Commentary 4823

Penuaan daun tanaman dan kematian - regulasi oleh berbagai lapisan kontrol dan implikasi
untuk penuaan secara umum
1 2 1,2, 1,
Hye Ryun Woo , Hyo Jung Kim , Hong Gil Nam * and Pyung Ok Lim *
1
Department of New Biology, Daegu Gyeongbuk Institute of Science and Technology (DGIST), Daegu 711-873, Republic of Korea
2
Academy of New Biology for Plant Senescence and Life History, Institute for Basic Science, DGIST, Daegu 711-873, Republic of Korea
*Authors for correspondence (nam@dgist.ac.kr; polim@dgist.ac.kr)

Journal of Cell Science 126, 4823–4833

2013. Published by The Company of Biologists Ltd
doi: 10.1242/jcs.109116

Ringkasan

Bagaimana organisme, organ, jaringan dan sel mengubah nasib mereka ketika mereka menua menjelang penuaan dan kematian? Daun tanaman memberikan
jendela yang unik untuk mengeksplorasi pertanyaan ini karena mereka menunjukkan riwayat kehidupan yang dapat direproduksi dan mudah diakses untuk
pengujian eksperimental. Sepanjang masa hidup mereka, daun mengalami serangkaian transisi perkembangan, fisiologis dan metabolik yang berujung pada
penuaan dan kematian. Daun penuaan adalah 'altruistic death' yang memungkinkan degradasi nutrisi yang dihasilkan selama fase pertumbuhan daun dan
redistribusi mereka untuk mengembangkan biji atau bagian lain dari tanaman, dan dengan demikian adalah strategi yang telah berevolusi untuk memaksimalkan
kebugaran tanaman. Selama dekade terakhir, ada kemajuan yang signifikan dalam memahami prinsip-prinsip molekuler utama penuaan daun menggunakan studi
genetik dan molekuler, serta analisis 'omics'. Sekarang jelas bahwa penuaan daun adalah program genetik yang sangat kompleks yang dikontrol ketat oleh
berbagai lapisan regulasi, termasuk pada tingkat kromatin dan transkripsi, serta oleh regulasi pasca-transkripsi, translasi dan pasca-translasi. Komentar ini
membahas pemahaman dan wawasan terbaru ke dalam mekanisme molekuler yang mendasari, dan menyajikan perspektif yang diperlukan untuk memungkinkan
pemahaman tingkat sistem kita tentang penuaan daun, bersama dengan implikasi mereka yang mungkin untuk penuaan secara umum.

Kata kunci: Penuaan, penuaan daun, peraturan yang diperantarai Chromatin, Peraturan transkripsi, Regulasi pasca-transkripsi, Regulasi translasi, regulasi pasca-
translasi

pengantar pada penuaan (Jeyapalan dan Sedivy, 2008).

Hampir semua organisme, setelah mereka menua,
mengakhiri hidup mereka dengan penuaan yang diikuti
dengan kematian. Bagaimana dan mengapa organisme
hidup yang senesce dan mati adalah pertanyaan
mendasar dalam biologi. Senescence pada tumbuhan
didefinisikan sebagai degradasi program tergantung
usia dan proses degenerasi sel, organ atau seluruh
organisme, yang mengarah ke kematian (Lim et al.,
2007a). Senescence pada tumbuhan terjadi pada
berbagai level, sebagian besar
khas pada tingkat organ dan organismal (Gambar 1).
Hasil penuaan tanaman dan kematian pada tingkat
seluruh tanaman dapat diamati di beras, jagung,
kedelai dan ladang gandum di masa panen mereka.
Sebaliknya, penuaan tanaman di tingkat organ
dimanifestasikan dalam perubahan spektakuler dalam
warna daun dan kematian daun musim gugur
berikutnya. Jenis penuaan pada tumbuhan ini adalah
penuaan pasca mitosis (Kotak 1), sedangkan pada
hewan, istilah penuaan sebagian besar digunakan untuk
mitosis penuaan sel, yang mengacu pada hilangnya
kapasitas untuk menjalani pembelahan sel lebih lanjut
Daun adalah organ yang mencirikan tumbuhan
sebagai autotrof dan mungkin satu-satunya sumber
makanan praktis di bumi karena mereka memperbaiki
karbon menggunakan energi cahaya. Daun memulai
hidup mereka sebagai primodia daun. Selama
perkembangan dan pertumbuhannya, mereka menjadi
fotosintesis yang kompeten dan menumpuk nutrisi.
Daun kemudian memasuki tahap penuaan, diikuti oleh
kematian mereka. Daun penuaan sebagian melibatkan
proses ‘keausan dan kerusakan’ selama penuaan, tetapi
sebagian besar adalah proses yang diatur secara ketat
dengan sangat penting.
 
tujuan biologis. Selama penuaan, sel daun mengalami
transisi dramatis dalam metabolisme sel dan degradasi
struktur seluler secara tertib; ini paling khas diamati
dalam kloroplas (Gambar. 1B), di mana itu disertai
dengan perubahan warna daun karena kerusakan
klorofil. Sebaliknya, mitokondria dan nukleus tetap utuh
sampai tahap akhir penuaan daun. Gejala lain penuaan
di tanaman termasuk peningkatan peroksidasi lipid dan
kebocoran membran, yang terkait dengan peningkatan
spesies reaktif spesies oksigen (ROS) (Gambar 1C)
(Thompson dan Lake, 1987; Leshem, 1988). Perubahan
metabolik selama penuaan daun termasuk hidrolisis
makromolekul, seperti protein, lipid, asam nukleat dan
pigmen yang terakumulasi selama fase pertumbuhan
(Watanabe et al.,
2013). Dalam tanaman tahunan, molekul-molekul
terhidrolisis ini dipindahkan untuk mengembangkan biji
dan buah-buahan. Di pohon, nutrisi yang terdegradasi
selama penuaan daun disimpan dalam batang atau akar
dan digunakan kemudian untuk pengembangan daun
atau bunga baru. Mekar bunga musim semi terjadi
melalui pemanfaatan nutrisi yang telah direlokasi dari
daun musim gugur senescing. Dengan demikian,
penuaan dan kematian pada daun adalah strategi
perkembangan aktif yang sangat berkontribusi
terhadap kebugaran dan kelangsungan hidup tanaman.
Daun penuaan berlangsung dengan usia, tetapi proses ini
melibatkan pengaturan jalur yang rumit dan komprehensif yang
merespon tahap kehidupan sebelumnya dari daun dan berbagai
faktor lingkungan endogen dan eksogen untuk menyesuaikan
onset, perkembangan dan penyelesaiannya (Kotak 2) ( Buchanan-
Wollaston dkk.,
 4824 Journal of Cell Science 126 (21)

A
Vegetative Reproductive
growth Senescence
growth

5 cm

12 18 24 30 36 42 48 54 60
DAG

B Growth Maturation Senescence Death

Fv/Fm

0.8
0.6
1 cm
0.4
Fv/Fm 0.2
0
6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 34
DAE
Fig. 1. Whole-plant senescence and leaf senescence in
C Arabidopsis. (A) Characteristics of whole-plant
senescence in Arabidopsis. Representative wild-type
DAB Arabidopsis plants (Columbia ecotype) are shown from 12
days after germination (DAG) to 60 DAG at 6-day
intervals. (B) Shown here are representative Arabidopsis
fourth-rosette leaves from 6 days after emergence (DAE)
NBT to 34 DAE, shown at 2-day intervals (top row) together
with their respective photochemical efficiency (Fv/Fm;
bottom row). During senescence, leaves turn yellow and
TB their photochemical efficiency gradually reduces, as
indicated by the appearance of green and yellow in the
leaves in the bottom row. (C) Levels of ROS and cell death
increase with aging. Cell death is visualized here by
Tryphan Blue (TB) staining at each time point. The
presence of H2O2 and superoxide in Arabidopsis leaves are
16 20 24 28 32 indicated by diaminobenzidine (DAB) and nitro blue
DAE tetrazolium (NBT) staining, respectively.

2005; Lim et al., 2007a). Sejumlah pertanyaan tetap
dibahas mengenai penuaan daun, seperti apa sifat
molekulernya dan bagaimana perubahan molekuler ini
diatur dalam cara tergantung waktu. Selanjutnya,
bagaimana umur daun diakui dan bagaimana informasi
ini dimasukkan untuk membuat keputusan
perkembangan, seperti penuaan daun dan kematian?
Pertanyaan lain yang belum terselesaikan adalah
bagaimana penuaan daun dan program kematian
berinteraksi dengan lingkungan endogen dan eksogen.
Selain itu, bagaimana jaringan molekuler penuaan daun
dan program kematian berevolusi dan apa kontribusi
gen penuaan untuk menanam produktivitas dan
kebugaran? Selama dekade terakhir, upaya genetik dan
molekuler yang ekstensif telah dilakukan untuk
mengungkap prinsip-prinsip molekuler utama penuaan
daun dan kematian, dan telah mengungkapkan
keterlibatan mode pengaturan multi-lapis.
Dalam Komentar ini, kami menyajikan pemahaman terbaru
tentang penuaan daun dari perspektif kromatin berbasis,
transkripsi, pasca-transkripsional, translasi dan regulasi pasca-
translasi (Gambar. 2; materi tambahan Tabel S1). Meskipun
fokus kami adalah pada penuaan daun di tanaman model
Arabidopsis, kami juga membahas temuan yang relevan pada
organisme lain, termasuk tanaman utama.
Peraturan transkripsi dari penuaan daun tanaman
Onset, perkembangan dan penyelesaian penuaan daun diatur
dengan cara yang sangat terkoordinasi dan melibatkan
pemrograman ulang ekspresi gen yang luas. Temporal profiling
dari transkriptom selama penuaan daun Arabidopsis telah
mengungkapkan gambaran global penuaan dan nya

