MAKALAH BIOTEKNOLOGI

“MANIPULASI EKSPRESI GEN”

Disusun Oleh :

DESY WULAN SUCI 20180311124

SRI WAHYUNI 20180311125

DELYA RAMADHANTI 20180311126

APRILIA NUR WIDIASTUTI 20180311127

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS ILMU ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS ESA UNGGUL

2020

1
 KATA PENGANTAR

Ucapan puji dan syukur semata-mata hanyalah milik Allah SWT. Hanya
kepada-Nya lah kami memuji dan bersyukur, meminta ampunan dan kami meminta
pertolongan.

Tidak lupa Shalawat dan salam kami haturkan untuk junjungan nabi agung
kita, Nabi Muhammad SAW yang telah menyampaikan petunjukan Allah SWT
untuk kita semua, yang merupakan sebuah pentunjuk yang paling benar yakni
Syariah agama Islam yang sempurna yang merupakan satu-satunya karunia paling
besar bagi seluruh alam semesta.

Dengan pertolongan-Nya, puji syukur, akhirnya kami mampu menyelesaikan

makalah kami dengan judul “MANIPULASI EKSPRESI GEN” dengan lancar.
Kami menyadari dengan sepenuh hati bahwa terdapat ketidak sempurnaan atau
kekurangan dalam makalah ini.

Oleh karena itu, kami sangat meminta kritik dan saran yang membangun dari
pembaca untuk materi evaluasi kami mengenai penulisan makalah berikutnya.

JAKARTA, 22 MARET 2020

PENULIS

2
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

lmu pengetahuan dalam bidang rekayasa genetika mengalami
perkembangan yang luar biasa. Perkembangannya diharapkan mampu
memberikan solusi atas berbagai permasalahan baik dari segi sandang,
pangan, dan papan yang secara konvensional tidak mampu memberikan
konstribusi yang maksimal. Adanya produk hasil rekayasa tanaman
memiliki tujuan untuk mengatasi kelaparan, defisiensi nutrisi, peningkatan
produktivitas tanaman, ketahanan terhadap cekaman lingkungan yang
ekstrem, dan lain-lain (Amin et al., 2011a). Perkembangan dari rekayasa
genetika tersebut diikuti dengan berbagai macam isu permasalahan seperti
sosial, ekonomi, lingkungan, kesehatan, politik, agama, etika dan legalitas
suatu produk rekayasa genetika.
Permasalahan-permasalahan tersebut terangkum dalam sebuah kajian yang
dinamakan bioetika (Pottage, 2007; Evans&Michael, 2008). Perma-
salahan bioetika rekayasa genetika selalu dikaitkan oleh berbagai macam
kekhawatiran tentang produk hasil rekayasa genetika. Kekhawatiran
tersebut mendorong munculnya berbagai macam kontroversial di kalangan
masyarakat. Dari hal inilah muncul berbagai macam pro dan kontra
mengenai produk rekayasa genetika. Adanya berbagai polemik tersebut
mendasari terbentuknya berbagai macam peraturan atau protokol yang
mengatur berbagai macam aktivitas di bidang rekayasa genetika (Dano,
2007).
Rekayasa genetika memegang peranan penting dalam merubah susunan
genetika makhluk hidup sesuai dengan keperluan manusia di masa ini.

3
 Rekayasa Genetika (transgenik) atau juga yang lebih dikenal dengan
Genetically Modified Organism (GMO) dapat diartikan sebagai
manipulasi gen untuk mendapatkan galur baru dengan cara menyisipkan
bagian gen ke tubuh organisme tertentu. Rekayasa genetika juga
merupakan Pencangkokan Gen atau ADN Rekombinan. Rekayasa
Genetik, dinyatakan sebagai kemajuan yang paling mengagumkan
semenjak manusia berhasil memisahkan atom (Imawan, dkk: 2012).
Penerapan rekayasa genetika juga telah memasuki perangkat terpenting
bagi makhluk hidup yakni gen sehingga tumbuhan atau hewan yang
dihasilkan dari rekayasa genetika ini diharapkan memiliki sifat-sifat yang
unggul, yang berbeda dari tanaman atau hewan aslinya. Disusul dengan
perkembangan bioteknologi sehingga pemuliaan tanaman merupakan salah
satu sektor paling menjanjikan dalam industri pertanian. Namun, seperti
teknologi baru lainnya, keberadaan tanaman hasil rekayasa genetika mulai
menuai kontroversi di masyarakat dunia. Ada pihak yang mendukung
dihasilkannya tanaman hasil rekayasa genetik (sering disebut sebagai
tanaman transgenik), tetapi ada beberapa pihak yang dengan jelas
penggunaan tanaman transgenik ini pada manusia. Hal ini menimbulkan
polemik bagi masyarakat dunia terhadap keberadaan makanan hasil
tanaman transgenik yang sudah tersebar luas di berbagai pasar. Selain
tumbuhan, rekayasa genetika terhadap hewan dan manusia juga
menimbulkan pro dan kontra. Sebagian pihak menganggap kehidupan
suatu makhluk tidak dapat dicampur tangangi oleh manusia karena hanya
Tuhan yang berhak mengutak atik gen. Dalam makalah ini akan dibahas
mengenai rekayasa genetika serta hubungannya dengan etika. Pembahasan
ini merupakan peninjauan ulang terhadap berbagai jurnal dan artikel
terkait rekayasa genetika dan hubungannya terhadap bioetika.
4
 1.2 Rumusan Masalah
 Bagaimanakah konsep dari manipulasi gen?
 Apa saja manfaat dan dampak dari manipulasi gen?
 Bagaimanakah langkah-langkah dalam manipulasi gen?
 Enzim apa saja yang berperan dalam manipulasi gen?

