HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR – AKTIVITAS

Interaksi obat – reseptor ditentukan oleh parameter fisikokimia obat yaitu : kepolaran,
pengionan, dan kerapatan elektron . Semua sifat elektronik obat ditentukan oleh susunan
atom, bentuk, dan ukuran molekul obat  dengan perkataan lain, oleh struktur kimianya. Karena
parameter fisikokimia ini dapat diukur dan dinyatakan secara kuantitatif, maka gaya ikatan
antarmolekul sebagai fungsi struktur mestinya juga mempunyai nilai dengan angka. Maka, jika
kerja hayati obat yang termasuk dalam satu seri dapat diukur dan cara kerjanya dalam seri itu
serupa, maka hubungan kuantitatif struktur - aktivitas (HKSA) harus dapat pula dihitung. Tetapi,
walaupun dengan segala upaya dan aksal HKSA tetap merupakan tantangan yang belum
sepenuhnya terlaksana. Hal ini dapat dipahami jika kita sadari bahwa ada kerumitan besar yang
berhubungan dengan molekul obat yang kecil sekalipun, apalagi reseptor makromolekul yang
belum banyak kita kenal, atau bahkan seluk-beluk seluruh system kehidupan yang sangat
rumit.Pemilihan sejumlah parameter-kunci kimia dan biologi yang dapat dipakai pada
penentuan HKSA, beserta kutak-katik statistiknya yang tepat, merupakan proses spontan
tersendiri  dengan segi epistemologi yang agak kuat. Ganellin (1977) dan Barlow (1979)
mengungkapkan analisis mendalam tentang harapan, prestasi, kesulitan dan jebakan HKSA.
Hubungan kuantitatif struktur kimia dan aktivitas biologis obat (HKSA) merupakan
bagian penting rancangan obat, dalam usaha untuk mendapatkan suatu obat baru dengan
aktivitas yang lebih besar, keselektifan yang lebih tinggi, toksisitas atau efek samping sekecil
mungkin dan kenyamanan yang lebih besar. Selain itu dengan menggunakan model HKSA, akan
lebih banyak menghemat biaya atau lebih ekonomis, karena untuk mendapatkan obat baru
dengan aktivitas yang dikehendaki, faktor coba-coba ditekan sekecil mungkin sehingga jalur
sintesis menjadi lebih pendek.
Ada beberapa model pendekatan hubungan kuantitatif struktur-aktivitas, antara lain
adalah pendekatan HKSA Free-Wilson, pendekatan HKSA Hansch, pendekatan mekanika
kuantum dan pendekatan konektivitas molekul.

1. PENGEMBANGAN OBAT BARU

Secara umum telah dibuktikan bahwa struktur, komposisi, atau sifat fisis dari suatu
senyawa yang secara langsung mempengaruhi aktifitas biologisnya untuk mencapai suatu
target/penyakit. Untuk mempelajari interaksi suatu melokul obat dengan reseptornya dan
mempelajari potensi suatu molekul sebagai obat dengan peninjauan aspek struktur elektronik
atau aspek kimia kuantum molekul tersebut digunakan metode kimia komputasi.
Kimia komputasi telah berkembang pesat terutama berkaitan dengan perhitungan kimia
kuantum dan berbagai terapan untuk berbagai bidang ilmu lainnya. Salah satu bidang yang
banyak menggunakan aplikasi kimia komputasi berupa HKSA (Hubungan Kuantitatif Struktur–
Aktivitas) atau QSAR (Quantitative Structure–Activity Relationship) adalah kimia medisinal.
HKSA ini yang kemudian dapat membantu peneliti dalam mensintesis senyawa obat. Kimia
komputasi dapat menghasilkan gambaran struktur melokul dalam berbagai model dan
mempunyai aktifitas yang sama dengan penyamaan kuantum dari fisika klasik.
HKSA sejak abad ke-19. Pada 1863, A.F.A. Cros di Universitas dari Strasbourg
mengobservasi toksisitas alkohol pada binatang menyusui semakin meningkat dengan daya
larut dalam air dari alkohol tersebut yang menurun. Pada 1890an, Hans Horst Meyer dari
Universitas dari Marburg dan Charles Overton Ernest dari Universitas dari Zurich, bekerja secara
independen, mencatat bahwa toksisitas dari senyawa organik bergantung pada lipofilisitasnya.
Sedikit perkembangan tambahan dari HKSA telah terjadi sampai pekerjaan dari Louis Hammett
(1894-1987), yang mengkorelasikan sifat elektronik dari asam organik dan basa-basa dengan
reaktivitas dan tetapan keseimbangannya.
Peneliti telah  mencoba selama bertahun-tahun obat-obat untuk mengembangkan obat
berdasarkan pada HKSA. Akses yang mudah sumber daya komputasi tidak tersedia ketika usaha
ini mulai, maka usaha berisi secara primer dari korelasi statistik dari deskriptor struktural
dengan aktivitas-aktivitas biologis. Akan tetapi, akses pada stasiun-kerja grafik dan komputer
kecepatan tinggi menjadi hal yang biasa, bidang ini telah meningkatkan ke dalam apa yang
adalah sering diistilahkan desain obat rasional atau disain obat computer-assisted.
            HKSA  merupakan metode untuk membuat suatu hubungan antara struktur dan aktifitas
dari berbagai deskriptornya. Deskriptor-deskriptor Fisikokimia meliputi beberapa parameter
termasuk hidrofobisitas atau lifopilisitas, topologi, elektronik dan sterik, yang dilakukan secara
empirik atau yang lebih baru dengan metode komputasi. HKSA digunakan dalam pengukuran
aktivitas bahan kimia dan pengujian biologis. HKSA sekarang diterapkan dalam berbagai disiplin
ilmu dengan banyak menyinggung kedesain obat dan penilaian resiko lingkungan.

