TINJAUAN PUSTAKA
2.1.1.1 Obat untuk Infeksi Herpes Simplex Virus (HSV) dan Varicella-Zoster
Virus (VZV)
Ada dua jenis ada infeksi yang disebab oleh herpes simpleks
virus yaitu tipe 1 (HSV-1) dan tipe 2 (HSV-2). Keduanya erat terkait tetapi
berbeda dalam epidemiologinya. HSV-1 erat keitannya dengan penyakit orofacial,
sedangkan HSV-2 berkaitan dengan penyakit kelamin dan lokasi lesi diantara
keduanya tidak selalu menunjukkan jenis virus (Salvaggio dan Lutwick, 2009).
5
6
Infeksi primer disebabkan oleh VZV adalah varicella (cacar air), sedangkan
reaktivasi virus laten menyebabkan herpes zoster (shingles). Pada anak-anak
imunokompeten, varicella biasanya bukan penyakit yang serius, tetapi dapat
menyebabkan morbiditas dan mortalitas berat pada orang dewasa dan pada
individu immunocompromised (John dan Gnann, 2007).
Contoh obat antivirus untuk mengobati HSV dan VZV adalah asiklovir,
valasiklovir, valasiklofir HCL, famsiklovir, pesiklovir, docosanol, brivudin,
foskarnet, vidarabin, tromantadin, idoksuridin, dan trifluridin. (John dan Gnann,
2007). Asiklovir merupakan antivirus berlisensi pertama dan satu-satunya dari
tiga antivirus yang digunakan untuk infus di Amerika Serikat. Uji komparatif dari
ketiga antivirus menunjukkan khasiat serupa untuk pengobatan HSV tetapi
famsiklovir dan valasiklovir lebih unggul daripada asiklovir untuk pengobatan
herpes zoster (Katzung, 2007).
CD4, jumlah virus dalam plasma dan gejala klinis. Biasanya dilakukan pemberian
obat ARV secara kombinasi (Depkes RI, 2000).
ARV memberikan pilihan pengobatan yang efektif untuk pasien yang
mengalami infeksi HIV. ARV dibagi menjadi enam kelas yaitu nucleoside reverse
transcriptase inhibitor (NRTI), non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor
(NNRTI), protease inhibitor (PI), inhibitor integrase/integrase strand transfer
inhibitors (INSTIs), fusi inhibitor (FI), inhibitor pematangan dan reseptor
kemokin antagonis (CCR5 antagonis). Obat ARV golongan NRTI adalah
abacavir, emtriitabin, didanosin, lamivudin, dtavudin, tenofovir, tenofovir
disoproksil fumarat, zalsitabin dan zidovudin. Obat ARV golongan NNRTI adalah
delavirdin, efavirenz, nevirapin, etravirin, dan rilpivirin. Obat ARV golongan PI
adalah darunavir, amprevenavir, atazanavir, tipranavir, fosamprenavir, indinavir,
lopinavir, ritonavir, nelfinavir, saquinavir, cobicistat. Obat ARV golongan INSTIs
adalah raltegravir, elvitegravir, dolutegravir. Obat ARV golongan inhibitor
pematangan adalah bevirimat. Obat HIV golongan FI adalah enfuvirtide,
ibalizumab. Sedangkan contoh obat ARV goongan CCR5 antagonis adalah
maraviroc dan vikrivirok (Rathbun et al., 2016).
virus dan memiliki sedikit atau tidak ada efek samping pada sel-sel normal yang
tidak terinfeksi (Goura dan Tim, 2009).
2.1.2.1 Obat untuk Infeksi Herpes Simplex Virus (HSV) & Varicella-Zoster
Virus (VZV)
Asiklovir, valasiklovir, dan famsiklovir merupakan obat untuk infeksi
HSV dan VZV yang dapat menyebabkan toksisitas dalam penggunaannya.
Toksisitas asiklovir sangat sedikit, profil keamanan baik. Kadang-kadang
toksisitas terjadi pada ginjal karena obat diekskresikan melalui ginjal. Dosis
mungkin memerlukan penyesuaian pada pasien gagal ginjal. Sedangkan
valasiklovir dan famsiklovir memiliki toksisitas yang sama dengan asiklovir
(Goura dan Tim, 2009). Dalam penelitian double-blind, pasien sebanyak 398
orang yang mengkonsumsi valasiklovir ditemukan efek samping umum berupa
sakit kepala (10%), mual (4%), diare (3%), dan kelelahan (1,5%) (Leone, 2002).
antara 312 pasien yang mengkonsumsi efavirenz, 7,7% pasien terdeteksi hepatitis
C dan virus hepatitis B. Terjadinya hepatotoksisitas berat sebanyak 8,0%, tetapi
hanya 50% dari episode yang terdeteksi selama 12 minggu pertama terapi.