1.3 Tujuan
 Untuk mengetahui konsep dari manipulasi gen.
 Untuk mengetahui manfaat dan dampak dari manipulasi.
 Untuk mengetahui bagaimana langkah-langkah dalam manipulasi
gen.
 Untuk mengetahui enzim-enzim yang berperan dalam manipulasi
gen

5
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Sejarah Perkembangan

Sejarah perkembangan genetika sebagai ilmu pengetahuan dimulai
menjelang akhir abad ke 19 ketika seorang biarawan austria bernama
Gregor Johann Mendel berhasil melakukan analisis yang cermat dengan
interpretasi yang tepat atas hasil-hasil percobaan persilangannya pada
tanaman kacang ercis (Pisum satifum). Sebenarnya, Mendel bukanlah orang
pertama yang melakukan percobaan- percobaan persilangan. Akan tetapi,
berbeda dengan para pendahulunya yang melihat setiap individu dengan
keseluruhan sifatnya yang kompleks, Mendel mengamati pola pewarisan
sifat demi sifat sehingga menjadi lebih mudah untuk diikuti. Deduksinya
mengenai pola pewarisan sifat ini kemudian menjadi landasan utama bagi
perkembangan genetika sebagai suatu cabang ilmu pengetahuan, dan
Mendelpun di akui sebagai bapak genetika.
Karya Mendel tentang pola pewarisan sifat tersebut dipublikasikan pada
tahun 1866 di Proceedings of the Brunn Society for Natural History.
Namun, selama lebih dari 30 tahun tidak pernah ada peneliti lain yang
memperhatikannya. Baru pada tahun 1900 tiga orang ahli botani secara
terpisah, yaitu Hugo de Vries di belanda, Carl Correns di jerman dan Eric
von Tschermak-Seysenegg di Austria, melihat bukti kebenaran prinsip-
prinsip Mendel pada penelitian mereka masing-masing. Semenjak saat itu
hingga lebih kurang pertengahan abad ke-20 berbagai percobaan
persilangan atas dasar prinsip-prinsip Mendel sangat mendominasi
6
 penelitian di bidang genetika. Hal ini menandai berlangsungnya suatu era
yang dinamakan genetika klasik.
Selanjutnya, pada awal abad ke-20 ketika biokimia mulai berkembang
sebagai cabang ilmu pengetahuan baru, para ahli genetika tertarik untuk
mengetahui lebih dalam tentang hakekat materi genetik, khususnya
mengenai sifat biokimianya. Pada tahun 1920-an, dan kemudian tahun
1940-an, terungkap bahwa senyawa kimia materi genetika adalah asam
dioksiribonekleat (DNA). Dengan ditemukannya model struktur molekul
DNA pada tahun1953 oleh J.D.Watson dan F.H.C. Crick dimulailah era
genetika yang baru, yaitu genetika molekuler.
Perkembangan penelitian genetika molekuler terjadi demikian pesatnya.
Jika ilmu pengetahuan pada umumnya mengalami perkembangan dua kali
lipat (doubling time) dalam satu dasa warsa, maka hal itu pada genetika
molekuler hanyalah dua tahun. Bahkan, perkembangan yang lebih
revolusioner dapat disaksikan semenjak tahun 1970-an, yaitu pada saat
dikenalnya teknologi manipulasi molekul DNA atau teknologi DNA
rekombinan atau dengan istilah yang lebih populer disebut rekayasa
genetika.
Saat ini sudah menjadi berita biasa apabila organisme- organisme seperti
domba, babi dan kera, didapatkan melalui teknik rekayasa genetika yang
disebut kloning . sementara itu, pada manusia telah di lakukan pemetaan
seluruh genom atau dikenal sebagai proyek genom manusia (human genom
project), yang diluncurkan pada tahun 1990 dan diharapkan selesai pada
tahun 2005. ternyata pelaksaan proyek ini berjalan justru lebih cepat dua
tahun dari pada jadwal yang telah ditentukan.

7
 2.2 Ekpresi gen
Ekspresi gen adalah suatu prosesyang di mulai dari inisiasi untuk proses
transkripsi gen melalui adanya promotor yang sesuai dan juga faktor
transkripsi lainnya, lalu berinteraksi dengan skuens yang sesuai dan
dilanjutkan dengan proses translasi dan kemudian membentuk Asam amino
yang kemudian akan menjadi protein yang akan digunakan untuk fungsi
seluler.
Ekspresi gen adalah rangkaian proses penggunaan informasi dari suatu gen
untuk sintesis produk gen fungsional. Produk-produk tersebut dapat berupa
protein, juga gen penyandi non-protein seperti transfer RNA (tRNA) atau
gen RNA inti kecil (snRNA) yang mana keduanya merupakan produk RNA
fungsional. Proses ekspresi gen digunakan oleh semua makhluk hidup
termasuk eukariota, prokariota (bakteri dan arkea), dan dimanfaatkan oleh
virus - untuk menghasilkan mesin makromolekul untuk kelangsungan
hidupnya.
Ekspresi gen adalah proses dimana informasi dari gen yang digunakan
dalam sintesis produk gen fungsional. Produk-produk ini seringkali protein,
tetapi dalam non-protein coding gen seperti gen rRNA atau gen tRNA,
produk adalah RNA fungsional. Proses ekspresi gen digunakan oleh semua
kehidupan yang dikenal - eukariota (termasuk organisme multisel),
prokariota (bakteri dan archaea) dan virus - untuk menghasilkan mesin
makromolekul untuk hidup.

