Distribusi Temporal dan Spasial dari Komunitas Mikroba Winogradsky Kolom

Sedimen dan tanah diketahui mengandung keanekaragaman dan kelimpahan

mikroorganisme yang luar biasa dan beberapa penelitian tealah dilakukan untuk menyelidiki
faktor-faktor yang mempengaruhi dan mempertahankan keanekaragaman mikroba yang tinggi.
Kolom winogradsky merupakan kultur yang 'diperkaya', biasanya dibuat dengan mengisi silinder
transparan dengan tanah atau sedimen dan diinkubasi dalam cahaya. Seiring berjalannya waktu,
aktivitas mikroba dan abiotik menghasilkan gradien kimia dan lingkungan dari atas ke bawah,
dari permukaan ke bagian dalam kolom, menghasilkan relung yang beragam untuk pertumbuhan
mikroba. Kolom Winogradsky umumnya digunakan untuk melakukan pengamatan keragaman
metabolik mikroba, bioremediasi dan pembentukan biohidrogen. Kolom Winogradsky juga dapat
menjadi model ekosistem mikroba yang berguna untuk mempelajari lingkungan pengaruh pada
struktur dan dinamika komunitas mikroba, sebagai komunitas yang kompleks dapat dipelihara
atau dimanipulasi dalam kondisi laboratorium dalam pengawasan. Struktur komunitas
bergantung pada sumber sedimen dan kedalaman dalam kolom, dan mikroba di dalamnya
memainkan peran pentng dalam Winogradsky kolom ini
Sedimen diayak melalui ayakan untuk menghilangkan batu dan puing-puing besar
lainnya. Sedimen yang diperkaya dibuat dengan menambahkan 4, 5 g serasah daun kering, 5 g
CaSO4, dan 5 g CaCO2 per 100 ml sedimen. Kolom akrilik (diameter 5,5 cm, tinggi 18 cm,
Carolina Biologicals) diisi hingga kedalaman 4 cm dengan sedimen yang diperkaya, kemudian
diisi hingga sekitar 12 cm dengan sedimen yang tidak diperkaya, masing-masing membentuk
lapisan bawah dan atas, untuk membantu pembentukan gradien sulfida yang lebih curam di
dalam kolom. Bagian atas setiap kolom ditutup dengan bungkus plastik yang diikat dengan karet
gelang.
Dua kolom tambahan dibungkus dengan aluminium foil untuk digunakan sebagai kolom
"gelap" yang diinkubasi tanpa cahaya. Kolom yang terbungkus foil diinkubasi selama 60 hari
dalam inkubator yang sama. Setelah dilakukan pengamatan, didapatkan hasil perubahan paling
signifikan di kolom Winogradsky terjadi di lapisan permukaan.
Komunitas permukaan terdiri dari bakteri yang beragam secara metabolik dan struktural.
Cyanobacteria fotosintetik mendominasi sekitar 40% permukaan bawah dan 25% dari
permukaan atas. Alphaproteobacteria, termasuk Erythrobacteraceae dan Rhodobacter
turut mendominasi. Erythrobacter adalah fototrof anoksigenik mengandung bakterioklorofil a,
memberikan warna merah-oranye. Spesies Rhodobacter, bagian dari kelompok tradisional
bakteri ungu, secara metabolik beragam; mereka mampu melakukan fototrofi, respirasi aerobik
dan anaerobik, fermentasi dan nitrogen fiksasi. Pengayaan lapisan bawah sedimen dengan
kalsium sulfat meningkatkan produksi H2S oleh pereduksi sulfat dan dapat mendorong
penggunaan fotosintesis anoksigenik. Selanjutnya, gradien kimia yang curam telah diamati
dengan jarak yang cukup jauh dari bagian yang kaya akan Cyanobacterial, hal ini menunjukkan
bahwa biofilm permukaan kolom Winogradsky mungkin juga memiliki lingkungan mikro yang
memungkinkan interaksi antara organisme dengan beragam kebutuhan metabolisme.
