BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II.1 Dasar Teori

II.1.1 Definisi Mikroorganisme
Mikroorganisme merupakan semua makhluk yang berukuran beberapa mikron atau
lebih kecil lagi. Yang termasuk golongan ini adalah bakteri, cendawan atau jamur tingkat
rendah, ragi yang menurut sistematik masuk golongan jamur, ganggang, hewan bersel satu
atau protozoa, dan virus yang hanya nampak dengan mikroskop elektron [ CITATION
Dwi78 \l 1057 ].
Mikroorganisme terdapat di mana - mana, seperti pada tanah, debu, udara, air,
makanan ataupun permukaan jaringan tubuh kita. Keberadaan mikroorganisme tersebut
ada yang bermanfaat bagi kehidupan manusia, tetapi banyak pula yang merugikan manusia
misalnya dapat menimbulkan berbagai penyakit atau bahkan dapat menimbulkan
kerusakan akibat kontaminasi (Ariyadi, 2009).

II.1.2 Jenis Mikroorganisme

Mikroorganisme terdapat di berbagai tempat seperti tanah, debu, air, udara, kulit
dan selaput lendir. Mikroorganisme dapat berupa bakteri, fungi, protozoa dan lain-lain.
Mikroorganisme mudah terhembus udara dan menyebar ke mana-mana karena ukuran
selnya kecil dan ringan [CITATION SUS01 \l 1057 ].
Bakteri
Bakteri merupakan sel prokariotik dengan genom berbentuk sirkuler dan
mempunyai plasmid. Bakteri di samping dikenal sebagai agen penyebab penyakit, bakteri
juga mempunyai manfaat yang besar bagi kehidupan manusia seperti pemanfaatan bakteri
dalam pembuatan yogurt dan antibiotik. Di dalam tubuh manusia pun bakteri memberikan
manfaat yang banyak pertahanan melawan infeksi, berperan dalam sistem imun, sumber
nutrient dan menstimulasi pergantian epitel. Bakteri yang menghuni tubuh manusia disebut
mikroba flora normal. Menghuni kulit dan selaput mukosa individu sehat dan normal,
Kebanyakan bakteri anaerob dan fakultatif anaerob [ CITATION Yas15 \l 1057 ].
Fungi
Jamur adalah organisme yang dapat bertahan hidup pada berbagai lingkungan
dengan media yang berbeda-beda, serta memperoleh makanannya dari media tempat jamur

II-1
 Laboratorium Teknologi Rekayasa Proses
Departemen Teknologi Rekayasa Kimia Indusri FV- ITS

tersebut tumbuh. Jamur juga dapat hidup pada sisa tumbuhan atau hidup melekat pada
organisme lain. Jamur memiliki kemampuan dan fungsi yang berbeda-beda sesuai dengan
lingkungan yang ditinggalinya. Salah satu media yang biasa digunakan untuk tempat
tumbuhnya adalah batang kayu. Jamur yang tumbuh pada batang kayu memiliki
kemampuan dalam menguraikan substansi kayu. Jamur kayu dibagi ke dalam 2 kelompok
sesuai dengan kemampuannya dalam mengurai substansi kayu yaitu white rot dan brown
rot. Jamur yang termasuk kedalam kelompok white rot yaitu jamur yang mampu
menguraikan lignin, selulosa dan hemiselulosa yang terkandung di dalam kayu. Sedangkan
jamur yang termasuk ke dalam brown rot adalah jamur yang hanya mampu menguraikan
selulosa dan hemiselulosa [CITATION VAL17 \l 1057 ]
Protozoa
Protozoa merupakan mikroorganisme bersel tunggal yang banyak terdapat di dalam
air laut, air tawar, tanah lembab, dan dalam tubuh organisme lain. Meskipun hanya terdiri
dari satu sel dengan satu atau beberapa inti, ternyata protozoa memiliki susunan anatomi,
fisiologi dan tingkah laku yang sangat kompleks. Sifat hidup Protozoa kebanyakan adalah
bebas di alam namun sebagian kecil bersifat parasit. Protozoa yang hidup bebas disebut
juga sebagai Protozoa nonpatogenik sedangkan yang parasit disebut Protozoa patogenik.
Protozoa nonpatogenik tidak akan merugikan organisme lain justru beberapa diantaranya
bermanfaat. Habitat Protozoa menyebar luas dan banyak ditemukan di perairan tawar,
sungai kecil dan kolam [ CITATION Ast17 \l 1057 ].
II.1.3 Metode Menghitung Bakteri
Penghitungan jumlah sel dapat dilakukan dengan beberapa cara diantaranya metode
hitungan preparat (Total Plate Count) dan hitungan mikroskopis langsung (Direct Count).
Cara lain penentuan jumlah sel adalah dengan menyaring sampel dengan saringan
membran kemudian saringan tersebut diinkubasi pada permukaan media yang sesuai.
Koloni-koloni yang terbentuk berasal dari satu sel tunggal yang dapat hidup. Metode
hitungan preparat menggunakan anggapan bahwa setiap sel akan hidup berkembang
menjadi satu koloni. Jumlah koloni yang muncul menjadi indeks bagi jumlah oganisme
yang terkandung di dalam sampel. Teknik penghitungan ini membutuhkan kemampuan
melakukan pengenceran dan dipreparatkan hasil pengenceran. Preparat tersebut kemudian
diinkubasi dan kemudian dihitung jumlah koloni yang terbentuk. Preparat yang dipilih
untuk penghitungan koloni, sesuai dengan kaidah statistik. dalam suatu preparat biasanya
berisi 30-300 koloni. Jumlah organisme yang terdapat dalam sampel asal dihitung dengan

