Penemuan

Ikan Purba Coelacanth

dari Raja Ampat
Kadarusman Ph.D
Invited speaker

Politeknik KP Sorong
Program DNA barcoding Papua

www.kadarusman.polikpsorong.ac.id

Sympsium
National and International Image Coel Courtesy: palaeoblog
Universitas Hasanuddin Public diffusion by International Office
Politeknik KP Sorong, West Papua

fikp.simnasfikpunhas.com
 INDONESIA
A mega diverse country

17% 12% 10% 14% 75%

Why is New Guinea important?
Pulau Nugini
Nieuw Guinea
Nouvelle Guinea
Nova Guinea

~10% World’s biodiversity

McVeigh, 2011
 Why is Papua unique?

Indonesia’s
~50% biodiversity
Supriatna, 1999; CI, 2000
 Fishes
count
Earth
34,300 species

Indonesia Freshwater fishes Marine fishes

4,854 species 1,243 3,611
14.24% world’s fishes
Freshwater Marine
Country Total
Order: 23 fish fishes
Family: 80 Australia 365 4643 5008
Genus: 324 Indonesia 1243 3611 4854
Hubert, Kadarusman et al., 2015
Brazil 3464 1226 4690
Filipina 346 3093 3439
China 1605 1809 3414
Amerika Serikat 965 2185 3150
Papua New Guinea 354 2581 2935
Meksiko 572 2111 2683
India 994 1668 2662
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
• Awalnya dikenal lewat fosil, dan dipercahaya
telah punah menjelang Cretaceous (66 mya)
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
• Awalnya dikenal lewat fosil, dan dipercahaya
telah punah menjelang Cretaceous (66 mya)
• Raut-rupa morfologinya adalah hasil evolusi
adaptatif yang panjang ca. 400 mya (Devonian)
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
• Awalnya dikenal lewat fosil, dan dipercahaya
telah punah menjelang Cretaceous (66 mya)
• Raut-rupa morfologinya adalah hasil evolusi
adaptatif yang panjang ca. 400 mya (Devonian)
• Nomenclatur Coelacanth diereksi dari latin
modern, Coelacanthus (hollow spine).
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
• Awalnya dikenal lewat fosil, dan dipercahaya
telah punah menjelang Cretaceous (66 mya)
• Raut-rupa morfologinya adalah hasil evolusi
adaptatif yang panjang ca. 400 mya (Devonian)
• Nomenclatur Coelacanth diereksi dari latin
modern, Coelacanthus (hollow spine).
• Evidensi kepurbaan: oldest lineage Sarcopterygii
(lobe-finned fish: rounded & fleshy lobed fins)
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
• Awalnya dikenal lewat fosil, dan dipercahaya
telah punah menjelang Cretaceous (66 mya)
• Raut-rupa morfologinya adalah hasil evolusi
adaptatif yang panjang ca. 400 mya (Devonian)
• Nomenclatur Coelacanth diereksi dari latin
modern, Coelacanthus (hollow spine).
• Evidensi kepurbaan: oldest lineage Sarcopterygii
(lobe-finned fish: rounded & fleshy lobed fins)
• Berkerabat dekat lungfish & tetrapod.
 Ikan Purba
Coelacanth
evolution
• Awalnya dikenal lewat fosil, dan dipercahaya
telah punah menjelang Cretaceous (66 mya)
• Raut-rupa morfologinya adalah hasil evolusi
adaptatif yang panjang ca. 400 mya (Devonian)
• Nomenclatur Coelacanth diereksi dari latin
modern, Coelacanthus (hollow spine).
• Evidensi kepurbaan: oldest lineage Sarcopterygii
(lobe-finned fish: rounded & fleshy lobed fins)
• Berkerabat dekat lungfish & tetrapod.
• Memiliki evolution rate yang sangat lambat.
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
• 1990-an: Fished 8 ekor/tahun (accidentally)
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
• 1990-an: Fished 8 ekor/tahun (accidentally)
• Menyukai gua-gua bawah laut (16-23 °C)
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
• 1990-an: Fished 8 ekor/tahun (accidentally)
• Menyukai gua-gua bawah laut (16-23 °C)
• Bersifat ovoviviparous dan monandrous, setia pada
pasangan, menghasilkan 25 anakan (pups) setelah
gestation period 13-15 bulan dalam kandungan.
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
• 1990-an: Fished 8 ekor/tahun (accidentally)
• Menyukai gua-gua bawah laut (16-23 °C)
• Bersifat ovoviviparous dan monandrous, setia pada
pasangan, menghasilkan 25 anakan (pups) setelah
gestation period 13-15 bulan dalam kandungan.
• Ukuran betina lebih besar > jantan, cloaca diitari
lipatan kulit halus. Eggs (19 dan 5 with yolks),
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
• 1990-an: Fished 8 ekor/tahun (accidentally)
• Menyukai gua-gua bawah laut (16-23 °C)
• Bersifat ovoviviparous dan monandrous, setia pada
pasangan, menghasilkan 25 anakan (pups) setelah
gestation period 13-15 bulan dalam kandungan.
• Ukuran betina lebih besar > jantan, cloaca diitari
lipatan kulit halus. Eggs (19 dan 5 with yolks),
• Feeding: Pasif, makan ikan dan cumi.
 Ikan Purba
Coelacanth
systema-biœkologi
• Dua spesies di planet bumi (Latimeria chalumnae
dan L. menadoensis: Latimeridae)
• Umum ditemukan pada kedalaman 90-200 m
(min: 50, max: 700 m). Umur: 80-100 tahun
• 1990-an: Fished 8 ekor/tahun (accidentally)
• Menyukai gua-gua bawah laut (16-23 °C)
• Bersifat ovoviviparous dan monandrous, setia pada
pasangan, menghasilkan 25 anakan (pups) setelah
gestation period 13-15 bulan dalam kandungan.
• Ukuran betina lebih besar > jantan, cloaca diitari
lipatan kulit halus. Eggs (19 dan 5 with yolks),
• Feeding: Pasif, makan ikan dan cumi.
• Not consumed fish: berminyak, pesin, asam.
 Ikan Purba
Geodistribution Coelacanth
 Ikan Purba
Geodistribution Coelacanth

