Pathologist Perspective:

Positioning RT PCR, Antibody and Other Test to

Support COVID-19 Patient Management

Prof. Dr. Aryati, dr., MS, SpPK(K)

Ketua Umum Pengurus Pusat
Perhimpunan Dokter Spesialis Patologi Klinik (PDS PatKLIn)

Minggu, 26 April 2020

Memperingati 34th Anniversary PATELKI

Topik Bahasan
1. Mengenal Virus SARS-CoV-2
2. Mekanisme Penularan dan Patogenesis
3. RT-PCR
4. Tes Serologi
5. Parameter Laboratorium Untuk Manajemen
Covid-19
6. Penanganan Spesimen

2
1. Mengenal Virus SARS-CoV-2

3
Virus SARS-CoV-2
6 jenis Coronavirus yang
menginfeksi manusia:
• HKU1 (Beta Coronavirus)
• OC43 (Beta Coronavirus)
• 229E (Alpha Coronavirus)
• NL63 (Alpha Coronavirus)
• SARS-CoV
• MERS-CoV
• SARS-CoV-2
Ordo : Nidovirales
Family : Coronaviridae
Genus : Beta coronavirus
Subgenus: Sarbecovirus
Sumber gambar: Peiris & Yuan, 2003.
Severe acute respiratory syndrome.
doi:10.1038/nm1143 4
2. Mekanisme Penularan dan Patogenesis

5
 PENULARAN VIRUS SARS-CoV-2
1. Droplet Transmission
ü Terkena percikan droplet (5 – 10 µm) yang terinfeksi
dalam jarak 1 meter dari batuk / bersin
ü Resiko mukosa (mulut/hidung) atau konjungtiva
(mata) terpapar droplet
2. Contact Transmission
ü Kontak langsung dengan pasien yang terinfeksi
ü Kontak tidak langsung dengan permukaan / benda
yang digunakan pada pasien yang terinfeksi (stetoskop
/ termometer)

Belum ada laporan penularan airborne, dapat terjadi pada

kondisi/tindakan yang menghasilkan aerosol

WHO Scientific Brief 29 March 2020. Modes of transmission of virus causing COVID-19:
Implications for IPC precaution recommendations 6
7
 Kemungkinan Penularan Lewat Cairan
Tubuh Lain?
• Lescure et al, 2020  tidak terdeteksi virus di serum dan urin
• Wang et al, 2020  RNA virus terdeteteksi di darah (1%), dan
feses (29%). Terdeteksi virus hidup pada feses 2 pasien
• Zhang et al, 2020  Virus terdeteksi di darah pada 6 dari 15
pasien (40%)
• Tan et al, 2020  RNA virus terdeteksi pada 5,7% plasma
sampel

Mendeteksi RNA virus, bukan deteksi virus hidup

(infektivitas?)
8
 Belum ada data

Dr. Joao Toledo. February 19, 2020. Infection Prevention and Control and novel coronavirus (COVID-19):
standard precautions and use of personal protective equipment.Pan American Health Organization 9
 Skema Replikasi dan Patogenesis Virus
PENTING
RESEPTOR ACE2

Ekspresi reseptor ACE2:type II alveolar cells (AT2) of lung, esophagus upper and
stratified epithelial cells, absorptive enterocytes from ileum and colon, cholangiocytes,
myocardial cells, kidney proximal tubule cells, bladder urothelial cells

1 Susilo,
et al. 2020. Coronavirus Disease 2019: Tinjauan Literatur Terkini. Jurnal Penyakit Dalam
Indonesia | Vol. 7, No. 1 | Maret 2020
2 Riordan, 2003. Angiotensin-I-converting enzyme and its relatives. Genome Biology 2003, 4:225 10
 BADAI SITOKIN

Mehra & Siddiqi, 2020. COVID-19 Illness in Native and Immunosuppressed States: A Clinical-
Therapeutic Staging Proposal. https://doi.org/10.1016/j.healun.2020.03.012. Diakses 22 April 2020 11
 Posisi RT-PCR, Antibodi dan Laboratorium Lain
Pada Manajemen COVID-19

https://www.ifcc.org/ifcc-news/2020-03-26-ifcc-information-guide-on-covid-19/ 12
3. RT-PCR SARS-CoV-2

