UNIVERSITAS CENDERAWASIH

FAKULTAS KEDOKTERAN
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN DOKTER

LATIHAN SOAL MODUL 4 DAN MODUL 6 BIOKIMIA 2

SOAL.

1. Perhatikan reaksi pembentukkan ikatan dalam reaksi pembentukan skeletal melalui

reduksi ikatan disulfida.

Asam performat

Reaksi di atas dapat terjadi melalui reaksi …………………………

2. Perhatikan struktur ikatan peptida yang merupakan bagian dari elemen pembentuk
rantai polipeptida.

Dalam ilmu biokimia, kedua struktur di atas merupakan ...............

3. Struktur 3D berikut merupakan merupakan rotasi pembentukkan rantai

polippetida.

Bidang
amida Bidang
amida

Rantai
samping

Sudut putaran ikatan N–C dan sudut putaran ikatan C–C=O berturut-turut ……..
4. Perhatikan gambar berikut ini!

Pada gambar tersebut terlihat bahwa sudut dihedral  dibentuk oleh atom Ci, Ni+1,
Ci+1, Ci+1, sedangkan sudut dihedral  dibentuk oleh atom Ni+1, Ci+1, Ci+1, Ni+2.
Menurut konvensi, penentuan sudut  dan  jika rotasi berlawanan jarum jam
memberikan sudut dihedral ……

5. Rotasi ikatan peptida memberikan berbagai tipe struktur sekunder,

sebutkan……………

6. Perhatikan struktur berikut!

Struktur tersebut adalah merupakan komponen dasar motif struktur sekunder

protein, yakni ……
7. Perhatikan struktur -heliks berikut!

Dari struktur α – heliks di atas, terdiri dari 6 residu asam amino yang rantai
sampingnya tersusun secara trans. Mengapa konformasi demikian disukai secara
energitika?

8. Perhatikan gambar di bawah ini!

Jika diramalkan, struktur atom di atas akan membentuk struktur …………

9. Gambar berikut ini adalah gambar percobaan urutan asam amino yang dapat
menentukan struktur tersier dari protein.

Pada gambar tersebut memperlihatkan bahwa RNAse A dapat didenaturasi dan

direnaturasi kembali ke struktur native (alaminya). Jika RNAse A didenaturasi maka
diperlukan…..
10. Folding protein dapat terjadi dengan baik jika strukturnya kompak sehingga efektif
dalam meminimisasi luas permukaan hidrofobik yang terekspos ke pelarut dan
gugus-gugus fungsi yang berpotensi membentuk ikatan hidrogen pada daerah
interior protein semuanya berpasangan. Pembentukan struktur sekunder -heliks
dan -sheet akan memaksimalkan ………..

11. Perhatikan gambar berikut ini!

Gambar di atas menunjukkan motif protein berbentuk…….

12. Perhatikan gambar berikut ini!

Gambar di atas merupakan motif dalam struktur tersier protein. Ramalkan motif
struktur dari gambar di atas…..
13. Perhatikan gambar berikut ini!

Dari gambar di atas, setelah melalui serangkaian analisis ternyata -keratin kaya
akan residu-residu asam amino: Phe, Ile, Val, Met dan Ala. Asam-asam amino
tersebut bersifat…..

14. -keratin memiliki struktur yang kuat karena selain terdiri dari multi -heliks yang
tergabung membentuk struktur superheliks, juga antar rantai -heliks juga
distabilkan oleh ikatan ………………

15. Kolagen banyak ditemukan di jaringan penghubung, seperti tulang dan kornea mata.
Kolagen terdiri dari 35% Gly, 11% Ala, dan 21% Pro dan Hyp. Urutan asam amino
kolagen umumnya adalah perulangan tiga peptida Gly-X-Pro atau Gly-X-Hyp, dimana
X adalah ………………….

16. Perhatikan struktur molekul 3D berikut!

Struktur di atas merupakan struktur heliks kolagen. Ramalkan urutan asam amino
pembentuk struktur tersebut…..
17. Perhatikan struktur molekul berikut!

Gambar di atas menggambarkan bahwa protein kehilangan struktur dan fungsinya

bila terdenaturasi. Sebutkan beberapa faktor yang menyebabkan protein bisa
terdenaturasi …..

18. Perhatikan perubahan struktur berikut!

Pada gambar di atas dijelaskan perubahan struktur 3D dari bentuk terdenaturasi ke

bentuk alaminya (native). Studi denaturasi dapat digunakan untuk memahami ......

19. Jaringan otot merupakan jaringan yang tersusun atas sekelompok sel yang memiliki
mikrofilamen aktin dan miosin sehingga mampu berkontraksi. Pada masa gastrulasi,
jaringan otot berasal dari lapisan ………….

