengan choose surface model connoly
molecular dan display model wire mash dan (d) molekul HNO3 dengan
choose surface model connoly molecular dan display model translucen
Optimasi Molekul HNO3 menggunakan Molecular Mechanic (MM2)
Optimasi molekul HNO3 dilakukan dengan Molekular Mekanik (MM2) dan menghasilkan output
data dalam bentuk data geometri atom atom dalam molekul dan Energi optimumnya. Hasil output
yang dioleh dapat dilihat sebagai berikut :
1. Optimasi MM2 Minimization
2. Optimasi MM2 Dynamics
3. Optimasi MM2 Properties
Output MM2 Minimization, Dynamics dan Properties

MM2 Calculation completed successfully
------------MM2 Minimization------------
Pi System: 3 1 4
Warning: Some parameters are guessed (Quality = 1).
Stretch: 0.0082
Bend: 0.5407
Stretch-Bend: 0.0036
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 0.0000
1,4 VDW: -0.2040
Charge/Charge: 0.0000
Charge/Dipole: 0.0000
Dipole/Dipole: 1.5345
Total Energy: 1.8829 kcal/mol
Calculation ended
-------------------------------------------
------------MM2 Dynamics------------
Pi System: 3 1 4
Translational Kinetic Energy: 0.0000 Rotational Kinetic Energy: 0.0000
Calculation ended
-------------------------------------------
------------MM2 Properties------------
Pi System: 3 1 4
Stretch: 3.8673
Bend: 3.9278
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 0.0000
1,4 VDW: -0.1291
The total energy for this frame: 9.727 kcal/mol
Calculation ended
-------------------------------------------
Dari hasil optimasi MM2 terhadap molekul HNO3, energy steric molekul HNO3 adalah :
1.8829 kcal/mol, energy kinetic translansi : 0.0000, energy kinetik rotasional : 0.0000, dan energi
total : 9.727 kcal/mol.
Extende Huckel Charges

N 1.378 [N(1)]
O -0.300 [O(2)]
O -0.634 [O(3)]
O -0.632 [O(4)]
H 0.187 [H(5)]
KESIMPULAN
Analisis asam nitrat menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi (Software)

Chem Office 2015 (ChemDraw Professional 15.0 dan Chem3D 15.0). Pada analisis menggunakan
ChemDraw Professional 15.0 menghasilkan data sifat kimia dan sifat fisika asam nitrat. Data yang
diberikan diantaranya chemical formula: HNO3, exact mass: 63.00, molecular weight: 63.01 m/z:
63.00 (100.0%) dan elemental analysis: H, 1.60; N, 22,23; O, 76.
Analisis Chem3D molekul menngambarkan HNO3 dengan model Ball and Stik, Solvent
Accessible, Connolly Molecular, wire mesh dan pasangan elektron bebas. Sebelum molekul asam
nitrat dioptimasi, atom N(1) dan O(3) berjarak 1.311 A, dan sudut ikatan atom N(1) dan O(3)
adalah 121.6o , jarak oksigen [O(2)] dengan pasangan elektron bebas adalah 0.599 A, atom N(1)
dan O(4) berjarak 1.310 A, dan sudut ikatan atom N(1) dan O(3) adalah 118.3o dan atom N(1) dan
O(2) berjarak 1.615 A.
Hasil optimasi MM2 terhadap molekul HNO3, energy steric molekul HNO3 adalah : 1.8829
kcal/mol, energy kinetic translansi : 0.0000, energy kinetik rotasional : 0.0000, dan energi total :
9.727 kcal/mol.
REFERENSI
1. Allen, E., et al . 2004. IUPAC Provisional Recommendation: Definition of The Hydrogen
Bond
2. Becker, O.M., MacKerrel, A.D., Roux, B., Watanabe, M . 2001. Computational
Biochemistry and Biophysics. Marcel Dekker Inc., New York.
3. Karplus, M., & Kuriyan, J. 2007. Mollecular Dynamics and Protein Function. PNAS. 6679-
6685.
4. K. Lee Lerner and Brenda Wilmoth Lerner, 4th ed. vol. 4 Gale . 2008. "Nitric Acid" The
Gale Encyclopedia of Science. Gale Virtual Reference Library.
5. Martina, Ribka.2015. Analisis Dinamika Molekuler Hasil Penambatan Molekuler
Kompleks Α Glukosidase dengan Sepuluh Senyawa Kimia Tanamanhasil Virtual
Screeningdari Basis Data Herbal. Jakarta .UI.
pada Natrium Hidroksida
Yuri Prastika