Desain Obat
Tujuan utama upaya merancang/desain suatu obat dalam ilmu kimia medisinal adalah
supaya dapat ditemukan suatu molekul yang akan menghasilkan efek biologis yang bermanfaat
tanpa berakibat efek biologis yang merugikan. Sebagai contoh, suatu senyawa yang dapat
menurunkan tekanan darah dapat juga memiliki efek samping pada sistem syaraf pusat.
Dengan demikian merupakan suatu kesalahan apabila tujuan utama akan dapat tercapai
dengan sempurna, tetapi efek negatif obat tersebut juga cukup merugikan.Taylor dan Kennewal
memberi batasan kimia medisinal yang lebih spesifik sebagai yaitu studi kimiawi senyawa atau
obat yang dapat memberikan efek menguntungkan dalam sistem kehidupan, yang melibatkan
studi hubungan kimia senyawa dengan aktivitas biologis dan model kerja senyawa pada sistem
biologis, dalam usaha mendapatkan efek terapetik obat yang maksimal dan memperkecil efek
samping yang tidak diinginkan.
Desain obat dapat dibagi menjadi 2 kategori, langsung dan tidak langsung. Pendekatan
langsung (Direct Approach) menguntungkan dari segi pengetahuan tentang struktur atom dari
reseptor obat dan memegang peranan penting dalam penelitian di bidang farmasi. Pendekatan
tidak langsung (Indirect Approach) merupakan pendekatan yang diterapkan program penelitian
kimia medicinal pada umumnya, dimana tidak ada informasi secara terstrukur tentang reseptor
target. Kedua pendekatan tersebut meliputi optimalisasi suatu senyawa penuntun atau
senyawa-senyawa hasil sintesis dari molekul baru
Metode komputasi memberikan dukungan yang sangat penting terhadap kedua
pendekatan tersebut. Beberapa perangkat spesifik untuk desain obat secara langsung mencoba
menghasilkan desain de novo untuk molekul-molekul dengan terhadap reseptor tertentu
berdasarkan struktur reseptor tersebut. Perkembangan sekarang termasuk mencoba untuk
membentuk molekul dengan suatu bagian yang aktif dan keberhasilan metode penelusuran
data base 3D dari Desjarlanis dkk. Pendekatan-pendekatan yang paling berarti dalam lingkup
desain obat secara tidak langsung didasarkan penggunaan metode statistic terhadap desain seri
molekul-molekul untuk sintesis dan analisis HKSA dalam hal data yang berkaitan dengan obat.
Suatu pendekatan yang sempurna awalnya dikembangkan di Marshall’s Laboratory di St. Louis,
yakni membuat model-model tiga dimensi dari ikatan reseptor dengan obat dengan
membandingkan afinitas terhadap suatu reseptor yang sama dari beberapa molekul yang
berbeda berdasarkan struktur molekul-molekul tersebut. Model-model tersebut merupakan
dasar untuk kajian COMFA (Comparative molecular field analysis), yang mengijinkan para
desainer obat untuk memprediksi aktivitas molekul-molekul hipotesis berdasarkan data 3D
ligan-ligan terhadap suatu reseptor dengan struktur yang tidak diketahui dan penelusuran data
base 3D terhadap senyawa penuntun.

Metode Kimia Kuantum dalan Kimia Komputasi

Kimia kuantum didasarkan pada postulat mekanika kuantum. Dalam kimia kuantum,
sistem digambarkan sebagai fungsi gelombang yang dapat diperoleh dengan menyelesaikan
persamaan Schroedinger. Persamaan ini terkait dengan sistem dalam keadaan stationer dan
energinya dinyatakan dalam operator Hamiltonian. Operator Hamiltonian dapat dilihat sebagai
aturan untuk mendapatkan energi terasosiasi dengan sebuah fungsi gelombang yang
menggambarkan posisi dari inti atom dan elektron dalam sistem. Dalam prakteknya, persamaan
Schroedinger tidak dapat diselesaikan secara eksak sehingga beberapa pendekatan harus
dibuat. Pendekatan sinamakan ab initio jika metoda tersebut dibuat tanpa menggunakan
informasi empiris, kecuali untuk konstanta dasar seperti massa elektron, konstanta Planck dll
yang diperlukan untuk sampai pada prediksi numerik. Jangan mengartikan kata ab initio sebagai
penyelesaian eksak, teori ab initio adalah suatu konsep pengembangan yang bersifat umum
dan keunggulan secara praktis adalah kesuksesan dan kesalahannya sedikit banyak terprediksi.
Ketidakunggulan metode ab initio kimia kuantum adalah kebutuhan yang besar terhadap
kemampuan komputer. Dengan demikian pendekatan dapat dimasukan ke dalam metode ini
dengan beberapa parameter empiris sehingga dihasilkan metode yang baru dikenal dengan
semiempiris kimia kuantum yang dapat diterapkan dalam sistem yang lebih besar dan
menghasilkan fungsi gelombang elektronik yang memadai sehingga sifat elektronik dapat
terprediksi. Dibandingkan dengan perhitungan ab initio, reabilitas mereka rendah dan
penerapan metode semi empris dibatasi pada ketersediaan parameter empiris seperti halnya
pada mekanika molekular.
Secara umum kimia kuantum hanya dapat diterapkan pada sistem kecil untuk
mendapatkan ketelitian yang tinggi. Metode ini dapat memprediksi sifat elektronik seperti
momen elektronik, polarizabilitas, konstanta pergeseran kimia pada NMR dan ESR, juga dapat
pula diterapkan pada sistem non standar yang tidak mungkin diselesaikan dengan mekanika
molekular karena tidak tersedianya parameter yang valid. Sebagai contoh adalah ikatan pi,
senyawa organometalik, atau sistem lain yang mempunyai jenis ikatan yang tidak umum,
keadaan eksitasi, zat antara reaktif dan secara struktur umum dengan efek elektronik yang
tidak umum.