BAB II TINJAUAN PUSTAKA II-2

 Laboratorium Teknologi Rekayasa Proses
Departemen Teknologi Rekayasa Kimia Indusri FV- ITS

cara mengalikan jumlah koloni yang terbentuk dengan faktor pengenceran pada preparat
bersangkutan [ CITATION Wij151 \l 1057 ].
Analisis kuantitatif mikrobiologi pada bahan pangan penting dilakukan untuk
mengetahui mutu bahan pangan tersebut. Beberapa cara dapat digunakan untuk
menghitung atau mengukur jumlah jasad renik didalam suatu suspensi atau bahan, salah
satunya yaitu perhitungan jumlah sel dengan metode hitung cawan. Prinsip dari metode ini
adalah jika sel mikroba masih hidup ditumbuhkan pada medium agar maka sel tersebut
akan berkembang biak dan membentuk koloni yang dapat dilihat langsung tanpa
menggunakan mikroskop. Cara pemupukan kultur dalam hitungan cawan yaitu dengan
metode tuang (pour plate) Jika sudah didapatkan hasil jumlah koloninya, kemudian
disesuaikan berdasarkan SPC (Standard Plate Count) (Taman, 2018).
II.1.4 Kamar Hitung (Counting Chamber)
Menurut Wamid (2009), dalam metode ini akan dilakukan pengamatan langsung
dengan menggunakan mikroskop. Alat bantu yang digunakan adalah kamar hitung
Improved Neubauer. Alat ini terbuat dari gelas dan pada ruang penghitung terdapat 9
kotak, masing- masing berukuran 1 mm2 kotak dibagian tengah terbagi lagi menjadi 25
kotak besar yang masing-masing terbagi lagi menjadi 16 kotak kecil. Sehingga jumlah
kotak kecil dalam kotak bagian tengah ada 400 buah. Suspensi bakteri yang akan dihitung,
akan diteteskan pada kamar hitung, karena suspensi terlalu padat maka akan dilakukan
pengenceran secukupnya. Penghitungan dilakukan secara langsung pada kotak-kotak
tersebut dengan menggunakan mikroskop. Jumlah bakteri tiap milliliter larutan suspensi
dapat diperkirakan dengan membagi jumlah bakteri yang ada pada kotak-kotak dengan
volume ruang hitungnya, atau dapat dirumuskan :
jumlah spora terhitung
(1)
volume kamar yang digunakan × jumlah larutan induk
Jumlah spora yang terhitung dapat dilihat langsung pada mikroskop, dan langsung
dihitung jumlahnya, sedangkan volume kamar yang digunakan bisa bervariasi.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA II-3

 Laboratorium Teknologi Rekayasa Proses
Departemen Teknologi Rekayasa Kimia Indusri FV- ITS

Gambar III.1 penampang atas kamar hitung Improved Neubauer

Dari gambar tersebut dapat dilihat terdapat parit untuk memasukan sampel. Agar
penyebaran spora dapat merata, maka setiap jalur pada parit akan digunakan untuk
menginjeksikan sampel. Setelah menginjeksikan sampel, permukaan chamber ditutup
dengan cover glass, agar permukaan tidak mencembung dan gampang untuk diamati
dengan mikroskop.