ABSTRAK
molekul natrium hidroksida (sodium hydroxide splitting). Metoda yang digunakan adalah
pemodelan komputasi dengan Chemdraw. Metode optimasi dilakukan dengan menggunakan
aplikasi Chem3D15.0 dan ChemDraw Profesional 15.0. Kedua metoda digunakan untuk
menjelaskan pemodelan natrium hidroksida. Hasil yang didapat memberikan kondisi optimum
untuk mendeskripsikan molekul secara pemodelan-experimental.
Keywords : sodium hydroxide splitting, Pemodelan, Optimasi,
PENDAHULUAN
Sodium hidroksida berasal dari natrium karbonat, sebelumnya dinamai "soda kaustik".
Di Mesir Kuno, natrium karbonat sudah dicampur dengan kapur untuk mengkristal alkali: ion
hidroksida OH- dalam solusi dengan ion natrium Na+ Selama berabad-abad, beberapa proses
dikembangkan untuk sintesisnya sebagai proses Solvay pada tahun 1861. Saat ini, sodium
hidroksida banyak dihasilkan oleh elektrolisis larutan natrium klorida. Sodium hidroksida adalah
salah satu zat kimia yang paling banyak digunakan di laboratorium dan di lingkungan
industri,dalam pembuatan pulp kertas dan berbagai produk kimia: plastik, tekstil sintetis,
pembersihan produk untuk penggunaan domestik dan industri, dalam produksi bensin dan
biodiesel, sabun atau bahkan dalam perawatan aluminium ( Mathieu and Coudouel , 2005).
Natrium hidroksida (NaOH), juga dikenal sebagai soda kaustik, soda api, atau sodium
hidroksida, adalah sejenis basa logam kaustik. Natrium Hidroksida terbentuk dari oksida basa
Natrium Oksida dilarutkan dalam air. Natrium hidroksida membentuk larutan alkalin yang kuat
ketika dilarutkan ke dalam air. Ia digunakan di berbagai macam bidang industri, kebanyakan
digunakan sebagai basa dalam proses produksi bubur kayu dan kertas, tekstil, air minum, sabun
dan deterjen. Natrium hidroksida adalah basa yang paling umum digunakan dalam laboratorium
kimia.
Natrium hidroksida murni berbentuk putih padat dan tersedia dalam bentuk pelet, serpihan,
butiran ataupun larutan jenuh 50% yang biasa disebut larutan Sorensen. Ia bersifat lembap cair dan
secara spontan menyerap karbon dioksida dari udara bebas. Ia sangat larut dalam air dan akan
melepaskan panas ketika dilarutkan, karena pada proses pelarutannya dalam air bereaksi secara
eksotermis. Ia juga larut dalam etanol dan metanol, walaupun kelarutan NaOH dalam kedua cairan
ini lebih kecil daripada kelarutan KOH. Ia tidak larut dalam dietil eter dan pelarut non-polar
lainnya. Larutan natrium hidroksida akan meninggalkan noda kuning pada kain dan kertas (
Greenwood ,1997).
METODA PENELITIAN
Penelitian dilakukan beberapa tahapan, yakni (1) Analisis molekul NaOH secara dua
dimensi menggunakan ChemUltra ; dan (2) Analisis molekul NaOH melalui dinamika molekul
NaOH dengan beberapa kemungkinan pergerakan dan vibrasional yang terjadi.
Molekul NaOH dilukis dengan menggunakan ChemUltra dengan cara pilih Structure dan
Convert Name to Structure. Pada layar kerja, tulis sodium hydroxide, lalu pilih OK. Setelah Rumus
Molekul natrium hidroksida terbentuk, lakukan analisis senyawa. Proses analisis dilakukan pada
bagian View, dengan optional show analysis window dan show chemical properties windows.
Pada analisis 3D dilakukan dengan mentransformasikan molekul 2D ke ChemBio 3D .
Pada bagian ChemBio 3D, struktur NaOH menjadi 3 Dimensi dan dapat dianalisis kondisi sebelum
optimasi dengan pilihan select, sesuai pengukuran dan observasi yang diinginkan. Misalnya,
pengukuran jarak antara atom, pengukuran sudut antara atom dan pengukuran sisi permukaan dari
geometri molekul NaOH.
Analisis 2D pada Molekul NaOH

Molekul NaOH dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra dan berdasarkan Analisis
Window dan Chemical Properties Window. Molekul natrium hidroksida hasil analisis 2 Dimensi
seperti terlihat pada gambar 1, memiliki sifat sifat fisika seperti temperature dan volume kritis,
titik didih dan titik leleh serta sifat elemental berupa panas pembentukan dan energy bebas Gibbs.

Chemical Formula: HNaO Boiling Point: 1663 [K]
Exact Mass: 39.99 Melting Point: 591 [K]
Molecular Weight: 40 Critical Temp: [K]
m/z: 39.99 (100.0%) Critical Pres: [Bar]
Elemental Analysis: H, 2.52; Gibbs Energy: -793,74
Na, 57.48; O, 40.00 [kJ/mol]
PKb : -2.43
Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul NaOH dengan ChemBioDraw Ultra