Analisis Konformasi Menggunakan Simulasi Molekular

Perhitungan simulasi molekular telah menjadi pendekatan standar untuk
menggambarkan sifat-sifat konformasi dari makromolekul dan untuk menguji struktur prediksi
dari molekul yang didesain. Dua metode digunakan dalam simulasi molekular tersebut, yakni
(1) Molecular Mechanic (MM) dan (2) Molecular Dynamics atau Monte Carlo Simulation.
Perhitungan MM dapat menghasilkan suatu konformasi molekul tersier atau energi konformasi
relatif dari berbagai bentuk konformasi yang memungkinkan dari molekul tersebut.
Kajian Monte Carlo dapat digunakan untuk menghitung pergerakan atom dalam molekul, sifat-
sifat dinamik dan termodinamik seperti entropi, entalpi, dan perbedaan energi bebas.
Inti dari teknik modelling adalah suatu seri dari fungsi energi potensial medan gaya
(force field). Energi potensial suatu sistem merupakan fungsi dari koordinat yang
menggambarkan tiap bagian energi multidimensi dari system. Medan gaya dirancang
berdasarkan gambaran fisikakimia dari interaksi molekul. Beberapa parameter yang dapat
dihitung berdasarkan medan gaya statu molekul antara lain ikatan van der waals, sudut torsi,
panjang ikatan, sudut ikatan, jarak antar atom, energi bebas permukaan, dll.
Beberapa medan gaya secara rutin digunakan dalam perhitungan energi molekul dari
peptide. Penerapannya meliputi  ECEPP/2, AMBER, GROMOS, CHARMM, CHARMm, CVFF dan
MM2/3. Medan gaya AMBER, CHARMM dan CVFF telah digunakan secara luas dalam paket-
paket software komersial. Software dan metode tersebut tersedia untuk desain obat berbasis
komputer.
Salah satu software yang telah dikomersilkan yakni program Hyperchem®, yaitu suatu
program kimia aplikasi 32 bit yang dikembangkan oleh Hyper Cube Inc. untuk system operasi
windows 95/98 dan windows NT. Program ini menyediakan fasilitas pembuatan model 3D,
perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (Semi empiric dan ab initio).
Disamping itu tersedia pula data base dan program simulasi Monte carlo dan Molecular
Dynamic (MD). Program ini juga dilengkapi dengan fasilitas untuk membuat struktur cristal
(crystal builder), molecular presentations, sequence editor, sugar builder, conformation search,
QSAR properties, dan script editor

Desain Obat Dengan Bantuan Komputer (Computer-assisted Drug Design)