Gambar III.2 Penampang samping kamar hitung Improved Neubauer

Gambar III.3 Kotak-kotak pada counting chamber

Luas kotak merah adalah 1 mm2, luas kotak hijau 0.0625 mm2, luas kotak kuning
0.04 mm2, luas kotak biru 0.0025 mm 2. Dalam perhitungan, volume yang akan digunakan
adalah volume kamar dimana letak spora akan dihitung. Jika jumlah spora terlalu banyak,

BAB II TINJAUAN PUSTAKA II-4

 Laboratorium Teknologi Rekayasa Proses
Departemen Teknologi Rekayasa Kimia Indusri FV- ITS

untuk menghitung jumlahnya dalam kotak yg besar tentu sedikit sulit, maka dapat
digunakan kotak yang kecil yaitu pada kotak berwarna biru atau kotak berwarna kuning.
Pada pengambilan data, penghitungan dilakukan pada kotak berwarna kuning dengan
volume 0,004 mm3 .

II.1.5 Metode Inokulasi Bakteri

Menurut Misbachul (2016), Isolasi bakteri adalah suatu proses memisahkan suatu
bakteri dari habitatnya/ lingkungannya di alam dan menumbuhkannya sebagai biakan
murni dalam medium buatan. Sebelum isolasi dilakukan perlu diketahui cara-cara
menanam dan menumbuhkan bakteri pada medium biakan tertentu yang sesuai dengan
jenisnya serta syarat-syarat lain untuk pertumbuhannya. Memindahkan bakteri dari
medium lama kedalam medium yang baru diperlukan ketelitian dan sterilisasi alat-alat
yang digunakan agar tidak terjadi kontaminasi. Pada pemindahan bakteri dicawan petri
setelah agar baru, maka cawan petri tersebut harus dibalik, hal ini berfungsi untuk
menghindari adanya tetesan air yang mungkin melekat pada dinding tutup cawan petri.
Beberapa faktor yang perlu diperhatikan dalam melakukan isolasi mikrorganisme, yaitu :
a. Sifat setiap jenis mikroorganisme yang akan di isolasi
b. Media pertumbuhan yang sesuai
c. Cara menginokulasi mikroorganisme
d. Cara menguji mikroorganisme yang telah di isolasi sesuai dengan yang diinginkan
e. Cara memelihara agar mikroorganisme yang telah di iosolasi tetap merupakan
kultur murni
Berdasarkan Stolp dan Starr (1981), ada beberapa teknik isolasi mikrobia, yaitu :
1. Spread plate (agar tabur ulas)
Spread plate adalah teknik menanam dengan menyebarkan suspensi bakteri di
permukaan agar, agar diperoleh kultur murni. Prosedur kerjanya adalah suspensi cairan
diambil sebanyak 0,1 ml dengan mikropipet kemudian teteskan diatas permukaan agar
yang telah memadat. Trigalski kemudian dibakar diatas bunsen dan didinginkan
beberapa detik. Kemudian suspensi diratakan dengan menggosokannya pada permukaan
agar, penyebaran akan lebih efektif bila cawan ikut diputar. Pada spread
plate diteteskannya bakteri sebanyak 0,1 ml karena bertujuan untuk menumbuhkan
dipermukaan saja.
2. Pour plate (agar tuang)

BAB II TINJAUAN PUSTAKA II-5

 Laboratorium Teknologi Rekayasa Proses
Departemen Teknologi Rekayasa Kimia Indusri FV- ITS