13
Torres, 2008
14
Target Gen RT-PCR SARS-CoV-2

Nama Alat Target Gene

CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)
N1, N2
Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel 1
Xpert® Xpress SARS-CoV-22 E dan N2
Abbott RealTime SARS-CoV-23 RdRP dan N
STANDARD M nCoV Real-Time Detection kit4 Orf1ab (RdRp) dan E
QIAstat-Dx® Respiratory SARS-CoV25 Orf1b poly gen (RdRp) dan E
Cobas SARS-CoV-26 Orf1a/b dan E 15
 Pemilihan Jenis Sampel

1 Tanet al, 2020. Viral Kinetics and Antibody Responses in Patients with COVID-19.
https://doi.org/10.1101/2020.03.24.20042382
2 Wang et al, 2020. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens. https://jamanetwork.com/

on 04/01/2020
16
 SkemaTahapan real time PCR

1 http://www.differencebetween.net/science/difference-between-rt-pcr-and-qpcr/
2 Gachon et al, 2020. DOI: 10.1093/jxb/erh181 17
 Pengambilan Sampel Nasofaring / Orofaring

Sampel Swab Nasofaring Sampel Swab Orofaring

Pengambilan Sampel
Swab Anak
Sampel Sputum

Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan Badan Litbangkes. Workshop Case
Management COVID-19. Jakarta, 21 Februari 2020 18
 Virus Transpor Media

Puslitbang Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan Badan Litbangkes. Workshop Case
Management COVID-19. Jakarta, 21 Februari 2020 19
 Kemungkinan Penyebab False Negative
KARAKTERISTIK PENYAKIT:
1. Kadar muatan virus berbeda di tahap
infeksi yang berbeda
2. Ada perbedaan spesifik terhadap organ
tubuh yang diserang virus
TRANSPORTASI, PENYIMPANAN, MASALAH
LAINNYA:
1. Pemilihan wadah penyimpanan cairan
virus (VTM)
2. Faktor eksternal (suhu/ waktu
penyimpanan/ transportasi)
3. Virus RNA mudah terdegradasi
Liu Min, Dept. Laboratorium Medis RS Pertama Afiliasi Universitas Sun Yat-Sen. Mindray Webinar. 14 April 2020
KETERBATASAN PENGAMBILAN SAMPEL:
1. Pelaksanaan pengambilan sampel, lokasi,
volume
2. Penggunaan polyester atau kapas sintetis
(swab) untuk deteksi virus dan PCR
3. Tenaga medis pengambilan sampel yang
tidak berstandar
KELEMAHAN REAGEN PCR
1. Siklus R&D yang singkat dan stabilitas
produk yang buruk
2. Belum melalui verifikasi berulang kali dan
verifikasi klinis
3. Kekurangan situs gen spesifik yang tidak
mencukupi saat merancang
4. Kualitas qPCR bervariasi dari produsen
berbeda
20
 FAKTOR YANG PERLU
DIPERHATIKAN PADA PCR COVID-19
1.Jenis spesimen (nasofaring /orofaring swab, sputum, BAL) 
tingkat positivitas berbeda
2.Persyaratan laboratorium yang dapat mengerjakan PCR (sesuai
SE HK.02.01/MENKES/234/2020)
3.Ketersediaan APD, Swab & VTM, Reagen Ekstraksi dan PCR
4.Kompetensi SDM dalam (1). Pengambilan sampel; (2) Ekstraksi;
(3) PCR
5.Perbedaan proses ekstraksi: manual/semi otomatis/otomatis
6.Perbedaan alat PCR: open/closed system
7.Perbedaan target gen  Interpretasi dan keseragaman
pelaporan hasil

21
4. Tes Serologi

22
 Prinsip Tes Serologi (Rapid Test /
Immunochromatography)

• Deteksi antibodi yang dihasilkan

tubuh terhadap antigen (IgM, IgG,
IgA, dll)
• Berbagai metode:
üELISA
üCLIA
üELFA
üImmunochromatography

Sumber gambar: https://www.clinisciences.com/lire/newsletter-26/sars-cov-2-covid-19-test-rapide-

2264.html 23
 Dynamic Titers of IgM Antibodies to SARS-CoV-2

Tan et al, 2020. Viral Kinetics and Antibody Responses in Patients with COVID-19.
https://doi.org/10.1101/2020.03.24.20042382. 24
 Dynamic Titers of IgG Antibodies to SARS-CoV-2

Tan et al, 2020. Viral Kinetics and Antibody Responses in Patients with COVID-19.
https://doi.org/10.1101/2020.03.24.20042382. 25
 Tingkat Positivitas PCR, IgM, IgG Terhadap
Perjalanan Penyakit

