BAB I

PENDAHULUAN
 
A. Latar Belakang
Dalam sejarah kehidupan, mikroorganisme telah banyak sekali memberikan peran
sebagai bukti keberadaannya. Mulai dari pembentukan minyak bumi didasar-dasar samudra
sampai proses pembuatan tempe, semuanya merupakan pekerjaan mikroorganisme. Bukan Cuma
itu, sekarang mikroorganisme telah digunakan dalam pembuatan antibiotika, berbagai bahan
makanan, sampai pada teknik rekayasa genetika modern. Begitu banyak dan dominannya
peranan mikroorganisme dalam kehidupan ini menjadi salah satu unsur dalam cakupan
mikrobiologi. Dengan semakin majunya teknologi mikroskop, semakin
mendukung perkembangan mikrobiologi, sehingga pembahasan tentang ilmu ini semakin luas
dan mendalam. Bahkan mikrobiologi telah dibagi menjadi beberapa cabang,seperti mikrobiologi pertanian,
mikrobiologi kedokteran/medis, mikrobiologi lingkungan dan lain-lain. Pembagian ini bertujuan
untuk mengakomodir  perkembangan Mikrobiologi yang pesat dan besarnya peranan serta
mungkin dampak dari mikroorganime di dalam kehidupan.Mikrobiologi dalam kehidupan telah
diterapkan di banyak sekali sektor kehidupan, yang paling mashur adalah di bidang pangan,
pembuatan tempe, bir, tape, keju dan lain-lain. Di bidang kedokteran telah banyak dihasilkan
berbagai jenis serum dan antibiotika dari mikrobia. Di bidang lingkungan mikroba telah menjadi
bahasan penting, dan banyak lagi di bidang-bidang lainnya.
Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis.
Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan
sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri.
Dalam sel inang, virus merupakan parasit obligat dan di luar inangnya menjadi tak berdaya.
Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak
kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid,
glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus menyandi baik protein yang digunakan
untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya. Istilah
virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme
multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofag atau fag
digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain

1|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

yang tidak berinti sel).
Virus sering diperdebatkan statusnya sebagai makhluk hidup karena ia tidak dapat
menjalankan fungsi biologisnya secara bebas. Karena karakteristik khasnya ini virus selalu
terasosiasi dengan penyakit tertentu, baik pada manusia (misalnya virus influenza dan HIV),
hewan (misalnya virus flu burung), atau tanaman (misalnya virus mosaik tembakau/TMV).
Bakteri, berasal dari kata Latin, bacterium (jamak, bacteria); merupakan kelompok
raksasa dari organisme hidup. Bakteri memiliki ukuran yang  sangat kecil (mikroskopis) dan
kebanyakan uniselular (bersel tunggal), dengan struktur sel yang relatif sederhana tanpa
nukleus / inti sel, sitoskeleton, dan organel lain seperti mitokondria dan kloroplas.
Bakteri adalah organisme yang paling berkelimpahan dari semua organisme. Bakteri 
tersebar (berada di mana-mana) di tanah, air, dan sebagai simbiosis dari organisme lain. Banyak
bakteri yang bersifat patogen. Bakteri  biasanya hanya berukuran 0,5-5 μm. Bakteri  umumnya
memiliki dinding sel, seperti sel hewan dan jamur, tetapi dengan komposisi sangat berbeda.
Banyak yang bergerak menggunakan flagella, yang berbeda dalam strukturnya dari flagella
kelompok lain.
B. Rumusan Masalah

1. Bagaimana karakteristik Taura Syndrome Virus (TSV)?

2. Bagaimana karakteristik bakteri merugikan Vibrio Cholerae dan Vibrio
Parahaemolyticus?
3. Bagaimana karakteristik bakteri menguntungkan Thiobacillus Ferrooxidans?

C. Tujuan

1. Mengetahui karakteristik Taura Syndrome Virus (TSV)?

2. Mengetahui karakteristik bakteri merugikan Vibrio Cholerae dan Vibrio
Parahaemolyticus?
3. Mengetahui karakteristik bakteri menguntungkan Thiobacillus Ferrooxidans?

