Penghapusan Urutan Intron dengan Penyambungan RNA

Intron non coding dipotong oleh gen transkrip dari beberapa mekanisme yang berbeda.
Sebagian besar gen nuklear yang mengkodekan protein pada eukariota multiseluler
mengandung intron lebih sedikit, tapi masih banyak dari gen uniseluler eukariota seperti ragi
mengandung intron. Gen langka archaea dan beberapa virus prokariota juga mengandung
intron. Dalam kasus "split" gen, transkrip primer berisi keseluruhan urutan gen, dan intron
urutan dieksisi selama pemrosesan RNA. Untuk gen yang mengkodekan protein, mekanisme
splicing harus tepat yaitu harus bergabung dengan urutan exon dengan akurasi nukleotida
tunggal untuk memastikan kodon masuk exons distal ke intron dibaca dengan benar. Akurasi
sampai tingkat ini tampaknya membutuhkan sinyal splicing yang tepat. Namun, dalam
transkrip utama dari gen nuklear, satu-satunya urutan yang benar-benar dilestarikan dari intron
yang berbeda adalah Urutan dinukleotida di ujung intron, yaitu, Urutan yang ditunjukkan di
sini adalah untuk untai DNA nontemplate (setara dengan Transkrip RNA, tapi dengan T bukan
U). Untuk gen nuklear, persimpangan konsensus adalah Subskrip numerik yang menunjukkan
persentase frekuensi konsensus dasar di setiap posisi. Dengan demikian, 100 subscript
menunjukkan bahwa basis selalu ada di posisi itu N dan Py yang menunjukkan bahwa salah
satu dari empat nukleotida standar atau keduanya pirimidin. Sambungan ekson-intron berbeda
untuk gen tRNA dan gen struktural di mitokondria dan kloroplas, yang menggunakan
penyambungan RNA yang berbeda mekanisme. Namun, spesies yang berbeda menunjukkan
beberapa pelestarian urutan di persimpangan ekson-intron. Penelitian terbaru menunjukkan
bahwa rangkaian splicing dan intron dapat dilakukan mempengaruhi ekspresi gen. Bukti
langsung untuk kepentingan mereka miliki Telah diberikan oleh mutasi pada situs-situs yang
menyebabkan fenotip mutan di banyak eukariota yang berbeda. Memang, mutasi semacam itu
terkadang terjadi bertanggung jawab untuk mewarisi penyakit pada manusia, seperti
hemoglobin. Penemuan intron noncoding pada gen merangsang minat yang kuat dalam
mekanisme (s) dimana urutan intron dihapus selama ekspresi gen. Demonstrasi awal bahwa
rangkaian intron di Gen eukariotik ditranskripsikan bersamaan dengan urutan exon yang
terfokus penelitian tentang pengolahan transkrip gen primer. Sama seperti sistem in vitro
memberikan informasi penting tentang mekanisme transkripsi dan translasi. Kunci untuk
memahami peristiwa penyampaian RNA adalah pengembangan sistem splicing in vitro.
Dengan menggunakan sistem ini, peneliti telah menunjukkan bahwa ada tiga jenis
eksisi intron yang berbeda dari transkrip RNA, yaitu :
1. Intron prekursor tRNA dieksisi oleh endonukleolitik yang tepat pembelahan dan reaksi
ligasi yang dikatalisis oleh endonuklease splicing khusus dan aktivitas ligase.

2. Intron beberapa prekursor rRNA dilepaskan secara autokatalitik. Unik Reaksi dimediasi
oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas enzimatik protein terlibat.)

3. Intron transkrip pra-mRNA nuklir (hnRNA) disambung dengan dua tahap reaksi yang
dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein kompleks yang disebut spliceosomes. Ketiga
mekanisme eksisi intron ini dibahas pada tiga hal berikut bagian. Ada mekanisme lain eksisi
intron, tapi demi singkatnya mereka tidak dibahas disini

tRNA PRECURSOR SPLICING: NUCLEASE UNIK DAN AKTIVITAS LIGASE

Reaksi splicing prekursor tRNA telah dibuktikam pada ragi Saccharomyces

cerevisiae. Keduanya dalam sistem splicing in vitro dan splicing sensitif temperatur mutan
telah digunakan untuk membedah mekanisme penyambungan tRNA di S. cerevisiae. Eksisi
intron dari precursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap. Di tahap I, endonuclease splicing
nuklir yang terikat membran membuat dua luka tepat di ujungnya dari intron Kemudian, pada
tahap II, ligase splicing menggabungkan dua bagian tRNA ke menghasilkan bentuk molekul
tRNA dewasa. Kekhususan untuk reaksi ini berada dalam fitur tiga dimensi yang dilestarikan
prekursor tRNA, bukan di urutan nukleotida per se.