Computer-assisted drug design (CADD) biasa juga disebut computer-assisted molecular
design (CAMD) merupakan aplikasi komputer lebih terkini sebagai perangkat dalam proses
desain obat. Perlu diketahui bahwa komputer hanya merupakan perangkat pembantu untuk
meningkatkan pengetahuan menjadi lebih baik terhadap permasalahan kimia dan biologi yang
dihadapi.
Aplikasi langsung dari CADD yakni membantu membuat dan menemukan suatu ligan
prediksi (the putative drug) yang akan berinteraksi dengan daerah target pada suatu reseptor.
Ikatan ligan dengan reseptor dapat meliputi interaksi hidrofobik, elektrostatik, dan ikatan
hidrogen. Selanjutnya, energi solvasi dari ligan dan bagian reseptor juga penting karena
desolvasi secara parsial maupun sempurna pasti menjadi prioritas ikatan.
Pendekatan CADD mengoptimalkan kesesuaian ligan dengan suatu bagian aktif  (site) pada
receptor. Bagaimana pun kesesuain optimal dalam suatu site target tidak menjamin bahwa
aktivitas yang diinginkan dari suatu obat akan meningkat atau efek samping yang tidak
diinginkan akan diminimalkan. Lagi pula pendekatan ini tidak mempertimbangkan
farmakokinetika dari obat.
Pendekatan yang digunakan dalam CADD bergantung pada informasi yang tersedia
tentang ligan dan reseptor. Idealnya, suatu kajian sebaiknya memiliki informasi struktur 3D
tentang receptor dan kompleks ligan-reseptor dari data difraksi sinar X dan NMR, tetapi jarang
terealisasi. Sebaliknya, suatu kajian boleh tidak memiliki data eksperimen untuk membantu
dalam membangun model-model ligan dan receptor, dalam beberapa kasus, metode komputasi
harus digunakan tanpa keharusan menyediakan data eksperimen.
Berdasarkan informasi yang tersedia, suatu kajian dapat menggunakan metode desain
molekular berbasis ligan atau receptor. Pendekatan  berbasis ligan dapat digunakan jika 
struktur site receptor tidak diketahui, tetapi suatu seri senyawa yang telah diidentifikasi
menujukan aktivitas yang menarik. Agar dapat digunakan lebih efektif, suatu kajian sebaiknya
memiliki senyawa-senyawa yang mirip dengan aktivitas yang tinggi, tanpa aktivitas, dan dengan
aktivitas yang menengah. Dalam mengenal pemetaan bagian yang aktif dari suatu senyawa 
(site mapping), suatu usaha dilakukan untuk mengidentifikasi suatu pharmacophore, suatu
bentuk struktur analog dari senyawa tersebut. Pharmacophore merupakan suatu perwujudan
dari sekumpulan kelompok  gugus-gugus fungsi dalam bentuk tiga dimensi yang mengisi
geometri dari site reseptor.
Pendekatan berbasis reseptor pada aplikasi CADD jika suatu model yang dapat
dipercaya dari site receptor tersedia, dalam bentuk difraksi sinar X, NMR, atau modelling
senyawa homolog. Dengan tersedianya site reseptor, masalah pada desain ligan yang akan
berinteraksi dengan baik pada site, yakni masalah perkaitan (docking).

2. METODE PENENTUAN NILAI PARAMETER SIFAT LIPOFILIK SENYAWA OBAT

Kimia medisinal atau kimia farmasi merupakan disiplin ilmu gabungan dari kimia dan
farmasi yang terlibat dalam desain, sintesis dan pengembangan obat farmaseutika. Kimia
Medisinal terlibat dalam identifikasi, sintesis dan pengembangan entitas kimia baru (new
chemical entity) yang dapat diguanakan untuk terapi. Kimia Medisinal merupakan bidang ilmu
yang sangat melibatkan bidang ilmu lain, dengan menggabungkan kimia organik, biokimia,
farmakologi, kimia komputasi, biologi molekular, statistik dan kimia fisika.
Menurut Burger, 1970 Kimia Medisinal adalah ilmu pengetahuan yang merupakan cabang
dari ilmu kimia dan biologi, digunakan untuk memahami dan menjelaskan mekanisme kerja
obat. Sedangkan ruang lingkup kimia medisinal (Burger,1980) yaitu :
1.    Isolasi dan identifikasi senyaawa aktif dalam tanaman yang secara empirik telah
digunakan untuk pengobatan.
2.    Sintesis struktur analog dari bentuk dasar senyawa yang mempunyai aktivitas
pengobatan potensial.
 3.    Mencari struktur induk baru dengan cara sintesis senyawa organik, dengan atau tanpa
berhubungan dengan zat aktif alamiah.
4.    Menghubungkan struktur kimia dengan kerja obat.
5.    Mengembangkan rancangan obat.
6.    Mengembangkan hubungan struktur kimia dan aktivitas biologis melalui sifat kimia
fisika dengan bantuan statistik.
Menurut IUPAC, 1974 Kimia Medisinal adalah ilmu pengetahuan yang mempelajari
penemuan, pengembangan, identifiksi dan interpretasi cara kerja senyawa aktif biologis
(obat) pada tingkat molekul dan juga melibatkan studi, identifikasi dan produk metabolisme
obat dan senyawa yang saling berhubungan.
Berdasarkan sumbernya obat digolongkan menjadi tiga yaitu :
1.    Obat alimah merupakan obat yang terdapat dialam seperti ;
-Pada tanaman, cotoh kuinin dan atropin
-Pada hewan, contoh minyak ikan dan hormon
-Senyawa mineral, contoh belerang (S) dan kalsium bromida (KBr).
2.    Obat semisintetik merupakan obat yang bahan dasarnya berasal dari bahan yang
terdapat dialam seperti ;
-Pada sintesis morfin menjadi kodein dan diosgenin menjadi progesteron
3.    Obat sintetik murni merupakan obat yang bahan dasarnya berkhasiat setelah disintesis
akan diperoleh senyawa dengan khasiat farmakologis tertentu seperti ;
-Pada sintesis aseton + kapur klor menjadi kloroform dan sintesis parasetamol.
Suatu senyawa obat dalam memberikan aktivitas harus mampu menembus membran
biologis dan mencapai jaringan target dalam jumlah yang cukup untuk menimbulkan
aktivitas. Parameter sifat kimia fisika yang paling berperan dalam proses distribusi tersebut
adalah parameter lipofilik.
Parameter lipofilik yang sering digunakan dalam HKSA antara lain adalah logaritma
koefisen partisi (log P) dengan tetapan π Hansch-Fujita, tetapan fragmentasi f Rekker,
tetapan fragmentasi f Hansch-Leo dan tetapan kromatografi Rm.

