Sifat target obat

Berapa banyak target obat potensial yang ada dalam genom manusia? Ini adalah pertanyaan penting
yang sering diajukan oleh industri farmasi karena mereka dihadapkan dengan tugas mengembangkan
terapi baru untuk masa depan. Ketika rancangan urutan genom manusia selesai pada tahun 2001,
diperkirakan mengandung sekitar 31.000 gen penyandi protein. Namun sejak selesai, jumlah gen
pengkode protein manusia telah terus direvisi dengan perkiraan saat ini berkisar antara 20.000 dan
25.000. Dari jumlah tersebut diperkirakan sekitar 3000 adalah target obat protein yang layak. Pada
tahun 2005 dihitung bahwa sekitar 100 target obat memperhitungkan semua obat resep. Atas dasar ini
jelas ada ruang lingkup yang cukup besar untuk pengembangan dan penemuan target obat baru untuk
mengobati penyakit. Saat ini target obat klasik termasuk GPCR (Bab 3), saluran ion (Bab 4), reseptor
nuklir (Bab 8), transporter (Bab 5) dan enzim. Target-target obat klasik yang penting ini, sementara
secara singkat dibahas dalam Pendahuluan ini, secara luas dibahas dalam bab-bab selanjutnya. Distribusi
target obat yang dinyatakan sebagai persentase dari total produk yang disetujui oleh Food and Drug
Administration (FDA; agensi di AS yang bertanggung jawab untuk menyetujui obat untuk penggunaan
terapeutik) diilustrasikan dalam Gambar 1.3.

G-protein coupled receptor (GPCRs)

GPCRs mewakili keluarga tunggal terbesar dari target obat farmasi terhitung sekitar 30% dari pasar saat
ini. Fungsi utama mereka adalah untuk mendeteksi sinyal seluler ekstra dan melalui aktivasi G-protein
heterotrimeric memicu kaskade transduksi sinyal intraseluler yang mempromosikan respons seluler
(Gambar1.4) . Sementara bagian mereka dari keseluruhan pasar obat-obatan kemungkinan akan jatuh di
masa depan mereka masih mewakili target 'panas' untuk program penemuan obat. GPCR ditargetkan
secara konvensional dengan menggunakan molekul kecil (biasanya kurang dari 500 Da) yang
diklasifikasikan sebagai agonis (pengaktif reseptor) atau antagonis (menghambat fungsi reseptor dengan
menghalangi efek agonis). Beberapa contoh utama obat yang menargetkan GPCR tercantum pada Tabel
1.1. Bab 3 akan menjelaskan secara rinci banyak perkembangan terbaru dalam struktur, fungsi,
farmakologi dan transduksi sinyal GPCR termasuk dimerisasi GPCR. Banyak dari kemajuan menarik ini
telah mengungkapkan pendekatan farmasi baru untuk menargetkan GPCRs seperti agonis terbalik,
modulator alosterik, agonis bias dan ligan bivalen yang menargetkan heterodimer GPCR. Sejak
selesainya proyek genom manusia, telah muncul bahwa jumlah total GPCR manusia mungkin setinggi
865, yang akan mencapai sekitar 3,4% dari total gen pengkode protein yang diprediksi (dengan asumsi
total 25.000). Bagi banyak GPCR yang dikloning, ligan endogen tidak diketahui (disebut GPCR 'yatim
piatu) dan identifikasi ligan reseptor anak yatim ini adalah fokus program penemuan obat dalam industri
farmasi. Proses de-orphanisation GPCR dibahas dalam Bab 2. Dalam Bab 11 konsep bahwa GPCR
berinteraksi dengan sejumlah protein aksesori yang penting dalam memodulasi banyak aspek dalam
kehidupan GPCR termasuk pembentukan kompleks pensinyalan akan dieksplorasi. Memang,
menargetkan kompleks pensinyalan GPCR dengan obat-obatan yang mengganggu interaksi
proteinprotein adalah jalan lain yang menarik untuk pengembangan obat di masa depan tidak hanya di
bidang GPCR tetapi juga di bidang lain dari transduksi sinyal.
Saluran ion