Analisis 3D pada Molekul NaOH

Molekul NaOH dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra diproyeksikan pada ChemBio3D
untuk analisis 3 Dimensi. Proses ini akan membantu untuk melihat pola pergerakan molekul secara
optimal dan kemungkinan dinamika natrium hidroksida selama berinteraksi di lingkungan saat
proses splitting berlangsung. Sebelum molekul natrium hidroksida dioptimasi, atom Na dan O(2)
berjarak 2.180 A.
Gambar 3. Analisis 3D pada molekul NaOH model Ball and Stick. (a) jarak antara
atom Na(1) dengan O(2) (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
a b
Gambar 4. Analisis 3D pada molekul NaOH model Ball and Stick. (a) molekul NaOH
terdiri dari atom O (bola merah) dan atom Na (bola abu-abu), (b)
penampang girasi molekul NaOH pada permukaan molekul pada sisi
positif (merah) dan pada sisi bermuatan negative (biru) (Prastika,Yuri.
ChemOffis 2015).
a b
c d
Gambar 5. Analisis 3D pada molekul NaOH model Ball and Stick. (a) molekul NaOH
dengan choose surface model connoly molecular dan display model solid
(b) molekul dengan choose surface model solvent accesible dan display
model solid (c) molekul NaOH dengan choose surface model connoly
molecular dan display model wire mash dan (d) molekul NaOH dengan
choose surface model connoly molecular dan display model translucen
(Efliana,Rosi. ChemOffis 2015)
Optimasi Molekul NaOH menggunakan Molecular Mechanic (MM2)
Optimasi molekul NaOH dilakukan dengan Molekular Mekanik (MM2) dan menghasilkan output

------------MM2 Minimization------------
Warning: The number of ligands attached does not match the geometry of Na(1)
Iteration 1 Steric Energy 0.000 RMS Gradient 0.000 RMS Move 0.0000
Iteration 2 Steric Energy 0.000 RMS Gradient 0.000 RMS Move 0.0000
Iteration 2: Minimization terminated normally because the gradient norm is less than the
minimum gradient norm
Stretch: 0.0000
Bend: 0.0000
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 0.0000
1,4 VDW: 0.0000
Calculation ended
-------------------------------------------
------------MM2 Dynamics------------
Warning: The number of ligands attached does not match the geometry of Na(1)
Iteration Time Total Energy Potential Energy Temperature
----------------------------------------------------------------------
Dynamics terminated because the molecular model has no energy
-------------------------------------------
------------MM2 Properties------------
Stretch: 0.5542
Bend: 5.2216
Stretch-Bend: -0.0097
Torsion: 0.4836
Non-1,4 VDW: 2.5880
1,4 VDW: 6.4848

Calculation ended
-------------------------------------------
Dari hasil optimasi MM2 terhadap molekul NaOH, energy steric molekul HNO3 adalah :
0.0000 kcal/mol, energy kinetic translansi :-, energy kinetik rotasional : -, dan energi total : 15.608
kcal/mol.
Extended Huckel Charges

Na 0.594 [Na(1)]
O 0.406 [O(2)]
KESIMPULAN
Analisis natrium hidroksida menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi

(Software) Chem Office 2015 (ChemDraw Professional 15.0 dan Chem3D 15.0). Pada analisis
menggunakan ChemDraw Professional 15.0 menghasilkan data sifat kimia dan sifat fisika
chemical formula: HNaO, exact mass: 39.99, molecular weight: 40 m/z: 39.99 (100.0%) dan
elemental analysis: H, 2.52; Na, 57.48; O, 40.00
Analisis Chem3D molekul menngambarkan NaOH dengan model Ball and Stik, Solvent
Accessible, Connolly Molecular, wire mesh dan pasangan elektron bebas. Sebelum molekul NaOH
dioptimasi, atom Na dan O(2) berjarak 2.180 A.
Dari hasil optimasi MM2 terhadap molekul NaOH, energy steric molekul HNO3 adalah :
0.0000 kcal/mol, energy kinetic translansi :-, energy kinetik rotasional : -, dan energi total : 15.608
kcal/mol.
REFERENSI
1. Allen, E., et al (2004). IUPAC Provisional Recommendation: Definition of The Hydrogen
Bond.
2. Becker, O.M., MacKerrel, A.D., Roux, B., Watanabe, M. (2001). Computational
3. Greenwood, A. 1997. Earnshaw, Chemistry of the Elements, 2nd ed. UK. Butterworth-
Heinemann, Oxford.
4. Karplus, M., & Kuriyan, J. (2007). Mollecular Dynamics and Protein Function. PNAS.
6679-6685.
5. Mathieu L, Godard Cand Coudouel H.2005. Sodium hydroxide, in vitro model of eye
penetration and active decontamination of a corrosive, poster presented at the SOT
conference. USA. New-Orleans, Louisiana.