Latimeria chalumnae

• Spesies pertama ditemukan Desember 1938 di

Afrika Selatan (oleh Marjorie Courtenay-
Latimer) dideskripsi sebagai new To Science,
Latimeria chalumnae, Smith, 1939.
 Ikan Purba
Geodistribution Coelacanth

Latimeria menadoensis

Latimeria chalumnae
> 11.,000 km

• Spesies pertama ditemukan Desember 1938 di • Spesies kedua ditemukan Sept. 1997 dan Juli
Afrika Selatan (oleh Marjorie Courtenay- 1998 di Manado (oleh Mark V. Erdmann)
Latimer) dideskripsi sebagai new To Science, dideskripsi sebagai new To Science, Latimeria
Latimeria chalumnae, Smith, 1939. menadoensis, Pouyaud et al., 1999.
Coelacanth Papua
 Coelacanth Papua

Populasi
Raja Ampat

• Populasi BIAK
Nop. 2010, tim LIPI-Aquamarine Fukushima
merekam 2 coelacanth (size >1 m) dengan
camera ROV di tenggara Biak, deep 210 m.
 Coelacanth Papua

Populasi
Raja Ampat

Populasi
Biak

• Populasi RAJA AMPAT

• Populasi BIAK
Nop. 2010, tim LIPI-Aquamarine Fukushima
merekam 2 coelacanth (size >1 m) dengan
camera ROV di tenggara Biak, deep 210 m.
• 1 Juli 2018: Terpancing tak sengaja (>100 m)
oleh Dava Santoso, di fillets dan dikonsumsi.
• T15 juni 2019: Terpancing (>60 m), oleh Yulius
Faidiban dan Yopi Mamoribo, spesimen utuh.
Karakter morfologi
Populasi Raja Ampat
Based on photograph specimen 2018
Karakter morfologi
Populasi Raja Ampat
Based on photograph specimen 2018

Panjang total (mm)

995,70 Total length (mm)

Tinggi badan
247,67 Body depth (mm)

Panjang kepala
124,31 Head length (mm)

Sisik barisan vertikal

18 Vertical scales
Metode dan analisis
Metode dan analisis
• Tissue specimen
• Sumber: Dava Santoso (tim pancing mania), Juli 2018

• Asal spesimen: Tenggara Waigeo, Raja Ampat

Metode dan analisis
• Tissue specimen
• Sumber: Dava Santoso (tim pancing mania), Juli 2018

• Asal spesimen: Tenggara Waigeo, Raja Ampat

• Ekstraksi DNA genomik

• Kit: ZR Tissue & Insect DNA MiniPrep (Zymo Research, D6016)

• Amplifikasi: 50% mitochondrial genome (control region D-

loop, 12S, 16S, ND1, ND2, dan COX1 complete)

• Primers: 12 set, program PCR see Kadarusman et al., 2019

• Purifikasi dan sequensing: Axil Scientific Pte Ltd., Singapore.

