Data digunakan untuk analisis filogenetik molekuler

Untuk menyelidiki evolusi dan hubungan antara gen dan organisme,

berbagai jenis data dapat digunakan. Cara klasik memperkirakan hubungan
antara spesies adalah dengan membandingkan karakter morfologisnya
(Linnaeus, 1758). Taksonomi masih terutama didasarkan pada morfologi.
Informasi molekuler yang semakin tersedia, seperti urutan nukleotida atau
asam amino dan polimorfisme panjang fragmen restriksi (RFLP), juga dapat
digunakan untuk menyimpulkan hubungan filogenetik, berdasarkan konsep
seleksi alam dan evolusi netral. Apakah pendekatan morfologis atau
molekuler lebih disukai untuk pertanyaan evolusi tertentu telah
diperdebatkan selama dekade terakhir (Patterson, 1987). Namun,
penggunaan data molekuler untuk menyimpulkan pohon filogenetik kini
telah menarik minat banyak ahli biologi dari berbagai disiplin ilmu, dan
sering digunakan sebagai tambahan pada data morfologi untuk mempelajari
hubungan lebih lanjut. Untuk spesies yang punah, sulit atau tidak mungkin
untuk mendapatkan data molekuler, dan menggunakan karakteristik
morfologis mumi atau fosil biasanya satu-satunya cara untuk memperkirakan
hubungan mereka. Namun, organisme seperti virus tidak meninggalkan
catatan fosil. Satu-satunya cara untuk mempelajari masa lalu mereka adalah
melalui hubungan filogenetik dari virus yang ada.
Menurut teori evolusi, semua organisme berevolusi dari satu nenek
moyang yang sama, kembali ke asal usul kehidupan. Berbagai mekanisme
untuk memperoleh variasi telah menyebabkan keanekaragaman hayati saat
ini. Mekanisme ini termasuk mutasi, duplikasi gen, reorganisasi genom, dan
rekombinasi. Dari semua sumber ini, hanya mutasi (mis., Mutasi titik, insersi,
dan kerangka) yang digunakan oleh metode filogenetik molekuler yang
berbeda untuk menyimpulkan hubungan antar gen. Untuk melakukan
evaluasi ini, kesamaan gen dipertimbangkan, dengan asumsi bahwa mereka
homolog (mis., Mereka memiliki nenek moyang yang sama). Meskipun
diasumsikan bahwa semua organisme memiliki nenek moyang yang sama,
lama kelamaan kesamaan dalam dua gen dapat terkikis sedemikian rupa
sehingga data sekuens itu sendiri tidak membawa informasi yang cukup
tentang hubungan antara kedua gen dan mereka telah mengakumulasi
terlalu banyak variasi. Oleh karena itu, istilah homologi hanya digunakan
ketika nenek moyang yang sama cukup baru sehingga informasi urutan
memiliki cukup kesamaan untuk digunakan dalam analisis filogenetik. Jadi,
gen itu homolog atau tidak. Akibatnya, tidak ada ungkapan seperti itu
sebagai homologi 95%; alih-alih, kita harus berbicara tentang 95%
kesamaan.
Ketika dua sekuens dibandingkan, kita selalu dapat menghitung
persentase kesamaan dengan menghitung jumlah nukleotida atau asam
amino identik, relatif terhadap panjang sekuens. Ini dapat dilakukan bahkan
jika urutannya tidak homolog. DNA terdiri dari empat jenis residu yang
berbeda: A, G, C, dan T. Jika kesenjangan tidak diperbolehkan, rata-rata, 25%
residu dalam dua sekuens yang disejajarkan secara acak akan identik. Jika
celah dibiarkan, sebanyak 50% residu dalam dua sekuens yang disejajarkan
secara acak bisa identik, menghasilkan kemiripan 50%. Untuk protein,
dengan 21 jenis kodon yang berbeda (mis., Dua puluh asam amino dan
determinator), dapat diharapkan bahwa dua sekuens protein acak - setelah
memungkinkan celah - dapat memiliki hingga 20% residu identik. Secara
umum, semakin tinggi kesamaan, semakin besar kemungkinan urutannya
homolog.
Perbandingan taksonomi menunjukkan bahwa gen-spesies dari
spesies-spesies yang berkaitan erat biasanya hanya berbeda satu sama lain
berdasarkan mutasi titik. Ini biasanya ditemukan pada posisi kodon ketiga
(mis., Redundan) dari ORF sedemikian rupa sehingga posisi kodon ke-3
memiliki tingkat evolusi yang lebih cepat daripada posisi standar 1 dan 2.
Kode genetik memastikan bahwa urutan nukleotida biasanya berevolusi
lebih cepat daripada protein yang dikode. Urutan juga mungkin memiliki
beberapa nukleotida yang dimasukkan atau dihapus (mis., Indels). Gen dari
spesies yang memiliki hubungan lebih jauh berbeda dengan jumlah
perubahan yang lebih besar dari jenis yang sama. Beberapa gen
dikonservasi lebih dari yang lain, terutama bagian-bagian yang mengkode,
misalnya, situs katalitik atau inti protein. Gen lain mungkin memiliki sedikit
atau tidak ada kesamaan. Spesies yang terkait jauh seringkali memiliki
keterkaitan urutan yang dapat dilihat hanya pada gen yang mengkode enzim
atau protein struktural. Kesamaan ini, ketika ditemukan, bisa sangat jauh
dan hanya melibatkan segmen pendek (mis., Motif) diselingi dengan daerah
besar tanpa kesamaan dan panjang variabel, yang menunjukkan bahwa
banyak mutasi dan indels telah terjadi sejak mereka berevolusi dari nenek
moyang mereka yang sama.
Beberapa protein dari spesies yang jauh mungkin tidak memiliki
kesamaan urutan yang signifikan tetapi jelas memiliki struktur sekunder dan
tersier yang sama. Struktur primer hilang lebih cepat daripada struktur
sekunder dan tersier selama perubahan evolusioner. Dengan demikian,
perbedaan antara spesies terkait erat dinilai paling sensitif dengan analisis
urutan nukleotida mereka. Hubungan yang lebih jauh, antara keluarga dan
genera, paling baik dianalisis dengan membandingkan sekuens asam amino
dan dapat diungkapkan hanya oleh bagian-bagian dari beberapa gen dan
proteinnya yang dikodekan (lihat juga Bab 8).