Screeningdari Basis Data Herbal. Jakarta .UI
pada Natrium Nitrat
Yuri Prastika

ABSTRAK
molekul natrium nitrat (sodium nitrate splitting). Metoda yang digunakan adalah pemodelan
komputasi dengan Chemdraw. Metode optimasi dilakukan dengan menggunakan aplikasi
Chem3D15.0 dan ChemDraw Profesional 15.0. Kedua metoda digunakan untuk menjelaskan
pemodelan glukosa. Hasil yang didapat memberikan kondisi optimum untuk mendeskripsikan
molekul secara pemodelan-experimental.
Keywords : sodium nitrate splitting, Pemodelan, Optimasi,
PENDAHULUAN
Natrium nitrat ialah tipe garam (NaNO3) yang telah lama digunakan sebagai komposisi
bahan peledak dan dalam bahan bakar padat roket, juga pada kaca dan pelapis tembikar, dan telah
ditambang secara luas untuk tujuan itu. Senyawa ini juga disebut caliche, saltpeter, dan soda niter.
Deposit alami bijih caliche terbesar di dunia ialah di gurun Atacama Chili, dan banyak deposit
ditambang selama lebih dari seabad, sampai 1940-an. Mantan komunitas penambang sendawa
Chili dari Humberstone and Santa Laura dideklarasikan sebagai situs Warisan Dunia Unesco pada
2005. Chili masih memiliki cadangan terbesar caliche, dengan pertambangan aktif di tempat-
tempat seperti Pedro de Valdivia, Maria Elena dan Pampa Blanca. Natrium nitrat, kalium nitrat,
natrium sulfat dan iodin seluruhnya diperoleh dari pemrosesan caliche.
Natrium nitrat juga diolah secara sintetis dengan mereaksikan asam nitrat dengan natrium
karbonat atau natrium bikarbonat (abu soda). Natrium nitrat memiliki sifat antimikrobial sehingga
digunakan sebagai pengawet makanan. Senyawa ini ditemukan secara alami dalam sayuran hijau
berdaun. Selain itu, senyawa ini berpotensi kesehatan dalam menambah oksigen pada darah, selain
efek sampingnya pada kesehatan khususnya bila terdapat dalam dosis tinggi (Zumdahl , 2009).
Natrium nitrat (NaNO3) merupakan bahan kimia intermediet. Pada awalnya natrium nitrat
diperoleh dari endapan alamiah yang terdapat di dataran tinggi Chilli dan merupakan endapan yang
cukup lebar, yaitu 8-65 km serta tebal 0,3-1,2 m. Produk dengan kualitas tinggi dapat dihasilkan
dengan kristalisasi dan pengeringan.. Natrium nitrat (NaNO3) merupakan kristal bening tidak
berwarna dan tidak berbau. Bahan kimia ini mempunyai sifat-sifat diantaranya mudah larut dalam
air, gliserol, amoniak, alkohol, mempunyai titik lebur pada temperatur 3080C dan terdekomposisi
pada temperatur 3800C (Austin, 1984 ).
METODA PENELITIAN
Penelitian dilakukan beberapa tahapan, yakni (1) Analisis molekul NaNO3 secara dua
dimensi menggunakan ChemUltra ; dan (2) Analisis molekul NaNO3 melalui dinamika molekul
C6H12O6 dengan beberapa kemungkinan pergerakan dan vibrasional yang terjadi.
Molekul NaNO3 dilukis dengan menggunakan ChemUltra dengan cara pilih Structure dan
Convert Name to Structure. Pada layar kerja, tulis sodium nitrate, lalu pilih OK. Setelah Rumus
Molekul natrium nitrat terbentuk, lakukan analisis senyawa. Proses analisis dilakukan pada bagian
View, dengan optional show analysis window dan show chemical properties windows.
Pada bagian ChemBio 3D, struktur NaNO3 menjadi 3 Dimensi dan dapat dianalisis kondisi
sebelum optimasi dengan pilihan select, sesuai pengukuran dan observasi yang diinginkan.
Misalnya, pengukuran jarak antara atom, pengukuran sudut antara atom dan pengukuran sisi
permukaan dari geometri molekul NaNO3.
Analisis 2D pada Molekul NaNO3

Molekul NaNO3 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra dan berdasarkan Analisis
Window dan Chemical Properties Window. Molekul glukosa hasil analisis 2 Dimensi seperti
terlihat pada gambar 1, memiliki sifat sifat fisika seperti temperature dan volume kritis, titik didih
dan titik leleh serta sifat elemental berupa panas pembentukan dan energy bebas Gibbs.

Boiling Point: terdekomposisi
Chemical Formula: NNaO [K]
Exact Mass: 84.98 Melting Point:
Molecular Weight: 84.99 Densitas dalam air : 2.257
m/z: 84.98 (100.0%) gr/cm3
Elemental Analysis: N,
416.48; Na, 27.05; O, 56.47
Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul NaNO3 dengan ChemBioDraw Ultra

Analisis 3D pada Molekul NaNO3

Molekul NaNO3 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra diproyeksikan pada
molekul secara optimal dan kemungkinan dinamika natrium nitrat selama berinteraksi di
lingkungan saat proses splitting berlangsung. Sebelum molekul NaNO3 dioptimasi, atom N dan
O(3) berjarak 1.310 A dan sudut ikatan atom Na dan N-O(3) adalah 35.1o, atom N dan O(4)
berjarak 1.310 A dan sudut ikatan atom Na dan N-O(3) adalah 155.1o , dan atom N dan O(5)
berjarak 1.310 A dan sudut ikatan atom Na dan N-O(3) adalah 84.9 o.
a b
Gambar 3. Analisis 3D pada molekul NaNO3 model Ball and Stick. (a) jarak antara
atom N(2) dengan O(3) (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
a b
Gambar 4. Analisis 3D pada molekul NaNO3 model Ball and Stick. (a) molekul
NaNO3 terdiri dari 3 atom O (bola merah) , 1 buah atom N (bola biru),
dan 1 buah atom Na ( bola abu-abu) , dan (b) penampang girasi molekul
NaNO3 pada permukaan molekul pada sisi positif (merah) dan pada sisi
bermuatan negative (biru) (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
a b
c d
Gambar 5. Analisis 3D pada molekul NaNO3 model Ball and Stick. (a) molekul
NaNO3 dengan choose surface model connoly molecular dan display
model solid (b) molekul dengan choose surface model solvent accesible
dan display model solid (c) molekul NaNO3 dengan choose surface
model connoly molecular dan display model wire mash dan (d) molekul
NaNO3 dengan choose surface model connoly molecular dan display
model translucen (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
Optimasi Molekul NaNO3 menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