Kolom Winogradsky adalah ekosistem mikroba unik yang memiliki beberapa keunggulan
untuk digunakan sebagai sistem model untuk mempelajari dinamika, interaksi, dan
keanekaragaman mikroba dan virus. Kolom Winogradsky membentuk komunitas yang dapat
direproduksi, yang dapat dipertahankan dan dimanipulasi dalam kondisi terkendali.
Pembentukan gradien berdasarkan waktu dan ruang (atas ke bawah dan permukaan ke interior)
memberikan peluang unik untuk mengevaluasi perkembangan, perubahan, dan respons
komunitas mikroba terhadap lingkungan variabel.
Esteban, D. J., B. Hysa dan C. B. Bartow-Mckenney. Distribusi temporal dan spasial dari
komunitas mikroba winogradsky kolom. PLos ONE 10(8): 1-21
 Komunitas Mikroba Tanah dan Interaksinya dengan Unsur Karbon Tanah serta Dinamika
Nitrogen pasca Aforestasi di Cina

Sejumlah penelitian telah meneliti pengaruh aforestasi pada karbon tanah dan ukuran
kolam nitrogen dan dekomposisi mikroba, tetapi hanya penelitian terbatas yang mencoba untuk
mengeksplorasi interaksi mikroba dengan kandungan C dan N tanah selama aforestasi. Interaksi
mikroba dengan C dan N tanah dapat dipengaruhi oleh aforestasi terutama dengan mengubah
kuantitas dan kualitas serasah dan sifat tanah seperti suhu, kelembaban, dan pH tanah. Reboisasi
biasanya meningkatkan masukan C tanah melalui eksudasi akar tanaman dan produksi serasah,
yang dapat merangsang dekomposisi mikroba dari organik tanah C. Respon mikroba terhadap
peningkatan ketersediaan substrat selama aforestasi ini telah diamati dan menunjukkan pola yang
sangat bervariasi karena spesies tanaman yang beragam.dan sifat tanah.
Dalam studi ini, dilakukan pengamtan pada struktur komunitas mikroba tanah dan
biomassa, dinamika C dan N tanah, ciri-ciri tumbuhan dan sifat tanah dan lahan tanam yang
berdekatan. Serta dilakukan perhitungan pada MBC (Microbial Biomass Carbon), SOC (Soil
Orgnic Carbon), MBN (Microbial Biomass NItrogen) TN (Total Nitrogen), rasio jamur
danbakteri (F: B) dan interaksi mikroba yang dinilai dinamika tanah C dan N. Tujuan utama dari
studi ini adalah untuk menguji: 1) dampak aforestasi selama 15 tahun (yaitu, penciptaan hutan
tanaman dan semak belukar) di atas tanah mikroba C dan N biomassa dan komunitas mikroba
(bakteri, jamur, rasio F: B); dan 2) hubungan sifat mikroba dengan faktor biotik (serasah, akar
halus, SOC, TN dan N anorganik), faktor abiotik (suhu tanah, kelembaban dan pH), dan proses
biologis utama (respirasi mikroba basal, qCO2, tingkat mineralisasi dan nitrifikasi N bersih).
Ketinggian stasiun yang digunakan untuk pengamatan sekitar 280-400 m, terletak di zona
subtropis utara dan memiliki iklim monsun subtropis, dengan suhu rata-rata tahunan 15,7 ° C dan
rata-rata bulanan 27,3 ° C. Tanah tersebut merupakan tanah berwarna kuning kecoklatan yang
terdiri dari 11% pasir, 41% lanau, dan 48% lempung pada bagian atas 30 cm. Kegiatan manusia
seperti penggundulan hutan dan pengolahan tanah di sekitar waduk telah mengakibatkan erosi
tanah, pencemaran air dan hilangnya C dan N tanah di wilayah tersebut. Rancangan percobaan
adalah Rancangan Acak Kelompok Lengkap dengan tiga blok. Jarak antara ketiga lokasi
tersebut kurang lebih 1 km. Tiga tipe lahan yang berdekatan - hutan, semak, dan lahan pertanian
- dimasukkan di setiap lokasi. Survei tanah dan vegetasi yang komprehensif dilakukan untuk
memastikan perbandingan plot pengambilan sampel tanah di antara ketiga tipe lahan. Baik MBC
dan MBN menunjukkan variasi musim yang kuat di ketiga jenis penggunaan lahan, dengan nilai
yang lebih tinggi di musim panas.
