LAPORAN PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI TANAMAN
“ISOLASI DNA TANAMAN”
Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Syarat Mata Kuliah Bioteknologi
Tanaman

Disusun Oleh :
Nama : M oh. Fauzan Abdi
NIM : 4442170063
Kelas : VI A

JURUSAN AGROEKOTEKNOLOGI
FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS SULTAN AGENG TIRTAYASA
2020

2
 BAB I
PENDAHUUAN

1.1 Latar Belakang

Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling
penting dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung
informasi genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya.
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi
bagian gen yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA
genom meliputi gen danintergen (Nugroho. dkk, 2016).
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi
untuk mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler.
DNA terdapat pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya
adalah DNA nukleus berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein
histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak
berasosiasi dengan protein histon. Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas
memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari garis ibu.
Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orangtua.
Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak memiliki protein histon
dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier dan memiliki
protein histon (Faatih, 2009).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsipisolasi
DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untukmemisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai
berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam
fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian
bawah (Hala, dkk, 2016).

1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum kali ini adalah untuk memperoleh DNA
tanaman.

BAB II
METODE PRAKTIKUM

2.1 Alat dan Bahan

Adapun alat yang digunakan dalam kegiatan praktikum ini ialah alat tulis,
cutter, timbangan analitik, mortal dan alu, mikrotube, mikropipet, tips mikropipet,
jar kaca, gelas kimia, erlenmeyer, gelas ukur, spatula, hotplate, centrifuge, freezer,
dan kamera handphone.
Dan adapun bahan yang digunakan dalam kegiatan praktikum ini ialah daun
tanaman padi, sarung tangan, tissue, tris, aquades, HCl, EDTA, NaOH, CTAB,
PVP, NaCl, CISAM, etanol 70%, buffer TE, Na-asetat, Na-disulfit, alkohol 70%,
dan isopropanol.

1
2.2. Cara Kerja
Adapun cara kerja praktikum ini antara lain
1. Daun dibersihkan dengan alkohol 70%, lalu daun padi ditimbang 0,05 gram
lalu daun dipotong.
2. Dimasukan potongan daun kedalam mortar dingin dan ditambahkan 500
mikroliter larutan CTAB. Lalu digerus potongan daun dengan cepat dan
lembut.
3. Gerusan daun padi dimasukkan kedalam mikrotube 2 ml.
4. Mortar dibilas dengan 500 ml larutan CTAB.
5. Mikrotube ditutup dan di bolak-balikan agar tercampur.
6. Mikrotube dipanaskan dalam waterbath 65oC selama 15 menit (dibolak-
balikan setiap 5 menit)
7. Ditambahkan larutan CISAM 500 ml, lalu dibolak-balik.
8. Di sentrifuse 10 menit dengan kecepatan 12.000 rpm.
9. Diambil supernatan (lapisan paling atas) dengan hati-hati.
10. Ditambahkan larutan isopropanol 2/3 volume dan 1/10 Na-asetat. Lalu
dibolak-balik pelan-pelan. Lalu disimpan pada freezer atau kulkas selama 1
malam.
11. Dikeluarkan dari freezer, lalu di sentrifuse 12.000 rpm selama 10 menit.
12. Dibuang supernatan dengan hati-hati, pelet jangan sampai hilang/terbuang.
13. Ditambahkan etanol 70% 500ml lewat dinding tube.
14. Di sentrifuse 12.000 rpm selama 5 menit dan dibuang supernatan pelan-pelan
dan pelet di kering anginkan lalu ditambahkan 50-100 ml buffer TE.

BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1. Hasil
Tabel 1. Hasil Pengamatan Isolasi DNA Berbagai Varietas Tanaman Padi
Ada/Tidak Ada
No. Varietas Padi Warna Pelet
Pelet