Box 1. Glossary
Penuaan mitotik: juga dikenal sebagai penuaan proliferatif; ditunjukkan
dalam penangkapan pembelahan sel dalam sel-sel meristematik seperti
kuman-line dan penangkapan pembelahan sel mitosis pada tahap awal
perkembangan buah; mirip dengan penuaan replikatif dalam sel ragi dan
hewan dalam budaya.
Penuaan pasca mitosis: proses degeneratif aktif; lead
sampai mati sel yang tidak lagi mengalami pembelahan sel mitosis;
terjadi di beberapa organ tanaman, seperti daun dan kelopak bunga;
didominasi melibatkan organ somatik.
NAC (NAM, ATAF1, 2, dan CUC2) faktor transkripsi: mengandung
domain N-terminal NAC DNA-binding; terdiri dari 117 anggota di
Arabidopsis; spesifik untuk tanaman dan terkait dengan beragam proses
termasuk pembentukan dinding sekunder dan respon stres biotik /
abiotik, serta penuaan daun.
Faktor transkripsi WRKY: ditandai oleh domain WRKY 60-amino-acid
DNA-binding yang mengandung motif seng-jari; terdiri dari 74 anggota
di Arabidopsis; khusus untuk tanaman dan terlibat dalam pengaturan
berbagai proses, seperti respon stres biotik / abiotik, pengembangan dan
perkecambahan biji. tasiRNAs (trans-acting small-interfering RNAs):
kelas khusus RNA kecil endogen yang berasal dari transkrip yang
diturunkan dari TAS-gen; bertindak dalam trans untuk mengatur mRNA
pada tingkat pasca-transkripsi, mirip dengan miRNA; dihasilkan setelah
transkrip TAS dibelah oleh miRNA (di Arabidopsis, miR173 memicu
produksi tasiRNA dari TAS1 and TAS2, miR390 targets TAS3, and
Journal of Cell Science
miR828 targets TAS4).
regulasi yang melibatkan ribuan penuaan terkait gen (SAGs),
yang konsisten dengan data biokimia dan fisiologis yang
diketahui (Weaver et al., 1998; Miller et al., 1999;
Box 2. Overview of the molecular basis of leaf growth and senescence
Aktivitas pemeliharaan diri dari daun tanaman dipertahankan selama pertumbuhan dan menurun pada tahap penuaan, sedangkan aktivitas penuaan daun meningkat
sepanjang masa hidup mereka. Meskipun inisiasi penuaan tidak dapat didefinisikan secara jelas, inisiasi dan perkembangan penuaan daun bergantung pada usia
perkembangan dan juga dipengaruhi oleh berbagai faktor internal dan eksternal seperti yang diilustrasikan dalam gambar. Faktor internal meliputi berbagai
phytohormones dan reproduksi. Sitokinin adalah hormon tanaman pencegah penuaan yang paling efektif, sedangkan ethylene, asam jasmonic (JA), asam absisat
(ABA) dan asam salisilat dikenal untuk meningkatkan penuaan daun. Faktor lingkungan yang mempengaruhi penuaan daun termasuk stres oksidatif, suhu tinggi
atau rendah, kekeringan, defisiensi nutrisi dan infeksi patogen.
Maintenance
activity
Initiation Growth Maturation
Developmental
age
Internal factors
Hormones
Cytokinin (AHK3, ARR2)
Ethylene (EIN2, SR1)
Auxin (ARF2)
JA (miR319, TCP4)
ABA (RPK1)
Reproduction
Regulation of leaf senescence 4825
Hinderhofer dan Zentgraf, 2001; Gepstein et al., 2003; Lin dan
Wu, 2004; Buchanan-Wollaston et al., 2005; Pourtau et al., 2006;
van der Graaff et al., 2006; Breeze et al., 2011). Seiring penuaan
daun disertai dengan perubahan genom-lebar dalam ekspresi gen,
aktivasi dinamis faktor transkripsi dianggap mekanisme kunci
yang mengontrol ekspresi tergantung usia ribuan SAG. Dua
keluarga faktor transkripsi, NAC dan WRKY, adalah faktor
transkripsi utama yang mengatur penuaan daun (Kotak 1).
Menariknya, faktor-faktor transkripsi ini juga diinduksi oleh
berbagai respon stres, yang konsisten dengan gagasan bahwa
penuaan adalah respon terintegrasi tanaman untuk sinyal
perkembangan endogen dan isyarat lingkungan.
Faktor transkripsi NAC
Analisis transkriptom genome mengungkapkan bahwa lebih dari itu
30 NAC gen (Kotak 1) secara signifikan diregulasi selama penuaan
daun di Arabidopsis (Jensen et al., 2010; Breeze et al., 2011; Kou et
al., 2012). Analisis fungsional mutan dan / atau tanaman transgenik
dengan gen NAC terganggu atau diekspresikan berlebih
menunjukkan perubahan fenotip penuaan daun, dan identifikasi
selanjutnya dari faktor regulasi hulu dan target hilir mereka telah
mengungkap jaringan regulasi gen yang mengontrol penuaan daun
(Guo dan Gan, 2006). ; Zhang dan Gan, 2012; Hickman et al., 2013).
Misalnya, NAC- LIKE, ACTIVATED OLEH AP3 / PI (AtNAP /
ANAC029), adalah faktor transkripsi NAC penting yang mengatur
usia di Arabidopsis. Ekspresi NAP yang dapat diinduksi pada daun
muda memicu penuaan dini, sedangkan mutan KO dari NAP
menunjukkan penuaan daun yang terhambat (Guo dan Gan, 2006).
NAP diduga mengatur penuaan daun secara parsial melalui
pengikatan langsung ke promotor SAG113, pengatur negatif dari
Senescence
activity
Senescence Death
External factors
Oxidative stress (JUB1)
Nutrient limitation
Heat or cold
Drought (NTL4)
Pathogen attack (WRKY30)
4826 Journal of Cell Science 126 (21)

Chromatin-mediated regulation
HDA6, ORE7, SUVH2

Post-transcriptional regulation
tasiRNA miR164, miR319,
precursor TAS3-derived tasiRNA
TF

Transcriptional regulation
ARF2, NAP, MYBL, CBF2, RNA polymerase tasiRNA
JUB1, NTL4, ORE1, RAV1,
WRKY22, WRKY53, WRKY54,
WRKY70, SR1
Pre-miRNA

mRNA Target mRNA

RISC
miRNA

P
Ribosome Ub
Translational regulation
ORE4

Post-translational regulation
AHK3, MEKK1, MKK9, MPK6,
ORE9, RPK1, SARK, SAUL1, UPL5

Fig. 2. Gambaran dari beberapa lapisan regulasi pada penuaan daun. Beberapa lapisan regulasi terlibat dalam pengendalian penuaan daun, dan diilustrasikan di
sini adalah moda pengaturan yang diperantarai kromatin, transkripsi, pasca-transkripsional, translasi dan pasca-translasional. Aturan penuaan yang dimediasi
kromatin dari penuaan daun termasuk modifikasi histone dan perubahan dalam arsitektur kromatin. Perubahan genome-lebar dalam ekspresi gen yang terkait
penuaan (SAGs) selama penuaan daun melibatkan aktivasi dinamis dan / atau penekanan faktor transkripsi yang beragam (TF). Regulasi pasca-transkripsi dari
penuaan daun terutama diimplementasikan oleh miRNAs dan tasiRNAs. Modifikasi pasca-translasi, seperti fosforilasi dan ubiquitylation, juga penting untuk
modulasi penuaan daun. Gen-gen kunci yang mengontrol penuaan daun pada masing-masing lapisan regulasi ditunjukkan. Pra-miRNA, mikroRNA prematur;
RISC, kompleks peredam yang diinduksi RNA; Ub, ubiquitin.

