Nama : Ahvina Dwi Okta Firana

NIM : 180342618064

OFF I 2018

TASK 1

1. Cari MSDS dan fungsi dari masing-masing chemicals pada protocol isolasi DNA
Jawab :
a. Carlson lysis buffer : Carlson Lysis Buffer adalah buffer pemurnian DNA
menggunakan CTAB dan cocok untuk ekstraksi DNA jamur.
b. Bebas RNA dan DNAse/ Carlson buffer lysis digunakan untuk
mengsubsitusi fungsi dari Nitrogen cair. 
c. 2x CTAB (cetyltrimethylammonium bromide) extraction buffer : Ini adalah
salah satu komponen
dari cetrimide antiseptik topikal. [1] Kation cetrimonium
(hexadecyltrimethylammonium) adalah agen antiseptik yang
efektif melawan bakteri dan jamur. Ini juga salah satu
komponen utama dari beberapa buffer untuk ekstraksi
DNA. [2]Ini telah banyak digunakan dalam sintesis nanopartikel
emas ( misalnya , bola, batang, bipyramids), nanopartikel silika
mesopori ( misalnya , MCM-41), dan produk pengkondisi
rambut. Senyawa terkait erat cetrimonium
chloride dan cetrimonium stearate juga digunakan sebagai
antiseptik topikal dan dapat ditemukan di banyak produk rumah
tangga seperti sampo dan kosmetik. CTAB, karena biayanya
yang relatif tinggi, biasanya hanya digunakan pada kosmetik
tertentu.
d. Digestion buffer : digunakan untuk tujuan memecahkan sel
terbuka untuk digunakan dalam eksperimen biologi molekuler
yang menganalisis makromolekul labil sel (misalnya western
blot untuk protein, atau untuk ekstraksi DNA). 
e. Guanidinium iso thiocyanate (GITC) homogenization buffer:
Guanidinium thiocyanate atau guanidinium
isothiocyanate ( GITC ) adalah senyawa kimia yang digunakan
sebagai denaturant protein umum, menjadi agen chaotropic ,
 meskipun paling sering digunakan sebagai pelindung asam
nukleat dalam ekstraksi DNA dan RNA dari sel. GITC juga dapat
dikenali sebagai guanidine tiosianat. Ini karena guanidinium
adalah asam konjugat dari guanidin dan disebut kation
guanidinium , [CH 6 N 3 ] + . Guanidinium tiosianat juga
digunakan untuk melisiskan sel dan partikel virus dalam
ekstraksi RNA dan DNA, di mana fungsinya, di samping aksi
lisnya, adalah untuk mencegah aktivitas enzim RNase dan enzim
DNase dengan mendenaturasikannya. Enzim-enzim ini jika tidak
akan merusak ekstrak.
f. Ethidium Bromide -Cesium Chloride - Gradient Centrifugation : Etidium
bromida (EtBr) adalah pewarna
interkalator. Fluoresensi EtBr akan lebih menonjolkan rantai ganda DNA sehingga
dapat
digunakan untuk mendeteksi produk rantai ganda setelah isolasi DNA. Ukuran
marker dan
kontrol hasil isolasi DNA organisme lain dapat dielektroforesis dalam sumuran
berdekatan
dengan amplikon untuk dapat mendeterminasi ukuran amplikon secara akurat. .
Ethidium bromide biasanya digunakan untuk mendeteksiasam
nukleat di laboratorium biologi molekuler. Dalam
kasus DNA, ini biasanya DNA untai ganda
dari PCR ,pencernaan restriksi , dll. RNA untai tunggal juga
dapat dideteksi, karena biasanya dilipat kembali ke dirinya
sendiri dan dengan demikian menyediakan pasangan
basa lokal untuk pewarna untuk diselingi. Deteksi biasanya
melibatkan gel yang mengandung asam nukleat yang
diletakkan di atas atau di bawah lampu ultraviolet.Karena sinar
ultraviolet berbahaya bagi mata dan kulit, gel yang diwarnai
dengan etidium bromida biasanya dilihat secara tidak langsung
menggunakan kamera tertutup, dengan
gambar fluoresens direkam sebagai foto. 
2. Cari metode dan protocol isolasi DNA selain contoh yang diberikan.
Jawab :
3. Jelaskan masing-masing perbedaan dan keunggulan protocol
TASK 2