8
 2.3 PROSES EKSPRESI GEN

1. TRANSKRIPSI

Ini merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses
tersebut akan berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai
fenotip. Dan untuk mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang harus kita
ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis protein sehingga dapat terekspresi
sebagai fenotip.

Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA templat.

Proses ini terjadi pada inti sel / nukleus (Pada organisme eukariotik. Sedangkan
pada organisme prokariotik berada di sitoplasma karena tidak memiliki inti sel)
tepatnya pada kromosom.

Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu :

 DNA templat (cetakan) yang terdiri atas basa nukleotida Adenin (A), Guanin
(G), Timin (T), Sitosin (S)
 enzim RNA polimerase
 faktor-faktor transkripsi

9
  prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai penginduksi).
 Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu :
 mRNA (messeger RNA)
 tRNA (transfer RNA)
 tRNA (ribosomal RNA)

bagian utama dari suatu gen. Gen terdiri atas : promoter, bagian struktural
(terdiri dari gen yang mengkode suatu sifat yang akan diekspresikan), dan
terminator.

Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas : beta, beta-prime, alpha,

sigma. Pada struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam
transkripsi. Struktur sigma untuk mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim
hanya menempel pada promoter. Bagian yang disebut core enzim terdiri atas alpha,
beta, dan beta-prime.

Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :

 Inisiasi (pengawalan)

Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian hulu
(upstream) dari gen yaitu promoter. Salah satu bagian terpenting dari promoter
adalah kotak Pribnow (TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA
polimerase menempel pada promoter. Tahapannya dimulai dari pembentukan
kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter terbuka,
penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA
polimerase karena struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.

10
  Elongasi (pemanjangan )

Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini adalah pemanjangan

nukleotida. Setelah RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim
tersebut akan terus bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan
heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3’
molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya nukleotida DNA cetakan A, maka
nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya. Laju pemanjangan
maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara 30 – 60 nukleotida per detik.
Kecepatan elongasi tidak konstan.

 Terminasi (pengakhiran/penghentian)

Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika

menemui nukleotida tertentu berupa STOP kodon. Selanjutnya RNA terlepas dari
DNA templat menuju ribosom.

2. TRANSLASI

Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah

suatu proses penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam
rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Apa yang
dibutuhkan dalam proses penerjemahan adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam
amino.

Ribosom terdiri atas subunit besar dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan
untuk membentuk sebuah monosom. subunit kecil berisi peptidil (P), dan

11
Aminoasil (A). Sedangkan subunit besar mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua
subunit mengandung satu atau lebih molekul rRNA. rRNA sangat penting untuk
mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi molekuler, pada prokariotik dan
eukariotik 16 S 18 S.

Seperti transkripsi, terjemahan ini juga dibagi menjadi tiga tahap:

1. Inisiasi

Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara diaktifkan
atau tRNA disebut asilasi-amino. Amino-asilasi proses dikatalisis oleh enzim
tRNA sintetase. Kemudian ribosom mengalami pemisahan menjadi subunit besar
dan kecil.Selanjutnya molekul mRNA subunit kecil menempel pada tongkat
dengan kodon awal: 5 ‘- AGGAGG – 3′. Situs order dimana subunit kecil disebut
urutan Shine-Dalgarno. Subunit kecil dapat menempel pada mRNA bila IF-3. IF-
3/mRNA-fMet IF-2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam amino yang
disebut N-formylmethionine dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber energi.
tRNA-fMet, melekat pada kodon pembuka P subunit kecil.Selanjutnya, subunit
besar menempel pada subunit kecil. Dalam proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan
GTP dihidrolisis terhadap GDP, dan siap untuk perpanjangan.

2. Pemanjangan

Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino

diperpanjang. Langkah-langkah yang diambil dalam proses perpanjangan, yang

12
pertama adalah pengikatan tRNA ke sisi A pada ribosom. Transportasi akan
membentuk ikatan peptida.

3. Penghentian

Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi (UAA,
UGA, UAG) yang berada dalam posisi A pada mRNA mencapai ribosom. Pada E.
coli ketiga sinyal penghentian proses translasi diakui oleh protein yang disebut
faktor rilis (RF).Anil RF pada kodon terminasi mengaktifkan enzim transferase
peptidil yang menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng tRNA pada P dan
menyebabkan tRNA kosong translokasi ke sisi memiliki E (exit).

DOGMA CENTRAL GENETIKA MOLEKULER

informasi yang terkandung dalam DNA, kemudian akan digunakan untuk

menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan beberapa informasi pada
RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang
disebut translasi.

Berikut adalah mekanisme prosesnya:

Sebenarnya dalam proses dogma central, ada beberapa referensi yang

mencakup replikasi DNA, dan ada yang tidak. Karena ada yang mengartikan
dogma central adalah proses ekspresi gen dari DNA –> RNA –> protein. Ada pula
yang menyebutkan sebelum ekspresi gen berlangsung, DNA harus dilipat
gandakan dulu

■ Replikasi

13
 Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini
diperlukan dalam pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya DNA
dilipatgandakan menjadi lebih banyak. Proses replikasi DNA pada dasarnya adalah
1 double stranded DNA dicopy menjadi 2 buah, dari 2 buah akan dicopy menjadi 4
buah. Jadi berawal dari denaturasi DNA yang akan membuka pilinan dari double
stranded menjadi single stranded. Kemudian dengan bantuan sebuah enzim yang
disebut DNA polimerase, DNA akan terikat DNA polimerase kemudian copy DNA
terjadi. Melalui prinsip replikasi DNA ini lah PCR (Polymerase Chain Reaction)
dilakukan.