A. Metode Penentuan Nilai Logaritma Koefisien Partisi

Nilai logaritma koefisien partisi (log P) suatu senyawa dapat ditentukan secara
percobaan dengan perhitungan teoritis cara Hansc-Fujita, cara Rekker, dan cara Hansc-Leo.
a.       Penentuan Nilai Logaritma Koefisien Partisi secara Percobaan
Sutau senyawa dapat larut dalam dua pelarut yang tidak saling bercampur maka senyawa
akan terdistribusi kedalam fasa polar dan fasa non polar. Setelah tercapai kesetimbangan
ternyata kadar senyawa dalam kedua pelarut tersebut selalu tetap sehingga dapat
ditentukan nilai koefisien partisi. Koefisien partisi adalah tetapan kesetimbangan suatu
senyawa dalam sistem pelarut polar dan non polar, yang secara logaritma berhubungan
dengan energi bebas.
Koefisien partisi (P) dapat dihitung melalui persamaan :
P = CO/CWα
CW : Kadar pelarut obat dalam air (pelarut polar)
CO  : Kadar pelarut obat dalam miyak (pelarut non polar)
Bila tidak ada interaksi antara zat dan pelarut, maka :
CO = Cm - Cw
Cm : Kadar zat mula-mula

Untuk senyawa yang terionisasi, pengaruh derajat ionisasi (α) tidak boleh diabaikan.
P = Co / Cw (1-α)
Nilai P senyawa sangat bervariasi dengan jarak yang sangat besar, untuk memudahkan
perhitungan biasanya digunakan dalam bentuk logaritmanya (log P), sehingga :
log P = log Co – log Cw
Untuk senyawa yang terionisasi,
log P = log Co – log Cw (1-α)
Untuk menghitung nilai α, dapat dicari melalui persamaan Henderson-Hasselbach sebagai
berikut :
pH = pKa + log C1/Cu
Cu = 1-α, C1 = α
pKa  =  tetapan ionisasi
Cu    = kadar bentuk molekul senyawa / bentuk yang tidak terionisasi
C1      = kadar senyawa yang terionisasi

Hal – hal yang harus diperhatikan dalam penentuan koefisien partisi adalah :
1.      Senyawa, pelarut non polar dan dapar yang digunakan harus mempunyai kemurnian
yang tinggi.
2.       Metode penetapan kadar senyawa harus mempunyai ketelitian yang tinggi, pada
umumnya adalah dengan metode spektrofotometri UV.
3.      Pelarut polar, non polar dan dapar yang digunakan harus sudah saling dijenuhkan.
Penjenuhan dilakukan dengan mencampurkan kedua pelarut yang tidak saling bercampur
dan didiamkan semalam, kemudian dipisahkan.
4.      Senyawa dilarutkan dalam pelarut yang lebih mudah melarutkan.
5.      Senyawa dicampur dengan tangan, dalam botol kocok selama 5-15 menit. Pemisahan
pelarut polar dan non polar dilakukan dengan cara disentrifuge pada 2000 rpm selama 1
jam, atau didiamkan selama semalam.
6.      Batas pengukuran log P antara -3 dan +3, diluar batas tersebut kemungkinan
terjadinya kesalahan pengukuran cukup besar.

b.      Penentuan Nilai Logaritma Koefisien Partisi Teoritis Cara Hansch-Fujita

Hansch dan  Fujita (1964) memperkenalkan suatu tetapan parameter lipofilik π dari
suatu subtituen berdasarkan koefisien partisi dalam sistem pelarut 1-oktanol/air, yang
didapatkan melalui persamaan sebagai berikut :
π
x = log PSX- log P SH
π
x   : tetapan dukungan gugus X trrhadap sifat kelarutan senyawa induk dalam sistem
pelarut 1-oktanol/air.
PSX : koefisien partisi sistem 1-oktanol/air senyawa induk yang tersubtitusi gugus X.
PSH    : koefisien partisi sistem 1-oktanol/air senyawa induk.

Menurut Hansch, nilai π dari gugus-gugus dapat dihitung secara aditif dengan syarat
tidak ada interaksi antara gugus, sehingga hubungan nilai log P senyawa dengan nilai π
gugus-gugus dapat dinyatakan melaluli persamaan sebagai berikut :

