Molecular Epidemiology of Eastern Equine Encephalitis Virus, New York

Virus equine encephalitis timur (EEEV; genus Alphavirus: famili Togaviridae) dipertahankan
dalam siklus enzootic antara nyamuk dan burung ornithophilic. Virus ini menyebabkan
penyakit di beberapa inang unggas dan inang insidental, seperti kuda dan manusia; tingkat
fatalitas kasus pada manusia adalah ≈33%. Aktivitas virus telah terdeteksi di Amerika Utara
dan Selatan. Di Amerika Serikat, EEEV telah terdeteksi di sepanjang Teluk Meksiko dan
Pesisir Atlantik serta dalam fokus pedalaman di dekat Great Lakes, termasuk New York
bagian utara. Vrion EEEV berisi genom RNA indra-positif tunggal-untai ≈12 kb.
Ujung 5 gen genom mengkode 4 protein nonstruktural: NSP1, NSP2, NSP3, dan NSP4.
Protein struktural dikodekan dalam 3 ′ sepertiga genom dan diterjemahkan dari RNA
subgenomik, 26S, menghasilkan 5 produk protein: C, 6K, E1, E2, dan E3. Studi sequencing
sebelumnya menganalisis hubungan genetik dari strain EEEV di bagian Barat dan
membandingkan strain yang didistribusikan di seluruh wilayah geografis yang luas. EEEV
memiliki 4 garis keturunan genetik yang berbeda; garis keturunan I terdiri dari jenis yang
sangat lestari dari Amerika Utara, dan garis keturunan II-IV mencakup jenis dari Amerika
Tengah dan Selatan.
Wabah EEEV di New York telah diamati secara berkala sejak 1952, ketika virus pertama kali
terdeteksi pada burung pegar. Penyakit pada manusia dan / atau kuda telah dicatat di Long
Island, di Lembah Hudson yang lebih rendah, dan di bagian tengah New York; kasus manusia
terakhir yang diketahui di New York terjadi pada 1983 di Onondaga County. Aktivitas EEEV
di New York telah terjadi di kabupaten yang berbatasan dengan Danau Oneida di bagian
utara New York. Sebagian besar kegiatan di wilayah ini terkonsentrasi di kompleks Rawa
Pelabuhan Big Bay – Toad di Kabupaten Oswego dan Rawa Cicero di Wilayah Onondaga.
Culiseta melanura (Coquillett), vektor enzim utama EEEV, berkembang biak secara
berlimpah di rawa-rawa ini. Epizoot yang terlokalisasi di kabupaten Oswego dan Onondaga
telah didokumentasikan dalam fokus transmisi selama 1971–1977, 1982–1983, dan 1990–
1991 dan dari tahun 2003 hingga sekarang. Antara periode epizootik ini, EEEV tidak
terdeteksi pada kuda dan burung dan jarang terdeteksi di kolam nyamuk. Dari 1992 hingga
1997 di New York bagian utara, EEEV terdeteksi di 18 kolam nyamuk dari Onondaga
County (1994) dan 3 kolam nyamuk dari Oswego County (1996); tidak ada kasus kuda atau
burung yang terdeteksi. Dari 1998 hingga 2002, EEEV tidak terdeteksi pada nyamuk atau
vertebrata di New York. Namun, pada tahun 2003, Aktivitas EEEV meningkat di seluruh
New York dengan munculnya dari epizootic saat ini (2003-2007) di Onondaga dan wilayah
Kabupaten Oswego.