Ema Damayanti, M.

Biotech
Peneliti Bahan Alam dan Farmasi, BPTBA LIPI

Peran Mikroorganisme
dalam Mendukung
Kesehatan Manusia
Ngaji Teknologi 5
Gunungkidul 9 Oktober 2020
Point Paparan:

• Tiga domain kehidupan

• Kelompok mikroorganisme
• Sejarah penemuan mikrob
• Peran mikrob pada kehidupan manusia
• Mikrob pada penyakit manusia
• Peran penting mikrob pada Kesehatan manusia
• Microbial Drug discovery
Three Domain of Life

Microorganisme sangat
beragam, ditemukan pada
ketiga domain organisme
hidup: Archaea, Bacteria,
and Eukarya

Lingkup mikrob:
• Bacteria
• Archaea
• Protozoa
• Algae
• Fungi
• Viruses
• multicellular animal
parasites (helminths)
Kelompok Mikroorganisme

• Prokariotik: Archaea dan bacteria, tidak memiliki membrane nucleus. Archaea

berbeda dari bacteria dari sisi evolusi, genetic, jalur metabolism, dinding sel
dan komposisi membran
• Eukaryotes: algae (uniseluler, multiseluler), protozoa, fungi, helminths.
• Protozoa: organisms uniseluler, dinding sel kompleks, motil (Sebagian besar)
• Fungi mikroskopis: termasuk kapang (molds) dan khamir (yeasts)
• Helminths: multicellular parasitic worms. Dimasukkan ke dalam lingkup
mikrobiologi karena ukuran telur dan larva yang mikroskopik
• Viruses: microorganism aseluler yang membutuhkan inang untuk hidup
 Mikroorganisme dan Manusia

• Penemuan mikroskop 1665-83 oleh Robert Hooke and Antoni van

Leeuwenhoek
• Micrographia (1665): Hooke mempublikasikan jamur mikro Mucor
dan Leeuwenhoek mengamati protozoa dan bakteri (perbesaran 25-
250x)
• Spallanzani abad ke 18 dan Pasteur abad ke 19 mengkultur bakteri
penyebab penyakit pada manusia dengan medium cair
• Robert Koch abad 19 menumbuhkan bakteri pada medium padat
(gelatin, agar) → muncul fenomena unculturable / culturable
microbes
• Hanya <2% mikrob di bumi yang dapat ditumbuhkan di
Laboratorium
https://www.google.com/url?sa=i&url=https%3A%2F%2Fwww.alamy.com%2Fstock-photo%2Fmicrobes-historical.html&psig=AOvVaw2JJxRXq6UQ9lmxNLf7SN9g&ust=1602269073301000&source=images&cd=vfe&ved=2ahUKEwix_O3I06XsAhVj0nMBHTV2CtUQjhx6BAgAEBI
 Peran Mikrob pada
Kehidupan Manusia
• Produk pangan (makanan fermentasi,
minuman dll)
• Farmasi (suplemen, obat, enzim, deliveri
vaksin)
• Pertanian organik (biofertilizer: nitrogen
fixation, growth promoters, agen
biokontrol penyakit tanaman)
• Peternakan (aditif pakan, sumber enzim,
silase)
• Energi (biofuel, microbial fuel cell)
• Lingkungan (intrinsic bioremediation,
biobleacing heavy metals, composting
• Industri (katalis, biotransformasi fine
chemicals, bioplastik)

https://www.ceplas.eu/en/discover/planters-punch/2015/bacteria-diverse-applications-as-
microbial-cell-factories/
Lactic acid bacteria — promising vaccine vectors: possibilities, limitations, doubts

Food‐grade vaksin berbasis

bakteri asam laktat pada
mukosa menstimulasi antigen
presentation M‐cells (M) dan
dendritic cells (DC) pada
intestin.
Lymphocytes menginduksi
reaksi adaptif yang melibatkan
produksi IgA dan IgG dan
rekrutmen cytotoxic cells. [Colour
figure can be viewed at wileyonlinelibrary.com]