c.       Penentuan Nilai Logaritma Koefisien Partisi Teoritis Cara Rekker

Nys dan Rekker (1973), memperkenalkan tetapan fragmentasi hidrofobik (f) dari gugus
atau atom dalam suatu molekul yang dapat digunakan untuk menghitung nilai log P melalui
persamaan berikut :
log P = anfn
a : jumlah fragmen atau gugus dalam struktur
f : tetapan fragmentasi hidrofobik
Pada perhitungan nilai log P senyawa dengan struktur molekul yang kompleks dengan
menggunakan pendekatan Nys-Rekker perlu diperhatikan adanya efek dekatan dengan
menggunakan tetapan ajaib (magic constant = cM) karena adanya pengaruh pemisahan
gugus-gugus elektronegatif, adanya konjugasi, kondensasi aromatik, ikatan hidrogen dan
faktor keelktronegatifan yang lain. Nilai cM untuk faktor koreksi = 0.289
log P = ∑ f + ∑ kn . cM
kn (key number) : kelipatan cM yang terkait dengan struktur senyawa yang diteliti.
Kekurangan perhitungan log P model Nys-Rekker antara lain adalah tidak dapat
dihubungkannya faktor koreksi -0,46 untuk atom elektronegatif yang terikat pada sisi alkil
besar dengan faktor cM dan tidak terdapat hubungan yang bermakna nilai log P percobaan
dengan nilai log P perhitungan untuk hidrokarbon alifatik dan hidrokarbon sederhana
berhalogenasi.
Oleh karena itu Rekker dan Mannhold (1992), menyempurnakan nilai f yang dibuat
oleh Nys-Rekker untuk memperbaiki kesalahan perhitungan log P. Pada prinsipnya koreksi
perhitungan log P melalui pendekatan Nys-Rekker dengan menggunakan faktor c M tetap
berlaku kecuali untuk nilai cM yang sudah disempurnakan.
Pengaruh konformasi terhadap nilai log P dapat dihitung melalui persamaan sebagai berikut
:
Konformasi tras-antiperipianar       : log P = ∑ f + CTranss     = ∑ f – 0,24 ± 0,14
Konformasi gauche                         : log P = ∑ f + CGauche     = ∑ f – 0,41 ± 0,13
C merupakan faktor koreksi yang diperlukan untuk menyesuaikan antara nilai log P
percobaan dengan nilai log P perhitungan.

d.      Penentuan Nilai Logaritma Koefisien Partisi Teoritis Cara Hansch-Leo

Selain sistem hidrofobik fragmental dari Nys-Rekker, yang kemudian disempurnakan
oleh Rekker-Mannhold.  Hans dan  Leo (1979), juga mempublikasikan cara menghitung
koefisien partisi dengan metode fragmen menggunakan tetapan fragmentasi f  melalui
persamaaan berikut :
log P = anfn + bmFm
a    : jumlah fragmen
b    : jumlah dari faktor F
F    : faktor yang mempengaruhi kesetimbangan partisi pada struktur yang lebih kompleks.
Nilai f  gugus X dicari melalui persamaa berikut :
fX = log P (RX) - fR
 Log P (RX) diperoleh melalui percobaan, sedang fR yang merupakan sifat lipofilik.
Dari berbagai metode penentuan log P, tetapan hidrofobik π Hansch-Fujita, tetapan f
Rekker-Mannhold dan tetapan f hansch-Leo pada umumnya digunakan dalam mencari
hubungan kuantitatif struktur dan aktivitas dari suatu turunan obat.
Tetapan π Hansch-Fujita digunakan untuk mencari perubahan struktur senyawa induk
yang hanya terjadi pada satu gugus, sedang untuk perubahan struktur yang lebih kompleks
digunakan perhitungan dengan tetapan f Rekker-Mannhold atau tetapan f Hansch-Leo.
Karena banyaknya faktor-faktor koreksi pada penentuan nilai log P secara perhitungan,
maka yang paling ideal adalah langsung menentukan log P secara pearcobaan. Nilai log P
secara perhitungan umumnya digunakan untuk studi hubungan kuantitatif struktur aktivitas
dari suatu turunan senyawa.

B. Penentuan Lipofilitas dengan Metode Kromatografi

Boyce dan Milborrow (1965) memperkenalkan metode sederhana dan relatif cepat
untuk menentukan lipofilitas dari suatu seri senyawa dengan cara penentuan nilai Rf
senyawa dengan Kromatografi Lapis Tipis Fasa Balik (KLTFB), kemudian nilai Rf tersebut
digunakan untuk menghitung nilai tetapan kromatografi Rm.
Keuntungan menggunakan metode KLTFB dalam penentuan lipofilitas adalah dapat
dilakukan dengan kadar senyawa yang relatif kecil dan senyawa yang tidak memerlukan
kemurnian yang tinggi. Untuk senyawa yang tidak murni harus dapat dibedakan
bercak/noda dari senyawa utama dan bercak dari zat pengotor.
Pada KLTFB sebagai fasa diam digunakan silika gel atau kiesel gel yang diimpregnasi
dengan pelarut non polar, seperti 1-oktanol, parafin cair atau minyak silikon. Untuk
mempermudah dalam impregnasi umumnya digunakan bantuan pelarut yang mudah
menguap. Kadar pelarut non polar bervariasi dari 5-20%, dengan waktu impregnasi antara
1-2 jam, setelah selesai lempeng kromatografi dikeringkan pada suhu 40 O C selama kurang
lebih 30 menit untuk mengeluarkan sisa pelarut. Sedangkan fasa gerak (eluen) umumnya
adalah campuran dari pelarut yang bersifat polar. Selanjutnya dilakukan prosedur seperti
pada kromatografi lapis tipis biasa.
Nilai Rf dapat dihitung dari nilai Rf yang diperoleh tersebut melalui persamaan sebagai
berikut :
Rm = log { (1/Rf) – 1 }
Senyawa dengan lipofilitas tinggi akan mempunyai nilai Rf yang kecil, sehingga nilai Rm
bernilai positif. Sedang senyawa dengan lipofilitas yang rendah akan mempunyai nilai Rf
tinggi, sehingga nilai Rm akan bernilai negatif.
3. METODE PENDEKATAN HKSA FREE-WILSON
Free dan Wilson (1964), mengembangkan suatu konsep hubungan struktur dan aktivitas
biologis obat, yang dinamakan model de novo atau model matematik Free-Wilson. Mereka
mengemukakan bahwa respons biologis merupakan sumbangan aktivitas dari gugus-gugus
substituen terhadap aktivitas biologis senyawa induk, yang dinyatakan melalui persamaan
berikut :
Log 1/C = Σ S + µ      (1)
Ket : Log 1/C : logaritma aktivitas biologis
Σ S : total sumbangan substituen terhadap aktivitas biologis senyawa induk
µ : aktivitas biologis senyawa induk
Pada substitusi bermacam-macam gugus pada daerah atau zona yang berbeda dalam
struktur senyawa induk, maka :
Log 1/C = ∑ An . Bn + µ         (2)
Ket : ∑ An . Bn : total sumbangan aktivitas dari n substituen dalam n zona terhadap aktivitas
senyawa induk.
Jumlah senyawa yang disintesis merupakan hasil kali jumlah substituen pada tiap-tiap zona dari
senyawa induk. Contohnya suatu turunan senyawa induk akan dilakukan modifikasi struktur
pada 3 daerah kedudukan (zona) dengan memasukkan 3 macam substituen, maka
dimingkinkan sintesis sebanyak 3 x 3 x 3 = 27 senyawa. Jumlah minimal senyawa yang disintesis
(N) untuk dapat dianalisis dengan model Free-Wilson dinyatakan  melalui persamaan sebagai
berikut :
N = 1 + ∑j (ni-1)
Ket      : j : jumlah kedudukan substituen (zona)
             Ni : jumlah substituen pada kedudukan i.
Metode de novo ini kurang berkembang karena tidak dapat digunakan bila efek
subtituen bersifat tidak linier atau bila ada interaksi antar subtituen. Selain itu, model ini
memerlukan banyak senyawa dengan kombinasi substituen yang bervariasi untuk dapat
menarik kesimpulan yang benar. Meskipun demikian, model ini juga mempunyai keuntungan
karena dapat menghubungkan secara kuantitatif antara struktur kimia dan aktivitas biologis
dari turunan senyawa dengan bermacam-macam gugus substitusi pada berbagai zona. Model
ini digunakan bila tidak ada data tetapan fisika dari senyawa-senyawa yang diteliti dan uji
aktivitas lebih lambat dibanding dengan sintesis turunan senyawa.