abscisic acid (ABA) jalur yang menghambat penutupan
stomata, yang pada gilirannya memicu penuaan daun
(Zhang dan Gan, 2012).
ORESARA1 (ORE1, ANAC092) adalah faktor transkripsi
NAC lain yang merupakan pengatur positif penuaan
daun pada Arabidopsis (Kim et al., 2009; Balazadeh et
al., 2010). Ekspresi ORE1 diinduksi selama penuaan
daun oleh ETHYLENE INSENSITIVE 2 (EIN2), tetapi
secara negatif diatur oleh microRNA164 (miR164;
dibahas di bawah). ORE1 memberikan fungsi
pengaturannya dengan mengendalikan ekspresi 170
gen, termasuk dari 78 SAG yang diketahui (Balazadeh et
al.,
2010). BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) adalah target
langsung ORE1 (Matallana-Ramirez et al., 2013),
menunjukkan bahwa ORE1 mengatur degradasi asam
nukleat dengan mengaktifkan ekspresi BFN1 selama
penuaan daun (Gambar 3). Baru-baru ini, karakterisasi
protein ORE1-berinteraksi menyebabkan postulasi dari
mekanisme regulasi baru penuaan daun yang dimediasi
oleh ORE1 (Rauf et al., 2013). Studi tersebut
menemukan bahwa ORE1 berinteraksi dengan faktor
transkripsi G2 seperti GLK1 dan GLK2, yang penting
untuk pengembangan dan pemeliharaan kloroplas.
Selama perkembangan daun awal, GLKs abscisic acid
(ABA) jalur yang menghambat penutupan stomata, yang pada
gilirannya memicu penuaan daun (Zhang dan Gan, 2012).
ORESARA1 (ORE1, ANAC092) adalah faktor transkripsi NAC
lain yang merupakan pengatur positif penuaan daun pada
Arabidopsis (Kim et al., 2009; Balazadeh et al., 2010). Ekspresi
ORE1 diinduksi selama penuaan daun oleh ETHYLENE
INSENSITIVE 2 (EIN2), tetapi secara negatif diatur oleh
microRNA164 (miR164; dibahas di bawah). ORE1 memberikan
fungsi pengaturannya dengan mengendalikan ekspresi 170 gen,
termasuk dari 78 SAG yang diketahui (Balazadeh et al.,
2010). BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) adalah target
langsung ORE1 (Matallana-Ramirez et al., 2013), menunjukkan
bahwa ORE1 mengatur degradasi asam nukleat dengan
mengaktifkan ekspresi BFN1 selama penuaan daun (Gambar 3).
Baru-baru ini, karakterisasi protein ORE1-berinteraksi transkripsi G2 seperti GLK1 dan GLK2, yang penting untuk
menyebabkan postulasi dari mekanisme regulasi baru penuaan pengembangan dan pemeliharaan kloroplas. Selama
daun yang dimediasi oleh ORE1 (Rauf et al., 2013). Studi perkembangan daun awal, GLKs sangat
tersebut menemukan bahwa ORE1 berinteraksi dengan faktor diungkapkan, yang menghasilkan aktivasi gen target seperti gen
transkripsi G2 seperti GLK1 dan GLK2, yang penting untuk yang terkait fotosintesis. Ketika daun semakin tua, ekspresi
pengembangan dan pemeliharaan kloroplas. Selama ORE1 meningkat, yang pada gilirannya, menyita GLK dan
perkembangan daun awal, GLKs abscisic acid (ABA) jalur yang menghasilkan aktivitas transkripsi yang berkurang. Oleh karena
menghambat penutupan stomata, yang pada gilirannya memicu itu, ORE1 muncul untuk mengontrol penuaan daun dengan
penuaan daun (Zhang dan Gan, 2012). memicu ekspresi banyak SAG dan dengan memodulasi aktivitas
ORESARA1 (ORE1, ANAC092) adalah faktor transkripsi NAC faktor transkripsi lainnya melalui interaksi protein-protein.
lain yang merupakan pengatur positif penuaan daun pada JUNGBRUNNEN1 (JUB1, ANAC042) adalah faktor transkripsi
Arabidopsis (Kim et al., 2009; Balazadeh et al., 2010). Ekspresi NAC H2O2-induced yang mengaktifkan ekspresi DREB2A dan
ORE1 diinduksi selama penuaan daun oleh ETHYLENE beberapa gen ROS-responsif (Wu et al., 2012). Tanaman
INSENSITIVE 2 (EIN2), tetapi secara negatif diatur oleh Arabidopsis transgenik yang mengekspresikan JUB1 secara
microRNA164 (miR164; dibahas di bawah). ORE1 memberikan berlebihan menunjukkan penuaan daun yang lambat dan toleran
fungsi pengaturannya dengan mengendalikan ekspresi 170 gen, terhadap berbagai tekanan abiotik. Sebaliknya, tanaman
termasuk dari 78 SAG yang diketahui (Balazadeh et al., knockdown jub1 menunjukkan penuaan dini dan mengurangi
2010). BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) adalah target toleransi stres abiotik. Data ini menunjukkan bahwa JUB1 secara
langsung ORE1 (Matallana-Ramirez et al., 2013), menunjukkan negatif mengatur penuaan daun dengan menurunkan kadar H2O2
bahwa ORE1 mengatur degradasi asam nukleat dengan seluler, sehingga mengurangi efek regulator positif dalam
mengaktifkan ekspresi BFN1 selama penuaan daun (Gambar 3). penuaan daun. Selain itu, faktor transkripsi NAC responsif
Baru-baru ini, karakterisasi protein ORE1-berinteraksi kekeringan, NAC DENGAN TRANSMEMBRANE MOTIF 1-
menyebabkan postulasi dari mekanisme regulasi baru penuaan LIKE 4 (NTL4), memainkan peran dalam penggabungan
daun yang dimediasi oleh ORE1 (Rauf et al., 2013). Studi metabolisme ROS ke penuaan daun yang diinduksi kekeringan
tersebut menemukan bahwa ORE1 berinteraksi dengan faktor (Lee et al., 2012). NTL4 mengikat langsung ke promotor gen itu
transkripsi G2 seperti GLK1 dan GLK2, yang penting untuk
pengembangan dan pemeliharaan kloroplas. Selama
perkembangan daun awal, GLKs abscisic acid (ABA) jalur yang
menghambat penutupan stomata, yang pada gilirannya memicu
penuaan daun (Zhang dan Gan, 2012).
ORESARA1 (ORE1, ANAC092) adalah faktor transkripsi NAC
lain yang merupakan pengatur positif penuaan daun pada
Arabidopsis (Kim et al., 2009; Balazadeh et al., 2010). Ekspresi
ORE1 diinduksi selama penuaan daun oleh ETHYLENE
INSENSITIVE 2 (EIN2), tetapi secara negatif diatur oleh
microRNA164 (miR164; dibahas di bawah). ORE1 memberikan
fungsi pengaturannya dengan mengendalikan ekspresi 170 gen,
termasuk dari 78 SAG yang diketahui (Balazadeh et al.,
2010). BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) adalah target
langsung ORE1 (Matallana-Ramirez et al., 2013), menunjukkan
bahwa ORE1 mengatur degradasi asam nukleat dengan
mengaktifkan ekspresi BFN1 selama penuaan daun (Gambar 3).
Baru-baru ini, karakterisasi protein ORE1-berinteraksi
menyebabkan postulasi dari mekanisme regulasi baru penuaan
daun yang dimediasi oleh ORE1 (Rauf et al., 2013). Studi
tersebut menemukan bahwa ORE1 berinteraksi dengan faktor
transkripsi G2 seperti GLK1 dan GLK2, yang penting untuk
pengembangan dan pemeliharaan kloroplas. Selama
perkembangan daun awal, GLKs abscisic acid (ABA) jalur yang
menghambat penutupan stomata, yang pada gilirannya memicu
penuaan daun (Zhang dan Gan, 2012).
ORESARA1 (ORE1, ANAC092) adalah faktor transkripsi NAC
lain yang merupakan pengatur positif penuaan daun pada
Arabidopsis (Kim et al., 2009; Balazadeh et al., 2010). Ekspresi
ORE1 diinduksi selama penuaan daun oleh ETHYLENE
INSENSITIVE 2 (EIN2), tetapi secara negatif diatur oleh
microRNA164 (miR164; dibahas di bawah). ORE1 memberikan
fungsi pengaturannya dengan mengendalikan ekspresi 170 gen,
termasuk dari 78 SAG yang diketahui (Balazadeh et al.,
2010). BIFUNCTIONAL NUCLEASE1 (BFN1) adalah target
langsung ORE1 (Matallana-Ramirez et al., 2013), menunjukkan
bahwa ORE1 mengatur degradasi asam nukleat dengan
mengaktifkan ekspresi BFN1 selama penuaan daun (Gambar 3).
Baru-baru ini, karakterisasi protein ORE1-berinteraksi
menyebabkan postulasi dari mekanisme regulasi baru penuaan
daun yang dimediasi oleh ORE1 (Rauf et al., 2013). Studi
tersebut menemukan bahwa ORE1 berinteraksi dengan faktor
 Regulation of leaf senescence 4827

Chromatin-mediated regulation
Old leaf
Young leaf H3K4me2 and H3K4me3

WRKY53 WRKY53

SUVH2

Transcriptional regulation
GLKs ORE1

ORE1
ESR GLKs

WRKY53 (e.g. WRKY22) (e.g. BFN1)

ESR
WRKY53 GLKs Target genes ORE1 Target genes
Target genes

Leaf senescence Chloroplast maintenance Leaf senescence

Post-transcriptional regulation Young leaf Old leaf

miR164

ORE1 mRNA

RISC ORE1 mRNA

Cleavage of ORE1 mRNA

Post-translational regulation
Ubiquitylation
WRKY53 P Phosphorylation

UPL5 MEKK1 P
WRKY53 WRKY53

Degradation of WRKY53

Fig. 3. Beberapa lapisan regulasi yang melibatkan WRKY53 dan ORE1 untuk mengontrol penuaan daun. Dua regulator positif penuaan yang terkenal adalah
WRKY53 dan ORE1; mereka mengendalikan penuaan daun melalui beragam cara dan juga tunduk pada mode pengaturan yang berbeda. Peningkatan regulasi
ekspresi WRKY53 selama penuaan daun sebagian bergantung pada peningkatan tanda histone aktif yang dimodulasi oleh SUVH2 (peraturan yang diperantarai
chromatin). Selain itu, modifikasi pasca-translasi yang berbeda juga mengontrol tingkat WRKY53. Misalnya, fosforilasi WRKY53 oleh MEKK1 meningkatkan
pengikatannya ke targetnya, dan ubiquitylation dari WRKY53 oleh UPL5 tampaknya menurunkan WRKY53 (regulasi pasca-translasi). Sebagai faktor
transkripsi, WRKY53 mengatur ekspresi banyak SAG dan gen terkait stres (regulasi transkripsi). Juga diketahui bahwa WRKY53 tidak aktif dengan berinteraksi
dengan ESR. Ekspresi ORE1 diatur dengan cara yang bergantung pada usia oleh EIN2 dan miR164. Dalam daun Arabidopsis muda, miR164 menekan ORE1,
tetapi di tahap lama mereka, EIN2 menekan miR164 dan dengan demikian menginduksi ekspresi ORE1, yang mengarah pada penuaan penuaan dan kematian sel
daun (regulasi pasca-transkripsi). ORE1 mengontrol ekspresi banyak SAG termasuk BFN1 (regulasi transkripsi). ORE1 juga memodulasi aktivitas GLK melalui
interaksi protein-protein.