Gambar 1.4. Penjajaran urutan nukleotida dari fragmen urutan gag HIV-1.
Penjajaran ini adalah bagian dari penjajaran yang digunakan untuk menggambar
pohon di Debyser et al. (1998).
 Analisis filogenetik memperkirakan hubungan antara gen atau fragmen
gen dengan menyimpulkan sejarah umum gen atau fragmen gen. Untuk
melakukan ini, penting agar situs homolog dibandingkan satu sama lain
(mis., Homologi posisional). Untuk alasan ini, urutan homolog yang diselidiki
selaras sedemikian sehingga situs homolog membentuk kolom dalam
penyelarasan (Gambar 1.4). Memperoleh perataan yang benar mudah untuk
spesies yang berhubungan erat dan bahkan dapat dilakukan secara manual
menggunakan pengolah kata. Semakin jauh urutan yang terkait, semakin
sulit untuk menemukan keselarasan terbaik. Oleh karena itu, keberpihakan
biasanya dibangun dengan paket perangkat lunak tertentu menggunakan
algoritma khusus.
Sebagian besar algoritma mulai dengan membandingkan kesamaan
frekuensi di setiap langkah berikutnya, menyelaraskan terlebih dahulu
dengan yang memiliki perbedaan tinggi. Selain itu, sesuai dengan
kesamaan, ditambahkan secara progresif. Mode berjalan terus menerus
dengan mode terpisah, menambahkan celah di mana diperlukan untuk
mencapai posisi homologi, tetapi ada beberapa cara yang harus dilakukan di
beberapa tempat dengan cara yang lebih banyak untuk melakukan beberapa
langkah. Bila ada beberapa yang telah dilengkapi dengan serangkaian
pengaduan, maka peruntukan totaltanggaluntukdiperbaiki olehpengaturan
manual. Mendapatkan keselarasan yang baik adalah salah satu langkah
paling penting menuju pohon filogenetik yang baik. Ketika kemiripan
urutannya sangat rendah sehingga penyejajaran menjadi terlalu ambigu
untuk membuat situs biologis tidak selaras dengan benar, itu lebih baik
untuk mengubah kerangka fragmen gen tertentu dari penyejajaran agar
tidak merusak pohon filogenetik. Kesenjangan pada awal dan akhir suatu
urutan, yang mewakili data urutan yang hilang untuk urutan yang lebih
pendek, harus dihilangkan untuk mempertimbangkan jumlah data yang
sama untuk urutan berikutnya. Seringkali, kolom-kolom yang diambil dari
gambar-gambar ini dan dimasukkan dalam laporan untuk sebagian besar
sampel dari analisis-analisis ini (lihat Bab 3). Penjajaran terbaik adalah data
yang digunakan paket perangkat lunak filogenetik untuk membangun pohon
filogenetik.
Untuk memastikan keterkaitan hubungan filogenetik yang lebih baik
antara gen dengan gen yang diteliti harus memiliki sejarah yang sama. Oleh
karena itu, peristiwa rekombinasi dalam fragmen yang sedang diselidiki,
yang mengubah sejarah umum ini, juga akan mendistorsi pohon filogenetik.
Rekombinasi di luar fragmen bunga tidak mengganggu pohon; Namun,
pengetahuan tentang peristiwa rekombinasi diperlukan ketika kedua
fragmen diselidiki. Genesar yang menyelesaikan infeksi dan mencegah
keturunan di tingkat nukleotida atau asam amino disebut paralogous.
Membandingkan gen tersebut dengan analisis filogenetik akan menghasilkan
informasi tentang peristiwa duplikasi. Gen homolog pada spesies berbeda
yang telah memulai evolusi terpisah karena spesiasi disebut ortolog.
Membandingkan gen-gen semacam itu dengan analisis filogenetika akan
menghasilkan informasi sebelum mencapai nilai. Oleh karena itu, ketika
melakukan analisis filogenetik pada gen-gen homolog, penting untuk
mengetahui apakah gen-gen itu ortolog atau paralog. Hal ini mencegah
kesalahan membuat kesimpulan tentang penilaian dengan membandingkan
gen gen yang tidak sesuai dengan gen ortologis.
Evolusi gen non-homologis di bawah tekanan selektif serupa dapat
menghasilkan evolusi paralel atau konvergen. Ketika dua enzim berevolusi
untuk memiliki fungsi yang sama, persyaratan fungsional yang sama dapat
menghasilkan situs aktif yang sama yang terdiri dari asam amino yang sama
atau serupa. Efek ini dapat menghasilkan dua urutan memiliki kesamaan
yang lebih tinggi dari yang diharapkan, yang dapat keliru untuk homologi.
Peristiwa lain dapat menghasilkan kesamaan dua urutan yang lebih tinggi
daripada kesamaan yang diharapkan dari sejarah evolusi mereka.
Pembalikan urutan terjadi ketika mutasi kembali ke nukleotida asli; beberapa
pukulan ketika mutasi telah terjadi beberapa kali pada nukleotida yang
sama, menghasilkan nukleotida yang sama pada posisi homolog dalam dua
sekuens yang berbeda; dan substitusi paralel ketika substitusi nama terjadi
pada garis perbedaan yang berbeda. Semua peristiwa ini mengganggu
hubungan linier antara waktu evolusi dan divergensi urutan. Efek ini disebut
homoplasy (lihat Bab 4).
Saat ini, informasi urutan disimpan dalamnya seperti Ketinggian Pusat
Informasi Bioteknologi (NCBI), Perpustakaan Kedokteran Nasional (NLM),
Organisasi Biologi Molekuler Eropa (EMBO), dan Database DNA Jepang (DDJ).
Pencarian untuk urutan homolog dalam basis data individu dapat dilakukan
dengan berbagai cara, berdasarkan penilaian kesamaan antara urutan.
Beberapa organisasi menyediakan layanan pencarian melalui jaringan
komputer internasional (mis., BLAST). Namun, tidak ada metode pencarian
yang sempurna dan terkait setelahnya mungkin akan terlewatkan.