Sedangkan pada pasien yang mengkonsumsi nevirapine, 43% pasien terdeteksi
virus hepatitis C dan hepatitis B. Terjadinya hepatotoksisitas berat sebanyak 16%
tetapi hanya 32% dari episode terdeteksi selama 12 minggu pertama terapi
(Sulkowski, 2002).
Salah satu obat golongan Nucleoside Analogue Reverse Transcriptase
Inhibitors (NRTIs) yang dapat menyebabkan toksisitas adalah abacavir. Efek
samping abacavir yang paling sering diamati dalam uji klinis adalah kelelahan,
mual dan muntah, sakit perut, diare, sakit kepala, ruam, dan dispepsia. Dalam
suatu studi mual dan muntah terjadi pada 38-57% dari pasien, sakit kepala 27-
41%, malaise dan kelelahan 28%, diare pada 18-23%, dan kelelahan 29%.
Sedangkan salah satu obat golongan Protease Inhibitors yang menyebabkan
toksisitas adalah nelfinavir. Nelfinavir dapat menyebabkan diare pada 20-30%
pasien (Aronson, 2005).
Ikatan senyawa obat dan reseptor tergantung pada jenis ikatan kimia yang
dapat dibentuk antara obat dan reseptor. Ikatan kimia tersebut seperti Ikatan
kovalen, ikatan ion, ikatan hidrogen, ikatan elektrostatik, ikatan ion-dipol, ikatan
dipol-dipol, ikatan van der waals dan interaksi hidrofobik. Kekuatan ikatan ini
bervariasi dan akan menentukan seberapa besar afinitas antara obat dan reseptor.
Afinitas antara obat dan reseptor tergantung pada karakteristik tiga dimensi yang
tepat seperti ukuran, orientasi stereokimia dari gugus fungsional dan sifat fisik
serta sifat elektrokimia (Sahu et al., 2008).
Farmakofor merupakan bagian inti dari molekul obat yang tidak boleh
hilang karena memiliki aktivitas biologis yang spesifik. Sedangkan definisi resmi
menurut IUPAC (1998) farmakofor adalah sekumpulan fitur sterik dan elektronik
yang penting untuk menjamin interaksi supramolekular yang optimal dengan
struktur target biologis yang spesifik dan untuk memicu atau menghambat respons
biologisnya. Dengan kata lain, konsep farmakofor didasarkan pada jenis interaksi
yang diamati dalam dunia molekular: ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik
ditandai dengan pengaturan tata ruang yang ditetapkan. Farmakofor tidak
mempresentasikan molekul nyata atau hubungan yang nyata dari gugus
fungsional. Namun, merupakan sebuah konsep abstrak yang menjelaskan interaksi
molekul secara umum dari satu set senyawa terhadap struktur target (Todeschini
dan Consonni, 2000). Beberapa jenis farmakofor umumnya adalah donor ikatan
hidrogen, akseptor ikatan hidrogen, kelompok bermuatan positif, cincin aromatik,
dan kelompok hidrofobik (Louise-May, 2004).
2.5.1 Toxtree
Toxtree adalah aplikasi perangkat lunak mandiri yang dapat dijalankan
pada sistem operasi Microsoft Windows maupun platform lainnya dengan Java 2
Runtime Environment (Standard Edition 1.5 atau yang lebih baru diinstal).
Toxtree merupakan aplikasi open source yang fleksibel dan user-friendly yang
menempatkan bahan kimia ke dalam kategori dan memprediksi berbagai macam
efek toksik dengan menerapkan decision tree approaches (Commission, 2016).
Toxtree dikembangkan oleh Ideaconsult Ltd (Sovia, Bulgaria) dibawah
kontrak JRC. Agar dapat menjalankan Toxtree butuh persyaratan sistem seperti
Windows NT, Vista, 2000, 2003, Linux, Mac OS atau windows yang lebih tinggi.