encode enzim yang terlibat dalam biosintesis ROS selama penuaan  

daun yang diinduksi kekeringan untuk mempromosikan produksi
ROS. Secara kolektif, temuan ini menunjukkan bahwa faktor
transkripsi NAC mengintegrasikan sinyal internal dan lingkungan
yang berbeda dengan usia perkembangan dan berkontribusi untuk
melaksanakan program penuaan.
Pentingnya faktor transkripsi NAC sebagai regulator sentral dari
penuaan daun juga telah ditunjukkan pada tanaman utama. NAM-
B1, faktor transkripsi NAC pada leluhur
gandum liar (Triticum turgidum L. ssp. dicoccoides), meningkatkan
penuaan dan memfasilitasi remobilisasi nutrisi dari daun ke biji-
bijian, dengan demikian meningkatkan protein, seng, dan
kandungan zat besi dari biji-bijian (Uauy et al., 2006; Waters et al.,
2009 ). Dua Brassica napus NAC faktor transkripsi (NAC2 dan NAC5)
(Zhong et al., 2012) dan faktor transkripsi NAC bambu (NAC1) (Chen
et al., 2012) juga telah ditunjukkan untuk mengatur penuaan daun
ketika mereka diekspresikan dalam Arabidopsis tanaman.
 4828 Journal of Cell Science 126 (21)
Faktor transkripsi WRKY
Keterlibatan keluarga faktor transkripsi WRKY (Kotak 1) dalam
mengatur penuaan daun juga telah dipelajari secara intensif. WRKY53
memiliki peran positif dalam penuaan daun dengan menargetkan
berbagai SAG, termasuk gen yang berhubungan dengan patogen, gen
terkait stres dan gen faktor transkripsi (Gbr. 3) (Miao et al., 2004).
Menariknya, aktivitas pengikatan DNA WRKY53 dihambat oleh
interaksinya dengan EPITHIOSPECIFING SENESCENCE REGULATOR
(ESR) (Gambar 3), yang berfungsi sebagai pengatur negatif penuaan
daun (Miao dan Zentgraf, 2007). WRKY54 dan WRKY70 juga memiliki
peran dalam penuaan daun. Meskipun daun mutan tunggal WRKY54
dan WRKY70 menunjukkan tidak ada yang nyata atau hanya fenotipe
penuaan dini yang lemah, masing-masing, daun dari wrky54 wrky70
mutan ganda menunjukkan fenotipe awal penuaan yang jelas
(Besseau et al., 2012), menunjukkan bahwa WRKY54 dan WRKY70
memiliki fungsi kooperatif dan sebagian berlebihan dalam
mengendalikan penuaan daun. WRKY53, WRKY54 dan WRKY70
semua berinteraksi secara independen dengan WRKY30, yang telah
disarankan untuk terlibat dalam pensinyalan ROS (Scarpeci et al.,
2013). Oleh karena itu, regulator penuaan negatif WRKY54 dan
WRKY70 mungkin mengatur penuaan di konser dengan faktor
penuaan positif WRKY53, mungkin melalui interaksi dengan WRKY30.
Selain itu, WRKY22, target hilir WRKY53, adalah pengatur positif
penuaan daun gelap (Zhou et al., 2011); Ekspresi ektopik WRKY22
mempercepat penuaan daun, sedangkan tanaman wrick22-knockout
menunjukkan penuaan daun yang tertunda. Secara bersama-sama,
pengamatan ini menyiratkan bahwa interaksi kombinatorial WRKYs
mengintegrasikan sinyal positif dan negatif yang menghasilkan
jaringan transkripsi kompleks yang diperlukan untuk fine-tuning
pengaturan penuaan daun pada tingkat transkripsional.
Faktor transkripsi lainnya
Fungsi faktor transkripsi lainnya dalam pengaturan penuaan daun
juga telah dipelajari. Di Arabidopsis, terkait dengan anggota keluarga
faktor transkripsi ABI3 / VP1 (RAV) RAV1 telah diusulkan untuk secara
positif mengatur penuaan daun (Woo et al., 2010). Selain itu,
ekspresi ektopik MYBL, faktor transkripsi seperti R-R-jenis MYB Arab-
seperti, menyebabkan penuaan daun dewasa sebelum waktunya,
menunjukkan bahwa MYBL merupakan pengatur positif penuaan
daun (Zhang et al., 2011). Selanjutnya, C-REPEAT / DEHYDRATION
RESPONSIVE ELEMENT BINDING FACTOR 2 (CBF2) tampaknya
menjadi pengatur negatif dari penuaan daun, karena overexpression
yang menunda penuaan daun (Sharabi-Schwager et al., 2010).
Menariknya, beberapa faktor transkripsi yang terkait dengan
pensinyalan hormon telah ditemukan sebagai pengatur penuaan
daun. Sebagai contoh, AUXIN RESPONSE FACTOR 2 (ARF2) memiliki
peran penting dalam modulasi penuaan daun yang dimediasi auxin
(Lim et al., 2010), dan SIGNAL RESPONSIVE 1 (SR1), faktor transkripsi
yang mengikat kalimodulin, mengatur penuaan yang diinduksi etilen.
dengan mengikat langsung ke promotor EIN3, faktor transkripsi
positif dalam jalur pensinyalan etilen (Nie et al., 2012).Gene
jaringan pengaturan
Baru-baru ini throughput tinggi dan analisis komputasi
telah mengidentifikasi sejumlah jaringan regulasi gen yang
terlibat dalam penuaan daun. Sebagai contoh, sebuah
jaringan yang dikendalikan oleh ORE1 selama penuaan
daun yang ditimbulkan garam-stres telah digambarkan
dengan menggunakan profil ekspresi berbasis microarray
dari diinduksi ORE1-overexpressing transgenic
keseluruhan
tumbuhan (Balazadeh et al., 2010). Demikian pula, Breeze et al.
mengusulkan model jaringan regulator gen atas dasar ekspresi
temporal profiling SAGs selama penuaan daun Arabidopsis
(Breeze et al., 2011). Model jaringan mereka memprediksi efek
ORE1 pada ekspresi sejumlah gen target downstream yang
diketahui, serta pada beberapa faktor transkripsi yang
berhubungan dengan stres. Informasi tentang jalur yang diatur
bersama dan analisis motif promotor dapat memperluas lebih
lanjut model jaringan transkripsional ini. Sebagai contoh, model
jaringan regulator gen yang melibatkan ANAC019, ANAC055
dan ANAC072, semua dengan peran yang dikenal dalam penuaan
daun dan respon stres, telah dihasilkan dari ragi uji satu-hibrida
dan data ekspresi gen waktu-waktu (Hickman et al., 2013) dan
memungkinkan identifikasi potensi gen pengatur hulu, serta
prediksi gen hilir baru. Pendekatan lebih lanjut yang
menggabungkan sekuensing chromatin immunoprecipitation
(ChIP-seq), profil ekspresi gen, dan analisis komputasional akan
berkontribusi untuk menjelaskan jaringan gen kompleks yang
mengatur jalur sinyal dari berbagai faktor yang mempengaruhi
penuaan dan bagaimana jalur ini saling terkait.
Regulasi yang dimediasi kromatin
Pada eukariota, remodelling struktur kromatin
mengatur aksesibilitas mesin transkripsi ke DNA
dan mengendalikan ekspresi gen. Struktur kromatin
dimodifikasi oleh pengikatan histone ke DNA dan
histone pasca-translasi modifikasi, termasuk
asetilasi, metilasi dan fosforilasi, serta dengan
metilasi DNA, yang mempengaruhi kemampuan
protein untuk mengikat ke kromatin (Peterson dan
Laniel, 2004) . Semakin banyak bukti menunjukkan
bahwa pengaturan struktur kromatin melalui
modifikasi histone dan kromatin-remodelling enzim
adalah mekanisme kunci dalam pengendalian
penuaan daun. Di sini, kami terutama akan fokus
pada pengaturan SAG sebagai mediator penuaan
daun oleh mekanisme diperantara kromatin.
Sebuah studi elegan baru-baru ini yang
menggabungkan ChIP-seq dan analisis ekspresi gen
mengungkapkan perubahan genome-lebar dalam
metilasi histone yang berhubungan dengan penuaan
daun di Arabidopsis (Brusslan et al., 2012). Studi
tersebut menemukan bahwa gen dengan
peningkatan kadar histone H3 trimethyl lysine 4
(H3K4me3), tanda kromatin yang aktif ditranskrip,
diregulasi pada daun tua selama penuaan daun,
sedangkan gen yang menunjukkan penurunan
tingkat tanda histone ini pada daun tua mengalami
penurunan regulasi dibandingkan dengan itu di
daun muda. Berkenaan dengan histone H3 trimethyl
lysine 27 (H3K27me3), tanda histone yang tidak
aktif, mereka menemukan bahwa gen yang
kehilangan tanda ini pada daun tua diregulasi
selama penuaan daun. Studi ini menunjukkan
pentingnya metilasi histone dalam pengaturan
ekspresi gen selama penuaan daun. Bukti lebih
lanjut untuk hubungan antara metilasi histone dan
pengaturan penuaan daun berasal dari analisis
histone methyltransferase SU (VAR) 3-9
HOMOLOG 2 (SUVH2) (Ay et al., 2009). Ekspresi
berlebihan dari SUVH2 menghasilkan
penghambatan aktivasi transkripsional WRKY53
dan targetnya, yang menyebabkan penuaan daun
tertunda. Lebih lanjut, peningkatan spesifik penuaan
pada histone aktif menandai H3 dimethyl lysine 4
(H3K4me2) dan H3K4me3 di wilayah promotor
WRKY53 berkurang pada tanaman transgenik yang
overexpressing. Selain itu, peningkatan signifikan
pada histone yang tidak aktif menandai H3K27me2
dan H3K27me3 pada 59 ujung WRKY53
ditemukan pada tanaman yang overexpressing
SUVH2, tetapi tidak dalam tipe liar.

HISTONE DEACETYLASE 3 (HDA6), deacetylase histone tipe-RPD3,
adalah faktor lain yang terkenal yang mengatur penuaan daun (Wu et
al., 2008). HDA6 mempengaruhi tingkat global asetilasi histone dan
terlibat dalam banyak aspek pengembangan tanaman, termasuk
respon terhadap asam jasmonic (JA), penuaan daun dan waktu
berbunga. Sebuah mutasi loss-of-function dari HDA6 menyebabkan
fenotipe penuaan daun tertunda, termasuk downregulation dari
ekspresi beberapa SAG, meskipun belum jelas apakah HDA6 secara
langsung mempengaruhi ekspresi SAG ini. Contoh lain untuk
pengaturan penuaan daun pada tingkat kromatin adalah ORE7 (juga
disebut ESCAROLA), yang merupakan protein pengikat DNA AT-hook
(Lim et al., 2007a; Lim et al., 2007b). Overexpression of ORE7
menghasilkan penuaan daun yang tertunda dan perubahan dalam
organisasi kromatinselama interfase.Adapun tumbuhan, hewan,
termasuk manusia, mengalami perubahan dalam organisasi kromatin
dan perubahan ekspresi gen terkait dengan bertambahnya usia
mereka (Gonzalo, 2010). Beberapa baris bukti menunjukkan bahwa
ada hipometilasi global genom selama penuaan, seiring dengan
peningkatan metilasi daerah promotor gen spesifik (Calvanese et al.,
2009). Penurunan global dalam metilasi DNA disebabkan oleh
penurunan progresif pada
keampuhan DNA methyltransferase I untuk bertindak pada daerah
heterokromatik dengan penuaan (Fraga dan Esteller, 2007). Perubahan
dalam
pola metilasi histone merupakan faktor kunci lain dalam regulasi
ekspresi gen yang diperantarai kromatin selama penuaan. Sebagai
contoh, Drosophila histone demethylase (HDM) Kdm4A, sebuah
homolog dari keluarga JMJD2 manusia, mengontrol gen yang
diperlukan untuk
jangka hidup (Lorbeck et al., 2010); gangguannya dalam Drosophila
menghasilkan pengurangan dalam jangka hidup laki-laki dan
downregulation dari ekspresi Hsp22, yang terkait dengan umur
panjang.
Contoh lain untuk peran metilasi histone dalam mengendalikan umur
berasal dari kompleks trithorax ASH-2, yang
trimethylates H3K4 di elegans Caenorhabditis (Greer et al.,
2010). Kekurangan dalam anggota kompleks ASH-2, yang terdiri dari ASH-
2, WDR-5 dan histone methyltransferase SET-2, memperpanjang umur dalam
generasi orangtua dan mengatur umur keturunan selama beberapa generasi
(Greer et al.,
2011). Dengan demikian, menjadi jelas bahwa modifikasi kromatin
dinamis penting dalam mengubah pola ekspresi gen selama penuaan, dan,
karenanya, mengendalikan penuaan daun. Selanjutnya,
Regulasi gen yang dimediasi kromatin tampaknya menjadi mekanisme
yang secara evolusioner diawetkan untuk mengendalikan penuaan, penuaan
dan masa hidup pada tumbuhan dan hewan.
Regulasi pasca-transkripsional
Setelah ditranskripsi, mRNA menjalani regulasi pasca-transkripsional,
terutama pengaturan stabilitas mRNA. Baru-baru ini, RNA non-coding
(ncRNAs), seperti RNA kecil-campur (siRNAs) dan miRNAs, telah dilaporkan
sebagai regulator penting yang mengontrol mRNA pada tingkat pasca-
transkripsi. Pada hewan, pentingnya miRNA dalam mengatur penuaan sel
dan proses penuaan sudah diketahui dengan baik. Dalam C. elegans, lin-4
(miRNA pertama yang diidentifikasi) mengatur masa hidup (Boehm dan
Slack, 2005). Selanjutnya, miR-71 dalam C. elegans dan miR-
17-92 pada mamalia adalah regulator penuaan sel dan penuaan (de
Lencastre et al., 2010; Grillari et al., 2010).
Pada tumbuhan, semakin banyak laporan menggambarkan kontribusi
ncRNA kecil, termasuk miRNA dan trans-acting siRNA (tasiRNA; Kotak 1), ke
penuaan daun
Khususnya, miR164 dan targetnya ORE1 mengontrol penuaan
daun di Arabidopsis
 