20. Aktin dan miosin merupakan protein kontraktil yang ketika dirangsang maka akan
berkontraksi. Hasil kontraksi yang ditimbulkan oleh aktin dan miosin menyebabkan
organ yang disusun oleh jaringan otot dapat bergerak. Diperlukan energi yang
cukup besar untuk menghasilkan kontraksi aktin dan miosin yang diperoleh dari
hasil ………………

21. Asam amino yang tidak dapat disintesis manusia secara de novo tetapi sangat
penting untuk hidup disebut sebagai asam amino esensial. Sebutkan contoh asam-
asam amino yang esensial, …..

22. Asam amino nonesensial disintesis tergantung pada ketersediaan rangka karbon
yang sesuai dan sumber amonia. Glukosa akhirnya merupakan sumber rangka
 karbon untuk sebagian besar asam amino nonesensial. Dua asam amino esensial,
yakni Phe dan Met digunakan untuk membentuk asam amino nonesensial, yakni:

23. Enzim-enzim proteolitik dikeluarkan dalam cairan lambung atau oleh pankreas
sebagai prekursor inaktif yang disebut zimogen. Untuk tripsin, zimogen tripsinogen
disintesis dalam retikulum endoplasma pada sel pankreas dan dikeluarkan dari
butiran zimogen ke dalam saluran yang menuju duodenum. Pada proses, aktivasi
zimogen-zimogen pankreas, dimana pada tahap awal Trisinogen diubah menjadi
Tripsin dengan melibatkan enzim Enteropeptidase. Pada proses tersebut ada berapa
jenis asam amino yang dihasilkan…..

24. Di antara lumen saluran usus dan sitoplasma sel terdapat gradien konsentrasi Na +
yang dipertahankan oleh Na+/K+ ATPase pada dasar sel yang berdekatan dengan
kapiler darah. Na+/K+ ATPase ini memompa Na+ dari sel ke …………..

25. Imunologi dalam kajian biokimia merupakan cabang ilmu yang mempelajari antigen,
antiobodi dan fungsi pertahanan tubuh host yang diperantarai oleh sel. Yang
merupakan kajian dalam ilmu ini adalah ............

26. Imunitas merupakan reaksi tubuh terhadap masuknya substansi asing, sedangkan
yang merupakan sistem imun adalah sel dan molekul yang bertanggung jawab
dalam imunitas. Dalam biokimia, kumpulan respon terhadap substansi asing yang
terkoordinasi disebut .........

27. Sebutkan fungsi sistem imun dalam ilmu biokimia …………..

28. Ada beragam manfaat mempelajari imunologi dalam kedokteran. Salah satunya,
sistem imun dapat dimanipulasi agar fungsi sistem imun dapat dikontrol untuk
melawan penyakit. Manipulasi sistem imun dapat dilakukan dengan cara vaksinasi
yaitu: memanipulasi antigen asing yang masuk, dan memanipulasi pertemuan
substansi asing dengan sel/molekul sistem imun yang disebut ………

29. Reaksi imun secara in vitro dan in vivo dapat dimanfaatkan untuk ………
30. Perhatikan struktur imunoglobulin berikut ini!

Pada struktur immunoglobulin di atas, A dan B berturut-turut adalah …….

31. Perhatikan gambar di bawah ini!

Pada gambar di atas merupakan ilustrasi dari …………

32. Gambar berikut ini adalah gambar molekul antibodi (imunoglobulin), dibentuk oleh
sel plasma dari limfosit B.

Pada gambar di atas, tanda X di atas merupakan ………

33. Molekul antibodi immunoglobulin yang bertanggung jawab dalam respon alergi dan
melindungi dari serangan parasit cacing adalah………..

34. Bagian terbesar Ig dalam serum normal, meliputi 70 – 75% total Ig, terdistribusi
intra dan ekstravaskular, antibodi dominan pada respon imun sekunder, terutama
sebagai anti-toxin, adalah merupakan ciri-ciri dari …….

35. Respon imun berlangsung dalam beberapa fase secara berurutan, yakni:

36. Semua sel dalam sistem imun (spesifik) berasal dari sel punca atau stem cells yang
pluripoten di dalam sumsum tulang (bone marrow), berkembang melalui
proses………….

37. IgM meliputi 10% total Ig, dan terdistribusi intravaskular, sebagai antibodi
predominan pada respon awal (“early response”) infeksi mikroorganisme. IgM
berbentuk ………

38. IgE mempunyai proporsi sangat kecil, berasosiasi pada permukaan basofil. Berperan
pada imunitas terhadap parasit dan penyakit hipersensitivitas seperti penyakit .…..