Saluran ion mewakili target obat yang penting karena mereka terlibat dalam mengatur berbagai proses
fisiologis mendasar. Memang, saat ini mereka adalah kelas target obat terbesar kedua setelah GPCR.
Mereka mengoperasikan transportasi ion yang cepat melintasi membran (turun gradien elektrokimia
mereka) dan dengan demikian memicu hiperpolarisasi atau depolarisasi plasma dan organel. Mereka
juga merupakan target obat potensial untuk pengobatan kelainan herediter monogenik langka yang
disebabkan oleh mutasi pada gen yang menyandikan subunit saluran ion. Kondisi seperti itu yang
disebut ‘channelopathies ion’ meliputi mutasi pada saluran natrium, klorida dan kalsium yang
menyebabkan perubahan rangsangan otot rangka. Pemahaman tentang keragaman dan kompleksitas
saluran ion meningkat secara signifikan setelah selesainya proyek genom manusia yang mengidentifikasi
lebih dari 400 gen yang mengkode subunit saluran ion. Mengingat jumlah gen ini, telah disarankan
bahwa saluran ion dapat menyaingi GPCR sebagai target obat di masa depan (Jiang et al., 2008).
Perkembangan besar lainnya termasuk resolusi 3D pertama struktur saluran ion oleh kristalografi sinar-
X, yang dilaporkan untuk saluran kalium berpagar tegangan pada tahun 2003 (MacKinnon et al., 2003).
Terlepas dari kemajuan penting dalam pemahaman keragaman dan struktur saluran ion ini, sangat
sedikit obat saluran ion baru yang mencapai pasar selama dekade terakhir. Beberapa contoh utama
saluran ion sebagai target obat ditunjukkan pada Tabel 1.2.

Saluran ion diklasifikasikan secara luas menjadi dua kelompok utama (Gambar 1.5). Pertama ada saluran
ion ligand-gated atau reseptor ionotropik yang terbuka ketika diaktifkan oleh agonis yang mengikat ke
subunit saluran ion tertentu. Contoh-contoh dari kelas ini termasuk reseptor nikotinik asetilkolin,
reseptor GABAA, glikinereceptor, reseptor 5-HT3, reseptor ionutropik glutamat, dan saluran gated ATP.
Kelompok kedua yang mencakup saluran ion yang dioperasikan tegangan atau dioperasikan tegangan
dibuka oleh mekanisme lain termasuk perubahan potensial membran plasma. Contohnya termasuk
saluran Ca2 +, Na +, dan K + yang terjaga tegangannya. Struktur molekul dan klasifikasi saluran ion
bersama dengan penggunaannya sebagai target obat akan dieksplorasi secara rinci dalam Bab 4.

Reseptor nuklir

Reseptor nuklir adalah keluarga besar faktor transkripsi yang memainkan peran penting dalam fungsi
endokrin. Berbeda dengan keluarga lain dari faktor transkripsi aktivitas reseptor nuklir (seperti
namanya) secara spesifik diatur oleh pengikatan ligan (Gambar1.6). Beberapa jenis molekul, yang
kemungkinan kecil mengandung glofil, termasuk hormon steroid (glukokortikoid, mineralokortikoid,
androgen, estrogen dan progestogen). ), hormon tiroid (T3 dan T4), vitamin D dan A yang larut dalam
lemak (asam retinoat) dan berbagai turunan asam lemak. Sejak selesainya proyek sekuensing genom
manusia, 48 anggota keluarga reseptor nuklir manusia telah diidentifikasi. Namun, bagi banyak reseptor
nuklir, identitas ligan tidak diketahui. Reseptor nuklir 'yatim piatu' ini sangat menarik bagi industri
farmasi karena dapat mengarah pada penemuan sistem endokrin baru dengan potensi penggunaan
terapeutik. Sementara jumlah total reseptor nuklir kecil dibandingkan dengan GPCRs mereka adalah
target sekitar 13% dari semua obat yang diresepkan. Sebagai contoh, peradangan kronis yang terkait
dengan asma dapat ditekan oleh glukokortikoid yang dihembuskan dan kanker payudara yang peka
terhadap estrogen merespons pengobatan dengan antagonis reseptor estrogen tamoxifen. Struktur,
klasifikasi, mekanisme transduksi sinyal dan penggunaan terapeutik obat penargetan reseptor nuklir
akan dieksplorasi secara rinci dalam Bab 8.