Journal of Applied Microbiology, Volume: 123, Issue: 2, Pages: 325-339, First published: 10 March 2017, DOI: (10.1111/jam.13446)
Mikrob untuk Kesehatan Manusia
• Memengaruhi fisiologi inang (manusia).
• Triliunan mikrob tubuh manusia: bakteri, archaea, virus, dan
mikroba eukariotik.
• Setidaknya 1000 spesies berbeda (yang diketahui)
• Gen mikroba 150x lebih banyak dari seluruh genom manusia
• Komposisi dan fungsi ditentukan lokasi, usia, jenis kelamin,
ras, dan makanan → identitas
• Hanya 50% mikrob oral atau bagian lain pada manusia yang
dapat dikultur
• Sebagian kecil mikrob penyebab penyakit dapat dikultur
• Mencegah kolonisasi patogen “barrier function”
• Berperan signifikan pada pertumbuhan, imunitas
• Menetralisir potensi toksin dari makanan.
• Sekitar 10^14 mikrob berada di kolon, lokasi paling beragam
 Mikrobiota pada Penyakit
Manusia (Wang et al. 2017)

➢ Penyakit infeksi
• Clostridium difficile: over AB, diare
• Helicobacter pylori :peradangan sal. cerna, lambung,
• Bacterial vaginosis: pasca melahirkan, transmisi seksual
• Infeksi HIV: ketidakseimbangan microbiota sal cerna
(dysbiosis), infeksi Prevotella bivia, Gardnerella
➢ Penyakit liver: Veillonella, Streptococcus, and Clostridium produksi endotoxin,
mempengaruhi kerja liver
➢ Kanker saluran cerna
• Gastric cancer: 660 000 kasus karena H. pylori
• Colorectal cancer: over Pseudomonas, Helicobacter, and Acinetobacter,
• Esophageal cancer: H. pylori
➢ Gangguan metabolisme
• Obesitas: dysbiosis, deposit lemak
• Type 2 diabetes: resistensi insulin spesies Prevotella,
Bacterodies
➢ Penyakit lain: allergi, penyakit kejiwaan
 Produk Bioaktif dari Mikrob
(Pham et al., 2019)

• Antibiotic: penicillin, tetracyclines, vancomycin

• Antifungal: nystatin, ieodoglucomide C
• Anticancer: actinomycin, bleomycin, daunorubicin
• Immunosuppressive: rapamycin, tacrolimus,
• Anti-inflammatory agents: FK506, strepsesquitriol
• Biofilm Inhibitory agents: 5-benzylidene-4-oxazolidinones,
cahuitamycins A-C
• Antiparasit: avermectin, ivermectin
• Insectisida: Spinosad and milbemyci
• Antiplasmodium, Antimalaria: Mollemycin A 20
• Enzyme inhibitor: lipstatin pancreatic lipase inhibitor
dari Streptomyces toxytricini untuk obesity dan diabetes
melalui absorpsi lemak di GIT

Streptomyces & Bakteri asam laktat

Front. Microbiol., 20 June 2019 | https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01404
 Genus
Streptomyces

• Bakteri Streptomyces merupakan sumber

utama kandidat obat-obatan komersial dan
antibiotic (80%)
• Ukuran genom besar 6.2 Mb - 12.7 Mb
• 5% genom Streptomyces digunakan untuk
sintesis metabolit sekunder
• Jumlah metabolit sekunder Streptomyces
sangat banyak dan beragam --- database
bisa diakses
• Teknik genome mining techniques dapat
mengidentifikasi biosynthetic gene clusters
(BGC) dan memprediksi struktur molekul
senyawa

braz j infect dis.2012;16(5):466–471

Anotasi genom dengan RAST (rapid annotation using subsystem technology) server (Aziz et al. 2008; Overbeek
et al. 2014), available online at https://rast.nmpdr.org/. (accessed July 28, 2020).

Streptomyces sp. GMR22 genome size 11,420,050 bp (number of contigs 69), GC content 71.3, number of
subsystems 377, number of coding sequences 9663 and number RNAs 74.
 Biosynthetic gene clusters (BGC) pada Streptomyces

Distribusi filogenetik 34
kelompok utama BGCs
pada 1.107
Streptomyces genomes.
BGCs diidentifikasi
dengan antiSMASH.