Apa itu pohon filogenetik?

Hubungan evolusi antara gen dan organisme dapat elegan
diilustrasikan oleh pohon filogenetik, sebanding dengan gen silsilah
showingwhich atau organisme terkait paling dekat. pohon filogenetik
dijelaskan dengan cara ini karena berbagai diagram digunakan untuk
menggambarkan hubungan ini menyerupai struktur pohon (Gambar 1.5),
dan istilah mengacu pada berbagai bagian diagram ini (yaitu, akar,
menyerupai struktur pohon (Gambar 1.5), dan istilah mengacu pada
berbagai bagian diagram ini (yaitu, akar, batang, cabang, simpul, dan daun)
juga mengingatkan pohon. Eksternal (terminal) node, itu masih batang,
cabang, simpul, dan daun) juga mengingatkan pohon. Eksternal (terminal)
node, itu masih ada (yang ada) taksa, sering disebut unit taksonomi
operasionalada (yang ada) taksa, sering disebut unit taksonomi
operasionalada (yang ada) taksa, sering disebut unit taksonomi operasional
(Otus), istilah generik yang dapat mewakili banyak jenis sebanding taksa
(misalnya, keluarga organisme, (Otus), istilah generik yang dapat mewakili
banyak jenis sebanding taksa (misalnya, keluarga organisme, individu, atau
strain virus dari satu spesies; satu set gen yang terkait; atau bahkan daerah
gen). Demikian pula, internal node dapat disebut unit taksonomi hipotetis
(HTUs) untuk menekankan bahwa mereka adalah pula, internal node dapat
disebut unit taksonomi hipotetis (HTUs) untuk menekankan bahwa mereka
adalah nenek moyang hipotetis Otus. Sekelompok taksa yang termasuk
dalam cabang yang sama memiliki monofiletik nenek moyang hipotetis Otus.
Sekelompok taksa yang termasuk dalam cabang yang sama memiliki
monofiletik asal dan disebut gugus. Dalam Gambar 1.5, taksa A, B, dan C
membentuk cluster, memiliki asal dan disebut gugus. Dalam Gambar 1.5,
taksa A, B, dan C membentuk cluster, memiliki kesamaan nenek moyang H,
dan, oleh karena itu, asal monofiletik. C, D, dan E tidak membentuk cluster
tanpa termasuk strain tambahan; dengan demikian, mereka tidak asal
monofiletik. Percabangan Pola yaitu urutan node disebut topologi pohon.
Sebuah unrooted pohon hanya memposisikan taksa relatif individu
untuk satu sama lain tanpa menunjukkan arah proses evolusi. Dalam sebuah
pohon unrooted, tidak ada indikasi yang simpul mewakili nenek moyang dari
semua Otus. Untuk menunjukkan arah evolusi di pohon, ia harus memiliki
akar yang mengarah ke nenek moyang dari semua Otus di dalamnya (lihat
Gambar 1.5). Pohon itu dapat berakar akar yang mengarah ke nenek
moyang dari semua Otus di dalamnya (lihat Gambar 1.5). Pohon itu dapat
berakar jika salah satu atau lebih dari Otus bentuk sebuah outgroup karena
mereka dikenal sebagai, atau diyakini, paling jauh terkait dari Otus (yaitu,
outgroup rooting). Sisanya kemudian membentuk ingroup. Akar diyakini,
paling jauh terkait dari Otus (yaitu, outgroup rooting). Sisanya kemudian
membentuk ingroup. Akar node node yang bergabung dengan ingroup dan
outgroup. Oleh karena itu, harus mewakili nenek moyang dari kedua
outgroup dan ingroup tersebut. Hal ini masih mungkin untuk menetapkan
akar bahkan ketika itu tidak diketahui yang OTU untuk digunakan sebagai
outgroup tersebut. Dengan asumsi bahwa tingkat evolusi dalam garis
keturunan yang berbeda sama, akar maka akan berbaring baik di titik
tengah jalan yang menghubungkan kedua yang paling berbeda Otus, atau
pada titik mean dari jalan yang bergabung paling berbeda Otus terhubung
melalui satu tepi (yaitu, rooting titik tengah).
 Gambar 1.5 Struktur pohon filogenetik yang berakar (A) dan tidak berakar
(B)
Itu waktu koalesensi adalah waktu ketika paling nenek moyang
terakhir (MRCu) dari alel yang masih ada masih ada. Ketika mencoba untuk
memperoleh informasi tentang asal-usul populasi spesies (MRCu) dari alel
yang masih ada masih ada. Ketika mencoba untuk memperoleh informasi
tentang asal-usul populasi spesies dengan menganalisis variabilitas urutan
alel yang berbeda dari gen tertentu, waktu peleburan tergantung pada
kepunahan alel setelah spesiasi. Pada Gambar 1.3, individu-individu dari
generasi ke-7 memiliki satu nenek moyang yang sama dalam generasi ke-4.
Oleh karena itu, waktu koalesensi adalah lambat fi generasi pertama. Jadi,
ketika ukuran populasi efektif adalah kecil dan alel hilang setelah spesiasi,
waktu peleburan untuk alel yang berbeda dalam suatu spesies di pohon
populasi lebih dari waktu spesiasi. Sebagai contoh, saat koalesensi DNA