Optimasi molekul NaNO3 dilakukan dengan Molekular Mekanik (MM2) dan menghasilkan output

------------MM2 Minimization------------
Pi System: 3 4 2 5
Stretch: 0.0734
Bend: 4.6459
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 4.9637
1,4 VDW: 0.0000
Charge/Charge: -45.6350
Charge/Dipole: -5.9405
Total Energy: -41.9817 kcal/mol
Calculation ended
-------------------------------------------

------------MM2 Dynamics------------
Pi System: 3 4 2 5
Calculation ended
-------------------------------------------

------------MM2 Properties------------
Pi System: 3 4 2 5
Stretch: 0.0000
Bend: 0.0000
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 0.1869
1,4 VDW: 0.0000
Charge/Charge: -32.6744
Charge/Dipole: -1.5819
Total Energy: -34.0694 kcal/mol
The total energy for this frame: -34.069 kcal/mol

Calculation ended
-------------------------------------------
Dari hasil optimasi MM2 terhadap molekul NaNO3, energy steric molekul NaNO3 adalah
: 1.8829 kcal/mol, energy kinetic translansi : 0.0000, energy kinetik rotasional : 0.0000, dan energi
total : -41.9817 kcal/mol.
Extanded Huckel Charges

Na 0.694 [Na(1)]
N 1.374 [N(2)]
O -0.550 [O(3)]
O -0.731 [O(4)]
O -0.787 [O(5)]
KESIMPULAN

diberikan diantaranya chemical formula: NNaO , exact mass: 84.98, molecular weight: 84.99 m/z:
84.98 (100.0%) dan elemental analysis: N, 416.48; Na, 27.05; O, 56.47
Analisis Chem3D molekul menngambarkan NaNO3 dengan model Ball and Stik, Solvent
Accessible, Connolly Molecular, wire mesh dan pasangan elektron bebas. Sebelum molekul
NaNO3 dioptimasi, atom N dan O(3) berjarak 1.310 A dan sudut ikatan atom Na dan N-O(3) adalah
35.1o, atom N dan O(4) berjarak 1.310 A dan sudut ikatan atom Na dan N-O(3) adalah 155.1o ,
dan atom N dan O(5) berjarak 1.310 A dan sudut ikatan atom Na dan N-O(3) adalah 84.9 o.
Dari hasil optimasi MM2 terhadap molekul NaNO3, energy steric molekul NaNO3 adalah
: 1.8829 kcal/mol, energy kinetic translansi : 0.0000, energy kinetik rotasional : 0.0000, dan energi
total : -41.9817 kcal/mol.
REFERENSI
1. Allen, E., et al. 2004. IUPAC Provisional Recommendation: Definition of The Hydrogen
Bond.
2. Austin, T. George. 1984. “Shreve’s Chemical Process Industries” Fifth Edition. New York
.McGraw Hill Book Company.
3. Becker, O.M., MacKerrel, A.D., Roux, B., Watanabe, M. 2001. Computational
4. Karplus, M., & Kuriyan, J. 2007. Mollecular Dynamics and Protein Function. PNAS.
6679-6685.
5. Martina, Ribka. 2015. Analisis Dinamika Molekuler Hasil Penambatan Molekuler
6. Zumdahl, Steven S. 2009. Chemical Principles 6th Ed. Houghton Mifflin Company.
pada Valin
Yuri Prastika

ABSTRAK
molekul valin (valine splitting). Metoda yang digunakan adalah pemodelan komputasi dengan
Chemdraw. Metode optimasi dilakukan dengan menggunakan aplikasi Chem3D15.0 dan
ChemDraw Profesional 15.0. Kedua metoda digunakan untuk menjelaskan pemodelan valin. Hasil
yang didapat memberikan kondisi optimum untuk mendeskripsikan molekul secara pemodelan-
experimental.
Keywords : valine splitting, Pemodelan, Optimasi,
PENDAHULUAN
Emil Fischer telah mengisolasi Valine dari kasein kembali pada tahun 1901, yang dicapai
dengan menghidrolisis protein. Hari ini Valine dikenal sebagai asam amino esensial rantai
bercabang yang menyediakan aktivitas stimulan. Sebenarnya, tiga asam amino rantai cabang
merupakan lebih dari 2/3 asam amino dalam protein tubuh, menunjukkan bahwa perannya bagi
manusia sangat berharga.
Asam amino ini membantu mencegah kerusakan otot, karena memasok otot dengan
glukosa ekstra yang bertanggung jawab atas produksi energi selama aktivitas fisik. Valine juga
merupakan prekursor di jalur biosintesis penisilin dan dikenal untuk menghambat pengangkutan
Triptofan melintasi sawar darah otak.
Dengan kata lain, Valine adalah asam amino penting yang penting untuk kelancaran
sistem saraf dan fungsi kognitif. Valine adalah satu dari tiga asam amino rantai bercabang, bersama
dengan Leucine dan Isoleucine. Asam amino ini tidak dapat diproduksi oleh tubuh Anda dan harus
diperoleh melalui makanan atau melalui suplemen. Valine penting untuk fungsi tubuh sehari-hari
dan untuk menjaga otot, juga untuk pengaturan sistem kekebalan tubuh. Asam amino khusus ini
tidak diproses oleh hati, namun diambil oleh otot. Anda bisa mendapatkannya melalui kacang
merah, sayuran berdaun, unggas dan susu.
Valine memberikan banyak manfaat seperti perbaikan insomnia dan kegugupan. Selain
itu, hal itu juga terbukti bisa membantu meringankan gangguan otot, dan menjadi penekan nafsu
makan yang efektif. Asam amino ini juga sangat meningkatkan regulasi sistem kekebalan tubuh,
namun mungkin manfaat terbesar dari Valine dialami oleh atlet yang melakukan olah raga jarak
jauh dan binaraga, karena asam amino ini penting untuk pemulihan jaringan otot dan untuk
metabolisme otot, sementara meningkatkan ketahanan olahraga.
Binaragawan biasanya menggunakan Valine bersama dengan Isoleucine dan Leucine
untuk meningkatkan pertumbuhan otot dan memberi mereka energi. Selain itu, asam amino ini
membantu mereka memulihkan jaringan yang rusak selama aktivitas fisik. Atlet biasanya tahu
bahwa Valine sangat penting untuk metabolisme otot dan pertumbuhan jaringan otot karena
membantu mempertahankan jumlah nitrogen dalam tubuh (Letto,1986).
METODA PENELITIAN