■ Transkripsi

Ini merupakan tahap awal dalam proses sintesis protein yang pada akhirnya
proses ini akan mengekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan
untuk mempelajari biologi molekuler tahap dasar yang perlu kita ketahui adalah
bagaimana mekanisme sintesis protein dapat dinyatakan sebagai sehingge fenotipe.

Transkripsi adalah sintesis molekul RNA dalam template DNA.Proses ini

terjadi dalam inti sel (nukleus) tepatnya pada kromosom. Komponen yang terlibat
dalam proses transkripsi yaitu: DNA template yang terdiri dari basa nukleotida
Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S); enzim polimerase RNA, faktor
transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai diinduksi).

Hasil dari proses sintesis tiga jenis RNA, yaitu mRNA messeger RNA),
tRNA (transfer RNA), rRNA (RNA ribosomal).Sebelum itu saya akan menjelaskan
terlebih dahulu bagian utama dari gen. Gen terdiri atas: promoter, bagian struktural
(terdiri dari gen yang mengkode sifat yang akan diekspresikan), dan terminator

Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas: beta, beta-prime, alpha,

sigma. Pada struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam
14
transkripsi. struktur Sigma untuk polimerase RNA holoenzim berlangsung hanya
menempel promotor.Bagian yang disebut enzim inti terdiri dari alfa, beta, dan
beta-prime.

Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap:

1.Inisiasi (pengawalan)

Transkripsi tidak dimulai di mana saja pada DNA, tapi di hulu (upstream) dari
gen promotor. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow
(TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada
promotor. Tahapan dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup,
pembentukan kompleks promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida
awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase karena struktur sigma
holoenzim kompleks dihapus.

2. Elongasi (pemanjangan)

Proses selanjutnya adalah perpanjangan. Berikut ini adalah pemanjangan

nukleotida perpanjangan. Setelah promotor RNA polimerase melekat pada enzim
tersebut akan terus bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan
heliks tersebut. Dalam pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada
ujung 3 ‘molekul RNA yang baru dibentuk. Misalnya, DNA template nukleotida
A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya.
Pemanjangan maksimum tingkat molekul transkrip RNA berrkisar antara 30-60
nukleotida per detik. Pemanjangan kecepatan tidak konstan.

15
3.Penghentian (terminasi)

Penghentian juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir

ketika sebuah nukleotida spesifik melihat kodon STOP.Selain itu, terlepas dari
template DNA RNA ribosom.

2.4 Pengertian rekayasa genetic

Rekayasa Genetika adalah teknik yang dilakukan manusia mentransfer

(memindahkan)gen (DNA) yang dianggap menguntungkan dari satu organisme
kepada susunan gen (DNA)dariorganisme lain.

Adapun langkah-langkah yang dilakukan dalam rekayasa genetika secara

sederhana urutannya sebagai berikut :
 Mengindetifikasikan gen dan mengisolasi gen yang diinginkan.
 Membuat DNA/AND salinan dari ARN Duta.
 Pemasangan cDNA pada cincin plasmid
 Penyisipan DNA rekombinan kedalam tubuh/sel bakteri.
 Membuat klon bakteri yang mengandung DNA rekombinan
 Pemanenan produk.

Teknologi Rekayasa Genetika merupakan inti dari bioteknologi didefinisikan

sebagai teknik in-vitro asam nukleat, termasuk DNA rekombinan dan injeksi
langsung DNA ke dalam sel atau organel; atau fusi sel di luar keluarga taksonomi;

16
yang dapat menembus rintangan reproduksi dan rekombinasi alami, dan bukan
teknik yang digunakan dalam pemuliaan dan seleksi tradisional.

Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau melakukan

perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkan gen baru ke
dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan dan organisme
penerima dapat berasal dari organisme apa saja. Misalnya, gen dari sel pankreas
manusia yang kemudian diklon dan dimasukkan ke dalam sel E. Coli yang
bertujuan untuk mendapatkan insulin.

2.5 Tujuan Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika pada tanaman mempunyai target dan tujuan antara lain
peningkatan produksi, peningkatan mutu produk supaya tahan lama dalam
penyimpanan pascapanen, peningkatan kandunagn gizi, tahan terhadap serangan
hama dan penyakit tertentu (serangga, bakteri, jamur, atau virus), tahan terhadap
herbisida, sterilitas dan fertilitas serangga jantan (untuk produksi benih hibrida),
toleransi terhadap pendinginan, penundaan kematangan buah, kualitas aroma dan
nutrisi, perubahan pigmentasi.

Rekayasa Genetika pada mikroba bertujuan untuk meningkatkan efektivitas

kerja mikroba tersebut (misalnya mikroba untuk fermentasi, pengikat nitrogen
udara, meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat proses kompos dan
pembuatan makanan ternak, mikroba prebiotik untuk makanan olahan), dan untuk
menghasilkan bahan obat-obatan dan kosmetika.
17
2.6 Rekayasa Genetika

Secara tradisional, pemuliaan tanaman, dan rekayasa genetika sebenarnya

telah dilakukan oleh para petani melalui proses penyilangan dan perbaikan
tanaman. Misalnya melalui tahap penyilangan dan seleksi tanaman dengan tujuan
tanaman tersebut menjadi lebih besar, kuat, dan lebih tahan terhadap penyakit.
Selama puluhan bahkan ratusan tahun yang lalu, para petani dan para pemulia
tanaman telah berhasil memuliakan tanaman padi, jagung, dan tebu, sehingga
tanaman-tanaman tersebut mempunyai daya hasil tinggi dan memiliki kualitas
panen yang lebih baik.Proses pemindahan gen pada pemuliaan tradisional
dilakukan melalui proses penyerbukan dengan perantaraan angin maupun bantuan
serangga penyerbuk. Proses penyerbukan ini sering kali melibatkan bantuan
manusia, misalnya melalui penyerbukan dengan cara memindahkan serbuk sari
tanaman yang satu ke ujung putik tanaman lainnya.