Teknik ini memerlukan agar yang belum padat dan dituang bersama suspensi bakteri ke
dalam cawan petri dan dihomogenkan lalu dibiarkan memadat. Hal ini akan
menyebabkan sel-sel bakteri tidak hanya terdapat pada permukaan agar saja tapi juga di
dalam atau dasar agar sehingga bisa diketahui sel yang dapat tumbuh dipermukaan agar
yang kaya O2 dan di dalam agar yang tidak banyak begitu banyak mengandung O2.
Prosedur kerjanya adalah penyiapan petridish dan tabung pengenceran, selanjutnya 1 ml
suspensi bakteri diteteskan secara aseptis ke dalam cawan kosong ·  Medium yang masih
cair dituang ke dalam petridish lalu petridish di putar membentuk angka 8 agar suspensi
bakteri dan media homogen, kemudian diinkubasi. Pada pour plate diteteskan sebanyak
1 ml karena membutuhkan ruang yang lebih luas untuk penyebarannya sehingga
diberikan lebih banyak dari pada spread plate.
3. Teknik Penanaman dengan Goresan (Streak)
Bertujuan untuk mengisolasi mikroorganisme dari campurannya atau meremajakan
kultur ke dalam medium baru.
4. Goresan Sinambung
Prosedur kerjanya adalah inokulum loop (ose) disentuhkan pada koloni bakteri dan
gores secara kontinyu sampai setengah permukaan agar. Lalu petridish diputar 180 o dan
dilanjutkan goresan sampai habis. Goresan sinambung umumnya digunakan bukan
untuk mendapatkan koloni tunggal, melainkan untuk peremajaan ke cawan atau medium
baru.
5. Goresan T
Prosedur kerjanya adalah petridish dibagi menjadi 3 bagian menggunakan spidol dan
daerah tersebut diinokulasi dengan streak zig-zag. Ose dipanaskan dan didinginkan, lalu
distreak zig-zag pada daerah berikutnya.
6. Goresan Kuadran (Streak quadrant)
Hampir sama dengan goresan T, namun berpola goresan yang berbeda yaitu dibagi
empat. Daerah 1 merupakan goresan awal sehingga masih mengandung banyak sel
mikroorganisma. Goresan selanjutnya dipotongkan atau disilangkan dari goresan
pertama sehingga jumlah semakin sedikit dan akhirnya terpisah-pisah menjadi koloni
tunggal.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA II-6

 Laboratorium Teknologi Rekayasa Proses
Departemen Teknologi Rekayasa Kimia Indusri FV- ITS

II.2 Aplikasi Industri

Pengaruh Ragi Roti, Ragi Tempe, dan Lactobacillus Plantarum terhadap
Total Asam Laktat dan pH pada Fermentasi Singkong
Ary Yusen Pratama, Rima Nur Febriani, dan Setiyo Gunawan
Pengolahan ubi kayu melalui proses fermentasi merupakan salah satu upaya
untuk mengurangi kandungan asam sianida. Kondisi ini diharapkan sianida yang
terkandung dalam umbi-umbian dapat terhidrolisis dan memperbaiki tekstur tepung
singkong yang dihasilkan. Mikroba yang umum digunakan dalam proses fermentasi
adalah kelompok bakteri selulolitik, bakteri asam laktat dan ragi. Asam laktat dapat
bersifat mengawetkan bahan pangan. pH yang rendah dapat menghambat
kontaminasi mikroorganisme pembusuk, mokroorganisme pathogen serta
mikroorganisme penghasil racun akan mati.
Pertama-tama singkong dikupas kulitnya kemudian di rendam dalam air
sambil di cuci.Kemudian dipotong dadu dengan ukuran 0,3 x 0,3 cm dan
dimasukkan di erlenmayer. Kemudian ditambahkan strain ragi tempe, ragi roti dan
bakteri Lactobacillus plantarum dalam erlenmeyer yang berbeda masing-masing 1
%. Inkubasi selama 96 jam. Waktu analisa digunakan tiap 12 jam yaitu (0, 12, 24, 36,
48, 60, 72, 84 dan 96 jam). Untuk perhitungan jumlah bakteri ini digunakan metode
counting chamber. Pertama-tama ambil 1 ml sampel. Kemudian
melarutkannya dalam 10 ml aquades steril ke dalam tabung reaksi dan diaduk
hingga homogen, dilakukan hal yang sama sampai pengenceran 100x.Ambil suspensi
dari tabung 100x, kemudian letakkan di bawah mikroskop yang dilanjutkan dengan
menghitung jumlah sel yang terdapat pada kotak A, B, C, D, dan E. Hitung jumlah sel
tersebut dengan menggunakan rumus
Dari ketiga jenis mikroorganisme tersebut yang paling banyak
jumlahnya adalah bakteri lactobacillus plantarum yang mampu mencapai (4,75 x 105
sel/ml), untuk ragi roti (3,87 x 105 sel/ml) dan untuk ragi tempe (1,43 x 105
sel/ml) pada saat fase stasioner. Dari grafik juga terlihat bahwa bakteri lactobacillus
plantarum selain cepat berkembang biak juga cepat memasuki fase kematian dari
pada ragi roti dan ragi tempe.

BAB II TINJAUAN PUSTAKA II-7