Transporter neurotransmitter

Konsentrasi beberapa neurotransmitter dalam celah sinaptik diatur dengan ketat oleh protein
transporter yang terikat membran plasma spesifik. Transporter ini, yang termasuk keluarga transporter
zat terlarut (SLC), memfasilitasi pergerakan neurotransmitter baik kembali ke neuron pra-sinaptik atau
insome kasus ke sel glial sekitarnya. Ada dua subkelas utama dari transporter neurotransmitter terikat
membran plasma: SLC1 keluarga yang mengangkut glutamat dan keluarga SLC6 yang lebih besar yang
mengangkut dopamin, 5-HT, noradrenalin, GABA, dan glisin (Gambar 1.7). Keluarga SLC1 dan SLC6
memfasilitasi pergerakan neurotransmitter melintasi membran plasma dengan transportasi aktif
sekunder menggunakan konsentrasi ion Na + ekstraseluler sebagai kekuatan pendorong. Seperti yang
diharapkan obat-obatan yang menargetkan transporter neurotransmitter memiliki berbagai aplikasi
terapi seperti pengobatan untuk depresi, kecemasan dan epilepsi. Memang, transporter
neurotransmitter adalah target untuk sekitar sepertiga dari semua obat psikoaktif (lihat Tabel 1.3).
Struktur molekul dan klasifikasi transporter neurotransmitter dan nilainya sebagai target obat saat ini
dan masa depan yang penting akan dibahas secara rinci di Bab5.

Saat ini lebih dari 50% obat hanya menargetkan empat keluarga gen utama, yaitu GPCR, reseptor nuklir,
saluran ion ligand-gated dan saluran ion gated-tegangan (Gambar 1.3). Sangat mungkin bahwa pangsa
pasar dari target obat klasik ini akan menyusut ketika target dan pendekatan obat baru dikembangkan di
masa depan.

Protein kinase

Diperkirakan protein kinase (dan lipid kinase), salah satu keluarga gen terbesar dalam eukariota, akan
menjadi target obat utama abad ke-20. Fosforilasi protein bersifat reversibel dan merupakan salah satu
cara paling umum dari fungsi protein pemodifikasi pasca-translasi. Ini mengatur banyak fungsi selular
termasuk proliferasi sel, kematian sel, kelangsungan hidup sel, perkembangan siklus sel, dan diferensiasi
sel. Enzim yang mengkatalisis fosforilasi protein dikenal sebagai protein kinase, sedangkan enzim yang
melakukan reaksi defosforilasi terbalik disebut sebagai fosfatase (Gambar 1.8a). Genom manusia
mengkode 518 protein kinase dan sekitar 20 kinase lipid. Situs utama fosforilasi protein adalah gugus
hidroksil (−OH) dalam rantai samping serin asam amino, treonin, dan tirosin (Gambar 1.8b). Ketikafosfat
dikelompokanuntukmenghasilkan protein negatif yang kuat yang dapat mengubah konformasi protein
dan dengan demikian berfungsi.