Guo et al, 2020. Profiling Early Humoral Response to Diagnose Novel Coronavirus Disease (COVID-
19). Clin Infect Dis. 2020 Mar 21. pii: ciaa310. doi: 10.1093/cid/ciaa310 26
 Kemungkinan Penyebab False Positive
FAKTOR INTERNAL
1. Rheumatoid Factor
2. Antibodi heterofilik
3. Sistem komplemen: reaksi imunitas
cross-linking dengan antibodi
4. Anti-mouse antibody Ig
5. Lisozim: dapat membentuk
jembatan antara IgG fase padat dan
IgG marker
Liu Min, Dept. Laboratorium Medis RS Pertama Afiliasi Universitas Sun Yat-Sen. Mindray Webinar.
14 April 2020
FAKTOR EKSTERNAL
1. Hemolisis: Selama inkubasi, kadar
Hb yang meningkat teradsorpsi pada
fase padat, lalu bereaksi dengan
substrat HRP menyebabkan hasil
“false positive”.
2. Waktu penyimpanan terlalu lama:
IgG dapat berpolimerisasi, di
imunoasai tidak langsung akan
menyebabkan reaksi background
yang dalam, sehingga hasil“false
positive”
3. Spesimen tidak membeku
sempurna: Pada ELISA, terbentuk
blok fibrin  sering false positive
4. Pengaturan cut-off hasil positif: area
abu-abu
27
 Kemungkinan Penyebab False Negative

KLINIS LABORATORIUM
1. Masa awal infeksi, antibodi belum 1. Reagen yang dipilih (Antigen dan
terbentuk atau belum terdeteksi kualitasnya)
2. Fungsi kekebalan tubuh terganggu 2. Kondisi laboratorium (temperatur
 tidak dapat menghasilkan dan kelembapan)
antibodi yang cukup untuk 3. Cara pengerjaan tes
terdeteksi

Liu Min, Dept. Laboratorium Medis RS Pertama Afiliasi Universitas Sun Yat-Sen. Mindray Webinar.
14 April 2020
28
Tanggal 23 Maret 2020 Revisi-4 Tanggal 27 Maret 2020 29
5. Paramater Laboratorium Untuk
Manajemen Covid

30
Protokol Laboratorium Pada COVID-19

1. SKRINING

2. DIAGNOSIS

3. PEMANTAUAN

4. SURVEILANS

31
USULAN PANDUAN PEMERIKSAAN LABORATORIUM COVID-19
PDS PATKLIN

32
33
 • DL dan
Progress PerubahanLDH Paramater Laboratorium
normal
• Limfope
nia
Awal MRS
(<1000/
µL) • ALC
pada menuru
29% n
Perjalanan
kasus (<1000/
Penyakit µL) • WBC 
• CRP  (bila
• LDH  sebelum
nya
Klinis kembali
rendah
membaik
• Limfosit
absolut,

• NLRinfection.
Fan et al, 2020. Hematologic parameters in patients with COVID-19  DOI: 34
35
 Neutrophil – Lymphocyte Ratio (NLR)
• Cut-off 3,13
• Limfopenia absolut terjadi pada kasus berat
• NLR ≥ 3,13 dan usia ≥ 50 tahun  risiko meningkat 50% untuk
terjadi keparahan penyakit
• Saran penanganan berdasarkan NLR dan usia:
NLR USIA SARAN
< 3,13 < 50 tahun Tidak ada risiko, isolasi rumah
≥ 3,13 < 50 tahun Risiko rendah, rawat inap
< 3,13 ≥ 50 tahun Risiko sedang, rawat inap
dengan monitoring respirasi
≥ 3,13 ≥ 50 tahun Risiko tinggi, ICU

Liu et al, 2020. Neutrophil-to-Lymphocyte Ratio Predicts Severe Illness Patients with 2019 Novel
Coronavirus in the Early Stage. DOI: 10.1101/2020.02.10.20021584 36
 Berbagai Cut-Off Nilai NLR