Tanah diambil sampelnya dari setiap jenis tanah di setiap lokasi. Sampel tanah dari tiap
sub plot menggunakan silinder tanah stainless steel berdiameter 5 cm. Dalam setiap bulan, total
15 sampel tanah dikumpulkan untuk mewakili setiap jenis penggunaan lahan, dengan total 45
sampel untuk ketiga jenis penggunaan lahan. Bahan tanaman dalam sampel tanah dihilangkan
secara manual dengan tang, dan kemudian semua sampel tanah yang terkumpul diangkut ke
laboratorium di atas es dan disimpan di lemari es pada suhu 4°C sebelum dianalisis. Dalam
lapisan 0-10 cm, suhu tanah diukur dengan probe suhu, sedangkan kelembaban tanah diukur
melalui reflektometri domain waktu selama setiap periode inkubasi. Sampel tanah tambahan
dikumpulkan dan digunakan untuk pengukuran total N dan SOC tanah. Sampel tanah diolah
dengan HCl 1 N selama 24 jam pada suhu kamar untuk menghilangkan C anorganik yang ada
untuk pengukuran SOC. Sub-sampel tanah yang tidak diberi perlakuan HCl dianalisis untuk
menghitung N. total tanah. Sampel tanah yang diberi perlakuan HCl dan yang tidak diberi
perlakuan HCl dilakukan pengukuran dengan menggunakan alat analisis elemen.
MBC dan MBN secara signifikan lebih tinggi di tanah yang dihutankan daripada di tanah
pertanian, tetapi tidak berbeda secara signifikan antara hutan dan semak kecuali di musim dingin
bulan Desember dan Januari. Untuk MBC dan MBN, tidak ada efek interaktif yang signifikan
dari jenis penggunaan lahan dan musim yang ditemukan. Rasio MBC: SOC secara signifikan
lebih rendah di tanah yang dihutankan daripada di tanah pertanian tanpa perbedaan yang
signifikan antara hutan dan semak, tetapi rasio MBN: TN menunjukkan tren yang berlawanan.
Respirasi mikroba dasar dan qCO2 menurun dari hutan ke semak dan ke lahan pertanian.
Total PLFA lebih tinggi di tanah aforestasi dibandingkan dengan tanah pertanian dengan tidak
ada perbedaan yang signifikan antara hutan dan semak. PLFA bakteri dan jamur menyumbang
lebih dari 80% dari total PLFA di ketiga jenis penggunaan lahan. PLFA bakteri dan jamur serta
rasio F: B menunjukkan pola yang sama dengan nilai yang lebih tinggi di tanah yang dihutankan
daripada di tanah pertanian.
Dari hasil pengamatan dapat disimpulkan, bahwa tanah yang pada aforestrasi memiliki
biomassa mikroba (MBC) yang lebih tinggi dan kecerdasan mikroba yang lebih rendah (Rasio
MBC: SOC). Penurunan hasil bagi mikroba (BMC: rasio SOC) di tanah dilakukan aforestasi
kemungkinan besar disebabkan oleh masukan serasah berkualitas rendah. Peningkatan masukan
serasah dan perubahan bentuk N anorganik setelah penghijauan secara signifikan mempengaruhi
MBN dan rasionya terhadap TN, yang di belokan akan menguntungkan N (terutama NH4 +)
retensi di aforestasi tanah. Reboisasi mengubah struktur komunitas mikroba dengan peningkatan
dalam rasio F: B, dikaitkan dengan kombinasi faktor-faktor termasuk rasio C: N yang lebih
tinggi dalam serasah, dan pergeseran tanah membentuk N anorganik, air dan pH. Pergeseran
biomassa mikroba dan struktur komunitas mungkin dikaitkan dengan respirasi mikroba basal
berkurang, qCO2, N bersih mineralisasi dan potensi nitrifikasi, dan total N anorganik
keseluruhan, Studi ini menemukan adanya pergeseran biomassa mikroba tanah dan struktur
komunitas mengikuti aforestasi, dan menunjukkan mekanisme potensial untuk interaksi mikroba
dengan dinamika C dan N tanah. Ini mungkin signifikan implikasi untuk akumulasi C jangka
panjang dan berkelanjutan pengembangan ekosistem aforestasi, dan untuk peningkatan potensi
kualitas air di Waduk.