• Sequences deposit: NCBI GenBank (an: MK748470).

Metode dan analisis
• Tissue specimen
• Sumber: Dava Santoso (tim pancing mania), Juli 2018

• Asal spesimen: Tenggara Waigeo, Raja Ampat

• Ekstraksi DNA genomik

• Kit: ZR Tissue & Insect DNA MiniPrep (Zymo Research, D6016)

• Amplifikasi: 50% mitochondrial genome (control region D-

loop, 12S, 16S, ND1, ND2, dan COX1 complete)

• Primers: 12 set, program PCR see Kadarusman et al., 2019

• Purifikasi dan sequensing: Axil Scientific Pte Ltd., Singapore.

• Sequences deposit: NCBI GenBank (an: MK748470).

• Statistik
• Comparison: mitogenom Coel Manado vs. 25 Afrocoelacanth.

• Substitutions & Phylo tree: Phangorn R, bootstrap 1,000x

• ML analysis: Korelasi Sanderson

• Callibration: 3 points divergences (fi sh:Te; Rep:Amp; Rep:Mam)

• Posterior distribution: Markov chain Monte Carlo

• Inkorporasi data: bathymetric NOAA, ARGO Temp & salinity

• Program: R version 3.5.2 (except BEAST analysis)

Molecular
Divergence Seq: 8,164 bp mitogenome
rep. 49.6% (Coel-Manado:16,446 bp)
Molecular
Divergence Seq: 8,164 bp mitogenome
rep. 49.6% (Coel-Manado:16,446 bp)

1,80%
Between Indo-Coelacanths
MANADO (geodesic distance 750 km)
RAJA AMPAT Kadarusman et al., 2019
Molecular
Divergence Seq: 8,164 bp mitogenome
rep. 49.6% (Coel-Manado:16,446 bp)

1,80%
Between Indo-Coelacanths
MANADO (geodesic distance 750 km)
RAJA AMPAT Kadarusman et al., 2019
TANZANIA
MOZAMBIQUE

COMORO

0,04%
Between Afro-Coelacanths
Kadarusman et al., 2019
MADAGASCAR

SOUTH AFRICA
Molecular
Divergence Seq: 8,164 bp mitogenome
rep. 49.6% (Coel-Manado:16,446 bp)

1,80%
Between Indo-Coelacanths
MANADO (geodesic distance 750 km)
RAJA AMPAT Kadarusman et al., 2019
TANZANIA
MOZAMBIQUE

COMORO

0,04%
Between Afro-Coelacanths
Kadarusman et al., 2019
MADAGASCAR

SOUTH AFRICA
> 11.,000 km
Divergence 30-40 mya
(Inoue et al., 2005)
Relationship Datation
Relationship Datation
Electric fish

Sturgeons

Salamanders

Lizard

Non-human primates

Lungfish
Relationship Datation
Electric fish

Sturgeons

Salamanders

Lizard

Non-human primates

Lungfish

ca.13 mya
Between Indo-Coelacanths (ML)
mid-Miocene
Dispersal
Routes
 752 km

Dispersal
Routes
Bathymetry
Currents
 752 km

Dispersal
Routes
Bathymetry
Currents

Preferensi suhu
• Afro-coelacanth: 16-23oC

• Raja Ampat-coelacanth: 16-23oC (deep: 110-270 m)

(based on 25,724 recorded Temperature in north Papua)

 Rekontruksi histori-pengembaraan
Migrasi Coelacanth dari Afrika dimulai sejak awal terbentuknya Proto-kepulauan nusantara
 Rekontruksi histori-pengembaraan
Migrasi Coelacanth dari Afrika dimulai sejak awal terbentuknya Proto-kepulauan nusantara

30 Ma
Mid Oligocene
Birth of Indonesian archipelago

Ancestral
population
 Rekontruksi histori-pengembaraan
Migrasi Coelacanth dari Afrika dimulai sejak awal terbentuknya Proto-kepulauan nusantara

