RESUME PERTANYAAN-PERTANYAAN JAWABAN MATERI PENGEMBANGAN

METODE IMUNOLOGI

Dosen Mata Kuliah :

Suyarta E. P., S.K.M.,M.Si.

Disusun Oleh : Kelompok 1

Lina Nurul Husna (5118002)
Bentar Subhansyach (5118006)
Han Han Hasbiyah (5118015)
Aulia Fauziyah Ahmad (5118016)
Rohaeni (5118028)
Indrayani (5118032)
Sonia Yasyfa Firdausi (5118046)
Devitha Ramadina (5118047)
Moch Fajar Anugrah Iman (5118051)

Prodi : DIV TLM

1. Penanya : Fatra Aulia Hidayati (5118003)

Pertanyaan : Bagaimana pelaksanaan DIAPOPS?

Penjawab : Aulia Fauziyah Ahmad (5118016)

Jawaban : Ringkasan berdasarkan penjelasan RASMUSSEN et al. (1994), adalah
sebagai berikut: mula-mula, salah satu primer (forward atau reverse) diimobilisasi
kovalen dengan kondensasi carbodiimide pada microwell plapolymeraseuan primer
mana yang diimobilisasi (apakah yang forward atau reverse) tergantung pada probe
oligonukleotida yang dipakai. Amplifikasi DNA dengan PCR pada DIAPOPS
dilakukan secara asimetri, yakni PCR dengan primer forward dan reverse yang tidak
equimolar. Artinya, bila primer yang diimobilisasi adalah yang forward, primer
 forward yang ditambahkan kedalam reaksi PCR jumlahnya hanya 1/8 dari
primerrevers.

2. Penanya : Laila Nurus S (5118045)

Pertanyaan : Apa fungsi dari kedua primer PCR pada PCR Konvensional

Penjawab : Han Han Hasbiyah (5118015)

Jawaban : Masing-masing dari dua primer PCR melengkapi untaian tunggal yang
berbeda dari target untaian ganda. Untuk mendapatkan skrining sekuen yang potensial
dan homolog, rancangan primer ditetapkan dengan menggunakan perangkat lunak
seperti Oligo.

 Terdapat tambahan dari Bu Arta : Primer ada 2 forward & reverse) fungsinya
untuk menandai ujung DNA yang akan digandakan, klu forward
menggandakan yg didepan/maju, sdgkn yg reverse menggandakan yg di
blkg/mundur.

3. Penanya : Laurena nadezdha (5118062)

Pertanyaan : Kenapa resiko kontaminan PCR realtime sangat kecil?

Penjawab : Rohaeni (5118028)

Jawaban : Resiko kontaminan kecil karena amflikasi PCR real time dilakukan dalam
sistem tertutup dan tidak memerlukan tahapan yg panjang seperti PCR konvensional,
dan kontaminan yang paling sering terjadi antara sampel jika dibandingkan dengan
produk amflikasi.

 Terdapat pertanyaan dari Bu Arta dari jawaban dari Rohaeni : Kontaminasi

sangat kecil di bdg kan dgn metode apa?
 Jawaban Rohaeni atas pertanyaan Bu Arta : Jika dibandingkan dengan metode
PCR konvensional bu
 Terdapat tambahan dari Bu Arta : Ok klu PCR konvensional, utk mdptkan hsil
hrus ada tahap lgi yi elektroforesis klu realtime di awal kita sdah bisa lihat
hasilnya Dan pbedaan yg lain klu PCR konvensional kita hanya melihat ada
atau tdak ada band nya, klu realtime ada angkanya (kuantitasnya)

4. Penanya : Delia Nurullita (5118026)

Pertanyaan : Dalam teknik pcr elosa diidentifikasi secara hibridisasi DNA. Bagaimna
hibridisasi pada Elosa dengan T4 DNA ligase?

Penjawab : Indrayani (5118032)

Jawaban : Hibridisasi antara amplikon dengan kedua oligonukleotida akan terjadi
hanya bila sekuen kedua oligonukleotida dan amplikon sama Perbedaan satu basa saja
 akan menyebabkan reporter probe tidak bisa bersambung atau berhibridisasi dengan
capture probe.

5. Penanya : Fariz Ahmad Yani (5118059)

Pertanyaan : Hal-hal apa saja yang menentukan proses keberhasilan dari proses PCR?

Penjawab : Moch Fajar Anugrah Iman (5118051)

Jawaban : Keberhasilan proses PCR ditentukan oleh jenis enzim DNA polimerase
yang digunakan. Enzim DNA Polimerase berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi
polimerisasi DNA (pembentukan DNA). Selain itu pengaturan suhu pada proses PCR
sangat penting karena suhu merupakan salah satu faktor yang menentukan
keberhasilan suatu PCR karena suhu berkaitan dengan proses denaturasi DNA
templat, annealing dan ekstensi primer pada proses PCR.

 Terdapat tambahan dari Bu Arta : Tambahan, komposisi dari PCR

1. Template
2. PCR mix
3. Primer (forward riverse)
4. Taq polimerase
5. H20 free RNAse (klu templatenya DNA)
Yang dijelaskan diatas wajib ada sesuai konsentrasi.

6. Penanya : Nurani Janati (5118008)

Pertanyaan : Mengapa pafa pfu dna polymerase sering digunakan?