Scientific Reports volume 10, Article number: 2003 (2020)

Antibiotic drug discovery

Microbial
Drug
Discovery

Microbial Biotechnology, Volume: 9, Issue: 5, Pages: 541-548, First published: 29 July 2016, DOI: (10.1111/1751-7915.12388)
 New Spesies → Identifikasi
Identitas ?
KTP ?

PCR, PCR
Makroskopik Mikroskopik Biokimia Molekuler Sekuensing,
WGS dll

Dark field, SEM,

TEM, inverted
mikroskop, CLSM • Tradisional: API, vitek, Biolog
• Mass spectrometry: GC, LC, MALDI TOF, ESI
• Spectrometry: FTIR, Raman spectroscopy
Genome Mining

Indentifikasi senyawa
berdasarkan kemiripan
kelompok gen-gen pengkode
sekelompok enzim (protein)
yang mensintesis metabolit
sekunder dari genom mikrob
yang kita miliki terhadap
genom mikrob pada database

Tingkat kemiripan 1 – 100%

Jika tidak ada yang sama

dikategorikan
unknown/unfound
Analisis Genome Mining Bakteri Tanah Streptomyces GMR22(11,4 Mbp)
Genome Mining analysis bakteri laut Streptomyces sp. GMY01
(7,9 Mbp)
 Region BGC
Informasi core gene
dkk

Similarity BGC
Informasi BGC database
Informasi senyawa

Similarity dengan known BGC

 Mikrob
Habitat Metabolit Aktivitas
Indigenous

Microbial Culture collection: Modifikasi:

• ATCC (Amerika) - Proses fermentasi
• InaCC (LIPI, Indonesia) - Media tumbuh (sumber C)
• FNCC (UGM, Indonesia) - Rekayasa genetik
• NBRC (Jepang)

Terdaftar di Word Federation of culture

collection di http://www.wdcm.org/ Konfirmasi/validasi metode uji:
• Mikrob target, cells line, berasal
dari Culture Collection
Cells line Culture Collection:
• ATCC
• Galur tikus jelas, pakan standard
• ECACC • Kemungkinan potensi lain sebagai
obat
Quinn et al., Journal of Medical Microbiology 2020;69:1040–1048 DOI 10.1099/jmm.0.001232
Journal update: Streptomyces from traditional medicine: sources of new
innovations in antibiotic discovery
• Streptomyces from
traditional medicinal
plants
• Streptomyces -linked
traditional medicine
from invertebrates
• Sponges
• Caves
• Streptomyces from
traditional soil-based
medicine
Asosiasi Streptomyces dan traditional
medicine (TM)
• Stress lingkungan atau ekstrim
memicu silent cluster untuk produksi
antibiotic
• Co-cultivation: TM mengandung
banyak Streptomyces, kompetisi
• Multiple antibiotic therapy: campuran
Streptomyces memproduksi banyak
metabolit. peluang kombinasi
senyawa
• Stimulasi media tumbuh: TM
mengandung original substrat dan
komposisi kimia yang kompleks
 • Mikrobiologi cakupannya luas, dapat diterapkan pada berbagai bidang
• Peluang kerjasama riset semakin terbuka (era bioteknologi)
• Kemajuan teknologi mendorong akses penggunaan fasilitas riset makin
Catatan Penutup: terbuka
• Aspek Genomik: kemudahan akses akan teknologi whole genome
Peluang dan sekuensing

Tantangan Riset • Database mikrob, genom dan metabolit terkoneksi dan open access
• Deposit mikrob di culture collection (jika memungkinan >1 negara),
Produk Bahan menjamin keamanan pemanfaatan

Alam dari Mikrob • Kerusakan lingkungan dan biodiversitas berpotensi kehilangan mikrob
indigenous potensial sebelum dapat dikultur
• Potensi produk/senyawa baru dari extremophile microbes
• Perubahan pola hidup dan budaya masyarakat mempengaruhi peluang
ditemukannya mikrob indigenous
• Tingkat keberhasilan pemanfaatan riset obat dari mikrob sampai ke
tahap aplikasi masih rendah: tahap in vitro, in silico, in vivo, uji klinis fase
1,2,3 dan 4
email: ema.damayanti@lipi.go.id