4. METODE PENDEKATAN HKSA HANSCH

Hansch (1963), mengemukakan suatu konsep bahwa hubungan struktur kimia dengan
aktivitas biologis (Log 1/C) suatu turunan senyawa dapat di nyatakan secara kuantitatif melalui
paramneter-parameter sifat kimia fisika dari substituent yaitu parameter hidrofobik (π),
elektronik (σ) dan sterik (Es). Model pendekatan ini di sebut pula model hubungan energy
bebas linier ( linier free energy relationship = LFER) atau pendekatan ekstratermodinamik.
Pendekatan ini menggunakan dasar persamaan Hammett yang di dapat dari kecepatan
hidrolisis turunan asam benzoate, sebagai berikut:
 Log 1/C = a Σ π + b Σ σ + c Σ Es + d
C                              : kadar untuk respons biologis baku
Σ π, Σ σ dan  Σ Es   : sumbangan sifat-sifat lipofilik, elektronik dan sterik dari gugus-gugus
terhadap sifat-sifat senyawa induk yang berhubungan dengan aktivitas biologis
a, b, c, dan d          : bilangan (tetapan) yang di dapat dari perhitungan analisis regresi linier
Dalam HKSA model Hansch lebih berkembang dan lebih banyak di gunakan di banding
model de novo Free-Wilson, karena lebih sederhana serta konsepnya secara langsung
berhubungan prinsip-prinsip kimia fisika organic yang sudah ada, dapat untuk hubungan linier
dan non-linier, data parameter sifat kimia fisika substituent sudah banyak tersedia dalam table-
tabel, model Hansch telah banyak di gunakan untuk menjelaskan hubungan struktur aktifitas
turunan obat.

Model de novo ini kurang berkembang, Karena :

1.        Tidak dapat digunakan bila efek substituen tidak bersifat linier.
2.        Bila ada interaksi antar substituen.
3.  Memerlukan banyak senyawa dengan kombinasi substituen bervariasi untuk menarik
kesimpulan yang benar.

Keuntungannya :
1.    Dengan menguji HKSA turunan senyawa dengan bermacam-macam gugus substitusi pada
berbagai zona.
2.     Digunakan bila tidak ada data tetapan kimia fisikadari senyawa dan uji aktivitas lebih lambat
dibanding sengan sintesis turunan senyawa.

Dalam HKSA, model Hansch lebih berkembang dan lebih banyak digunakan dibanding model de
novo Free-Wilson, oleh karena :
1.       Lebih sederhana.
2.       Konsepnya secara langsung berhubungan prinsip-prinsip kimia fisika organik yang sudah ada.
3.       Dapat untuk hubungan linier dan non-linier.
4.       Data parameter sifat kimia fisika substituen sudah banyak tersedia dalam tabel-tabel.
5.       Model Hansch telah banyak digunakan untuk menjelaskan hubungan struktur aktivitas
turunan obat. 
SOAL!