1. Ada Putih

Mentik Wangi Kel.1

2. Ada Putih

Mentik Wangi Kel.2

2
 3. Ada Putih

Pare Gajah Kel.3

4. Ada Putih

Pare Gajah Kel.4

5. Ada Putih

IR64 Kel. 5

Putih, Namun
Terdapat Titik
6. Ada
Coklat Pada
Peletnya
IR64 Kel. 6

3.2 Pembahasan
Pada praktikum kali ini praktikan melakukan kegiatan isolasi DNA dari
beberapa tanaman daintaranya padi varietas mentik wangi, IR64, dan pare gajah.
Hal yang pertama kali dilakukan ialah membersihkan daun dengan menggunakan
alcohol dengan kadar 70%, yang kemudian daun ditimbang seberat 0,05 gram.
Kemuidan daun yang sudah ditimbang dimasukan kedalam mortar dan
ditambahkan dengan larutan CTAB sebanyak 500 mikroliter, dan kemudian
dihaluskan.
Setelah selesai melakukan penghalusan, hasil yang didapat kemudian
dimasukan kedalam mikrotube sebanyak 2ml, mortar yang sudah digunakan
kemudian dibilas dengan CTAB sebanyak 500 ml. mikrotube yang berisi daun
halus kemudian ditutup dan dipanaskan dalam waterbath dengan suhu 65 oC
selama 15 menit dan dibolak balik setiap 5 menit. Setelah proses pemanasan
selesai kemudian ditambahkan CISAM sebanyak 500 ml, lalu dibolak balik. Hasil

3
penambahan CISAM kemudia disentrifuse selama 10 menit dengan kecepatan
12.000 rpm.
Setelah proses sentrifuse selesai kemudian supernatant diambil secara hati-
hati. Supernatant yang sudah diambil kemudian ditambahkan isopropanol
sebanyak 2/3 volume dan 1/10 Na-asetat, kemudian dibolak-balik secara perlahan,
dan kemudian disimpan dalam freezer selama 1 malam.
Hasil dari pendinginan selama 1 malam kemudian di sentrifuse kembali
dengan kecepatan 12.000 rpm selama 10 menit. Kemudian hasil dari sentrifuse di
buang supernatannya secara hati-hati sampai hilang terbuang. Kemudian
ditambahlan etanol 70% sebanyak 500 ml melalui dinding tube, dan disentrifuse
kembali selama 5 menit dengan kecepatan 12.000 rpm dan dibuang kembali
supernatannya secara pelan-pelan dan pellet di angina-anginkan lalu ditambahkan
50-100 buffer TE. Hasil dari isolasi DNA ini dapat diketahui bahwa daun padi
varietas mentik wangi, pare gajah dan IR64 memiliki pellet dengan warna pellet
putih.

BAB IV
PENUTUP

4.1 Simpulan
Isolasi DNA yang dilakukan pada daun tanaman padi dengan varietas mentik
wangi, pare gajah, dan IR64, dengannmenggunakan CTAB, CISAM dan buffer
TE dapat diketahui bahwa hasil pellet yang didapat dari kegiatan pengisolasian
DNA ini memiliki warna putih untuk setiap jenis daun yang diisolasi DNAnya.

4.2 Saran
Saran pada praktikum kali ini yaitu praktikan harus harus berhati-hati pada
saat menggunakanya karna harganya sangat mahal, dan juga harus memperhatikan
setiap penjelasan dari asisten lab.

DAFTAR PUSTAKA

Nugroho, Kristianto. Rerenstradika T. Terryana. Habib Rijzaani. Dan Puji Lestari.

2016. Metode Ekstraksi DNA Pada Jatropha Spp. Tanpa Menggunakan
Nitrogen Cair. Jurnal Littri vol 22 (4). Hlm. 159 - 166
Faatih, M. 2009. Isolasi Dan Digesti DNA KromosomIsolation And Digestion Of
Chromosomal Dna. Jurnal Penelitian Sains & Teknologi. Vol 10 (1). Hlm.
22-31
Hala, Yusminah dan Hartono. 2016. Penuntun Praktikum Pengantar Bioteknologi.
Makassar: Jurusan Biologi FMIPA Universitas Negeri Makassar.

4
 LAMPIRAN

Lampiran 1. Alat dan bahan Lampiran 2. Daun padi

Lampran 3. Mikrotube di
dihaluskan dan dimasukan
panaskan di hotplate
pada mikrotube

Lampiran 4. Ditambahkan Lampiran 5. Larutan di Lampiran 6. Ditambahkan

larutan CISAM 500 ml sentrifuse 10 m larutan isopropanol dingin

Lampiran 7. Supernatan di Lampiran 8. supernatan Lampiran 9. Ditambahkan

sentrifuse dibuang etanol 70%

Lampran 10. Lampiran 11. Ditambahkan Laporan 12. Hasil isolasi

Disentrifusekembali buffer TE DNA