2|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

 BAB II
PEMBAHASAN
A. Karakteristik Taura Syndrome Virus
Sindrom Taura adalah salah satu penyakit yang lebih dahsyat
mempengaruhi udang budidaya industri di seluruh dunia. Syndrome Taura (TS) pertama
kali dijelaskan di Ekuador selama musim panas 1992. Pada bulan
Maret 1993, kembali sebagai epidemi utama dan menjadi obyek liputan media yang
ekstensif. Studi retrospektif telah menyarankan kasus sindrom Taura mungkin
terjadi pada tambak udang di Kolombia tahun 1990 dan virus itu sudah hadir di
Ekuador pada pertengahan 1991. Antara 1992 dan 1997 penyakit ini menyebar ke seluruh
wilayah utama Amerika.
1. Klasifikasi dan Ukuran Taura Syndrome Virus
Taura Syndrome Virus termasuk Group IV ( (+) ssRNA ), Order Picornavirales,
Family Dicistroviridae, Genus Aparavirus, Spesies Taura Syndrome Virus.
TSV adalah 32 nm partikel yang tidak memiliki amplop dengan icosahedral
morfologi dan kerapatan apung dari 1.338g / ml.Genom adalah untai tunggal positif-rasa
dan memiliki 10.205 nukleotida (tidak termasuk 3 ‘poli A- ekor). The kapsid terdiri dari
tiga protein utama:. CP1 (40 kDa), CP2 (55 kDa) dan CP3 (24 kDa) bersama protein
kecil dari 58 kDa.
2. Patologi dan penyakit siklus
Dalam situasi pertanian, TS sering menyebabkan kematian yang tinggi selama 15
sampai 40 hari tebar menjadi tambak udang. Perjalanan infeksi mungkin akut (5-20 hari)
untuk kronis (lebih dari 120 hari) pada kolam dan tingkat petani. Penyakit ini memiliki
tiga tahap yang berbeda yang terkadang tumpang tindih: akut, transisi dan kronis.Siklus
penyakit telah ditandai secara rinci dalam P. vannamei.Setelah infeksi awal, fase akut
berkembang. Tanda-tanda klinis dapat terjadi sedini 7 jam setelah infeksi pada beberapa
individu dan berlangsung selama sekitar 4-7 hari. Terinfeksi udang tampilan anoreksia,
lesu dan perilaku berenang menentu. Mereka juga kekeruhan kini ekor otot, kutikula
lembut dan, di alami infeksi, ekor merah akibat perluasan chromatophores
merah. Kematian selama fase ini dapat setinggi 95%.Fase akut ditandai histologi oleh
daerah multifokal dari pyknosis nuklir / karyorrhexis dan berbagai badan inklusi

3|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

 sitoplasma di epitel kutikula dan subkutis dari permukaan tubuh secara umum, semua
pelengkap, insang, hindgut, kerongkongan dan perut. The pyknosis dan karyorrhexis
memberikan "gotri" penampilan ke jaringan dan dianggap patognomonik untuk penyakit
ini. Pada infeksi parah antennal kelenjar epitel tubulus, jaringan hematopoietik dan testis
juga terpengaruh. Hal ini terjadi terutama pada infeksi parah setelah injeksi partikel virus
dan belum dilaporkan dari terinfeksi secara alami P. vannamei. Udang yang bertahan
tahap akut memasuki tahap transisi.Udang dalam fase transisi menunjukkan
didistribusikan secara acak, melanized (kecoklatan / hitam) lesi dalam dari kulit ari yang
cepahlothorax dan daerah ekor

B. karakteristik bakteri merugikan Vibrio Cholerae dan Vibrio Parahaemolyticus

1. Vibrio Cholerae

Vibrio cholerae merupakan bakteri gram negatif, berbentuk basil (batang) dan bersifat motil
(dapat bergerak), memiliki struktur antogenik dari antigen flagelar H dan antigen somatik O,
gamma-proteobacteria, mesofilik dan kemoorganotrof, berhabitat alami di lingkungan akuatik
dan umumnya berasosiasi dengan eukariot.

Kingdom Bacteria , Filum Proteobacteria , kelas gamma proteobacteria , ordo

fibrionales ,familie fibrionaceae ,genus ibrionae ,spesies V cholerae

 Spesies Vibrio kerap dikaitkan dengan sifat patogenisitasnya pada manusia,

terutama V. cholerae penyebab penyakit kolera di negara berkembang yang memiliki
keterbatasan akan air bersih dan memiliki sanitasi yang buruk.

V. cholerae ditemukan pertama kali oleh ahli anatomi dari Italia bernama Filippo

Pacini pada tahun 1854. Namun, penemuan awal ini baru dikenal luas setelah Robert Koch,
yang mempelajari penyakit kolera di Mesir, pada tahun 1883 berhasil membuktikan bahwa
bakteri tersebut adalah penyebab kolera.

Bakteri Vibrio yang merupakan etiologi dari penyakit kolera adalah bakteri gram

negatif berbentuk batang bengkok seperti koma (comma shaped), Koch menamakannya
“komma bacillus” tapi bila biakan diperpanjang, kuman ini bisa menjadi batang yang lurus. 

4|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

 V. cholerae memiliki satu flagella polar yang halus (monotrikh) di salah satu kutubnya
sehingga memiliki motilitas yang tinggi.