mitokondria manusia, yang diwariskan melalui garis perempuan, dihitung
menjadi sekitar dua ratus ribu tahun yang lalu (Waspada et al, 1991;..
Ingman et al, 2000). Waktu peleburan untuk kromosom Y sekitar tujuh puluh
ribu tahun yang lalu (Dorit et al, 1995;.. Thomson et al, 2000), namun
spesiasi manusia tidak pada waktu yang berbeda bagi perempuan daripada
laki-laki. tanggal perkiraan adalah kali peleburan untuk dua gen yang
berbeda dianalisis, yang asal polimorfik tidak perlu harus simultan. Ketika
asal polimorfisme mendahului spesiasi, saat perpaduan dari alel yang ada
dari spesies bahkan bisa mendahului spesiasi. Apakah waktu perpaduan alel
mendahului ada atau mengikuti spesiasi tergantung pada ukuran populasi
efektif. tanggal perkiraan adalah kali peleburan untuk dua gen yang berbeda
dianalisis, yang asal polimorfik tidak perlu harus simultan. Ketika asal
polimorfisme mendahului spesiasi, saat perpaduan dari alel yang ada dari
spesies bahkan bisa mendahului spesiasi. Apakah waktu perpaduan alel
mendahului ada atau mengikuti spesiasi tergantung pada ukuran populasi
efektif. Tanggal perkiraan adalah kali peleburan untuk dua gen yang berbeda
dianalisis, yang asal polimorfik tidak perlu harus simultan. Ketika asal
polimorfisme mendahului spesiasi, saat perpaduan dari alel yang ada dari
spesies bahkan bisa mendahului spesiasi. Apakah waktu perpaduan alel
mendahului ada atau mengikuti spesiasi tergantung pada ukuran populasi
efektif.
Untuk memperkirakan kali perpaduan gen, alel, atau quasispecies
varian, sebuah spesifik asumsi - bahwa urutan divergensi meningkat dari
waktu ke waktu - selalu harus bemade. Waktu berjalan hanya dalam satu
arah evolusi; Oleh karena itu, bahkan jika morfologi spesies tidak berubah,
urutan perbedaan yang akan hampir selalu meningkat. Waktu sejak spesiasi
terkait dengan sejauh mana urutan perbedaan dalam spesies. Cara
termudah untuk menghitung kali divergensi adalah dengan mengasumsikan
bahwa urutan perbedaan terakumulasi secara linear dari waktu ke waktu; ini
disebut jam molekuler. Ketika jam urutan perbedaan terakumulasi secara
linear dari waktu ke waktu; ini disebut jam molekuler. Ketika jam urutan
perbedaan terakumulasi secara linear dari waktu ke waktu; ini disebut jam
molekuler. Ketika jam molekuler memegang, semua garis keturunan di
pohon telah mengumpulkan substitusi pada tingkat yang sama; tingkat
evolusi konstan (lihat juga Bab 10). Namun, tingkat evolusi tergantung pada
banyak faktor, termasuk tingkat metabolisme dalam spesies, waktu
generasi, peristiwa bottleneck, dan tekanan selektif. Oleh karena itu, jam
molekul mutlak tidak ada. Selalu ada beberapa perbedaan dalam tingkat
evolusi sepanjang cabang-cabang pohon; ini terutama berlaku untuk virus
yang memiliki tingkat tinggi replikasi, perubahan host - dan lingkungan
tekanan sehingga selektif - dan sering pergi melalui peristiwa bottleneck.
Namun, uji statistik dapat dilakukan, seperti yang dijelaskan dalam Bab 10,
yang memberikan gambaran bagaimana yang berbeda tingkat evolusi
sepanjang cabang di pohon yang froma uniformrate. situasi inmany,
perbedaan ini sangat kecil bahwa jam molekuler dapat dengan aman
diasumsikan untuk menghitung kali peleburan (atau kali perbedaan ketika
memulai dari node leluhur) di pohon. Untuk menerapkan jam molekuler
untuk pohon, leluhur harus diketahui; yaitu, arah waktu di pohon harus
diketahui dan pohon harus berakar.
Seperti pohon - di mana arah waktu diketahui, jam molekuler
memegang, dan taksa adalah organisme - merupakan cladogram. Sebuah
cladogram memetakan hubungan leluhur-keturunan organisme - merupakan
cladogram. Sebuah cladogram memetakan hubungan leluhur-keturunan
antara organisme atau kelompok organisme. SEBUAH fenogram hanya
merupakan hubungan antara antara organisme atau kelompok organisme.
SEBUAH fenogram hanya merupakan hubungan antara sekelompok taksa.
Karena efek, pohon populasi, pohon spesies, dan pohon gen, dan karena
sebuah jam molekuler yang mutlak tidak ada, cladogram akan tidak pernah
identik dengan fenogram a. Meskipun topologi dapat identik, panjang cabang
mungkin sedikit berbeda. Cladograms dapat ditarik berdasarkan karakter
morfologi fosil, dan cabang-cabang dapat dihitung dari metode penanggalan
independen seperti penanggalan radiokarbon. Sebuah cladogram juga dapat
didasarkan pada pohon filogenetik; sebuah fenogram selalu didasarkan pada
pohon filogenetik.