1. Sebutkan beberapa model pendekatan hubungan kuantitatif struktur aktivitas!

Jwb :
Ada beberapa model pendekatan hubungan kuantitatif struktur-aktivitas, antara lain :
 Pendekatan HKSA Free-Wilson
 Pendekatan HKSA Hansch
 Pendekatan mekanika kuantum dan
 Pendekatan konektivitas molekul.
2. Jelaskan tujuan utama adanya upaya desain obat dalam ilmu kimia medisinal!
Jwb :
 Tujuan utama adanya upaya desain suatu obat dalam ilmu kimia medisinal adalah
supaya dapat ditemukan suatu molekul yang akan menghasilkan efek biologis yang
bermanfaat tanpa berakibat efek biologis yang merugikan(ekstrim).
3. Desain obat dibagi menjadi 2 kategori, yaitu langsung (Direct Approach) dan tidak langsung
(Indirect Approach). Jelaskan kegunaan kedua kategori tersebut!
Jwb :
 Pendekatan langsung (Direct Approach) menguntungkan dari segi pengetahuan tentang
struktur atom dari reseptor obat dan memegang peranan penting dalam penelitian di
bidang farmasi. Pendekatan tidak langsung (Indirect Approach) merupakan pendekatan
yang diterapkan program penelitian kimia medicinal pada umumnya, dimana tidak ada
informasi secara terstrukur tentang reseptor target. Kedua pendekatan tersebut
meliputi optimalisasi suatu senyawa penuntun atau senyawa-senyawa hasil sintesis dari
molekul baru.
4. Sebutkan ruang lingkup kimia medicinal menurut Burger (1980)!
Jwb :
1.    Isolasi dan identifikasi senyaawa aktif dalam tanaman yang secara empirik telah
digunakan untuk pengobatan.
2.    Sintesis struktur analog dari bentuk dasar senyawa yang mempunyai aktivitas
pengobatan potensial.
3.    Mencari struktur induk baru dengan cara sintesis senyawa organik, dengan atau tanpa
berhubungan dengan zat aktif alamiah.
4.    Menghubungkan struktur kimia dengan kerja obat.
5.    Mengembangkan rancangan obat.
6.    Mengembangkan hubungan struktur kimia dan aktivitas biologis melalui sifat kimia
fisika dengan bantuan statistik.
5. Jelaskan apa yang dimaksud dengan teori ab initio dan sebutkan kelemahan dari teori ini!
Jwb :
 Teori ab initio adalah suatu konsep pengembangan yang bersifat umum dan keunggulan
secara praktis adalah kesuksesan dan kesalahannya sedikit banyak terprediksi.
 Ketidakunggulan metode ab initio kimia kuantum adalah kebutuhan yang besar
terhadap kemampuan komputer.
6. Jelaskan kekurangan perhitungan log P model Nys-Rekker!
Jwb :
 Kekurangan perhitungan log P model Nys-Rekker antara lain adalah tidak dapat
dihubungkannya faktor koreksi -0,46 untuk atom elektronegatif yang terikat pada sisi
alkil besar dengan faktor cM dan tidak terdapat hubungan yang bermakna nilai log P
percobaan dengan nilai log P perhitungan untuk hidrokarbon alifatik dan hidrokarbon
sederhana berhalogenasi.
7. Jelaskan keuntungan yang diperoleh dari penggunaan metode KLTFB dalam penentuan
lipofilitas!
Jwb :
 Keuntungan menggunakan metode KLTFB dalam penentuan lipofilitas adalah dapat
dilakukan dengan kadar senyawa yang relatif kecil dan senyawa yang tidak memerlukan
kemurnian yang tinggi. Untuk senyawa yang tidak murni harus dapat dibedakan
bercak/noda dari senyawa utama dan bercak dari zat pengotor.
8. Jelaskan hubungan antara sifat lipofilitas dengan nilai Rf!
Jwb :
 Senyawa dengan lipofilitas tinggi akan mempunyai nilai Rf yang kecil, sehingga nilai Rm
bernilai positif. Sedang senyawa dengan lipofilitas yang rendah akan mempunyai nilai Rf
tinggi, sehingga nilai Rm akan bernilai negatif.
9. Jelaskan konsep HKSA menurut metode Free-Wilson (1964)!
Jbw :
 Free dan Wilson (1964), mengembangkan suatu konsep hubungan struktur dan aktivitas
biologis obat, yang dinamakan model de novo atau model matematik Free-Wilson.
Mereka mengemukakan bahwa respons biologis merupakan sumbangan aktivitas dari
gugus-gugus substituen terhadap aktivitas biologis senyawa induk, yang dinyatakan
melalui persamaan berikut :
Log 1/C = Σ S + µ      (1)
Ket : Log 1/C : logaritma aktivitas biologis
Σ S : total sumbangan substituen terhadap aktivitas biologis senyawa induk
µ : aktivitas biologis senyawa induk
10. Jelaskan mengapa metode Hansch lebih berkembang dan lebih banyak digunakan
dibandingkan dengan metode Free-Wilson!
Jwb :
 Dalam HKSA model Hansch lebih berkembang dan lebih banyak di gunakan di banding
model de novo Free-Wilson, karena lebih sederhana serta konsepnya secara langsung
berhubungan prinsip-prinsip kimia fisika organic yang sudah ada, dapat untuk hubungan
linier dan non-linier, data parameter sifat kimia fisika substituent sudah banyak tersedia
dalam table-tabel, model Hansch telah banyak di gunakan untuk menjelaskan hubungan
struktur aktifitas turunan obat.