17
No Metode Kategori
1 Karsinogenisitas 1. Peringatan untuk karsinogenik
(genetoksin dan non genotoksik
genotoksin) dan 2. Peringatan untuk karsinogenik non
mutagenisitas genotoksis
berdasarkan aturan 3. Potensi mutagen S. Typhimurium
ISS TA100 berdasarkan QSAR
4. Tidak mungkin menjadi mutagen
S.typhimuriumTA100 berdasarkan
QSAR
5. Berpotensi karsinogenik berdasarkan
QSAR
6. Tidak mungkin menjadi karsinogen
berdasarkan QSAR
7. Untuk penilaian yang lebih baik dapat
diterapkan perhitungan QSAR
8. Negatif untuk karsinogenik genotoksik
9. Negatif untuk karsinogenik non
genotoksik
10. Kesalahan ketika menerapkan toxtree
2 Mutagenisitas secara 1. Peringatan struktural terhadap
in vitro (tes Ames) mutagenisitas
yang ditandai ISS 2. Tidak terdapat peringatan terhadap
S.Typhimurium mutagenisitas
3. Potensial terjadi mutagen
S.Typhimurium TA100 berdasarkan
QSAR
4. Kemungkinan terjadi mutagen
S.Typhimurium TA100
5. Untuk melakukan kajian yang lebih
baik perhitungan QSAR dapat
diterapkan
6. Kesalahan saat menerapkan pohon
keputusan
tersebut. Skor tertinggi dari konformasi ligan dikembalikan untuk dianalisa lebih
lanjut. MVD dikembangkan oleh CLC Bio. Bertempat di Denmark, USA, dan
Taiwan. MVD kompaktibel dengan Windows 7, Vista, 2003, XP, atau 2000,
Linux (sebagian besar distribusi standar, tersedia 32 dan 64 bit), Mac OS X 10.5
Intel (dan versi terbaru). MVD merupakan aplikasi berbayar dengan free 30 day
trial license (Molegro, 2011).
Metode komputasi merupakan bagian dari desain obat modern. Mampu
memprediksi dan memvisualisasikan kandidat obat dan interaksi obat dengan
reseptor target sehingga memungkinkan untuk memahami dan mengoptimalkan
potensial obat. Molegro Virtual Docker menawarkan cara termudah dan paling
akurat untuk memprediksi bagaimana molekul berinteraksi dengan protein dalam
lingkungan yang terintegrasi (CLC Bio, n.d.).
MVD membutuhkan struktur tiga dimensi protein dan ligan (biasanya
berasal dari X-ray / eksperimen NMR atau pemodelan homologi). MVD
melakukan docking ligan secara fleksibel, sehingga geometri optimal ligan akan
ditentukan selama docking tersebut (Molegro, 2011). MVD menggunakan format
PDB, Mol2, SDF, dan XML untuk memasukkan molekul. Research
Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) Protein Data Bank (PDB)
adalah sebuah dokumen atau kumpulan data eksperimental struktur tiga dimensi
dari makromolekul biologis yang sekarang berjumlah lebih dari 32.500. RCSB
PDB dapat diakses di http://sg.pdb.org. RCSB dioperasikan oleh Rutgers, The
State University of New Jersey, dan San Diego Supercomputer Center di
University of California (Kouranov et al., 2006).
Drugbank merupakan alternatif untuk mendapatkan ID PDB. DrugBank
Database adalah bioinformatika unik dan kimiawi yang menggabungkan rincian
data obat (yaitu kimia, farmakologi dan farmasi) dengan informasi sasaran luas
obat (yaitu urutan, struktur, dan jalur). Database berisi 8.206 entri obat termasuk
1.991 obat molekul kecil yang disetujui FDA, 207 obat-obatan biotek yang
disetujui FDA (protein/ peptida), 93 nutraceuticals dan lebih dari 6000 obat
eksperimental. Selain itu, 4.333 protein non-redundant (yaitu obat sasaran/ enzim/
transporter/ carrier) urutan terkait dengan entri obat tersebut (Wishart et al.,
2006).
20
2.5.3 ChemDraw
ChemDraw merupakan program menggambar ilmiah terkemuka di dunia.
Ratusan ribu pengguna mendapatkan keuntungan dari kemudahan penggunaan,
kualitas output yang tinggi, kecerdasan kimia yang kuat, set alat biologi dan
integrasi di ChemOffice Profesional suite. Dirancang untuk ilmuwan, mahasiswa,
dan penulis ilmiah, ChemBioDraw adalah alat yang ampuh danv mudah
digunakan, untuk memproduksi struktur kimia dan gambar biologi. Pengguna
dapat membuat gambar sendiri atau menggunakan yang disediakan di
perpustakaan template yang tersedia (CambridgeSoft, 2016).
Chem Draw dikembangkan oleh PerkinElmer, Inc yang merupakan
aplikasi berbayar. Chem draw kompaktibel dengan OS windows 7 professional
dan ultimate (32 dan 64 bit), windows 8 dan 8 pro (32 dan 64 bit), windows 8.1
dan 8.1 pro (32 dan 64 bit), windows 10 (32 dan 64 bit). Chem draw
membutuhkan kapasitas RAM OS 32 bit: 1GB dan OS 64 bit: 2 GB. Microsoft
office yang kompaktibel yaitu Microsoft office 2000, 2010, 2013 (SP 1), dan office
265. Chem draw kompaktibel dengan perangkat keras yang mempunyai disk
space minimal 300 MB-1 GB, lebih baik 10 GB, dengan resolusi layar 800 x 600
atau lebih tinggi, dengan plugin/ control MS internet explorer 9.0, 10.x, 11.x,
firefox 28 atau lebih tinggi, dan chrome 32-44 (CambridgeSoft, 2016).