Modul 1

METABOLISME ENZIM

Dr. Violita., S.Si., M.Si

P ada modul ini, Anda akan diarahkan untuk mempelajari pengetahuan dasar
tentang metabolism enzim pada tumbuhan. Setelah mempelajari modul ini,
Anda diharapkan memahami konsep enzim, sifat dan struktur enzim beserta
mekanisme kerja enzim dan faktor yang mempengaruhi laju reaksi enzimatik.
Secara khusus, setelah Anda mempelajari modul ini, Anda diharapkan dapat:
1. Menganalisis dan membedakan enzim, asam amino, dan protein;
2. Menjelaskan sifat dan struktur enzim;
3. Menjelaskan mekanisme kerja enzim;
4. Menjelaskan berbagai faktor yang mempengaruhi laju reaksi enzimatik
Untuk membantu Anda mendapatkan semua hal tersebut di atas, dalam modul
ini akan disajikan materi dalam bentuk uraian dan contoh
Agar Anda memperoleh hasil yang maksimal dalam mempelajari modul ini,
maka ikutilah petunjuk berikut ini.
1. Bacalah dengan cermat pendahuluan modul ini, sampai Anda memahami
benar apa dan bagaimana cara mempelajari modul ini.
2. Bacalah bagian demi bagian, temukan kata-kata kunci dan kata-kata sulit,
kemudian lihat penjelasannya dalam kamus biologi.
3. Simaklah pengertian demi pengertian dari isi modul ini melalui pemahaman
sendiri, bertukar pikiran dengan sesama mahasiswa, dosen, atau tutor Anda.
4. Terapkan konsep-konsep yang ada di dalam modul ini secara imajiner (dalam
pikiran) dan dalam situasi lain yang memungkinkan.
5. Mantapkan pemahaman Anda melalui diskusi dengan sesama teman
mahasiswa atau teman sejawat.
6. Lakukanlah semua kegiatan yang dianjurkan sesuai dengan petunjuk modul
ini.

Modul Fisiologi Tumbuhan 1

 Selamat Belajar, Semoga Anda Sukses
Metaboli sm en zi m

eaksi kimia yang memungkinkan adanya kehidupan disebut metabolism.

R Terdapat ribuan reaksi berkesinambungan yang terjadi di dalam sel,
sehingga metabolism merupakan reaksi yang unk dan menakjubkan. Tumbuhan
menghasilkan banyak sekali senyawa kompleks yang dinamakan metabolit
sekunder yang melindungi tumbuhan dari serangga, bakteri, cendawan, dan
pathogen lainnya.
Sejumlah reaksi membentuk molekul besar seperti pati, selulosa, protein,
lemak, dan asam nukleat. Pembentukan molekul besar dari molekul kecil
dinamakan dengan anabolisme. Anabolisme memerlukan masukan energy.
Berlainan dengan Katabolisme, merupakan perombakan molekul besar menjadi
molekull kecil, dan pada proses ini sering melepaskan energy. Misalnya respirasi,
respirasi merupakan proses katabolisme utama yang melepaskan energy di semua
sel.
Sel memiliki kemampuan mengatur lintasan metabolic yang mana yang akan
berjalan, dan seberapa cepat, yakni dengan cara memproduksi katalis yang tepat
yang dinamakan dengan Enzim, dalam jumlah yang sesuai pada saat diperlukan.
Hamper semua reaksi kimia kehidupan berlangsung sangat lambat tanpa katalis,
dan enzim merupakan katalis yang lebih khas dan lebih kuat dibandingkan dengan
ion logam atau senyawa anorganik lainnya yang dapat diserap tumbuhan dari
tanah.

A. MATERI
Penyebaran En zi m di dalam sel
Enzim t idak t ersebar merat a di dala m sel. E nzim yang
ber fungsi dala m fot osint esis ber ada di kloroplas; banyak enzim
yang berperan dalam r espir asi aerobic ber ada hanya d i mit okondr ia,
sedangkan enzim respirasi la innya berada di sit oso l. S ebagian besar

Modul Fisiologi Tumbuhan 2

enzim yang harus ada unt uk mensint esis DNA dan RNA sert a unt uk
mit osis, berada di int i sel ( nucleus). E nzim yang mengat ur langka h
dalam lint asan met abo lic kadang disusun sedemikian rupa sehingga
t erjadi suat u proses produksi berupa jalur . Dalam hal ini hasil suat u
reaksi dilepaskan di daerah t empat senyawa t ersebut akan diuba h
secepat n ya menjadi senyawa lain o leh enzim ber ikut nya yang
t erlibat dala m lint asan, demikian set erusnya, sampai lint asa n
met abo lic selesai dan senyawa yang sangat berbeda t erbent uk.