7. Ribozim dan RNA

Mana yang Protein atau asam nukleat? Karena molekul RNA acak
dapat dirakit dan menduplikat dirinya sendiri di bawah kondisi purba,
umumnya dipastikan bahwa asam nukleat muncul terlebih dahulu. Lebih
jauh lagi, walaupun sebagian besar enzim modern memang protein,
contoh RNA berperan sebagai enzim dan reaksi katalis tanpa bantuan
protein ada. Skenario ini menunjukkan bahwa asam nukleat primitif yang
direplikasi sendiri dan mantel protein pelindung ditambahkan kemudian.
 Pandangan yang agak ekstrem adalah gagasan bahwa organisme
paling awal memiliki gen dan enzim yang terbuat dari RNA dan
membentuk apa yang disebut "dunia RNA." Gagasan ini diajukan oleh
Walter Gilbert pada tahun 1986 dan berusaha untuk menghindari
masalah paradoks bahwa asam nukleat adalah diperlukan untuk
mengkodekan protein, namun enzim yang terbuat dari protein
dibutuhkan untuk meniru asam nukleat. Selama tahap dunia RNA, RNA
konon melakukan kedua fungsi tersebut. Kemudian, protein yang
disusupi dan mengambil alih peran enzim dan DNA tampaknya
menyimpan informasi genetik, membuat RNA sebagai perantara antara
gen dan enzim.
Beberapa contoh menggambarkan kemampuan RNA untuk
melakukan reaksi enzimatik serta mengkodekan informasi genetik.
Kasus-kasus ini mendukung keutamaan RNA:
1) Ribozim adalah molekul RNA penggunaan tunggal yang aktif secara
enzimatik. Enzim asli memproses sejumlah besar molekul lain, dan
tidak berubah selama reaksi berlangsung. Oleh karena itu, self-
splicing RNA bukanlah enzim yang benar karena hanya bekerja satu
kali. Ada daftar tumbuh yang diketahui dan dicurigai ribozim. Yang
paling penting adalah RNA ribosom dari subunit besar, yang secara
langsung terlibat dalam reaksi sintesis protein. Salah satu ribozim
yang paling terkenal adalah ribonuclease P. Enzim ini memiliki
komponen RNA dan protein dan memproses molekul RNA transfer
tertentu. Ini adalah bagian RNA dari ribonuclease P yang melakukan
reaksinya. Protein berfungsi hanya untuk menahan ribozyme dan
transfer RNA yang diaktivasi. Dalam larutan terkonsentrasi, protein
bahkan tidak diperlukan, dan komponen RNA akan bekerja dengan
sendirinya.
2) Self-splicing intron ("kelompok I" intron) adalah contoh RNA katalitik.
Gen sel eukariotik sering terganggu oleh daerah non-coding (intron),
yang harus dikeluarkan dari RNA pembawa pesan sebelum
 diterjemahkan menjadi protein. Biasanya, ini dilakukan oleh
spliceosome yang terdiri dari beberapa protein dan molekul RNA kecil.
Kadang-kadang, RNA intron itu keluar sendiri tanpa bantuan protein
apapun. Penyambungan diri semacam itu ditemukan di beberapa gen
nuklir beberapa protozoa, di mitokondria sel jamur, dan kloroplas sel
tumbuhan.
3) Viroids adalah molekul RNA menular yang menginfeksi tanaman. RNA
viroid melakukan reaksi pembelahan diri selama replikasi, yaitu viroid
berperan sebagai ribozim.
4) DNA polimerase tidak dapat memulai untaian baru namun hanya
dapat memanjang untai yang sudah ada sebelumnya. Primer yang
terbuat dari RNA harus digunakan kapan pun untaian DNA baru
dimulai. RNA polimerase mampu melakukan inisiasi dan
pemanjangan. Ini menunjukkan bahwa RNA polimerase mungkin telah
berevolusi sebelum polimerase DNA.
5) Molekul panduan kecil RNA digunakan dalam berbagai proses. Ini
termasuk pengangkatan intron, modifikasi dan pengeditan RNA
pembawa pesan dan perpanjangan ujung kromosom eukariotik oleh
telomerase.
6) Riboswitch baru-baru ini menemukan motif yang mengikat pada RNA
yang secara langsung mengikat molekul kecil dan mengendalikan
ekspresi gen dengan tidak adanya protein pengatur.