Enzim

Enzim adalah target obat untuk sekitar 50% dari semua obat yang diresepkan. Beberapa contoh utama
tercantum dalam Tabel 1.4. Akan tetapi, karena sifatnya yang beragam, mereka tidak akan menjadi
fokus bab khusus dalam buku ini. Penting juga untuk diingat bahwa banyak obat yang diresepkan
menargetkan enzim bakteri dan virus untuk pengobatan penyakit menular dan HIV. Juga banyak enzim,
walaupun bukan target obat langsung, memainkan peran penting dalam metabolisme obat misalnya
enzim sitokrom P450. Protein kinase diklasifikasikan menurut asam amino yang mereka fosforilasi dan
dikelompokkan menjadi dua jenis utama: serin / treonin kinase dan tirosin kinase. Dalam kedua kasus
ATP memasok kelompok fosfat dengan kelompok fosforil ketiga (γ; gamma fosfat) yang ditransfer ke
kelompok hidroksil dari asam amino akseptor. Contoh-contoh dari serin / treonin kinase termasuk
protein kinase A (PKA; diaktifkan oleh AMP siklik messenger kedua) dan protein kinase C (PKC; diaktifkan
oleh messenger kedua diacylglycerol). Contoh dari tirosin kinase termasuk reseptor terkait tirosin kinase
untuk insulin dan faktor pertumbuhan epidermal dan tirosin kinase non-reseptor seperti Src dan JAK
(Janus-related kinase). Mengingat peran penting fosforilasi protein dalam mengatur banyak aspek
fisiologi sel, tidak mengherankan bahwa disfungsi dalam kontrol pensinyalan protein kinase dikaitkan
dengan penyakit utama seperti kanker, diabetes dan rheumatoid arthritis. Perubahan-perubahan dalam
protein kinase dan dalam beberapa kasus fungsi lipid kinase timbul dari aktivitas berlebihan baik karena
mutasi genetik atau ekspresi protein yang berlebihan. Diperkirakan bahwa hingga 30% dari semua target
protein yang saat ini diselidiki oleh industri farmasi adalah protein atau lipid kinase. Memang, ada
sekitar 150 protein kinase inhibitor dalam berbagai tahap perkembangan klinis, beberapa di antaranya
sangat terang dalam Tabel 1.5. Sementara protein kinase adalah target obat manusia baru yang penting,
mereka juga terdapat pada bakteri dan virus dan dengan demikian mewakili target potensial untuk
infeksi. pengobatan penyakit. Sejak diluncurkannya imatinib pada tahun 2001, beberapa penghambat
protein kinase molekul kecil lainnya telah berhasil masuk ke pasar sebagai pengobatan anti kanker baru
(Tabel 1.6). Sebagian besar obat ini adalah inhibitor tirosin kinase dan dalam beberapa kasus berfungsi
sebagai inhibitor multi-kinase (mis. Sunitinib) yang menargetkan PDGFR (proliferasi) dan respons
pensinyalan yang bergantung pada VEGFR (angiogenesis). Antibodi monoklonal juga digunakan untuk
memblokir peningkatan aktivitas reseptor terkait tirosin kinase yang berhubungan dengan berbagai
bentuk kanker dan ini akan dibahas pada Bab 12.

Pendekatan yang berguna untuk menilai potensi terapi dari target obat baru adalah jumlah paten yang
disetujui untuk setiap target (Zheng et al., 2006). Tingkat paten memberikan indikasi tingkat minat pada
target tertentu dan karenanya kemungkinan obat yang berhasil dikembangkan. Target masa depan
dengan sejumlah besar paten yang berbasis di AS termasuk matrix metalloproteinases (MMPs) sebagai
target untuk pengobatan kanker. MMP adalah protease yang memecah matriks ekstraseluler sehingga
memfasilitasi sel kanker dalam vasion dan metastasis. Target lainnya termasuk fosfat diesterase 4
(PDE4), caspases dan reseptor integrin. Hanya waktu yang akan membuktikan apakah salah satu dari
target baru ini menghasilkan pengembangan terapi yang efektif. Untuk membaca lebih lanjut tentang
identifikasi dan karakteristik target obat di masa depan, lihat ulasan oleh Zheng et al. (2006).

Terapi oligonukleotida

Selain pengembangan obat-obatan berbasis molekul kecil ada beberapa pendekatan lain untuk
mengobati penyakit manusia termasuk prospek menarik oligonukleotida terapeutik (anti-sense dan RNA
yang diintegrasikan berdasarkan) sebagai alat untuk pembungkaman gen dan pencarian berkelanjutan
untuk teknik berbasis genetherapi. Molekul ini strategi berbasis biologi untuk memerangi penyakit
manusia akan dibahas nanti dalam Bab 8. Kelas baru obat lain adalah oligonukleotida untai tunggal
pendek (berbasis DNA atau RNA) yang telah direkayasa secara selektif untuk menargetkan protein
intraseluler spesifik (Dausse et al., 2009) . Oligonukleotida yang melipat menjadi struktur tiga dimensi
yang didefinisikan ini dikenal sebagai aptamers atau 'antibodi kimia'. Mereka dihasilkan dan berulang
kali dipilih melalui metode yang dikenal sebagai SELEX (Systematic Evolution of Ligands oleh Exponential
Enrichment). Pada dasarnya proses dimulai dengan sintesis perpustakaan oligonukleotida besar, yang
mengandung urutan acak panjang tetap, yang disaring untuk mengikat protein target biasanya dengan
kromatografi afinitas. Yang mengikat berulang-ulang dipilih menggunakan kondisi elusi yang ketat yang
pada akhirnya menghasilkan identifikasi urutan pengikatan yang paling ketat. Urutan afinitas tinggi ini
dapat dimodifikasi secara kimia untuk meningkatkan afinitas dan efektivitasnya sebagai oligonukleotida
terapeutik potensial. Obat berbasis aptamer pertama yang disetujui oleh US Food and Drug
Administration (FDA) menargetkan VEGFR dan digunakan untuk mengobati degenerasi makula terkait
usia. Beberapa oligonukleotida aptamer lainnya juga menjalani uji klinis.