(Kim et al., 2009). Seperti yang disebutkan di atas, ekspresi ini
Regulation of leaf senescence 4829
Box 3. Trifurcate feed-forward pathway for age-
dependent senescence and cell death
The trifurcate feed-forward pathway for age-dependent cell
death involves EIN2, ORE1 (a plant-specific NAC-family
transcription factor, also known as ANAC092) and miR164 (Kim et
al., 2009). ORE1 is a transcription factor that has a positive role
in cell death and its expression is induced in an age-dependent
manner by EIN2. ORE1 is negatively regulated by miR164 at
earlier stages of leaf life, which is alleviated at their later
stages because of the age-dependent downregulation of
miR164 expression by EIN2. Mathematical modeling suggests that
the trifurcate loop is a robust biological mechanism that ensures
death upon aging (Kim et al.,
2009). The modeling further shows that a transient induction of
EIN2 does not lead to death owing to the presence of the miR164
pathway, thereby demonstrating a new paradigm of transitions
between regulatory networks in age-dependent leaf
senescence and cell death process. The figure is adapted from
Kim et al. (Kim et al., 2009)
EIN2 EIN2
miR164 miR164
ORE1 ORE1
SAG12 SAG12
pengatur positif penuaan daun secara negatif diatur oleh
miR164 (Gbr. 3). Penurunan bertahap ekspresi miR164 dengan
penuaan daun, melalui aktivasi EIN2, akhirnya menghasilkan
peningkatan regulasi ekspresi ORE1. Temuan ini telah
menyebabkan postulasi jalur umpan-maju trifurcate (Kotak 3)
untuk penuaan penuaan daun usia yang terdiri dari EIN2, ORE1
dan miR164. Selain miR164, miR319, melalui targetnya, faktor
transkripsi TCP (TEOSINTE BRANCHED / CYCLOIDEA /
PCF), yang tampaknya mengkoordinasikan pertumbuhan daun
dan penuaan, mengatur penuaan daun, sebagian dengan modulasi
biosintesis JA. miR319-overexpressing tanaman menunjukkan
penuaan daun tertunda, sedangkan overekspresi TCP4, target
miR319, menyebabkan penuaan daun prematur (Schommer et al.,
2008). Secara bersama-sama, laporan-laporan ini melibatkan
miRNA sebagai pengatur penuaan daun yang penting pada
tumbuhan, juga pada hewan.
Kelompok lain yang menarik dari regulator pasca-transkripsi
dari penuaan daun adalah tasiRNA, kelas spesifik tanaman RNA
kecil endogen. Sebagai contoh, miR390 memicu produksi
tasiRNA yang dihasilkan dari TAS3; salah satu target mereka
adalah ARF2, pengatur positif penuaan daun (Lim et al., 2010;
Marin et al., 2010). Pengamatan ini menunjukkan bahwa miR390
meningkatkan penuaan daun dengan mengendalikan tingkat
modulasi mRNA ARF3-TAS3.
Atas dasar penelitian di atas, jelas bahwa peraturan pasca-
transkripsi tampaknya memainkan peran yang jauh lebih besar
dalam proses biologis yang beragam dari yang diperkirakan
sebelumnya dan pengaturan penuaan daun kemungkinan akan
melibatkan tambahan.l
 4830 Journal of Cell Science 126 (21)
jenis mekanisme pasca-transkripsional, termasuk penyambungan alternatif,
penyuntingan mRNA, pembusukan tidak masuk akal, navNA panjang dan
transkrip antisense alami.
Regulasi translasi
Regulasi translasi, termasuk inisiasi dan pemanjangan translasi, dikenal untuk
memodulasi lebih lanjut ekspresi gen dalam berbagai skenario biologis.
Namun, hanya sedikit yang diketahui tentang pengaturan penuaan daun pada
tingkat translasi, dan menjelaskan perannya akan menjadi tantangan penting
untuk mengungkapkan mekanisme yang mendasari penuaan daun.
The Arabidopsis mutan ore4, yang memiliki mutasi knockdown gen PLASTID
RIBOSOMAL KECIL SUBUNIT PROTEIN 17 (PRPS17), menunjukkan fenotip
penuaan daun tertunda (Woo et al., 2002). Karena PRPS17 merupakan
komponen dari ribosom plastid, ekspresi PRPS17 yang berkurang pada mutan
ore4 diharapkan menghasilkan penurunan laju translasi dalam kloroplas.
Demikian pula, beberapa studi baru-baru ini di C. elegans dan Drosophila
telah mengungkapkan hubungan antara sintesis protein dan penuaan, dan
telah menunjukkan bahwa mengurangi translasi mRNA memperpanjang umur
(Arquier et al., 2005; Hansen et al., 2007; Syntichaki et al., 2007). Karakterisasi
lebih lanjut dari PRPS17 mungkin memberikan wawasan penting ke dalam
hubungan antara regulasi translasi gen plastid dan penuaan daun.
Sebuah penelitian terbaru yang menarik menemukan bahwa sintesis ribulosa
Subunit 1,5 karboksilat / oksigenase (Rubisco) dikendalikan pada tingkat
translasi selama penuaan daun padi (Suzuki dan Makino, 2013). Rubisco di
tanaman yang lebih tinggi terdiri dari delapan subunit kecil, yang dikodekan
oleh keluarga RBCS gen nuklir, dan delapan subunit besar, dikodekan oleh gen
plastid RBCL (Dean et al., 1989). Subunit RBCS diterjemahkan dalam
sitoplasma dan diangkut ke plastid, di mana mereka dirakit dengan subunit
RBCL. Karena kedua komponen Rubisco ini dikodekan dalam kompartemen
gen yang berbeda, tetapi perlu dirakit secara stoikiometri untuk membentuk
holoenzyme, ekspresi mereka harus dikoordinasikan dengan erat. Tingkat
mRNA dari subunit RBCS secara bertahap menurun selama penuaan daun,
tetapi penurunan tingkat mRNA RBCLs lebih lambat daripada di RBCS.
Menariknya, perbedaan dalam jumlah mRNA dikompensasikan melalui
modulasi tingkat translasi dari dua spesies mRNA, menyiratkan bahwa ada
mekanisme yang mengkoordinasikan ekspresi submenit Rubisco pada tingkat
translasi. Pendekatan profiling protein ekstensif yang lebih luas perlu
dilakukan untuk menjelaskan mekanisme yang mendasari regulasi translasi
penuaan daun.
Regulasi pasca-translasi
Modifikasi pasca-translasi yang berbeda, seperti fosforilasi, glikosilasi,
ubiquitylation, metilasi dan asetilasi mempengaruhi konformasi, aktivitas,
stabilitas dan lokalisasi protein. Oleh karena itu, tidak mengherankan bahwa
regulasi pasca-translasi muncul sebagai tingkat tambahan kontrol penuaan
daun, seperti yang dibahas di bawah ini.Protein phosphorylation
Analisis ekspresi genom luas melibatkan fosforilasi protein
dalam pengaturan penuaan daun; ekspresi banyak protein kinase
dan fosfatase diubah selama penuaan Arabidopsis (Breeze et al.,
2011), dan beberapa kunci kinase dan fosfat memiliki peran
penting dalam
modulasi penuaan daun, seperti anggota dari sinyal kaskade
yang diaktifkan mitogen (MAPK), kaskade sinyal, MAP
KINASE KINASE 9 (MKK9) dan MAP KINASE 6 (MPK6).
MKK9 langsung memfosforilasi dan mengaktifkan MPK6 (Zhou
et al., 2009) dan ekspresi MKK9 meningkat selama penuaan daun
di Arabidopsis (Zhou et al., 2009). Mutan mkk9 kehilangan
fungsi Arabidopsis menunjukkan penuaan daun yang tertunda,
sedangkan ekspresi berlebih dari MKK9 menyebabkan penuaan
daun sebelum waktunya. Mutan mpk6 kehilangan fungsi juga
menunjukkan penuaan daun yang tertunda. Khususnya, mutasi
loss-of-function dari MPK6 secara parsial menekan fenotip
penuaan dini yang diperoleh dengan overekspresi MKK9,
menunjukkan bahwa MKK9 berfungsi sebagai hulu MPK6 untuk
meningkatkan penuaan daun, meskipun juga mungkin memiliki
target tambahan. Faktor transkripsi yang disebutkan di atas
WRKY53 juga merupakan target jalur MAPK; itu terfosforilasi
oleh MEKK1 (Gbr. 3), yang meningkatkan kemampuannya untuk
mengikat DNA pada target promotornya (Miao et al., 2007).
Peran kaskade MAPK yang melibatkan MEKK1-MKK1 / 2-
MPK4 di sinyal tegangan biotik juga telah ditetapkan (Pitzschke
et al., 2009). Dengan demikian, MEKK1 muncul untuk
mengkoordinasikan respon stres biotik dengan induksi penuaan
melalui WRKY53.
ontoh lain yang menarik untuk peran fosforilasi protein dalam
pengaturan penuaan daun adalah Arabidopsis histidine kinase 3
(AHK3), reseptor sitokinin dengan aktivitas histidin kinase.
Sitokinin merupakan hormon pencegah penuaan yang ampuh.
Namun, mekanisme molekuler penundaan sitokinin-dimediasi
penuaan tanaman lama tetap tidak diketahui sampai mutan
(ore12-1) dengan mutasi gain-of-function dalam domain
ekstraseluler AHK3 diisolasi; ini keuntungan-mutan dan
overekspresi transgenik dari AHK3 penuaan daun tertunda (Kim
et al., 2006). ARR2, regulator respon Arabidopsis tipe-B,
difosforilasi oleh AHK3 secara sitokinin (Kim et al., 2006).
Selanjutnya, sedangkan overekspresi ARR2 menyebabkan
penuaan daun tertunda, overekspresi ARR2 di mana situs
fosforilasi AHK3 bermutasi tidak, menunjukkan bahwa
fosforilasi ARR2 oleh AHK3 mengontrol penuaan daun.
Baru-baru ini, dua protein kinase reseptor-seperti diidentifikasi
sebagai regulator penting dari penuaan daun, mungkin melalui
modulasi pensinyalan hormon tanaman (Lee et al., 2011).
RECEPTOR PROTEIN KINASE 1 (RPK1) adalah kinase
reseptor terikat-membran ABA dan memiliki peran pengaturan
penting pada penuaan daun yang dimediasi ABA dan usia yang
bergantung pada usia. Hilangnya fungsi-fungsi dalam RPK1
menyebabkan penundaan yang signifikan pada penuaan daun
yang diinduksi ABA dan usia yang bergantung (Lee et al., 2011).
Namun, mekanisme yang tepat dimana RPK1 menerima dan
mentransduksi sinyal penuaan ke targetnya untuk mengatur
penuaan daun memerlukan penyelidikan lebih lanjut. Soybean
(Glycine max) SENESCENCE-ASSOCIATED RECEPTOR-
LIKE KINASE (GmSARK) dan Arabidopsis homolog
(AtSARK) terbukti menjadi pengatur penuaan daun yang positif
(Xu et al., 2011). Para penulis menemukan bahwa tanaman
Arabidopsis GmSARK-overexpressing menunjukkan perubahan
respons terhadap beberapa hormon, seperti ethylene, auksin, dan
sitokinin. Selain itu, overekspresi GmSARK atau homolog
Arabidopsisnya AtSARK menghasilkan penuaan daun prematur,
yang dapat ditekan oleh penghambatan transport auksin atau
pensinyalan etilena. Temuan ini menyiratkan bahwa SARK
mungkin mengatur penuaan daun, serta respon hormon, dengan
mempengaruhi status fosforilasi protein target mereka.