Di satu sisi, pertanyaan kritisnya adalah apakah RNA bisa menyalin

dirinya sendiri tanpa keterlibatan DNA atau bantuan dari enzim protein.
Meskipun tidak ada polimerase RNA yang ribozimnya masih ada, namun
terbukti memungkinkan menghasilkannya secara artifisial. Molekul RNA
yang diubah dapat dipilih dengan bentuk evolusi Darwin pada tingkat
molekuler. Ribozim yang sudah ada sebelumnya dapat digunakan
sebagai bahan awal. Sebagai alternatif, beberapa peneliti menggunakan
kolam acak rangkaian RNA buatan buatan. Dalam satu percobaan,
molekul RNA yang menunjukkan aktivitas ligase RNA primitif dipilih dari
genangan rangkaian RNA acak. Ribozim buatan tersebut dapat
menghubungkan dua rantai RNA dengan reaksi ligase khas seperti enzim
protein dalam sel modern. Yang terbaik dari ribozim RNA ligase ini
kemudian mengalami putaran mutasi dan seleksi lebih lanjut. Hasilnya
adalah ribozyme dari 189 basa yang menggunakan template RNA untuk
mensintesis untai komplementer RNA dengan akurasi sekitar 96-99%.
Ribozyme ini menambahkan nukleotida tunggal, satu per satu, ke primer
RNA menggunakan nukleosida trifosfat sebagai substrat (Gambar 2.6).
Namun, sangat lambat dan hanya bisa memperpanjang rantai sekitar 14
nukleotida karena tidak "bersifat proses". Dengan kata lain, ribozim
berdisosiasi dari tempelan setelah menambahkan setiap nukleotida,
sedangkan polimerase yang benar tetap terpasang dan dilanjutkan
sepanjang tempelan yang menambahkan nukleotida secara berurutan.

Gambar 2.6 Evolusi Penghasilan Ribozyme RNA Polymerase

(Sumber: Clark, 2005).

Satu masalah dengan konsep "RNA world" adalah bahwa RNA lebih
reaktif daripada DNA. Meskipun RNA akan terbentuk lebih mudah
daripada DNA di bawah kondisi purba, namun RNA akan menjadi kurang
stabil. Dengan demikian DNA, meski lebih lambat terbentuk pada
awalnya, mungkin cenderung terakumulasi dalam kondisi seperti itu.
 Selain itu, sup purba akan mengandung campuran sub-komponen dari
kedua jenis asam nukleat maupun protein, lipid dan karbohidrat. Jadi
tampaknya mungkin lebih mungkin bahwa campuran yang tidak jelas,
bahkan mungkin molekul asam nukleat hibrida dengan komponen RNA
dan DNA, muncul lebih dulu.

8. Sel Pertama
Membentuk molekul biologis yang relevan di bumi primitif akan
menjadi langkah pertama di jalan untuk membentuk sel primitif pertama.
Protein acak dan molekul lipid berminyak dikumpulkan di sekitar RNA
purba (atau DNA), sehingga membentuk gumpalan organik yang tertutup
mikroskopis. Akhirnya sel proto ini belajar bagaimana menggunakan RNA
untuk kode urutan proteinnya. Lipid membentuk membran di sekitar
bagian luar untuk menjaga komponen lainnya tetap bersama. Pada awal,
protein dan RNA berbagi fungsi enzimatik. Kemudian, RNA kehilangan
sebagian besar peran enzimatiknya karena protein yang lebih serbaguna
mengambil alih (Gambar 2.7). Secara umum diperkirakan bahwa RNA
adalah molekul penyimpanan informasi pertama dan bahwa DNA adalah
penemuan selanjutnya. Karena DNA lebih stabil daripada RNA, maka DNA
akan menyimpan dan mengirimkan informasi dengan lebih sedikit
kesalahan.