Farmakologi molekuler dan penemuan obat

Proses penemuan obat seiring dan proses mahal dengan obat baru yang memakan waktu hingga 12
tahun untuk mencapai klinik. Banyak teknik berbasis farmakologi molekuler baru memainkan peran
penting dalam proses penemuan dan pengembangan obat. Masalah yang dihadapi oleh banyak
perusahaan farmasi adalah tugas besar menyaring perpustakaan kimia mereka yang luas (dalam
beberapa kasus ini dapat melebihi satu juta senyawa) terhadap peningkatan jumlah target obat yang
mungkin. Perkembangan, pada awal 1990-an, teknologi skrining throughput tinggi (HTS) menggunakan
pelat mikrotiter 96-baik memungkinkan proses penyaringan obat menjadi miniatur dan otomatis.
Menggunakan metodologi seperti itu menjadi mungkin untuk menyaring hingga 10.000 senyawa per
hari. Namun selama dekade terakhir, pelat mikrotiter 384-well dan yang baru-baru ini dikembangkan
berbasis-mikrotiter 1536-well yang memungkinkan penyaringan hingga 200.000 senyawa per hari
(penyaringan throughput sangat-tinggi). Karena penyaringan perpustakaan kimia besar mahal beberapa
strategi alternatif untuk meningkatkan peluang keberhasilan telah diperkenalkan dalam beberapa tahun
terakhir. Salah satu pendekatan tersebut adalah pengenalan skrining berbasis fragmen (FBS) atau
penemuan timah berbasis fragmen (FBLD). Ini melibatkan penyaringan target biologis dengan
perpustakaan kecil fragmen kimia (berat molekul sekitar 200 Da) dengan tujuan mengidentifikasi
perancah atau 'tulang punggung kimia' yang dapat dikembangkan menjadi senyawa timbal. Pendekatan
ini juga dapat dikombinasikan dengan pendekatan 'skrining virtual' berbasis komputer. Misalnya skrining
virtual terstruktur melibatkan penggunaan struktur protein 3D, banyak di antaranya sekarang tersedia
secara luas melalui database publik, untuk menilai apakah ligan dapat berinteraksi atau berlabuh
dengan protein yang diminati. Hal ini dapat dihubungkan dengan skrining virtual berbasis ligan yang
dalam skrining skrining silico dari perpustakaan kimia untuk senyawa yang menampilkan fitur struktural
serupa yang terkait dengan pengikatan ligan dengan target. Seperti ditunjukkan di atas skrining virtual
berbasis struktur bergantung pada ketersediaan struktur 3D yang akurat dari target obat. Disiplin biologi
struktural menggunakan berbagai teknik biofisik termasuk kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan
mikroskopi elektron untuk menentukan struktur protein. Yang terakhir adalah teknik yang muncul yang
dapat digunakan untuk menentukan struktur 3D kompleks molekul makro yang terlalu besar untuk
dipelajari menggunakan kristalografi sinar-X dan / atau spektroskopi NMR. Sejauh ini di bagian ini kami
telah secara singkat membahas beberapa teknik yang akan datang dan dapat digunakan untuk
menginterogasi struktur target obat dan menyaring target obat untuk senyawa timbal. Ada juga
dorongan terhadap pengembangan novel berbasis sel dan model berbasis hewan yang lebih mewakili
fisiologi manusia dan karenanya lebih cocok untuk skrining obat. Misalnya, mikroarray sel 'organotipik'
3D saat ini sedang dikembangkan yang akan memungkinkan skrining obat dalam suatu sistem yang
dekat dengan lingkungan sel in vivo. Singkatnya, kami menyaksikan saat-saat yang menyenangkan dalam
proses penemuan obat dengan pengembangan berkelanjutan dalam metode berbasis silico dan
nanoteknologi dan pengenalan model skrining berbasis sel baru. Pernahkah ada waktu yang lebih baik
untuk menjadi seorang farmakologis molekuler? Representasi aschematic dari proses penemuan obat
ditunjukkan pada Gambar 1.9.