Penjawab : Lina Nurul H (5118002)

Jawaban : Enzim dna polymerase terbagi menjadi 2 yaitu:
1. Taq DNA polimerase adalah suatu enzim yang dihasilkan dari bakteri Thermus
aquaticus yang sangat tahan panas
2. Pfu DNA polimerase adalah suatu proof reading DNA polimerase yang diisolasi
dari Pyrococcus furiosus.
Dari kedua enzim tersebut yang lebih sering digunakan dalam pemeriksaannya yaitu
Pfu DNA polimerase jika dibandingkan dengan Taq DNA polimerase dikarenakan
memiliki tingkat akurasi yang lebih tinggi selama proses amplikasi dibandingkan
Yang taq DNA polimerase

7. Penanya : Ahmad Mulyadi (5118050)

Pertanyaan : Apa perbedaan PCR Konvensional dengan PCR Real Time?

Penjawab : Devitha Ramadina (5118047)

Jawaban : Perbedaan nya yaitu:
Pcr konvensional satu pasang primer oligonukleotida untuk mengamplifikasi bagian
tertentu dari genom agen infeksi serta dilakukan pada suatu tabung.sedangkan pcr real
time berdasarkan fluoresensi menjadi suatu metode pengujian
  Juga terdapat tambahan dari bu Arta pada soal no 3, yang berkaitan dengan
jawaban no ini adalah : Ok klu PCR konvensional, utk mdptkan hsil hrus ada
tahap lgi yi elektroforesis klu realtime di awal kita sdah bisa lihat hasilnya
Dan pbedaan yg lain klu PCR konvensional kita hanya melihat ada atau tdak
ada band nya, klu realtime ada angkanya (kuantitasnya)

8. Penanya : Yovi Nur Hikmah (5118004)

Pertanyaan : Mengapa primer forward ditambahkannya lebih sedikit pada diapops?

Penjawab : Bentar Subhansyach (518006)

Jawaban : Tujuan dari penambahan primer forward jauh lebih sedikit yaitu supaya
reaksi amplifikasi condong menggunakan primer forward fase solid sehingga
sebagian besar amplikon juga menjadi fase solid atau terikat secara kovalen pada
cawan.

9. Penanya : Dena Ramdani (5118063)

Pertanyaan : Apa maksud imobilisasinya stabil pada Elosa dengan proble berikatan
kovalen?

Penjawab : Rohaeni (5118028)

Jawaban : Imobilisasi DNA pada permukaan polystyrene cawan ELISA dengan ikatan
kovalen telah diuraikan dengan cukup mendalam, yaitu : Gugus amino beserta lengan
atau spacer arm dicangkokkan di atas permukaan polystyrene. Nukleotida (DNA)
yang sebelumnya telah difosforilisasi akan membentuk ikatan kovalen
(phosphoramidate bond) antara atom P (pada ujung 5’ molekul DNA) dengan gugus
amino tersebut melalui proses kondensasi dengan carbodiimide.

10. Penanya : Mahdalena Dewi (5118058)

Pertanyaan : Biasanya pengaplikasian PCR real time digunakan pada apa saja?

Penjawab : Han Han.H (5118015)

Jawaban : PCR real time tepat digunakan untuk berbagai aplikasi seperti analisis
ekspresi gen, penentuan jumlah virus, deteksi organisme yang mengalami mutasi
genetik, diskriminasi alel, dan genotipe single nukleotide polimorphisms(SNAP)

11. Penanya : Rani Andiani (5118014)

Pertanyaan : Bagaimana tahapan dari proses PCR itu?

Penjawab : Sonia Yasyfa (5118046)

Jawaban :
-Denaturasi cetakan DNA beruntai ganda pada suhu di atas 90 derajat Celcius
sehingga menjadi DNA cetakan berantai tunggal.
 -Penempelan (annealing) primer oligonukleotida ke DNA cetakan beruntai tunggal
biasanya pada suhu 50-60 Derajat Celcius sehingga primer akan membentuk jembatan
hidrogen dengan cetakan pada daerah sekuen yang komplementer dengan sekuen
primer. Suhu dimana primer annaeling biasanya diistilahkan dengan Tm.
-Perpanjangan atau ekstensi fragmen DNA dengan enzim polimerase dan primer
untuk menghasilkan kopi DNA yang dapat berfungsi sebagai DNA cetakan untuk
siklus selanjutnya yang berlangsung pada suhu 70-78 derajat Celcius

 Terdapat tambahan dari Bu Arta : Sebenarnya sblum denaturasi ada tahap pre
denaturasi: proses adaptasi dan stlah tahap elongasi ada tahap post extansion
(tahap penyempurnaan/finishing).
Tpi di bbrpa jurnal hanya mengakui 3 tahap saja;
- Denaturasi
- Anelling
- Elongasi

12. Penanya : Salma Seha (5118005)

Pertanyaan : Jenis enzim apa yang cocok untuk PCR? Sebutkan contohnya!

Penjawab : Devitha Ramadina (5118047)

Jawaban : Salah satu penentu keberhasilan proses PCR ditentukan oleh jenis enzim
DNA polimerase yang digunakan. Enzim DNA polimerase idealnya harus tahan
panas, mempunyai laju polimerisasi dan prosesivitas yang tinggi. Contoh enzim DNA
Polimerase adalah Taq DNA polimerase dan Pfu DNA polimerase