SPLIC AUTOCATALYTIC

Tema umum dalam biologi adalah bahwa metabolisme terjadi melalui sekuens enzim
yang teraktivasi reaksi. Enzim-enzim penting ini umumnya berupa protein, kadangkala
polipeptida tunggal dan kadang kompleks heteromultimers. Terkadang enzim memerlukan
kofaktor nonprotein untuk menjalankan fungsinya. Saat ikatan kovalen diubah, biasanya
diasumsikan bahwa reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim. Dengan demikian, penemuan tahun
1982 oleh Thomas Cech dan rekan kerjanya bahwa intron di prekursor rRNA tetrahymena
thermophila dipotong tanpa keterlibatan Aktivitas katalitik protein pun cukup mengejutkan.
Namun, sekarang sudah jelas bahwa aktivitas splicing yang mengeluarkan intron dari
prekursor rRNA ini intrinsik terhadap molekul RNA itu sendiri. Memang, Cech dan Sidney
Altman berbagi 1989 Hadiah Nobel dalam bidang Kimia untuk penemuan RNA katalitik
mereka. Apalagi begini Aktivitas self-splicing atau autocatalytic telah terbukti terjadi pada
prekursor rRNA beberapa eukariota yang lebih rendah dan sejumlah besar rRNA, tRNA, dan
prekursor mRNA di mitokondria dan kloroplas dari berbagai spesies. Dalam kasus banyak
intron ini,
mekanisme splicing sendiri sama atau sangat mirip dengan yang digunakan oleh prekursor
rRNA Tetrahymena (lihat Gambar 11.21). Bagi orang lain, splicing diri Mekanisme mirip
dengan mekanisme splicing yang diamati dengan prekursor mRNA nuklir, tapi tanpa
keterlibatan spliceosome (lihat bagian selanjutnya). Eksisi autocatalytic intron pada prekursor
rRNA Tetrahymena dan Beberapa intron lainnya tidak memerlukan sumber energi eksternal
dan tidak ada aktivitas katalitik protein. Sebagai gantinya, mekanisme splicing melibatkan
serangkaian transfer obligasi phosphoester, dengan tidak ada ikatan yang hilang atau
diperoleh dalam prosesnya. Reaksi membutuhkan nukleosida guanin atau nukleotida dengan
kelompok 3? -OH gratis (GTP, PDB, GMP, atau guanosin semua bekerja) sebagai kofaktor
ditambah kation monovalen dan kation divalen. Persyaratan untuk G-3? -OH mutlak; Tidak
ada basa lain yang bisa diganti dengan nukleosida atau nukleotida kofaktor Intron ini
dipotong dengan menggunakan dua transfer bond phosphoester, dan intron yang dipotong
kemudian dapat disirkulasikan melalui ikatan fosfester lain transfer. Reaksi ini ditunjukkan
pada Gambar 11.21. Peredaran autocatalytics dari intron yang dieksisi menunjukkan bahwa
selfsplicing dari prekursor rRNA ini terletak terutama, jika tidak seluruhnya, dalam intron
struktur itu sendiri. Agaknya, aktivitas autocatalytic bergantung pada struktur sekunder intron
atau setidaknya struktur sekunder dari prekursor RNA. molekul. Struktur sekunder dari RNA
splicing ini harus membawa kelompok reaktif menjadi penjajaran dekat untuk
memungkinkan transfer obligasi fosfolester terjadi. Karena perpindahan ikatan fosfester self-
splicing berpotensi reaksi reversibel, degradasi cepat intron yang dipotong atau ekspor RRNA
yang disambung ke sitoplasma dapat mendorong penyambungan ke arah depan.

Perhatikan bahwa reaksi penyambungan autocatalytic bersifat intramolekuler dan karenanya

tidak tergantung pada konsentrasi. Apalagi prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif di
mana kopolimer guanosin-3? –OH mengikat Penyambungan autocatalytic prekursor rRNA
ini menunjukkan hal itu Situs katalitik tidak terbatas pada protein; Namun, tidak ada trans
katalitik Aktivitas seperti enzim, hanya aktivitas katalitik cis. Beberapa ilmuwan percaya itu
Splicing RNA autocatalytic dapat menjadi peninggalan dari dunia berbasis RNA awal.