Prinsip rekayasa genetika sama dengan pemuliaan tanaman, yaitu

memperbaiki sifat-sifat tanaman dengan menambahkan sifat-sifat ketahanan
terhadap cekaman mahluk hidup pengganggu maupun cekaman lingkungan yang
kurang menguntungkan serta memperbaiki kualitas nutrisi makanan. Rekayasa
genetika adalah kelanjutan dari pemuliaan secara tradisional.Dalam arti paling luas
merupakan penerapan genetika untuk kepentingan manusia akan tetapi masyarakat
ilmiah sekarang lebih bersepakat dengan batasan yang lebih sempit, yaitu
penerapan teknik-teknik genetika molekuler untuk mengubah susunan genetik

18
dalam kromosom atau mengubah sistem ekspresi genetik yang diarahkan pada
kemanfaatan tertentu.

Obyek rekayasa genetika mencakup hampir semua golongan organisme,

mulai dari bakteri, fungi, hewan tingkat rendah, hewan tingkat tinggi, hingga
tumbuh-tumbuhan. Bidang kedokteran dan farmasi paling banyak berinvestasi di
bidang yang relatif baru ini. Sementara itu bidang lain, seperti ilmu pangan,
kedokteran hewan, pertanian (termasuk peternakan dan perikanan), serta teknik
lingkungan juga telah melibatkan ilmu ini untuk mengembangkan bidang masing-
masing. Tidak seperti halnya pemuliaan tanaman secara tradisional yang
menggabungkan seluruh komponen materi genetika dari dua tanaman yang
disilangkan, rekayasa genetika memungkinkan pemindahan satu atau beberapa gen
yang dikehendaki dari satu tanaman ke tanaman lain.

Keunggulan rekayasa genetika adalah mampu memindahkan materi genetika

dari sumber yang sangat beragam dengan ketepatan tinggi dan terkontrol dalam
waktu yang lebih singkat. Melalui proses rekayasa genetika ini, telah berhasil
dikembangkan tanaman yang tahan terhadap organisme pengganggu seperti
serangga, penyakit dan gulma yang sangat merugikan tanaman.Rekayasa genetika
bermain pada tingkat molekuler khususnya DNA. Beberapa tahapan yang
digunakan dalam rekayasa genetika yaitu isolasi DNA, manipulasi DNA,
perbanyakan DNA dan visualisasi hasil manipulasi DNA, DNA rekombinan, dan
Kloning Gen.

19
Tahapan dalam Manipulasi DNA

1. Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp

isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas tabung (Mader 193). Hasil sentrifugasi akan
menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas
dan pelet pada bagian bawah.

Isolasi DNA dengan teknik sentrifugasi akan mengendapkan DNA. Supaya

hasil isolasi berupa DNA murni yang tidak tercampur dengan molekul-molekul
lain maka dalam proses isolasinya dicampurkan berbagai macam larutan. Larutan

20
A berfungsi sebagai resuspensi yaitu penggabunagn kembali pelet yang telah
terbentuk dengan larutan yang dicampurkan. Selain itu larutan A juga berfungsi
sebagai buffer dan pengkelat. Pemilihan buffer tersebut dilihat dari kemampuan
buffer menghasilhkan arus listrik. Larutan B yang terdiri atas SDS dan NaOH
berfungsi sebagai larutan pelisis. NaOH sendiri dapat mendenaturasi protein.
Sedangkan larutan C befrungsi untuk merenarutasikan kembali. Etanol 70% yang
digunakan dalam proses isolasi berfungsi untuk mengeluarkan endapan garam
karena Na+ bermuatan positif dan DNA bermuatan negatif. Larutan ddH 2O yang
ditambahkan berfungsi agar endapan DNA yang dihasilkan didapat dengan
konsentrasi yang cukup tinggi. Larutan di vortex untuk memudahkan bakteri
tersuspensi. Bakteri yang telah diendapkan tersebut kana lisis dengan penambahan
larutan buffer. Agar proses lisisnya bakteri sempurna maka larutan dibolak-balik
secara halus. Bakteri yang telah lisis ini ditandai dengan munculnya lendir. Ciran
DNA yang dihasilkan kemudina dipisahkan dari endapannya. Cairan ini
ditambahkan RNase untuk melisiskan RNA supaya hasil yang diisolasi berupa
DNA murni.

DNA yang telah diisolasi diuji kualitas dan kuantitasnya melalui

elektroforesis dan spektrofotometer. Elektroforesis memisahkan DNA, RNA, dan
protein berdasarkan bobot molekul dan muatanya dengan menggunakan media
pemisah. DNA bermuatan negatif sehingga pada elektroforesis DNA akan
bergerak dari kutub negatif ke kutub positif. Kecepatan pergerakan ini tergantung
pada ukuran molekul DNA, kerapatan media gel yang dilalui DNA, serta arus
listrik yang diberikan untuk bermigrasi molekul DNA. Sebelum proses
elektroforesis suspensi DNA dicampur dengan peyangga muatan berwarna loading
dye. Penambahan warna ini berfungsi untuk menambah densitas sehingga DNA
bearada di bagian bawah sumur, selain itu pewarna ini digunakan untuk
21
memudahkan meletakan contoh DNA ke dalam sumur dan bergerak ke arah anoda
dengan laju yang dapat diperkirakan sehingga dapat digunakan sebagai tanda
migrasi DNA.