30 Ma 10 Ma
Mid Oligocene Late Miocene
Birth of Indonesian archipelago Beginning of population
fragmentation with tectonic
migration of Halmahera

Ancestral
population
 Rekontruksi histori-pengembaraan
Migrasi Coelacanth dari Afrika dimulai sejak awal terbentuknya Proto-kepulauan nusantara

30 Ma 10 Ma
Mid Oligocene Late Miocene
Birth of Indonesian archipelago Beginning of population
fragmentation with tectonic
migration of Halmahera

Ancestral
population

5 Ma
Early Pliocene
Tectonic migration of
Halmahera to its present
place and achievement of
populations separation
 Rekontruksi histori-pengembaraan
Migrasi Coelacanth dari Afrika dimulai sejak awal terbentuknya Proto-kepulauan nusantara

30 Ma 10 Ma
Mid Oligocene Late Miocene
Birth of Indonesian archipelago Beginning of population
fragmentation with tectonic
migration of Halmahera

Ancestral
population

5 Ma Present
Early Pliocene
Tectonic migration of
Halmahera to its present
place and achievement of
populations separation
Ancaman dan perlindungannya
Ancaman dan perlindungannya
• Current status (IUCN)
• Critically endangered: Latimeria chalumnae

• Vulnerable: Latimeria menadoensis (Dilindungi: PP No. 7/1999

(Lamp. rev.2: Permen LHK No 106/2018) & CITES App I.

Ancaman dan perlindungannya
• Current status (IUCN)
• Critically endangered: Latimeria chalumnae

• Vulnerable: Latimeria menadoensis (Dilindungi: PP No. 7/1999

(Lamp. rev.2: Permen LHK No 106/2018) & CITES App I.

• Ancaman
• Classical fishing (catch accidentally)

• Deep sea fishing (e.g oilfish), night fishing, deep 100-400 m

• Marine debris (macro, micro dan nanoplastik)

Ancaman dan perlindungannya
• Current status (IUCN)
• Critically endangered: Latimeria chalumnae

• Vulnerable: Latimeria menadoensis (Dilindungi: PP No. 7/1999

(Lamp. rev.2: Permen LHK No 106/2018) & CITES App I.

• Ancaman
• Classical fishing (catch accidentally)

• Deep sea fishing (e.g oilfish), night fishing, deep 100-400 m

• Marine debris (macro, micro dan nanoplastik)

• Perlindungan dan Pengelolaan

• Proteksi Area (Proposed Raja Ampat Coelacanth Marine Park)

• Dari Flagship to umbrella species

• Research center for Coelacanth: consortium multilembaga

• Tourism: Coel & me (Real time gallery: live video)

• Campaign: Prangko fileteli, uang negara, movie, games

Kesimpulan
Kesimpulan
Spesimen 1 Coel-Raja Ampat (2018)
• Tertangkap tak sengaja

• Memiliki perbedaan karakter genetis signifikan dengan

spesies nominal (L. chalumnae dan L. menadoensis)

• Karena ketiadaan spesimen utuh, alleged Latimeria

menadoensis (populasi Raja Ampat).

Kesimpulan
Spesimen 1 Coel-Raja Ampat (2018)
• Tertangkap tak sengaja

• Memiliki perbedaan karakter genetis signifikan dengan

spesies nominal (L. chalumnae dan L. menadoensis)

• Karena ketiadaan spesimen utuh, alleged Latimeria

menadoensis (populasi Raja Ampat).

Spesimen 2 Coel-Raja Ampat (2019)

• Tertangkap tidak sengaja dan saintis mendapatkan

spesimen utuh
• Analisis molekuler dan morfologi akan digelar dalam

waktu dekat, pasca badai Covid-19 berlalu.

• Potensi: flagship species untuk Papua dan Indonesia
 Brigif marinir Sorong, Papua Barat
Dava Santoso

Loka Pengelolaan SPL Sorong

Santoso Budi Widiarto
Gulam Arafat
Ferliana Widyasari

Persantunan Politeknik KP Sorong

Endang Gunaisah
Saidin
Intanurfemi B Hismayasari

Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia

Hagi Yulia Sugeha

Institut de recherche pour le développement

Laurent Pouyaud
Emmanuel paradis
Regis Hocde

Universite de Montpellier
David Mouillot

Pemda Kabupaten Raja Ampat

Abdul Faris Umlati
Yusdi Lamatenggo
Marthen LR Bartholomeus 
TERIMAKASIH