Sifat dan Stru ktu r En zi m

Karakteri stik enzim
Salah sat u sifat pent ing enzim adalah adanya kekhasannya. S et iap
enzim bert indak pada sat u subst rat (pereaks i) t ungga l at au s uat u
kelo mpok kecil senyawa sejenis yang mempunyai gugus fungsi yang
ident ic yang dapat melakukan reaksi. Pada beberapa enzim,
kekhasan ini ber sifat mut lak, t api pada enzim lainnya t erdapat
perbedaan dalam kemampuannya mengubah senyawa sejenis menjad i
produk. Kekhasan ini disebabkan o leh perpaduan enzim- subst rat
dalam suat u pengat uran gembok dan kunci.
Set iap enzim dinama i menurut syst em baku dan juga diber i
nama umu m yang seder hana. Pada kedua s yst em t ersebut nama
enzim umunya diakhir i dengan –ase dan mencir ikan subst rat yang
t erlibat dan jenis reaksi yang dikat alis is. M isalnya sitokrom
oksidase suat u enz im ut ama dalam r espirasi mengoksida i mo lekul
sit okrom. .
Enzim meningkat kan laju reaksi sehingga t erbent uk
keset imbanga n kimia ant ara produk dan pereaksi. P ada t abel di
bawah ini diper lihat kan kelas dan subkelas enzim pent ing pada
reaksi met abo lis m t umbuhan.

Tabel 1. Kelas dan subkelas enz im pent ing

Modul Fisiologi Tumbuhan 3

 K elas dan sub kelas Jenis reaksi
Oksi dor edukt a se Mel epa s da n m ena m bah el ekt r on at a u el ect r on da n
Oksi da se h ydr og en . Oksi da se m em i n dah kan el ekt r ona ta u
Redukt a se h ydr og en h an y ke oksi gen
Deh ydr og en a se

T ran sfer a se Mem i n dah kan gugus kim i a

Ki n a se Mem i n dah kan gugus fos fa t kh ususn ya AT P
Hi dr ol a se Mem ut us i ka t a n kim i a (mi sa ln ya a m i da , est er ,
gl i kosi da , ) den gan m ena m bah kan un sur a ir .
Men gh i dr ol i si s pr ot ei n (i ka t an pept i de)
Pr ot ei n a se Men gh i dr ol i si s RNA (est er fos fa t )
Ri bon ukl ea se Men gh i dr ol i si s DNA (est er fos fa t )
De oksi r i bon ukl ea se Men gh i dr ol i si s l em a k
Li pa se
Li a se Mem ben t uk i ka t an gan da den gan m en gh il an gka n
sa t u gugus ki mi a
Isom er a se Men a t a kem ba l i a t om sua t u m ol ekul un tuk
m em ben t uk st r ukt ur i som er
Li ga se a t a u sin t et a se Mem a sa n g dua m ol ekul den ga n hi dr ol i si s AT P a t a u
n ukl eot i da tr i fos fa t l a inn ya
Pol ym er a se Men gh ubun gkan subun i t (m on om er ) m en ja di
pol i m er seper t i RNA a t a u DNA

Susunan kimia
Prot ein merupakan bagian ut ama dar i st rukt ur set iap enzim, dan
banyak enzim ya ng hanya mengandung prot ein saja. Beberapa
prot ein t idak memilik i fungsi kat alis is dan t idak digo lo ngka n
sebagai enz im. Misa lnya prot ein mikrotubu l (t ubu lin) dan prot ein
mikro fila men (akt in), sert a beberapa protein di r iboso m me mpunya i
fungsi st ruct ural dan bukan fungsi kat alisis. Prot ein lain, misalnya
sit okrom yang mengangkut elect ron selama fot osint esis da n
respirasi, bukanlah enzim, mela inkan pembawa elect ron. Cont oh
lainnya yait u beberapa prot ein cadangan dala m biji juga dikena l