Protein ubiquitylation
Modifikasi pasca-translasi yang dimediasi oleh Ubiquitin sedang
diakui sebagai langkah pengaturan kunci dalam proses fisiologis yang
beragam, termasuk perkembangan siklus sel, respon stres lingkungan
dan pensinyalan hormon (Komander dan Rape, 2012). Dalam berbagai
sistem hewan, aktivitas proteasome, yang dalam banyak kasus
menurunkan protein target ubiquitylated, menurun selama penuaan,
dan perubahan ini mungkin secara kausal terkait dengan penuaan dan
penyakit terkait usia (Lo¨ w, 2011). Modifikasi pasca-translasi oleh
ubiquitin dan ubiquitin-like protein juga tampak penting untuk
pengaturan penuaan daun. Beberapa jalur degradasi yang bergantung
pada ubiquitin berhubungan dengan penuaan daun, dan pada
tumbuhan, E3 Ub-ligases bertanggung jawab untuk polubetilasi
protein dan degradasi selektif berikutnya oleh proteasom 26S.
Mutan Arabidopsis ore9 pada awalnya diisolasi dari layar genetik
maju untuk mutan dengan fenotip daun penuaan tertunda (Oh et al.,
1997; Woo et al., 2001). Pekerjaan selanjutnya menunjukkan bahwa
ORE9, juga disebut sebagai LEBIH BANYAK PERTUMBUHAN 2
(MAX2), juga terlibat dalam photomorphogenesis (Shen et al., 2007),
percabangan (Stirnberg et al., 2002), serta signaling oleh strigolactone
(Gomez). -Roldan dkk., 2008; Umehara dkk., 2008) dan karrikin
(Nelson et al., 2011). ORE9 adalah protein F-box dan membentuk s-
fase kinase-terkait protein 1 (SKP1) / Cullin / F-box protein (SCF) E3
ligase kompleks, SCFORE9, yang mungkin menargetkan substrat
spesifik, termasuk regulator negatif utama penuaan daun . Bukti lebih
langsung untuk pengendalian penuaan daun oleh degradasi protein
ubiquitin-dimediasi telah ditunjukkan untuk domain HECT E3
ubiquitin-protein ligase UPL5, yang mengikat WRKY53 (Miao dan
Zentgraf, 2010). Di sini, ekspresi berlebihan yang diinduksi dari UPL5
menghasilkan penurunan tingkat WRKY53, menyiratkan bahwa
UPL5 terlibat dalam degradasi WRKY53, kemungkinan besar melalui
aktivitas ubiquitin-ligase. Fenotipe penuaan dari tanaman UPL5-
knockout mirip dengan tanaman overexpressing WRKY53, lebih
lanjut mendukung gagasan bahwa UPL5 mengatur penuaan daun
melalui degradasi WRKY53, yang merupakan pengatur positif
penuaan daun. Lain ubiquitin-ligase terlibat dalam penuaan daun
adalah SENESCENCE-ASSOCIATED UBIQUITIN LIGASE 1
(SAUL1), tanaman U-box-armadillo E3 ubiquitin-ligase (Raab et al.,
2009). SAUL1 adalah pengatur negatif senescence tanaman, seperti
mutan hilangnya fungsi saul1 menampilkan penuaan dini di bawah
kondisi rendah cahaya. Selain itu, ekspresi regulator senescence kunci,
seperti ORE1, WRKY53 dan WRKY6 diubah dalam mutan saul1
(Vogelmann et al., 2012). Secara bersama-sama, penelitian ini
mendukung pentingnya ubiquitylation protein dalam pengendalian
penuaan daun. Tantangan masa depan termasuk menentukan target
untuk ubiquitylation dan fungsi molekuler mereka dalam konteks
kontrol penuaan daun. Kami mengantisipasi bahwa regulasi mediasi
ubiquitin jauh lebih penting untuk penuaan daun daripada beberapa
laporan yang tersedia yang dibahas di sini mungkin menyarankan.
Kesimpulan dan perspektif masa depan
Terbukti, daun tanaman adalah sistem genetika
yang unik dan siap untuk memahami proses
yang terkait dengan penuaan, penuaan dan
kematian. Selanjutnya, penuaan daun
memberikan kesempatan unik lain untuk
menyelidiki proses degradasi yang
diperintahkan, sedangkan banyak pertanyaan
biologis membahas proses biogenesis dan
perakitan. Sekarang sudah jelas bahwa penuaan
daun diatur oleh program genetik yang dikontrol
ketat
 