4. Jelaskan masing-masing perbedaan dan keunggulan protocol RNA isolation ‘

TASK 3

5. Cari perbedaan dan keunggulan masing-masing dari TaqMan dan SYBR green pada
qRT PCR
Jawab : SYBR Green akan berfluoresensi ketika berikatan
dengan seluruh double-stranded DNA (dsDNA). Sinyal fluoresens SYBR Green
saat berikatan dengan dsDNA direkam setiap siklus sehingga menunjukkan banyak
produk yang teramplifikasi selama reaksi berlangsung (Bustin, 2000). Semakin
banyak template pada awal reaksi, maka semakin sedikit siklus amplifikasi yang
dibutuhkan untuk mencapai titik saat sinyal fluoresens SYBR Green terdeteksi lebih
tinggi dari ambang batas (threshold) fluoresens yang ditentukan (Bustin, 2000;
Nolan
et al., 2006; Wong & Medrano, 2005).

Keuntungan dari SYBR® green I adalah mengukur intensitas fluoresen secara proporsional
sesuai dengan produk PCR yang dihasilkan. Sedangkan kekurangannya adalah SYBR® green I
yang merupakan label fluoresen yang tidak spesifik sehingga dapat menghasilkan sinyal
pengujian false-positive karena terjadinya primer-dimer atau terbentuknya produk yang tidak
spesifik oleh karena itu setiap pengujian, penting dilakukannya penganalisisan formasi dari kurva
pelelehan (melting curve) SYBR® green I merupakan label fluoresen yang efektif dari segi biaya jika
dibandingkan
dengan komponen label kimia lainnya dan juga mudah digunakan. Penentuan konsentrasi primer
yang tepat/optimum dapat dengan mudah dicapai dengan menggunakan SYBR® green I sebagai
bahan fluoresen dibandingkan dengan menggunakan bahan yang lainnya seperti TaqMan dan
Molecular Beacon. SYBR® green I dapat
berikatan dengan DNA utas ganda pada suhu 55oC, namun pada suhu suhu 95oC SYBR® green I
akan terdisosiasi/terlepas dari DNA utas ganda.

taqman : Penggunaan berbasiskan probe merupakan pendeteksian yang lebih spesifik karena jenis
fluoresen tersebut menggunakan pemeriksaan/penyelidikan internal disamping penggunaan
sepasang primer yang digunakan untuk mengamplifikasi daerah tertentu. Penggunaan probe lebih
mahal dan perlu dilakukannya perancangan sekuen nukleotida agar sekuen pada probe tersebut
sesuai dengan sekuen pada gen target. TaqMan karena mempunyai sensitivitas dan spesifisitas
yang sangat tinggi. Akhir-akhir ini, metode qRT-PCR
TaqMan diterapkan lebih spesifik untuk deteksi
terhadap gen HA, NA dan kuantitas RNA virus AI
H5N1 (Agüero et al. 2007). Hoffmann et al. (2007)
mengembangkan qRT-PCR dengan probe yang dilabel
6-carboxyfluorescein/FAM (FliH5 CS-FAM) yang
spesifik terhadap cleavage site HA0 virus HPAI H5N1
dan melaporkan bahwa probe TaqMan yang spesifik
terhadap keberadaan cleavage site HA0 yang
digunakan dalam rRT-PCR sangat berguna dan lebih
sensitif untuk penentuan patotipe strain HPAI H5N1
dibandingkan dengan probe SYBR
TASK 4

6. Cari satu artikel ilmiah internasional yang mana di dalamnya menggunakan teknik
isolasi DNA/RNA, PCR, dan elektroforesis.

Kemudian saudara meringkas dengan singkat penelitian tersebut

• Bagaimana dan tentang apa penelitian tersebut?

• Tujuannya apa?

• Metode penelitian yang digunakan (DNA/RNA, PCR, dan elektroforesis),

• Hasil dan kesimpulannya bagaimana?