Penelitian dilakukan beberapa tahapan, yakni (1) Analisis molekul C5H11NO2 secara dua
dimensi menggunakan ChemUltra ; dan (2) Analisis molekul valine melalui dinamika molekul
C5H11NO2 dengan beberapa kemungkinan pergerakan dan vibrasional yang terjadi.
Molekul valin dilukis dengan menggunakan ChemUltra dengan cara pilih Structure dan
Convert Name to Structure. Pada layar kerja, tulis valine, lalu pilih OK. Setelah Rumus Molekul
valin terbentuk, lakukan analisis senyawa. Proses analisis dilakukan pada bagian View, dengan
optional show analysis window dan show chemical properties windows.
Pada bagian ChemBio 3D, struktur C5H11NO2 menjadi 3 Dimensi dan dapat dianalisis kondisi
sebelum optimasi dengan pilihan select, sesuai pengukuran dan observasi yang diinginkan.
Misalnya, pengukuran jarak antara atom, pengukuran sudut antara atom dan pengukuran sisi
permukaan dari geometri molekul C5H11NO2.
Analisis 2D pada Molekul C5H11NO2

Molekul C5H11NO2 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra dan berdasarkan
Analisis Window dan Chemical Properties Window. Molekul valin hasil analisis 2 Dimensi seperti
terlihat pada gambar 1, memiliki sifat sifat fisika seperti temperature dan volume kritis, titik didih
dan titik leleh serta sifat elemental berupa panas pembentukan dan energy bebas Gibbs.
Chemical Formula: Boiling Point: 508.72 [K]
C5H11NO2 Melting Point: 363.2 [K]
Exact Mass: 117,08 Critical Temp: 680.53 [K]
Molecular Weight: 117,15 Critical Pres: 47.69 [Bar]
m/z: 117.08 (100.0%), Critical Vol: 306.5
118.08 (5.4%) [cm3/mol]
Elemental Analysis: C, Gibbs Energy: -297.1
51.26; H, 9.46; N, 11.96 ; O, [kJ/mol]
27.31 Log P: -0.41
MR: 25.11 [cm3/mol]
Henry's Law:
Heat of Form: -447.65
[kJ/mol]
tPSA : 63.32
ClogP : -2.595
CMR : 2.5901
LogS : 1.598
pKa : 10.203, 2.432
Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul C5H11NO2 dengan ChemBioDraw Ultra

Analisis 3D pada Molekul C5H11NO2
Molekul C5H11NO2 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra diproyeksikan pada