2. Vibrio Parahaemolyticus
Vibrio parahaemolyticus adalah bakteri laut yang bersifat halofil (habitatnya ada pada
lingkungan dengan kondisi garam yang tinggi).
Kingdom bakteri,filum proteobacteria , kelas Gamma Proteobacteria , ordo
vibrionales ,famili fibrionaceae ,genus vibrio ,spesies V parahaemolyticus.
Bakteri ini pertama kali diisolasi dari Shirasu, sarden muda yang dikeringkan kurang
sempurna, karena terjadi wabah keracunan makanan di Jepang pada tahun 1950. Setelah
penelitian lebih lanjut, ditemukan bahwa hampir setengah kasus keracunan makanan hingga
timbul penyakit gastroenteritis yang terjadi di Jepang merupakan akibat dari bakteri ini. Hal
ini dipengaruhi pola konsumsi dan budaya masyarakat Jepang yang terbiasa untuk
mengonsumsi hidangan laut dalam keadaan mentah atau setengah matang, sehingga bakteri
ini masih dapat tumbuh. Bakteri ini sangat banyak ditemukan di perairan Jepang pada
musim panas. Kasus keracunan makanan lainnya dilaporkan berasal dari luar Jepang pada
tahun 1971 di Pantai Timur wilayah Amerika Serikat. Kasus bakteri patogen untuk makanan
laut mulai terungkap dan diketahui penyebabnya adalah bakteri ini.
Bakteri ini dapat diisolasi dari perairan dekat pesisir dengan suhu di atas 15 °C.
Organisme ini dapat dideteksi pada sedimen dengan suhu di bawah 15 °C. Bakteri ini
berasosiasi dengan zooplankton yang akan naik ke permukaan pada suhu hangat. Sebagian
besar strain bakteri ini menunjukkan aktivitas hemolisis tipe β bila ditumbuhkan pada agar
darah khusus, yaituWagatsuma agar
Bakteri Vibrio parahaemolyticus (Vp) merupakan bakteri gram negatif, halofilik,
bersifat motil atau bergerak, berbentuk bengkok atau koma, menghasilkan energi untuk
pertumbuhan dengan oksidasi, fakultatif anaerob dan mempunyai flagelum kutub tunggal
dan tidak dapat membentuk spora serta bersifat zoonosis ( Austin 2010).  Perubahan bentuk
morfologi Vp dapat terjadi dengan perlakuan suhu dingin dan kondisi lingkungan yang tidak
menunjang(Chen et al 2009).
Bakteri Vp hidup pada sekitar muara sungai (brackish water atauestuaries), pantai
(coastal waters) tetapi tidak hidup pada laut dalam (open sea). Bakteri Vp terutama hidup di
perairan Asia Timur.  Bakteri ini tumbuh pada air laut dengan kadar NaCl optimum

5|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

 3%,  ( berkembang baik pada kadar NaCl 0,5% - 8 %)  pada kisaran suhu 5 -  43 OC, pH 4,8
–11 dan water activity (aw) 0,94- 0,99.   Pertumbuhan berlangsung cepat pada
suhu  optimum 37 OC dengan waktu generasi hanya 9-11 menit.  Pada beberapa
spesies Vibrio suhu pertumbuhan sekitar 5 – 43 OC (pada suhu 10 OC merupakan suhu
minimum pada lingkungan)(Adams and Moss 2008). Selama musim dingin, organisme ini
ditemukan di lumpur laut, sedangkan selama musim panas mereka ditemukan di perairan
pantai.  Bakteri Vp dapat hidup sebagai koloni pada kerang-kerangan, udang, ikan dan
produk makanan laut lainnya (Sudheesh and Xu 2002).
Vp adalah bakteri halofilik didistribusikan di perairan pantai di seluruh
dunia.  Bakteri ini ditemukan di lingkungan muara sungai dan menunjukkan variasi
musiman, yang hadir dalam jumlah tertinggi selama musim panas. Selama musim dingin,
bakteri ini tetap berada di bawah muara pada bahan chitinousplankton (Ray 2004).

C. karakteristik bakteri menguntungkan Thiobacillus Ferrooxidans

Acidithioacillus ferrooxidans tergolong organisme autotrofik, acidophilic, mes ophile