PRA-mRNA SPLICING: snRNAs, snRNPs, DAN SPLICEOSOME

Para intron di pra-mRNA nuklir dieksisi dalam dua langkah seperti intron di dalamnya
prekursor tRNA ragi dan prekursor rRNA Tetrahymena yang telah dibahas di dua bagian
sebelumnya. Namun, intron tidak dipotong dengan sederhana splicing nucleases dan ligases
atau autocatalytically, dan tidak ada kofaktor guanosin wajib. Sebagai gantinya, spion nuklir
pra-mRNA dilakukan oleh kompleks RNA- Struktur protein yang disebut spliceosomes.
Struktur ini dalam banyak hal seperti ribosom kecil Mereka mengandung satu set molekul
RNA kecil yang disebut snRNA (kecil RNA nuklir) dan sekitar 40 protein berbeda. Dua
tahap di premRNA nuklir Splicing diketahui (Gambar 11.22); Namun, beberapa rincian dari
Proses splicing masih belum pasti. Lima snRNA, yang disebut U1, U2, U4, U5, dan U6,
terlibat dalam pra-mRNA nuklir. splicing sebagai komponen dari spliceosome. (snRNA U3
terlokalisasi di dalam nukleolus dan mungkin terlibat dalam pembentukan ribosom.) Pada
mamalia, snRNA ini kisaran ukuran dari 100 nukleotida (U6) sampai 215 nukleotida (U3).
Beberapa snRNA di ragi S. cerevisiae jauh lebih besar. SnRNAs ini lakukan tidak ada
sebagai molekul RNA bebas. Sebaliknya, mereka hadir masuk Kompleks protein RNA inti
kecil yang disebut snRNPs (kecil ribonukleoprotein nuklir). Spliceosomes dirakit dari empat
faktor snRNPs dan protein splicing yang berbeda selama proses splicing. Masing-masing
snRNA U1, U2, dan U5 hadir dengan sendirinya dalam partikel snRNP tertentu. snRNA U4
dan U6 hadir bersama di snRNP keempat; U4 dan U6 snRNA berisi dua wilayah saling
melengkapi antar antarmolekul yang basepaired di snRNP U4 / U6. Masing-masing dari
keempat jenis snRNP tersebut partikel mengandung subset dari tujuh snRNP yang ditandai
dengan baik Protein ditambah satu atau lebih protein unik untuk yang tertentu jenis partikel
snRNP Tahap pertama dalam splicing nuklir pra-mRNA melibatkan pembelahan di 5? situs
sambatan intron (↓ GU-intron) dan pembentukan hubungan fosfodiester intramolekuler antara
5? karbon G di lokasi pembelahan dan 2? karbon dari residu A yang dilestarikan di dekat 3?
akhir dari intron Tahap ini terjadi pada spliceosomes lengkap (Gambar 11.22) dan
membutuhkan hidrolisis ATP. Bukti menunjukkan bahwa snrNP U1 harus mengikat pada 5?
situs sambatan sebelum reaksi pembelahan awal. Pengakuan atas situs pembelahan di 5?
akhir intron mungkin melibatkan pasangan dasar antara urutan konsensus di situs ini dan
urutan komplementer di dekat 5? ujung snRNA U1. Namun, spesifisitas pengikatan
setidaknya beberapa dari snRNPs ke urutan konsensus intron melibatkan keduanya snRNA
dan protein snRNP spesifik. SnRNP kedua ditambahkan ke splicing kompleks tampaknya
menjadi snRNP U2; itu mengikat di urutan konsensus yang mengandung residu A yang
dilestarikan yang membentuk titik cabang dalam struktur lariat disambung intron Setelah itu,
snrNP U5 mengikat pada 3? sambatan, dan snRNP U4 / U6 ditambahkan ke kompleks untuk
menghasilkan spliceosome lengkap (Gambar 11.22). Kapan 5? Situs splon intron dibelah
pada langkah 1, snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Pada langkah 2 dari splicing reaksi,
yang 3? sambatan situs intron dibelah, dan dua ekson digabungkan dengan 5 normal? ke 3?
Fosfodiester keterkaitan (Gambar 11.22). MRNA yang disambung sekarang sudah siap untuk
diekspor ke sitoplasma dan terjemahan pada ribosom.