molekul secara optimal dan kemungkinan dinamika valin selama berinteraksi di lingkungan saat
proses splitting berlangsung. Sebelum molekul valin dioptimasi, atom C(1) dan O(7) berjarak
1.208 A dan sudut ikatan atom C(1) dan O(7) adalah 21.1o , atom C(1) dan O(8) berjarak 1.347 A
dan sudut ikatan atom C(1) dan C(8) adalah 66.0o , atom C(1) dan C(3) berjarak 1.518 A dan sudut
ikatan atom C(1) dan C(3) adalah 116.0o , atom C(3) dan C(4) berjarak 1.544 A dan sudut ikatan
atom C(3) dan C(4) adalah 112.2o , atom N(2) dan C(3) berjarak 1.472 A dan sudut ikatan atom
N(2) dan C(3) adalah 110.5o , atom C(4) dan H(12) berjarak 1.120 A , atom O(4) dan O(5) berjarak
1.535 A, atom C(4) dan O(6), berjarak 1.539 A, atom C(5) dan H(13) berjarak 1.114 A dan sudut
ikatan atom C(5) dan H(13) adalah 111.1o , atom C(5) dan H(15), berjarak 1.113 A dan sudut
ikatan atom C(6) dan H(17) adalah 111.8o , atom C(5) dan C(18), berjarak 1.113 A dan sudut
ikatan atom C(5) dan C(18) adalah 111.6o , atom O(6) dan H(19), berjarak 0.971 A dan sudut
ikatan atom O(6) dan H(19) adalah 164.3o , atom N(2) dan H(1) berjarak 1.035 A, dan sudut ikatan
atom N(2) dan H(1) adalah 24.5o , jarak carbon (C) dengan pasangan elektron bebas (23) adalah
2.891 A, jarak carbon (C) dengan pasangan elektron bebas (24) adalah 2.639 A, dan jarak carbon
(C) dengan pasangan elektron bebas (22) adalah 3.840 A.
a b c
d e f
b b b
g h i
b b b
j k l
b b b
m n o
b
p q r
b b b
Gambar 3. Analisis 3D pada molekul C5H11NO2 model Ball and Stick. (a) jarak antara
atom C(1) dengan O(7), (b) jarak antara atom C(1) denganO(8), (c) jarak
antara atom C(1) dengan C(3), (d) jarak antara atom C(3) dengan C(4) ,
(e) jarak antara atom N(2) dengan C(3) , (f) jarak antara atom C(4)
dengan H(12) , (g) jarak antara atom O(4) dengan O(5) , (h) jarak antara
atom C(4) dengan O(6) , (i) jarak antara atom C(5) dengan H(13) , (j)
jarak antara atom C(5) dengan H(15) , (k) jarak antara atom C(6) dengan
H(16) , (l) jarak antara atom C(6) dengan H(17) , (m) jarak antara atom
C(5) dengan C(18) , (n) jarak antara atom O(6) dengan H(19) , (o) jarak
antara atom N(2) dengan H(1), (p) jarak antara atom C dengan PEB (23)
, (q) jarak antara atom C dengan PEB (24), dan (r) jarak antara atom C
dengan PEB (22) (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
a b c
Gambar 4. Analisis 3D pada molekul C5H11NO2 model Ball and Stick. (a) molekul
C5H11NO2 terdiri dari 2 atom O (bola merah) , 5 buah atom C (bola abu-
abu) , 11 atom H (bola putih) dan 1 atom N ( bola biru) , (b) molekul
C5H11NO2 dengan tiga Pasang Elektron Bebas (PEB, bola pink) dan (c)
penampang girasi molekul C5H11NO2 pada permukaan molekul pada sisi
positif (merah) dan pada sisi bermuatan negative (biru) (Prastika,Yuri.
ChemOffis 2015)
Gambar 5. Analisis 3D pada molekul C5H11NO2 model Ball and Stick. (a) molekul
C5H11NO2 dengan choose surface model connoly molecular dan display
model solid (b) molekul dengan choose surface model solvent accesible
dan display model solid (c) molekul C5H11NO2 dengan choose surface
model connoly molecular dan display model wire mash dan (d) molekul
C5H11NO2 dengan choose surface model connoly molecular dan display
model translucen (Prastika,Yuri. ChemOffis 2015)
Optimasi Molekul C5H11NO2 menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

Optimasi molekul C5H11NO2 dilakukan dengan Molekular Mekanik (MM2) dan menghasilkan
output data dalam bentuk data geometri atom atom dalam molekul dan Energi optimumnya. Hasil
output yang dioleh dapat dilihat sebagai berikut :

------------MM2 Minimization------------
Pi System: 3 1 4
Stretch: 0.0082
Bend: 0.5407
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 0.0000
1,4 VDW: -0.2040
Calculation ended
-------------------------------------------

------------MM2 Dynamics------------
Pi System: 3 1 4
Calculation ended
-------------------------------------------
------------MM2 Properties------------
Pi System: 3 1 4
Stretch: 3.8673
Bend: 3.9278
Torsion: 0.0000
Non-1,4 VDW: 0.0000
1,4 VDW: -0.1291

Calculation ended
-------------------------------------------
Dari hasil optimasi MM2 terhadap molekul HNO3, energy steric molekul HNO3 adalah :
1.8829 kcal/mol, energy kinetic translansi : 0.0000, energy kinetik rotasional : 0.0000, dan energi
total : 9.7274 kcal/mol.
Extended Huckel Charges