DNA hasil elektroforesis yang terlihat di atas lampu UV dapat dilihat

pergerakannya. Hasil elektroforesis DNA total menunjukkan adanya pita-pita DNA
yang diisolasi dari bakteri Escherichia coli yang kemungkinan adalah DNA
plasmid (Gambar 1). Hal ini dapat dilihat dari pergerakannya yang tinggi.
Pergerakan DNA di agarose berhubungan dengan besar molekul. Sehingga
pergerakan yang tinggi ini menunjukan ukuran DNA yang tidak terlalu besar.
Plasmid merupakan DNA sirkuler yang ukurannya relatif kecil. Hal ini
menunjukkan bahwa DNA total yang diisolasi mempunyai keutuhan yang tinggi.
Akan tetapi pada beberapa kelompok pergerakan DNA tiadak dapat diamati.
Kejadian ini dapat terjadi karena kesalahan teknis saat memasukan DNA ke dalam
sumur gel agarose. Bisa jadi DNA yang dimasukan tidak masuk benar-benar ke
dalam sumur gel sehingga saat elektroforesis DNA tidak bergerak. Selain itu
kesalahan juga dapat terjadi karena DNA yang telah masuk ke dalam sumur
tersedot kembali masuk ke dalam pipet mikro. Sehingga sumur tidak berisi DNA.

2. Manipulasi DNA

Untuk memanipulasi DNA, diperlukan beberapa perangkat penting meliputi

“gunting” untuk memotong molekul DNA, “lem/perekat” untuk menggabungkan
molekul DNA, dan “gergaji” untuk membelah molekul DNA.

a. Pemotongan molekul DNA

22
 Pada proses pemotongan molekul DNA, “gunting” yang dimaksud bukanlah
gunting yang biasa kita pakai untuk memotong sesuatu, tetapi merupakan suatu
enzim yang dihasilkan oleh mikroorganisme tertentu. Enzim ini dikenal dengan
nama enzim restriksi. Setiap enzim restriksi mempunyai tempat pemotongan yang
spesifik pada suatu urutan molekul DNA. Sebagai contoh adalah enzim EcoRI
yang selalu memotong DNA pada posisi G !

AATTC (tanda ! merupakan tempat pemotongan), seperti terlihat pada

molekul di bawah ini :

Mekanisme pemotongannya adalah sebagai berikut :

23
 Gambar 2. Mekanisme pemotongan enzim EcoR1

Hingga saat ini, sudah ribuan enzim restriksi yang diperoleh dari
mikroorganisme. Beberapa diantaranya yang terkenal dan sering digunakan
adalah enzim EcoRV, HindIII, SacI, TaqI, BamHI, MspI dan lain-lain (tabel
1).

Tabel 1. Macam-macam Enzim Restriksi

24
 b. Penggabungan molekul DNA

Proses penggabungan (ligasi) antara dua molekul DNA menggunakan

lem/perekat berupa enzim, yang dikenal dengan nama enzim ligase. Enzim ini
berfungsi mensintesis pembentukan ikatan fosfodiester yang menghubungkan
nukleotida yang satu dengan nukleotida di sebelahnya. Berikut adalah contoh
penggabungan dua molekul DNA (A dan B) menjadi molekul AB :

25
 3. Polymerase Chain Reaction(PCR)

Pembelahan molekul DNA sangat penting dalam proses amplifikasi DNA

melalui teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) atau reaksi berantai
polimerase.Reaksi berantai polimerase atau lebih umum dikenal sebagai PCR
(kependekan dari istilah bahasa Inggrispolymerase chain reaction) merupakan
suatu teknik atau metode perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik tanpa
menggunakan organisme. Dengan teknik ini, DNA dapat dihasilkan dalam jumlah
besar dengan waktu relatif singkat sehingga memudahkan berbagai teknik lain
yang menggunakan DNA.

26
 Secara prinsip, PCR merupakan proses yang diulang-ulang antara 20–30 kali
siklus. Setiap siklus terdiri atas tiga tahap. Berikut adalah tiga tahap bekerjanya
PCR dalam satu siklus:

1. Tahap peleburan (melting) atau denaturasi. Pada tahap ini (berlangsung pada
suhu tinggi, 94–96 °C) ikatan hidrogen DNA terputus (denaturasi) dan DNA

27
 menjadi berberkas tunggal. Biasanya pada tahap awal PCR tahap ini
dilakukan agak lama (sampai 5 menit) untuk memastikan semua berkas
DNA terpisah. Pemisahan ini menyebabkan DNA tidak stabil dan siap
menjadi templat ("patokan") bagi primer. Durasi tahap ini 1–2 menit.
2. Tahap penempelan atau annealing. Primer menempel pada bagian DNA
templat yang komplementer urutan basanya. Ini dilakukan pada suhu antara
45–60 °C. Penempelan ini bersifat spesifik. Suhu yang tidak tepat
menyebabkan tidak terjadinya penempelan atau primer menempel di
sembarang tempat. Durasi tahap ini 1–2 menit.
3. Tahap pemanjangan atau elongasi. Suhu untuk proses ini tergantung dari
jenis DNA polimerase (ditunjukkan oleh P pada gambar) yang dipakai.
Dengan Taq-polimerase, proses ini biasanya dilakukan pada suhu 76 °C.
Durasi tahap ini biasanya 1 menit.