Modul Fisiologi Tumbuhan 4

t idak me mpunya i fungsi sepert i enzim . Peranan ut ama prot ein
cadangan pada biji adalah sebagai cadangan asam amino unt uk bibit
set elah berkecambah, t id ak sebagai enzim.
Disamp ing bagian dar i prot ein, enzim juga mengandung
bagian bukan prot ein organic yang d isebut gugus prost et ik. Gugu s
prosteti k sangat pent ing dala m akt ivit as kat alis is. B iasanya gugus
ini menempel sangat kuat pada prot ein dengan ikat an kovalen.
Cont ohnya adalah enzim dehydrogenase yang t er libat da lam
respirasidan degr adasi asa m lemak. Disini pig men kuning yang
dinamakan flavin menempel pada prot ein. Flavin per lu bag i
akt ivit as enzim karena kemampuannya unt uk mener ima da n
kemudian mengangkut at om hydrogen sela ma ber langsungnya
reaksi.
Banyak enzim yang t idak me miliki gugus prost et ik, dan unt uk
melakukan akt ivit asnya mereka membut uhkan keikut sert aa n
senyawa organic at au io n logam la in at au keduanya. Kedua bahan
t ersebut biasanya disebut koen zi m.
Selain it u ada beber apa enzim t ert ent u yang dit elit i denga n
elekt roforesis dan menunjukkan adanya lebih dar i sat u enz im yang
dapat bereaksi dengan subst rat yang sama dan mengubahnya
menjadi produk yang sama. E nzim sepert i ini dinamakan isozi m
at au isoen zi m.

Mekanisme kerja en zi m

Enzim dan substrat akan membentuk kompleks substrat-enzim sebelum

menghasilkan produk. Substrat adalah zat yang berfungsi sebagai enzim,
sementara produk adalah zat yang diperoleh pada akhir reaksi kimia. Cara kerja
enzim dibagi menjadi dua, yaitu gembok dan anak kunci (lock and key) serta
kecocokan induksi (induced fit).

Modul Fisiologi Tumbuhan 5

Menurut teori gembok dan anak kunci, enzim memiliki sisi aktif yang kosong.
Sisi aktif tersebut merupakan tempat menempelnya substrat agar enzim dapat
bekerja. Ketika substrat menempati sisi aktif enzim, enzim tersebut menjadi
kompleks enzim. Sisi aktif enzim memiliki bentuk yang spesifik dan tidak
fleksibel. Karena itu, hanya bentuk substrat tertentu yang dapat melekat pada
enzim (Gambar 1).

Gambar 1. Cara ker ja enzim

Enzim dapat meningkat kan la ju reaksi. Bagaimana car a enzi m

meningkt akan la ju reaksi. Gambar 1 di bawah ini menunjukka n
perubahan energy sela ma peralihan subst rat menjadi rpoduk. E nerg y
dit unjukkan sebag ai ordinat , dan energy maksimu m yang harus
dipero leh mewakili energy pengakt ifan. Energy maksimu m ini
menunjukkan besar nya penghalang energy yang harus diat asi.
Perhat ikan bahwa enzim menurunkan energy pengakt ifan sehingga
lebih banyak bagian mo lekul subst rat yang mempunyai cukup
energy unt uk bereaksi t anpa peningkat an suhu.

Modul Fisiologi Tumbuhan 6

 Energy pengaktifan

Pereaksi (substrat)

Gambar 2. Diagram energy unt uk reaksi met abo lic yang t er jad i
dengan at au t anpa enzim

K inetika en zi m
Suat u reaksi yang dikat alis is o leh enzim umumnya memilik i
suat u kinet ika reaksi khas yang dikenal dengan kinet ika Mechaelis-
Menten. Kinet ika ini digambarkan da lam bent uk hubungan yang
hiper bo lik ant ara kecepat an reaksi ( v) dengan ko nsent rasi subst rat
(S) (Gambar 3). Po la hubungan dar i kinet ika dit andai dengan adanya
kejenuhan subst rat yang menunjukkan bahwa enz im menjad i jenu h
dengan meningkat nya konsent rasi subst rat sement ara konsent rasi
enzim t et ap. Pada konsent ras i subst rat yang rendah , kecepat an
reaksi sangat dipengaruhi o leh konsent rasi subst rat yang t inggi,
kecepat an reaksi t idak dipengaruuhi o leh banyaknya subst rat .