yang melibatkan mekanisme pengaturan yang
bertindak pada berbagai level. Namun demikian,
Regulation of leaf senescence 4831
saat ini kami hanya memiliki gambaran yang
tidak lengkap tentang proses molekuler yang
mendasari penuaan daun.
Mempertimbangkan bahwa penuaan daun adalah proses yang
sangat kompleks yang melibatkan fungsi kolektif dari beberapa
gen dan jalur sinyal yang mengintegrasikan informasi usia dan
berbagai sinyal endogen dan eksogen sepanjang umur daun, tidak
mengherankan bahwa penuaan daun dikendalikan dengan
beberapa lapisan regulasi. Lebih lanjut, penuaan bukanlah
keadaan tunggal, tetapi melibatkan transisi tergantung waktu dari
fisiologi seluler dan metabolisme. Dengan demikian, penuaan
perlu dipahami dari perspektif dinamis temporal. Penuaan juga
diharapkan menjadi proses yang terkoordinasi secara spasial yang
mencakup interaksi sel-sel dan organ-organ. Oleh karena itu,
pemahaman sepenuhnya penuaan daun mungkin memerlukan
perubahan paradigma dalam menganalisis dan menggambarkan
proses. Dalam hal ini, penggunaan berbagai pendekatan 'omics',
seperti analisis total transkriptome RNA, proteome, metabolome
dan fenome pada beberapa titik waktu, ditambah dengan
pemodelan komputasional, akan menjadi langkah penting
berikutnya menuju pemahaman yang lebih baik tentang penuaan
daun dan kematian. Set data tingkat sistem lainnya, seperti
protein dan interaksi genetik atau peta lokalisasi protein, juga
bisa diintegrasikan ke dalam pendekatan ini.
Kami ingin menekankan pentingnya menganalisis fenome
daun untuk mendapatkan informasi spatio-temporal untuk transisi
morfologis dan fisiologis untuk lebih memahami proses penuaan.
Sampai saat ini, penuaan daun sebagian besar telah dipelajari
hanya pada negara tua dan tua. Namun, tanaman mengalami
serangkaian transisi perkembangan dan usia terkait di seluruh
siklus hidup mereka. Dengan demikian, penuaan dan kematian
berikutnya merupakan bagian integral dari siklus hidup tanaman
dan mau tidak mau terkait dengan tahap sebelumnya. Oleh karena
itu, proses ini harus dipahami dari perspektif strategi kehidupan
di pabrik. Komponen molekuler dan genetik yang mengatur
penuaan daun sedang aktif diselidiki sebagaimana dibahas di sini.
Namun, proses seluler dieksekusi oleh jaringan molekuler yang
mencakup interaksi kompleks antara DNA, RNA, protein dan
metabolit. Oleh karena itu, upaya lebih lanjut diperlukan untuk
memahami penuaan daun dan kematian dari perspektif transisi
jaringan molekuler, modul jaringan dan interaksinya, bukan dari
perspektif berbasis komponen individual, seperti yang
dicontohkan di sini dalam transisi yang bergantung pada usia.
modul jaringan yang ORE1 terlibat dalam.
Perlu juga dicatat bahwa sel daun secara kolektif mengalami
penuaan dan kematian ketika mereka menua. Namun, sel-sel
individual dalam daun senescing berada dalam keadaan yang
sangat heterogen. Hal ini menimbulkan pertanyaan tentang
bagaimana heterogenitas sel sekarat ini dikoordinasikan dengan
penuaan dari seluruh daun. Daun penuaan juga dipengaruhi oleh
keadaan perkembangan dan fisiologis keseluruhan dari seluruh
tanaman. Penting untuk memahami bagaimana penuaan dan
kematian terintegrasi secara sistemik di seluruh pabrik. Kami
juga belum tahu bagaimana komponen pengaturan atau jaringan
penuaan daun terintegrasi dengan produktivitas tanaman,
termasuk pengaturan benih. Mekanisme yang mengontrol
relokasi nutrisi dari daun senescent adalah aspek penting yang
belum dieksplorasi.
Selanjutnya, penuaan daun adalah strategi perkembangan yang
diperoleh secara evolusioner dan, oleh karena itu, kami berharap
bahwa tanaman yang telah berevolusi dalam lingkungan yang
berbeda akan memiliki fisiologi penuaan yang berbeda dan mode
pengaturan. Dengan demikian, ini akan sangat informatif untuk
dilakukan
 4832 Journal of Cell Science 126 (21)
studi komparatif berbagai ecotypes Arabidopsis dan tanaman yang berbeda dengan
strategi penuaan yang berbeda. Ini akan memungkinkan kita untuk menentukan proses
metabolisme dan fisiologis penuaan, prinsip pengaturan mereka, dan evolusi penuaan
dan program kematian dalam hal transisi spasial dan temporal dari jaringan molekuler,
seluler dan organ. Studi komparatif berbagai organisme, termasuk pada tingkat
molekuler dan sistem, juga diperlukan untuk memahami proses biologis seperti penuaan,
penuaan dan kematian.
Ucapan terima kasih
Kami mohon maaf sebelumnya kepada peneliti yang penelitiannya tidak dikutip dalam
Komentar ini karena keterbatasan ruang
Pendanaan
Pekerjaan dalam kelompok kami didukung oleh hibah dari National Research Foundation
of Korea (NRF) yang didanai oleh pemerintah Republik Korea: Program Pusat Penelitian
Institut Sains Dasar (IBS) [nomor hibah CA1208]; dan Program Riset Sains Dasar [nomor
hibah 2010-0010915, 2012R1A13004599].
Supplementary material available online at
http://jcs.biologists.org/lookup/suppl/doi:10.1242/jcs.109116/-/DC1
References
Arquier, N., Bourouis, M., Colombani, J. and Le´ opold, P. (2005). Drosophila
Lk6 kinase controls phosphorylation of eukaryotic translation initiation factor 4E and
promotes normal growth and development. Curr. Biol. 15, 19-23.
Ay, N., Irmler, K., Fischer, A., Uhlemann, R., Reuter, G. and Humbeck, K. (2009).
E pigenetic programm ing via histone methylation at WRKY53 controls leaf
senescence in Arabidopsis thaliana. Plant J. 58, 333-346.
Balazadeh, S., Wu, A. and Mueller-Roeber, B. (2010). Salt-triggered expression of the
ANAC092-dependent senescence regulon in Arabidopsis thaliana. Plant Signal.
Behav. 5, 733-735.
Besseau, S., Li, J. and Palva, E. T. (2012). WRKY54 and WRKY70 co-operate as
negative regulators of leaf senescence in Arabidopsis thaliana. J. Exp. Bot. 63, 2667-
2679.
Boehm, M. and Slack, F. (2005). A developmental timing microRNA and its target
regulate life span in C. elegans. Science 310, 1954-1957.
Breeze, E., Harrison, E., McHattie, S., Hughes, L., Hickman, R., Hill, C., Kiddle, S.,
Kim, Y. S., Penfold, C. A., Jenkins, D. et al. (2011). High-resolution temporal
profiling of transcripts during Arabidopsis leaf senescence reveals a distinct
chronology of processes and regulation. Plant Cell 23, 873-894.
Brusslan, J. A., Rus Alvarez-Canterbury, A. M., Nair, N. U., Rice, J. C., Hitchler,
M. J. and Pellegrini, M. (2012). Genome-wide evaluation of histone methylation
changes associated with leaf senescence in Arabidopsis. PLoS ONE 7, e33151.
Buchanan-Wollaston, V., Page, T., Harrison, E., Breeze, E., Lim, P. O., Nam, H. G.,
Lin, J. F., Wu, S. H., Swidzinski, J., Ishizaki, K. et al. (2005). Comparative
transcriptome analysis reveals significant differences in gene expression and
signalling pathways between developmental and dark/starvation-induced senescence
in Arabidopsis. Plant J. 42, 567-585.
Calvanese, V., Lara, E., Kahn, A. and Fraga, M. F. (2009). The role of epigenetics in
aging and age-related diseases. Ageing Res. Rev. 8, 268-276.
Chen, W., Ercal, N., Huynh, T., Volkov, A. and Chusuei, C. C. (2012). Characterizing
N-acetylcysteine (NAC) and N-acetylcysteine amide (NACA) binding for lead
poisoning treatment. J. Colloid Interface Sci. 371, 144-149.
de Lencastre, A., Pincus, Z., Zhou, K., Kato, M., Lee, S. S. and Slack, F. J. (2010).
MicroRNAs both promote and antagonize longevity in C. elegans. Curr. Biol. 20,
2159-2168.
Dean, C., Favreau, M., Bond-Nutter, D., Bedbrook, J. and Dunsmuir, P. (1989).
Sequences downstream of translation start regulate quantitative expression of two
petunia rbcS genes. Plant Cell 1, 201-208.
Fraga, M. F. and Esteller, M. (2007). Epigenetics and aging: the targets and the marks.
Trends Genet. 23, 413-418.
Gepstein, S., Sabehi, G., Carp, M. J., Hajouj, T., Nesher, M. F., Yariv, I., Dor,
C. and Bassani, M. (2003). Large-scale identification of leaf senescence-associated
genes. Plant J. 36, 629-642.
Gomez-Roldan, V., Fermas, S., Brewer, P. B., Puech-Page` s, V., Dun, E. A.,
Pillot, J. P., Letisse, F., Matusova, R., Danoun, S., Portais, J. C. et al.
(2008). Strigolactone inhibition of shoot branching. Nature 455, 189-194.
Gonzalo, S. (2010). Epigenetic alterations in aging. J. Appl. Physiol. 109, 586-597.
Greer, E. L., Maures, T. J., Hauswirth, A. G., Green, E. M., Leeman, D. S., Maro,
G. S., Han, S., Banko, M. R., Gozani, O. and Brunet, A. (2010). Members of the
H3K4 trimethylation complex regulate lifespan in a germline-dependent manner in C.
elegans. Nature 466, 383-387.
Greer, E. L., Maures, T. J., Ucar, D., Hauswirth, A. G., Mancini, E., Lim, J. P.,
Benayoun, B. A., Shi, Y. and Brunet, A. (2011). Transgenerational epigenetic
inheritance of longevity in Caenorhabditis elegans. Nature 479, 365-371.
Grillari, J., Hackl, M. and Grillari-Voglauer, R. (2010). miR-17-92 cluster: ups and
downs in cancer and aging. Biogerontology 11, 501-506.
Guo, Y. and Gan, S. (2006). AtNAP, a NAC family transcription factor, has an
important role in leaf senescence. Plant J. 46, 601-612.
Hansen, M., Taubert, S., Crawford, D., Libina, N., Lee, S. J. and Kenyon, C. (2007).
Lifespan extension by conditions that inhibit translation in Caenorhabditis elegans.
Aging Cell 6, 95-110.
Hickman, R., Hill, C., Penfold, C. A., Breeze, E., Bowden, L., Moore, J. D., Zhang,
P., Jackson, A., Cooke, E., Bewicke-Copley, F. et al. (2013). A local regulatory
network around three NAC transcription factors in stress responses and senescence in
Arabidopsis leaves. Plant J. 75, 26-39.
Hinderhofer, K. and Zentgraf, U. (2001). Identification of a transcription factor
specifically expressed at the onset of leaf senescence. Planta 213, 469-473.
Jensen, M. K., Kjaersgaard, T., Nielsen, M. M., Galberg, P., Petersen, K., O’Shea,
C. and Skriver, K. (2010). The Arabidopsis thaliana NAC transcription factor
family: structu re-function relationships and determinants of ANAC019 stress
signalling. Biochem. J. 426, 183-196.
Jeyapalan, J. C. and Sedivy, J. M. (2008). Cellular senescence and organismal aging.
Mech. Ageing Dev. 129, 467-474.
Kim, H. J., Ryu, H., Hong, S. H., Woo, H. R., Lim, P. O., Lee, I. C., Sheen, J., Nam,
H. G. and Hwang, I. (2006). Cytokinin-mediated control of leaf longevity by AHK3
through phosphorylation of ARR2 in Arabidopsis. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103,
814-819.
Kim, J. H., Woo, H. R., Kim, J., Lim, P. O., Lee, I. C., Choi, S. H., Hwang, D. and
Nam, H. G. (2009). Trifurcate feed-forward regulation of age-dependent cell death
involving miR164 in Arabidopsis. Science 323, 1053-1057.
Komander, D. and Rape, M. (2012). The ubiquitin code. Annu. Rev. Biochem. 81, 203-
229.
Kou, X., Watkins, C. B. and Gan, S. S. (2012). Arabidopsis AtNAP regulates fruit
senescence. J. Exp. Bot. 63, 6139-6147.
Lee, I. C., Hong, S. W., Whang, S. S., Lim, P. O., Nam, H. G. and Koo, J. C. (2011).
Age-dependent action of an ABA-inducible receptor kinase, RPK1, as a positive
regulator of senescence in Arabidopsis leaves. Plant Cell Physiol. 52, 651-662.
Lee, S., Seo, P. J., Lee, H. J. and Park, C. M. (2012). A NAC transcription factor
NTL4 promotes reactive oxygen species production during drought-induced leaf
senescence in Arabidopsis. Plant J. 70, 831-844.
Leshem, Y. Y. (1988). Plant senescence processes and free radicals. Free Radic. Biol.
Med. 5, 39-49.
Lim, P. O., Kim, H. J. and Nam, H. G. (2007a). Leaf senescence. Annu. Rev. Plant
Biol. 58, 115-136.
Lim, P. O., Kim, Y., Breeze, E., Koo, J. C., Woo, H. R., Ryu, J. S., Park, D. H.,
Beynon, J., Tabrett, A., Buchanan-Wollaston, V. et al. (2007b). Overexpression of
a chromatin architecture-controlling AT-hook protein extends leaf longevity and
increases the post-harvest storage life of plants. Plant J. 52, 1140-1153.
Lim, P. O., Lee, I. C., Kim, J., Kim, H. J., Ryu, J. S., Woo, H. R. and Nam, H. G.
(2010). Auxin response factor 2 (ARF2) plays a major role in regulating auxin-
mediated leaf longevity. J. Exp. Bot. 61, 1419-1430.
Lin, J. F. and Wu, S. H. (2004). Molecular events in senescing Arabidopsis leaves.
Plant J. 39, 612-628.
Lorbeck, M. T., Singh, N., Zervos, A., Dhatta, M., Lapchenko, M., Yang, C. and
Elefant, F. (2010). The histone demethylase DmelA controls genes required for life
span and male-specific sex determination in Drosophila. Gene 450, 8-17.
Lo¨ w, P. (2011). The role of ubiquitin-proteasome system in ageing. Gen. Comp.
Endocrinol. 172, 39-43.
Marin, E., Jouannet, V., Herz, A., Lokerse, A. S., Weijers, D., Vaucheret, H.,
Nussaume, L., Crespi, M. D. and Maizel, A. (2010). miR390, Arabidopsis TAS3
tasiRNAs, and their AUXIN RESPONSE FACTOR targets define an autoregulatory
network quantitative ly regulating lateral root growth. Plant Cell 22, 1104-1117.
Matallana-Ramirez, L. P., Rauf, M., Farage-Barhom, S., Dortay, H., Xue, G. P.,
Droge-Laser, W., Lers, A., Balazadeh, S. and Mueller-Roeber, B. (2013). NAC
transcription Factor ORE1 and senescence-induced BIFUNCTIONAL NUCLEASE1
(BFN1) constitute a regulatory Cascade in Arabidopsis. Mol. Plant [Epub ahead of
print] doi:10.1093/mp/sst012.
Miao, Y. and Zentgraf, U. (2007). The antagonist function of Arabidopsis WRKY53
and ESR/ESP in leaf senescence is modulated by the jasmonic and salicylic acid
equilibrium. Plant Cell 19, 819-830.
Miao, Y. and Zentgraf, U. (2010). A HECT E3 ubiquitin ligase negatively regulates
Arabidopsi s leaf senescenc e through degradation of the transcription factor
WRKY53. Plant J. 63, 179-188.
Miao, Y., Laun, T., Zimmermann, P. and Zentgraf, U. (2004). Targets of the
WRKY53 transcription factor and its role during leaf senescence in Arabidopsis.
Plant Mol. Biol. 55, 853-867.
Miao, Y., Laun, T. M., Smykowski, A. and Zentgraf, U. (2007). Arabidopsis MEKK1
can take a short cut: it can directly interact with senescence-related WRKY53
transcription factor on the protein level and can bind to its promoter. Plant Mol. Biol.
65, 63-76.
Miller, J. D., Arteca, R. N. and Pell, E. J. (1999). Senescence-associated gene
expression during ozone-induced leaf senescence in Arabidopsis. Plant Physiol. 120,
1015-1024.