Lepas tahap 3, siklus diulang kembali mulai tahap 1. Akibat denaturasi dan
renaturasi, beberapa berkas baru (berwarna hijau) menjadi templat bagi primer
lain. Akhirnya terdapat berkas DNA yang panjangnya dibatasi oleh primer yang
dipakai. Jumlah DNA yang dihasilkan berlimpah karena penambahan terjadi secara
eksponensial.

4. Elektroforesis

Untuk menganalisis hasil manipulasi DNA dapat dilihat melalui

elektroforesis. Elektroforesis adalah suatu teknik yang menggunakan medan listrik
untuk memisahkan molekul berdasarkan ukuran. Karena mengandung fosfat yang

28
bermuatan negatif, DNA akan bergerak menuju elektroda positif dalam medan
listrik.

 Pengurutan DNA (DNA Sekuensing)

Urutan nukleotida DNA dari sebagian besar organisme masih tidak diketahui.
Mengetahui urutan dari DNA suatu oganisme atau suatu klon fragment DNA
memberikan informasi yang sangat berharga untuk studi lanjutan. Urutan dari
suatu gen dapat digunakan untuk memprediksi fungsi dari gen, untuk
membandingkannya dengan urutan yang sama dari organisme yang berbeda, dan
untuk mengidentifikasi mutasi atau keselahan dalam urutan DNA.
karena genom dari sebagian besar organisme terdiri dari milyaran nukleotida
seh ingga molekul DNA yang digunakan untuk reaksi sekuensing harus dipotong
terlebih dahulu menjadi fragmen yang lebih kecil dengan menggunakan enzim
restriksi.

 DNA rekombinan

Secara alami, proses rekombinasi dapat terjadi sehingga memungkinkan suatu

gen dapat berpindah dari satu organisme ke organisme lain. Persitiwa tersebut
biasanya terjadi diantara organisme yang memiliki kekerabatan yang dekat.
Dengan kemajuan teknologi molekuler, perpindahan gen dapat terjadi meskipun
antara organisme yang tidak memiliki hubungan kekerabatan. Misalnya gen
manusia yang dipindahkan ke bakteri atau ke hewan seperti babi. Teknik
penggabungan molekul DNA tersebut dikenal sebagai Teknik rekombinan DNA.

29
Gambar : DNA Rekombinan terjadi karena ada penggabugan DNA dari sumber
yang berbeda

5. Kloning Gen

Kloning merupakan suatu teknik untuk menghasilkan banyak salinan dari

satu gen tunggal, kromosom, atau keseluruhan individu. Klon (clone) berasal dari
kata Yunani yang berarti ranting. Jaringan-jaringan non reproduktif digunakan
untuk pengklonan keseluruhan individu. Secara alami, seringkali proses kloning
terjadi. Misalnya pada tanaman kentang yang mampu berkembang biak secara
vegetatif yaitu mampu menghasilkan tanaman baru dari tuber (umbi). Dalam hal
ini, kentang bisa dikatakan mengalami proses kloning.
2.7 Macam-macam Enzim

30
 Terdapat berbagai macam enzim yang dapat berperan secara teknis untuk
membelah dan menggabungkan molekul-molekul DNA. Enzim-enzim tersebut
adalah sebagai berikut :

1. Endonuklease Restriksi (Endo R)

Enzim-enzim restriksi adalah endonuklease endonuklease yang mengenali

rangkaian DNA basa spesifik dalam DNA Spiral rangkap dan membelah kedua
rantai dupleks.Kebanyakan enzim restriksi mengenali rangakain spesifik dari
empat sampai enam pasang basa dan menghidrolisis suatu ikatan fosfodier pada
tiap rantai dalam daerah ini. Tempat pembelahan ini mempunyai simetri rotasi lipat
dua, rangkaian pasangan basanya disebut polindrom. Tempat-tempat pembelahan
terletak simetrik terhadap sumbu lipat dua.

Telah ditemukan lebih dari 350 enzim rentriksi dengan berbaagai variasi
tempat pengenalan dan tempat pembelahan. Hasil pembelahan berupa fragmen
DNA untai rangkap berujung tumpul atau fragmen-fragmen DNA dengan ekor-
ekor untai tunggal.

2. Transferase Deoksinukleotidil Terminal (TdT)

TdT mengkatalisis adisi suatu deoksiribonukleotida tunggal ke ujung

(terminal) 3-OH polideoksioribonukleotida. Aktivitas utama TdT tidak
memerlukan hanya satu dioksinukelotida trifosfat untuk berlangsungnya
polimerisasi. Sembarang d NTP atau kombinasi d NTP atau kombinasi d NTP akan
dipakai sebagai substrat.

3. Ligase DNA

31
 Ligase DNA mengkatalisis pembentukan ikatan fosofodiester antara dua
rantai DNA. Enzim ini membutuhkan gugus-OH bebas pada ujung 3’ satu rantai
DNA dan gugus –PO pada ujung 5’ rantai DNA lainnya. Ligase DNA tak dapat
menyambung dua molekul DNA untai tunggal. Rantai-rantai DNA yang
digabungkan oleh ligase DNA harus merupakan bagian dari molekul DNA spiral
rangkap. Ligase DNA membentuk ikatan fosfodiester hanya jika ada paling sedikit
beberapa pasangan basa dalam daerah sambungan ini. Ligase DNA menutup takik
yaitu suatu ikatan fosfifiester yang terbuka hanya pada satu untai rantai spiral
rangkap DNA. Proses penggabungan ini sangat penting dalam penyambungan
rantai-rantyai DNA.