Sysmex Haematology Updates – Investigasi COVID-19 dengan Pemeriksaan

Hematologi Sysmex. HEM/EM/010/III/2020
37
 Pemantauan Laboratorium pada Protokol
Tatalaksana Pasien Terkonfirmasi COVID-19
1. OTG
2. Gejala Ringan
3. Gejala Sedang
• Pemantauan laboratorium Darah Perifer Lengkap berikut dengan
hitung jenis, bila memungkinkan ditambahkan dengan CRP, fungsi
ginjal, fungsi hati dan ronsen dada secara berkal
4. Gejala Berat
• Pemantauan laboratorium Darah Perifer Lengkap beriku dengan
hitung jenis, bila memungkinkan ditambahkan dengan CRP, fungsi
ginjal, fungsi hati, Hemostasis, LDH, D-dimer.
• Monitor tanda-tanda sebagai berikut; - Takipnea, frekuensi napas ≥
30x/min, - Saturasi Oksigen dengan pulse oximetry ≤93% (di jari), -
PaO2/FiO2 ≤ 300 mmHg, - Peningkatan sebanyak >50% di
keterlibatan area paru-paru pada pencitraan thoraks dalam 24-48
jam, - Limfopenia progresif, - Peningkatan CRP progresif, - Asidosis
laktat progresif.

Protokol Tatalaksana COVID-19 PDPI, PERKI, PAPDI, PERDATIN, IDAI 38

 Pemantauan Laboratorium pada Protokol
Tatalaksana Pasien BELUM Terkonfirmasi COVID-19

1. OTG
2. Gejala Ringan
• Hematologi rutin, hitung jenis leukosit, dan laju endap darah
3. Gejala Sedang & Berat
• Pemeriksaan RDT/PCR Swab Nasofaring hari 1 dan 2 sesuai
Pedoman Covid Kemenkes Hal 110
• Pemantauan laboratorium Darah Perifer Lengkap beriku dengan
hitung jenis, bila memungkinkan ditambahkan dengan CRP, fungsi
ginjal, fungsi hati, Hemostasis, LDH, D-dimer

Protokol Tatalaksana COVID-19 PDPI, PERKI, PAPDI, PERDATIN, IDAI

39
Alur Pemantauan Parameter Koagulasi pada Pasien
Covid-19

40
Song et al, 2020. COVID-19 early warning score: a multi-parameter screening tool to identify highly
suspected patients. https://doi.org/10.1101/2020.03.05.20031906. 41
6. Penanganan Spesimen

42
 Prinsip Umum Penanganan Spesimen Rutin
(Darah, Urin, Feases) di Era Pandemi Covid-19
Semua spesimen yang diterima harus diperlakukan sebagai
spesimen resiko tinggi

Wajib menerapkan Universal Precaution untuk semua

spesimen (pelindung wajah, sarung tangan, gaun disposable)

Belum ada laporan keberadaan virus SARS-CoV-2 yang masih

infeksius pada darah dan urin

Hati-hati terhadap berbagai prosedur yang menghasilkan

aeorosol/droplet/tumpahan

Odega et al, 2020. Safe Laboratory Practices In The Light Of Covid-19 Pandemic: Way
Forward In A Resource Limited Setting. doi:10.20944/preprints202004.0103.v1
43
Dirjen Yankes, 6 April 2020. Petunjuk Teknis Penggunaan Alat Perlindungan Diri (Apd) Dalam
Menghadapi Wabah Covid-19 44
45
 APD Sesuai Transmisi
TRANSMISI DROPLET DAN KONTAK
• Gaun/gown
• Sarung tangan
• Masker N95 atau bedah
• Pelindung kepala
• Pelindung mata (goggles)
• Sepatu pelindung
Catatan: APD di atas dapat
ditambahkan pelindung wajah (face
shield)
TRANSMISI AEROSOL
• Gaun/gown
• Sarung tangan
• Masker N95
• Pelindung kepala
• Pelindung mata (goggles)
• Pelindung wajah (face shields)
• Sepatu pelindung
Catatan: APD di atas bisa ditambah
dengan penggunaan apron
46
47
Pengerjaan Spesimen Rutin

48
http://2017.igem.org/Safety/
What_is_Safety
49
 Prosedur Laboratorium Yang Beresiko
Menimbulkan Aeorosol

https://wp.stolaf.edu/chemical-hygiene/preventing-aerosol-production 50
http://2017.igem.org/Safety/What
_is_Safety

51
 Kewaspadaan Penggunaan Sentrifugasi

https://wp.stolaf.edu/chemical-hygiene/preventing-aerosol-production 52
Take Home Message

1. D i e ra p a n d e m i , s e m u a s p e s i m e n h a r u s
diperlakukan sebagai spesimen beresiko tinggi
2. H a t i 2 t e r h a d a p s e m u a t i n d a k a n y g
menimbulkan aerosol, perhatian pada APD yang
digunakan

53
TERIMA KASIH

54