Gambar 2.7 Munculnya Proto-Cell.

(Sumber: Clark, 2005).

Sel primitif ini samar-samar menyerupai bakteri primitif, dan hidup

dari senyawa organik dalam sup primitif. Akhirnya pasokan molekul
 organik pra-dibuat dikonsumsi. Sel proto dipaksa untuk menemukan
sumber energi baru dan beralih ke matahari (Gambar 2.8A). Bentuk
fotosintesis paling awal mungkin menggunakan energi matahari yang
digabungkan dengan penggunaan senyawa sulfur untuk mengurangi
kekuatan. Nantinya, fotosintesis lebih maju menggunakan air bukan
senyawa sulfur. Airnya terbelah, melepaskan oksigen ke atmosfer.

Gambar 2.8 Pengembangan Fotosintesis Menetapkan Thestage Untuk Respirasi

(Sumber: Clark, 2005).

Sebelum ini, atmosfir telah kosong dari oksigen. Penambahan oksigen

benar-benar mengubah tanah primitif. Begitu oksigen tersedia, respirasi
bisa dikembangkan. Sel mengorganisasikan komponen dari mesin
fotosintesis untuk melepaskan energi dengan mengoksidasi molekul
makanan dengan oksigen (Gambar 2.8B). Fotosintesis memancarkan
oksigen dan mengkonsumsi karbon dioksida, sedangkan respirasi
melakukan sebaliknya. Hasil keseluruhan adalah ekosistem dimana
tanaman dan hewan saling melengkapi secara biokimia.

10. Evolusi DNA, RNA, dan Sekuen Protein

Selama jutaan tahun, mutasi terjadi pada sekuen DNA pada kelanjuan
yang rendah namun konstan. Mutasi mengakibatkan urutan dari DNA dan
yang dikodekan protein secara bertahap akan berubah dalam jangka
waktu yang lama. Hampir semua mutasi akan terseleksi karena
umumnya bersifat merusak, namun beberapa akan bertahan. Hampir
semua mutasi yang tergabung secara permanen kedalam gen adalah
mutasi netral yang tidak berbahaya atau efek menguntungkan bagi
organisme. Jarang sekali terjadi mutasi yang dapat meningkatkan fungsi
dari suatu gen dan atau protein yang dikode oleh gen. Kadang kala,
suatu mutasi yang awalnya berbahaya dapat berubah menjadi
menguntungkan dalam kondisi lingkungan yang baru.
Fungsi aktual dari protein umumnya tidak merupakan sekuen penuh
dari suatu gen. Jika protein masih dapat berfungsi normal, suatu mutasi
pada gen mungkin dapat diterima. Banyak jenis asam amino yang
membentuk protein, ketika asam amino berubah mungkin saja tidak
merubah fungsi dari protein terlalu banyak, misalnya penggantian
dengan asam amno yang mirip. Jika dibandingkan sekuen pada suatu
protein yang diambil dari beberapa organisme, akan dapat disejajarkan
dan memiliki banyak kemiripan. Misalnya, rantai α hemoglobin pada
manusia sangat identik dengan simpanse, 13% asam amino penyusun
hemoglobin manusia berbeda dengan asam amino penyusun hemoglobin
babi, 25% berbeda dengan ayam, dan 50% berbeda dengan ikan.
Keberagaman dan kesamaan sekuen tersebut merupakan hal yang
dianggap sebagai dasar dalam penentuan hubungan evolusioner.
Organisme tertentu mengandung gen dan protein dengan urutan
tertentu. Hal ini digunakan untuk membangun pohon evolusioner seperti
pada gambar 1. Selain itu selama evolusi, sebuah gen dapat mengalami
perubahan dari waktu-ke waktu. Sebagai contoh adalah gen globin.

Gambar 2.9 Pohon evolusi berdasar cytochrome C

(Sumber: Clark, 2005).
11. Pembentukan Gen Baru Melalui Duplikasi
Salah satu cara dalam membuat genbaru adalah melalui duplikasi
gen. Sekuen asal dari gen harus tetap memiliki fungsi asalnya sedangkan
sekuen hasil duplikasi bebas untuk termutasi dan berubah secara
ektensif. Hampir pada semua kasus, mutasi yang terakumulasi akan
menonaktifkan sekuen gen hasil duplikasi. Sedikit sekali terjadi, sekuen
hasil duplikasi akan tetap aktif dan berubah sehingga memainkan hal
yang berhubungan namun memiliki fungsi yang berbeda dari gen awal.