2.8 Penerapan Rekayasa Genetika

a) Bidang pertanian dan bahan pangan

 Ditemukannya tomat Flavr Savr yang tahan
 Ditemukannya sapi dengan produksi susu meningkat 20%
 Ditemukannya kopi super
 Ditemukannya tanaman ber-pestisida
 Ditemukannya vaksin penyakit mulut dan kuku
 Jagung dengan protein tinggi

b) Bidang kesehatan dan farmasi

 Diproduksinya insulin dengan cepat dan murah
 Adanya terapi genetic
 Diproduksinya interferon
 Diproduksinya beberapa hormon pertumbuhan

32
 c) Bidang Industri
 Terciptanya bakteri yang mampu membersihkan lingkungan tercemar
 Bakteri yang dapat mengubah bahan tercemar menjadi bahan tidak
berbahaya
 Bakteri pembuat aspartanik.

2.8Dampak Rekayasa Genetika

a. Dampak di bidang sosial ekonomi

Dampak ekonomi yang tampak adalah paten hasil rekayasa, swastanisasi
dan kosentrasi bioteknologi pada kelompok tertentu, memberikan pengaruh yang
sangat luas pada masyarakat. Produk bioteknologi dapat merugikan petanikecil.
Penggunakan hormon pertumbuhan sapi dapat meningkatkan produksi susu sapi
sampai 20%, niscaya akan menggusur peternak kecil.

b. Dampak di bidang kesehatan

Produk rekayasa di bidang kesehatan ini memang sudah ada yang
menimbulkan masalah yang serius. Contohnya adalah penggunaan insulin hasil
rekayasa menyebabkan 31 orang meninggal di inggris. Tomat Flavr Savr
diketahui mengandung gen resisten terhaap antibiotic. Susu sapi yang disuntik
dengan hormone BGH disinyalir mengandung bahan kimia baru yang punya
potensi berbahaya bagi kesehatan manusia.

c. Dampak di bidang etika dan moral

33
 Menyisipkan gen makhluk hidup kepada makhluk hidup lain memiliki
dampak etika yag serius. Menyisipkan gen makhluk hidup lain yang tidak
berkerabat5 dianggap sebagai pelanggaran terhadap hukum alam dan sulit
diterima manusia. Bahan pangan transgenic yang tidak berlabel juga membawa
konsekuensi bagi penganut agama tertentu. Penerapan hak paten pada organism
hasil rekayasa merupakan pemberian hak pribadi atas organism. Hal ini
bertentangan dengan banyak nilai-nilai budaya yang mengghargai nilai intrinsic
makhluk hidup.

34
 BAB III

PENUTUP

Dari uraian di atas dapat disimpulkan, alasan pengharaman kloning

reproduksi manusia bukan terletak pada proses atau teknologinya, bukan pada
teknis pelaksanaannya di luar proses alamiah dan tradisional, tetapi pada mudarat
yang ditimbulkannya, akan merancukan dan menafikan berbagai pranata sosial,
etika, dan moral, juga akan merendahkan nilai dan martabat insani. Hal ini sejalan
dengan pendangan dari agam Islam dan Kristen. Teknologi rekayasa genetika yang
dapat ditolerir dan bahkan didukung hanya pada tujuan produktivitas tanaman,
tumbuhan dan hewan. Demikian juga untuk menemukan obat-obatan tertentu yang
sangat diperlukan dalam dunia pengobatan.

Perangkat peraturan untuk pelepasan produk bioteknologi tanaman, ikan

hewan dan pakan saat ini telah dimiliki Indonesia yang tertuang dalam Peraturan
Pemerintah (PP) No 21 Tahun 2005. Peraturan ini merupakan peningkatan atau
penyempurnaan dari peraturan yang sebelumnya dari Keputusan Bersama Empat
Menteri Tahun 1999 serta khusus dibuat untuk mengatur produk bioteknologi hasil
rekayasa genetika di Indonesia. PP ini dibuat atas dasar pendekatan kehati-hatian
yang sesuai dengan Protokol Cartagena tentang Keamanan Hayati. Protokol ini
sebelumnya telah diratifikasi Indonesia melalui Undang-Undang No 21 Tahun
2004. Keputusan ini dibuat untuk menjamin keamanan hayati dan keamanan
pangan bagi kesehatan manusia, keanekaragaman hayati dan lingkungan.

35
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, N.A, etc. 2009. Biologi. 8th edition. San Fransisco :Pearson
Benjamin Cumming

Djuminar, A. 2006. Biologi Molekuler. Bandung : Poltekkes Jurusan Analis

Kesehatan

F, Robert, dkk. 1995. Basic Genetics. England : Wm.C. Brown Publishers

Imawan, 2012. Implementasi Rekayasa Genetika dalam Tehnik

Pencangkokan DNA Manusia terhadap Organisme Tumbuhan Sebagai Impian
Revolusi Ilmiah Abad Ke-21.
http://aguskrisnoblog.wordpress.com/2012/01/11/implementasi-rekayasa-genetika-
dalam-tehnik-pencangkokan-dna-manusia-terhadap-organisme-tumbuhan-sebagai-
impian-revolusi-ilmiah-abad-ke-21/ Diakses tanggal 15 Oktober 2012

J, Peter,Russell.1994. Fundamental of Genetics. New York : HarperCollins

College Publishers

Nur Azhar, T. 2008. Dasar-dasar Biologi Molekuler. Bandung : Penerbit

Widya Padjadjaran http://id.shvoong.com/exact-sciences/1999578-rekayasa-
genetika Campbell, N.A, etc. 2009. Biologi. 8th edition. San Fransisco :Pearson
Benjamin Cumming

Nur Azhar, T. 2008. Dasar-dasar Biologi Molekuler. Bandung : Penerbit

Widya Padjadjaran.

36
37