Modul Fisiologi Tumbuhan 7

 Gambar 3. Hubungan ant ara kecepat an reaksi dan konsent rasi
subst rat unt uk reaksi yang dikat alisat ori oleh enzim

Faktor yang mempengaruhi laju reaksi en zi mati k

Terdapat beberapa fakt or yang mempengaruh i laju reaksi enzim da n
subst rat :
1. Ko nsent rasi enzim dan subst rat
Jika subst rat cukup t ersedia, kelipat an dua konsent rasi enzim
menyebabkan peningkat an laju reaksi dua kali lipat .

2. pH.
Akt ivit as enzim dipengaruhi o leh p H medium dengan ber baga i
cara. Biasa nya t erdapat pH opt imu m bagi suat u enzim unt uk
ber fungsi dan t er jadi penurunan akt ivit as pada nila i p H yang
lebih t inggi at au lebih rendah. p H opt imum pada umu mnya
ant ara 6 dan 8 t api bisa lebih r endah at au lebih t inggi bag i
beberapa enzim.

3. Suhu
Semua reaksi di dalam t ubuh t umbuhan dipengaruhi o leh suhu
luar. Pada umumnya reaksi yang dikat alisis o leh enzim akan
meningkat dengan kenaikan suhu dar i 0 0 C sampai 35 at au
40 0 C.

Modul Fisiologi Tumbuhan 8

 4. Produk reaksi
Laju r eaksi enzimat ik dapat dit ent ukan dengan mengukur
kecepat an hilangnya subst rat a t au kecepat an munculny a
produk, at au keduanya.
5. Senyawa penghambat
Banyak senyawa asing yang dapat menghambat ker ja enzim.
penghambat ini bia sanya memilik i st rukt ur serupa denga n
subst rat sehingga mampu bersa ing memperebbut kan sis i akt if
enzim.

Gambar 4. gambaran proses hambat an ba lik pada enzim. A sampai J

adalah produk reaksi. Tanda panah adalah reaksi enzim dan panah
dengan gar is put us-put us menggambarkan t erjadinya hambat an
balik. Jika G dan J t er lalu besar jumlahnya mak a akan menghambat
ker ja enzim A B at au D dan D H

En zi m alost eri k dan pengendali an bali k

Enzim alo st er ik adalah enzim yang memiliki t it ik ko nt rol.
Pada beberapa ja lur met abo lis me, produk akhir yang berkait a n
dengan t it ik ko nt rol lainnya dan bukan dengan sis i akt if enzim.
Jenis enzim yang sepert i inilah yang disebut enzim alo st er ik .
Enzim alo st er ik ser ing ber bent uk prot ein dan memilik i
beberapa sub unit prot ein. P ada set iap sub unit prot ein nya memilik i
sat u at au lebih dar i sat u sis i akt if. E nzim alo st er ik di ko nt rol o le h
mo lekul efekt or (act ivat or dan inhibit or) dan berkait an pada bagian
t ert ent u dalam bagian enzim t ersebut . Hal ini me micu adanya
perubahan dan mempengaruhi kecepat an ker ja enzim (Gambar 5).

Modul Fisiologi Tumbuhan 9

 Enzim alo st er ik me mpunya i dua bagian akt if, yait u bagia n
akt if yang menangkap subst rat dan bagian yang menangkap
penghambat . Apabila ada senyawa yang dapat memasuki bagia n
yang menangkap pengha mbat maka enzim m enjadi t idak akt if,
senyawa penghambat t ersebut merupakan penghambat alost er ik.
St rukt ur senyawa penghambat alost er ik t idak mir ip dengan st rukt ur
subst rat . Pengikat an penghambat alost er ik pada enzim menyebabka n
enzim t idak akt if, sehingga subst rat t idak da pat dikat alisis dan t idak
menghasilkan produk. Apabila enz im menangkap subst rat maka
penghambat t idak dapat t erikat pada enzim, sehingga enzim dapat
akt if mer eaksikan subst rat menjadi produk (Gambar 5).

Gambar 5. Model pemacu dan penghambat yang mempengaruhi

enzim alo st er ik

Agar Anda dapat lebih menguasai tahapan reaksi terang fotosintesis, bacalah berulang-
ulang secara saksama dan buatlah ringkasan dari teori serta konsep-konsep tersebut.

Modul Fisiologi Tumbuhan 10

 Daf tar Pustaka

Salisbury FB and Ross CW. 1985. Plant Physiology. Wadsworth Publishing

Company.

Taiz L and Zeiger A. 2010. Plant Physiology. Sunderland. Snauer Associates

Modul Fisiologi Tumbuhan 11