Duplikasi secara berulang diikuti divergensi dapat menghasilkan

keluarga dari gen yang berhubungan “gene family”. Misalnya yaitu
keluarga gen globin. Hemoglobin membawa oksigen dalam darah,
sedangkan myoglobin membawa oksigen dalam otot. Kedua protein ini
memiliki fungsi yang sama, memiliki bentuk 3D yang mirip, dan sekuen
gennya berhubungan. Setelah gen nenek moyang gen ini mengalami
duplikasi, dua gen hemoglobin dan myoglobin secara perlahan
memencar sebagai spesialisasi untuk bekerja dalam jaringan yang
berbeda.

Gambar 2.10 Duplikasi Menciptakan Gen Baru

(Sumber: Clark, 2005).

Hemoglobin mamalia tersusun atas dua rantai (α)-globin dan dua

rantai (β)-globin membentuk α2/β2 tetramer, tidak seperti myoglobin
yang hanya merupakan satu monomer rantai polipeptida. (α)-globin dan
(β)-globin diturunkan melalui duplikasi dari gen hemoglobin nenek
moyang. Gen hemoglobin rantai α nenek moyang memencar membentuk
gen (α)-globin hewan saat ini dan zeta (ζ)-globin. Sedangkan gen (β)-
globin nenek moyang memencar menjadi (β)-globin, gamma (γ)- globin,
delta (δ)- globin, dan epsilon (ε)- globin.

Berbagai jenis globin ini digunakan dalam tahap perkembangan yang

berbeda. Setiap tahap, tetramer hemoglobin terdiri dari dua tipe- α dan
dua rantai tipe- β. Zeta (ζ)-globin dan epsilon (ε)- globin muncul pada
awal perkembangan embrio. Pada saat embrio berkembang menjadi
janin, rantai epsilon (ε)- globin digantikan dengan rantai gamma (γ)-
globin sedangkan rantai zeta (ζ)-globin diganti dengan rantai (α)-globin
membentuk α2/γ2 hemoglobin yang memiliki daya ikat oksigen lebih
tinggi dari pada α2/ β2 hemoglobin yang terbentuk setelah janin lahir.
Penjelasan lebih lanjut pada gambar 3 dan 4.

Gen globin adalah contoh keluarga gen, sekelompok gen yang

terkait erat yang muncul dengan duplikasi berturut-turut. Anggota
individu jelas terkait dalam urutan mereka dan melakukan peran serupa.
Selama evolusi gen berlanjut duplikasi dapat menimbulkan beberapa gen
baru yang fungsinya terus menyimpang sampai nenek moyang mereka
sulit dikenali; Ini memberi superfamili gen. Salah satu contoh superfamily
gen adalah gen pada sistem kekebalan atau imunitas.
 Gambar 2.11 Pohon Keluarga Globin Gambar 2.12 Fetal Hemoglobin Lebih
Baik Dari Hemoglobin Dewasa
(Sumber Clark, 2005)
(Sumber Clark, 2005)

15. Jam Molekuler Untuk Melacak Evolusi

Jam molekuler atau lebih dikenal dalam bahasa Inggris Molecular
clock adalah sebuah cara dalam evolusi molekul yang menggunakan
pembatasan dan perbandingan perkembangan fosil akan perubahan
molekul untuk menyimpulkan waktu sejarah geologis terhadap
penyimpangan antara kedua spesies atau taxa lainnya. Hal ini digunakan
untuk memperkirakan waktu terjadinya peristiwa yang disebut spesiasi
atau radiasi. Data molekul yang biasanya digunakan untuk perhitungan
seperti ini adalah susunan nukleotida dari DNA atau susunan asam amino
dari protein. Jam molekuler seringkali disebut sebagai jam genetik atau
jam evolusi.
Suatu protein pada berbagai organisme yang berevolusi dengan
cepat, maka dengan segera protein akan mengalami perubahan
sequence. Bila protein tersebut terdapat pada beberapa organisme
berbeda, maka kekerabatan protein itu akan menghilang secara
perlahan. Sebaliknya bila pada berbagai organisme memiliki suatu
protein yang berevolusi dengan lambat, maka perbedaannya tidak akan
mencolok. Oleh karena itu protein yang berevolusi dengan lambat
digunakan untuk melacak kekerabatan genetik berbagai organisme yang
berkerabat jauh. Sedangkan untuk organisme yang berkerabat dekat
menggunakan protein dengan laju yang cepat
Kebanyakan Protein manusia memiliki urutan-urutan yang identik
dengan simpanse dan berkerabat erat. Bahkan jika kita meneliti
fibrinopeptida yang berkembang pesat, manusia dan simpanse berakhir
pada cabang yang sama dari pohon evolusi. Mutasi-mutasi yang tidak
mempengaruhi urutan protein menumpuk lebih cepat selama evolusi,
karena mereka memiliki sedikit atau tidak ada efek dentrimental. Jadi,
jika kita melihat sekuen protein pada urutan DNA yang sangat erat yang
terkait organisme, maka kita akan menemukan lebih banyak perbedaan.
Ini ditemukan terutama di urutan non-coding dan dalam posisi kodon
ketiga. Perubahan dasar ketiga codons tidak akan mengubah dikodekan
protein tidak berubah (Gambar 2.17).

Gambar 2.17 Perkembangan Daerah Non Coding adalah Lebih Cepat

(Sumber: Clark, 2005).