terjadi di tunggal atau kadang-kadang berpasangan atau rantai, tergantung pada kondisi
pertumbuhan. Strain yang sangat motil telah digambarkan maupun non-motil . Bukti terbaru
menunjukkan tingkat tinggi heterogenitas genetik dalam isolat ferrooxidans Acidithiobacillus,
yang diklasifikasikan sebagai spesies tunggal. Strain motil memiliki flagel tunggal & pili.
Bakteri ini sporing non dan memiliki genom sekitar 2,8 × 10 6 pasang basa dan 55-65% dari
konten GC. Acidthiobacillus ferrooxidans tumbuh pada nilai pH 4,5-1,3 dalam medium basal
dan garam berasal persyaratan biosintesis dengan autotrophy menggunakan karbon dari atmosfer
karbon dioksida. Fiksasi nitrogen juga merupakan fungsi ekologis penting dilakukan oleh bakteri
dalam habitat acidophilic. Energi metabolik berasal aerobik oleh oksidasi senyawa sulfur
dikurangi anorganik atau ion besi. Pertumbuhan anaerobik menggunakan hidrogen unsur atau
senyawa sulfur anorganik dikurangi sebagai donor elektron dan ion-ion besi sebagai akseptor
elektron juga telah ditemukan (Pasir, W. & Bock, E. 1987). Dalam metaboliseme Thiobacillus
ferrooxidans tergolong bakteri kemoautotrof. Kemoautotrof adalah organisme yang dapat
memanfaatkan energi dari reaksi kimia untuk membuat makanan sendiri dari bahan organik.
Bakteri kemoautotrof menggunakan energi kimia dari oksidasi molekul organik untuk menyusun
makanannya. Molekul organik yang dapat digunakan oleh bakteri Thiobacillus ferrooxidans
adalah senyawa, belerang, dan besi .Dalam prosesnya bakteri ini membutuhkan oksigen.

Kingdom  Eubacteria , Filum Proteobacteria , Kelas  Gammaproteobacteria , Ordo

Acidithiobacillales ,Famili   Acidithiobacillaceae , Genus  Acidithiobacillus , Spesies
Acidithiobacillus ferroxidans  

6|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

Bakteri Thiobacillus ferrooxidans adalah bakteri gram negatif aerobik khemolitotrofik berbentuk
batang. Merupakan bakteri saprofit, yaitu bakteri yang hidupnya dari sisa-sisa organisme mati
atau sampah, Thiobacillus adalah warna, dengan kutub flagella bakteri. Mereka memiliki sebuah
besi oxida, yang memungkinkan mereka untuk memetabolisme ion besi.

Menurut  Rheinheimer(1991), diperairan seperti sungai, danau, dan pantai.Spesies Thiobacillus

tampaknya menjadi pengoksidsi sulfur paling penting. Dari krateristik bakteri ini bisa hidup didaerah
asam yang ph nya 4,5-1,3 dan suhu optimum 70̊C dan ditempat yang banyak mengandung sulfur dan
ditanah vulkanik.

Dapat mentetralkan racun H2S dan mengoksidasi ion besi yang menghambat respirasi dan
pertumbuhan udang , Menurunkan kadar sulfur , Kemampuan untuk mengoksidasi besi , Untuk
mengurangi pencemaran lahan atau perairan

7|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN

 BAB III

PENUTUP

KESIMPULAN

Sindrom Taura adalah salah satu penyakit yang

lebih dahsyatmempengaruhi udang budidaya industri di seluruh
dunia.SindromTaura (TS) pertama kali dijelaskan di Ekuador selama musim panas 1992. Pada
bulan Maret 1993, kembali sebagai epidemi utama danmenjadi obyek liputan media yang
ekstensif. Studi retrospektif telah menyarankan kasus sindrom Taura mungkin
terjadi pada tambak udang di Kolombia sedini tahun 1990 dan virus itu sudah hadir di
Ekuador pada pertengahan 1991. Antara 1992 dan 1997, penyakit inimenyebar ke seluruh
wilayah utama Amerika dimana whiteleg udang(Litopenaeus vannamei) yang dikultur. Dampak
ekonomi dari TS di Amerika selama periode itu mungkin telah melebihi US $ 2 miliar oleh
beberapa perkiraan. Bakteri Thiobacillus ferrooxidans adalah Bakteri gram negatif aerobik
khemolitotrofik Bakteri berbentuk batang. Merupakan bakteri saprofit, yaitu bakteri yang
hidupnya dari sisa-sisa organisme mati atau sampah, Thiobacillus adalah warna, dengan kutub
flagella bakteri. Mereka memiliki sebuah besi oxida, yang memungkinkan mereka untuk
memetabolisme ion besi.Vibrio cholerae merupakan bakteri gram negatif, berbentuk basil
(batang) dan bersifat motil (dapat bergerak), memiliki struktur antogenik dari antigen flagelar H
dan antigen somatik O, gamma-proteobacteria, mesofilik dan kemoorganotrof, berhabitat alami
di lingkungan akuatik dan umumnya berasosiasi dengan eukariot. Vibrio
parahaemolyticus adalah bakteri laut yang bersifat halofil (habitatnya ada pada lingkungan
dengan kondisi garam yang tinggi)

SARAN

Sebaiknya penelitian tantang virus dan bakteri ini lebih dikembangkan lagi karena referensi
dalam makalah ini belum terlalu lengkap.

8|POLITEKNIK KELAUTAN DAN PERIKANAN