Nelson, D. C., Scaffidi, A., Dun, E. A., Waters, M. T., Flematti, G. R., Dixon, K. W.,
Beveridge, C. A., Ghisalberti, E. L. and Smith, S. M. (2011). F-box protein MAX2
has dual roles in karrikin and strigolactone signaling in Arabidopsis thaliana. Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 108, 8897-8902.
Nie, H., Zhao, C., Wu, G., Wu, Y., Chen, Y. and Tang, D. (2012). SR1, a calmodulin-
binding t ran scri pti on factor , mod ulat es plan t defense and ethy lene-i nduced
senescence by directly regulating NDR1 and EIN3. Plant Physiol. 158, 1847-1859.
Oh, S. A., Park, J. H., Lee, G. I., Paek, K. H., Park, S. K. and Nam, H. G. (1997).
Identification of three genetic loci controlling leaf senescence in Arabidopsis thaliana.
Plant J. 12, 527-535.
Peterson, C. L. and Laniel, M. A. (2004). Histones and histone modifications. Curr.
Biol. 14, R546-R551.
Pitzschke, A., Djamei, A., Bitton, F. and Hirt, H. (2009). A major role of the MEKK1-
MKK1/2-MPK4 pathway in ROS signalling. Mol. Plant 2, 120-137.
Pourtau, N., Jennings, R., Pelzer, E., Pallas, J. and Wingler, A. (2006). Effect of
sugar-induced senescence on gene expression and implications for the regulation of
senescence in Arabidopsis. Planta 224, 556-568.
Raab, S., Drechsel, G., Zarepour, M., Hartung, W., Koshiba, T., Bittner, F. and
Hoth, S. (2009). Identification of a novel E3 ubiquitin ligase that is required for
suppression of premature senescence in Arabidopsis. Plant J. 59, 39-51.
Rauf, M., Arif, M., Dortay, H., Matallana-Ram´ırez, L. P., Waters, M. T., Gil Nam,
H., Lim, P. O., Mueller-Roeber, B. and Balazadeh, S. (2013). ORE1 balances leaf
senescence against maintenance by antagonizing G2-like-mediated transcription.
EMBO Rep. 14, 382-388.
Scarpeci, T. E., Zanor, M. I., Mueller-Roeber, B. and Valle, E. M. (2013).
Overexpression of AtWRKY30 enhances abiotic stress tolerance during early growth
stages in Arabidopsis thaliana. Plant Mol. Biol.
Schommer, C., Palatnik, J. F., Aggarwal, P., Che´ telat, A., Cubas, P., Farmer, E.
E., Nath, U. and Weigel, D. (2008). Control of jasmonate biosynthesis and
senescence by miR319 targets. PLoS Biol. 6, e230.
Sharabi-Schwager, M., Lers, A., Samach, A., Guy, C. L. and Porat, R. (2010).
Overexpression of the CBF2 transcriptional activator in Arabidopsis delays leaf
senescence and extends plant longevity. J. Exp. Bot. 61, 261-273.
Shen, H., Luong, P. and Huq, E. (2007). The F-box protein MAX2 functions as a
Journal of Cell Science
positive regulator of photomorphogenesis in Arabidopsis. Plant Physiol. 145, 1471-
1483.
Stirnberg, P., van De Sande, K. and Leyser, H. M. (2002). MAX1 and MAX2 control
shoot lateral branching in Arabidopsis. Development 129, 1131-1141.
Suzuki, Y. and Makino, A. (2013). Translational downregulation of RBCL is operative
in the coordinated expression of Rubisco genes in senescent leaves in rice. J. Exp.
Bot. 64, 1145-1152.
Syntichaki, P., Troulinaki, K. and Tavernarakis, N. (2007). Protein synthesis is a
novel determinant of aging in Caenorhabditis elegans. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1119,
289-295.
Thompson, B. G. and Lake, B. H. (1987). The effect of radiation on the long term
productivity of a plant based CELSS. Adv. Space Res. 7, 133-140.
Uauy, C., Distelfeld, A., Fahima, T., Blechl, A. and Dubcovsky, J. (2006). A NAC
Gene regulating senescence improves grain protein, zinc, and iron content in wheat.
Science 314, 1298-1301.
Umehara, M., Hanada, A., Yoshida, S., Akiyama, K., Arite, T., Takeda-Kamiya, N.,
Magome, H., Kamiya, Y., Shirasu, K., Yoneyama, K. et al. (2008). Inhibition of
shoot branching by new terpenoid plant hormones. Nature 455, 195-200.
van der Graaff, E., Schwacke, R., Schneider, A., Desimone, M., Flu¨ gge, U. I. and
Kunze, R. (2006). Transcription analysis of arabidopsis membrane transporters and
Regulation of leaf senescence 4833
hormone pathways during developmental and induced leaf senescence. Plant Physiol.
141, 776-792.
Vogelmann, K., Drechsel, G., Bergler, J., Subert, C., Philippar, K., Soll, J.,
Engelmann, J. C., Engelsdorf, T., Voll, L. M. and Hoth, S. (2012). Early
senescence and cell death in Arabidopsis saul1 mutants involves the PAD4-dependent
salicylic acid pathway. Plant Physiol. 159, 1477-1487.
Watanabe, M., Balazadeh, S., Tohge, T., Erban, A., Giavalisco, P., Kopka, J.,
Mueller-Roeber, B., Fernie, A. R. and Hoefgen, R. (2013). Comprehensive
dissection of spatiotemporal metabolic shifts in primary, secondary, and lipid
metabolism during developmental senescence in Arabidopsis. Plant Physiol. 162,
1290-1310.
Waters, B. M., Uauy, C., Dubcovsky, J. and Grusak, M. A. (2009). Wheat (Triticum
aestivum) NAM proteins regulate the translocation of iron, zinc, and nitrogen
compounds from vegetative tissues to grain. J. Exp. Bot. 60, 4263-4274.
Weaver, L. M., Gan, S., Quirino, B. and Amasino, R. M. (1998). A comparison of the
expression patterns of several senescence-associated genes in response to stress and
hormone treatment. Plant Mol. Biol. 37, 455-469.
Woo, H. R., Chung, K. M., Park, J. H., Oh, S. A., Ahn, T., Hong, S. H., Jang, S. K.
and Nam, H. G. (2001). ORE9, an F-box protein that regulates leaf senescence in
Arabidopsis. Plant Cell 13, 1779-1790.
Woo, H. R., Goh, C. H., Park, J. H., Teyssendier de la Serve, B., Kim, J. H., Park,
Y. I. and Nam, H. G. (2002). Extended leaf longevity in the ore4-1 mutant of
Arabidopsis with a reduced expression of a plastid ribosomal protein gene. Plant
J. 31, 331-340.
Woo, H. R., Kim, J. H., Kim, J., Kim, J., Lee, U., Song, I. J., Kim, J. H., Lee, H. Y.,
Nam, H. G. and Lim, P. O. (2010). The RAV1 transcription factor positively
regulates leaf senescence in Arabidopsis. J. Exp. Bot. 61, 3947-3957.
Wu, K., Zhang, L., Zhou, C., Yu, C. W. and Chaikam, V. (2008). HDA6 is required
for jasmonate response, senescence and flowering in Arabidopsis. J. Exp. Bot. 59, 225-
234. Wu, A., Allu, A. D., Garapati, P., Siddiqui, H., Dortay, H., Zanor, M. I.,
Asensi- Fabado, M. A., Munne´ -B osch, S., Antonio, C., Tohge, T. et al.
(2012). JUNGBRUNNEN1, a reactive oxygen species-responsive NAC transcription
factor,
regulates longevity in Arabidopsis. Plant Cell 24, 482-506.
Xu, F., Meng, T., Li, P., Yu, Y., Cui, Y., Wang, Y., Gong, Q. and Wang, N. N.
(2011). A soybean dual-specificity kinase, GmSARK, and its Arabidopsis homolog,
AtSARK, regulate leaf senescence through synergistic actions of auxin and ethylene.
Plant Physiol. 157, 2131-2153.
Zhang, K. and Gan, S. S. (2012). An abscisic acid-AtNAP transcription factor-SAG113
protein phosphatase 2C regulatory chain for controlling dehydration in senescing
Arabidopsis leaves. Plant Physiol. 158, 961-969.
Zhang, X., Ju, H. W., Chung, M. S., Huang, P., Ahn, S. J. and Kim, C. S. (2011). The
R-R-type MYB-like transcription factor, AtMYBL, is involved in promoting leaf
senescence and modulates an abiotic stress response in Arabidopsis. Plant Cell
Physiol. 52, 138-148.
Zhong, H., Guo, Q. Q., Chen, L., Ren, F., Wang, Q. Q., Zheng, Y. and Li, X. B.
(2012). Two Brassica napus genes encoding NAC transcription factors are involved in
response to high-salinity stress. Plant Cell Rep. 31, 1991-2003.
Zhou, C., Cai, Z., Guo, Y. and Gan, S. (2009). An Arabidopsis mitogen-activated
protein kinase cascade, MKK9-MPK6, plays a role in leaf senescence. Plant Physiol.
150, 167-177.
Zhou, X., Jiang, Y. and Yu, D. (2011). WRKY22 transcription factor mediates dark-
induced leaf senescence in Arabidopsis. Mol. Cells 31, 303-313.