C 0.598 [C(1)]
N -0.289 [N(2)]
C 0.047 [C(3)]
C 0.045 [C(4)]
C -0.129 [C(5)]
C -0.132 [C(6)]
O -0.668 [O(7)]
O -0.174 [O(8)]
H 0.115 [H(9)]
H 0.109 [H(10)]
H 0.017 [H(11)]
H 0.019 [H(12)]
H 0.036 [H(13)]
H 0.036 [H(14)]
H 0.037 [H(15)]
H 0.034 [H(16)]
H 0.037 [H(17)]
H 0.041 [H(18)]
H 0.217 [H(19)]
KESIMPULAN
diberikan diantaranya chemical formula: C5H11NO2, exact mass: 117,08, molecular weight: 117,15
m/z: 117.08 (100.0%), 118.08 (5.4%) , dan elemental analysis: C, 51.26; H, 9.46; N, 11.96 ; O,
27.31
Analisis Chem3D molekul menngambarkan HNO3 dengan model Ball and Stik, Solvent
Accessible, Connolly Molecular, wire mesh dan pasangan elektron bebas. Sebelum molekul valin
dioptimasi, atom C(1) dan O(7) berjarak 1.208 A dan sudut ikatan atom C(1) dan O(7) adalah 21.1o
, atom C(1) dan O(8) berjarak 1.347 A dan sudut ikatan atom C(1) dan C(8) adalah 66.0o , atom
C(1) dan C(3) berjarak 1.518 A dan sudut ikatan atom C(1) dan C(3) adalah 116.0o , atom C(3)
dan C(4) berjarak 1.544 A dan sudut ikatan atom C(3) dan C(4) adalah 112.2o , atom N(2) dan
C(3) berjarak 1.472 A dan sudut ikatan atom N(2) dan C(3) adalah 110.5o , atom C(4) dan H(12)
berjarak 1.120 A , atom O(4) dan O(5) berjarak 1.535 A, atom C(4) dan O(6), berjarak 1.539 A,
atom C(5) dan H(13) berjarak 1.114 A dan sudut ikatan atom C(5) dan H(13) adalah 111.1o , atom
C(5) dan H(15), berjarak 1.113 A dan sudut ikatan atom C(5) dan H(15) adalah 111.7o , atom C(6)
dan H(16), berjarak 1.114 A dan sudut ikatan atom C(6) dan H(16) adalah 110.0o , atom C(6) dan
H(17), berjarak 1.113 A dan sudut ikatan atom C(6) dan H(17) adalah 111.8o , atom C(5) dan
C(18), berjarak 1.113 A dan sudut ikatan atom C(5) dan C(18) adalah 111.6o , atom O(6) dan
H(19), berjarak 0.971 A dan sudut ikatan atom O(6) dan H(19) adalah 164.3o , atom N(2) dan H(1)
berjarak 1.035 A, dan sudut ikatan atom N(2) dan H(1) adalah 24.5o , jarak carbon (C) dengan
pasangan elektron bebas (23) adalah 2.891 A, jarak carbon (C) dengan pasangan elektron bebas
(24) adalah 2.639 A, dan jarak carbon (C) dengan pasangan elektron bebas (22) adalah 3.840 A.
Hasil optimasi MM2 terhadap molekul HNO3, energy steric molekul HNO3 adalah : 1.8829
kcal/mol, energy kinetic translansi : 0.0000, energy kinetik rotasional : 0.0000, dan energi total :
9.727 kcal/mol.
REFERENSI
1. Allen, E., et al (2004). IUPAC Provisional Recommendation: Definition of The Hydrogen
Bond
2. Becker, O.M., MacKerrel, A.D., Roux, B., Watanabe, M. (2001). Computational
3. Karplus, M., & Kuriyan, J. (2007). Mollecular Dynamics and Protein Function. PNAS.
6679-6685.
4. Letto,J. (1986). Thesis,Memorial. University of Newfoundland.

Asam 1

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Asam 1

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Studi Dinamika Molekular dan Kinetika Reaksi

pada Asam Nitrat

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Negeri Padang

Analisis 2D pada Molekul HNO3

Formula kimia: Sifat kimia :

Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul HNO3 dengan ChemBioDraw Ultra

Molekul HNO3 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra diproyeksikan pada

Optimasi Molekul HNO3 menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

Output MM2 Minimization, Dynamics dan Properties

Extende Huckel Charges

Analisis asam nitrat menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi (Software)

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Negeri Padang

HASIL DAN PEMBAHASAN

Analisis 2D pada Molekul NaOH

Formula kimia: Sifat kimia :

Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul NaOH dengan ChemBioDraw Ultra

Analisis 3D pada Molekul NaOH

Optimasi Molekul NaOH menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

MM2 Calculation completed successfully

The total energy for this frame: 15.608 kcal/mol

Extended Huckel Charges

Analisis natrium hidroksida menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi

6. Martina, Ribka.2015. Analisis Dinamika Molekuler Hasil Penambatan Molekuler

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Negeri Padang

Analisis 2D pada Molekul NaNO3

Formula kimia: Sifat kimia :

Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul NaNO3 dengan ChemBioDraw Ultra

Analisis 3D pada Molekul NaNO3

Optimasi Molekul NaNO3 menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

MM2 Calculation completed successfully

MM2 Calculation completed successfully

MM2 Calculation completed successfully

The total energy for this frame: -34.069 kcal/mol

Extanded Huckel Charges

Analisis asam nitrat menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi (Software)

Jurusan Kimia FMIPA Universitas Negeri Padang

Penelitian ini menggunakan pemodelan dengan menggunakan aplikasi (Software) Chem

HASIL DAN PEMBAHASAN

Analisis 2D pada Molekul C5H11NO2

Gambar 1. Analisis 2 D terhadap molekul C5H11NO2 dengan ChemBioDraw Ultra

Molekul C5H11NO2 dibuat dengan menggunakan Chemdraw Ultra diproyeksikan pada

Optimasi Molekul C5H11NO2 menggunakan Molecular Mechanic (MM2)

MM2 Calculation completed successfully

MM2 Calculation completed successfully

The total energy for this frame: 9.727 kcal/mol

Extended Huckel Charges

Anda mungkin juga menyukai