Qi, D., C. Xiaoli, H. H. Dafeng, Z. Qian, L. Ming dan Z. Quanfa. 2015. Komunitas mikroba
tanah dan interaksinya dengan unsur karbon tanah serta dinamika nitrogen pasca
aforestasi di Cina. Science of the Total Environment. 541:230-237
 Mildew Fungi dan sarangnya dalam rayap (Reticulitermes lucifugus)

Pada tahun 2010, divisi Wood Protection dari Faculty of Wood Technology WULS,
melakukan serangkaian test degradasi pada kayu domestik dan eksotis oleh rayap Eropa
Reticulitermes lucifugus (Rossi) namun, sampel rayap ini terinfeksi mildew fungi yang
berkembang di dalamnya dan menyebabkan kepunahan. Oleh karena itu dilaksanakan penelitian
ini untuk mengetahui spesies jamur yang menyebabkan kematian dan identifikasi
mikroorganisme yang hidup dalam tubuh rayap. Umumnya, rayap tidak memiliki enzim untuk
mencerna makanannya yang kaya akan selulosa maupun hemiselulosa, pencernaan polisakarida
ini dilakukan oleh mikroorganisme yang hidup dalam sistem pencernaan rayap. Beberapa jamur
yang ditemukan antara lain: Alternaria alternata (Fr) Keissel, Paecilomyces fusisporus
(Saksena), dan Rhizopus stolonifer. Selain memberi respon pofitif, simbiosis rayap dan jamur
yang hidup didalamnya juga bisa merugikan, misalnya Metarhizium anisopliae, hifanya
mengandung endoprotease yang berfungsi sebagai fungal adhesin (protein pad permukaan sel
jamur yang memungkinkan kolonisasi pada inang) yang menyerang kutikula inang. metodologi
penelitian denganmenyiapkan 80 buah gelas beker dengan 250 rayap pada tiap gelas beker.
Sampel yang digunakan berupa domestic wood antara lain: Pinus sylvestris dan Quercus robur
sedangkan pada exotic wood antara lain Hopea pieeri (Hanse) dan Erythrophleum fordii (Oliver)
. Sampel miselium dan spora mould fungi diperoleh dari annual rings dari kayu. Materi biologi
diinkubasi pada nutrien agar 27C. Kultur murni jamur diperoleh dari inokulasi pada MEA (Malt
Extract Agar) dalam cawan petri. Setelah inkubasi, dilakukan makroskopik dan morfologi
mikroskopis menggunakan mikroskop 40 x dilakukan untuk mengidentifikasi jamur.
Pada hasil pengamatan didapt mold fungi antara lain: Penicylium verucosum, Mucor
himeralis, Trichoderma viride, Aspergillus (A. ustus atau A. flavus), Rhizopus sp., Paecilomyces
sp. dan Alternaria sp. jamur. Beberapa spesies jamur ditemukan dapta mengahsilkan komponen
toksik. Microtoxin diproduksi oleh jamur Altenaria sp. beberapa serangga ditemukan mati
ditumbuhi hifa dari jamur ini, atau pada Aspergillus falvus, ditemukan senyawa aflatoxin yang
menyebabkan probabilitas kematian tinggi
Kemunculan mould fungi di koloni uji yang diisolasi bisa disebabkan oleh masuknya
rayap yang sudah terinfeksi patogen. Kemungkinan rayap menginfeksi lingkungan yang steril
dengan spora yang menempel pada kutikula tidak dapat dikesampingkan. Di koloni uji spesies
berikut ditemukan: Trichoderma viride, Mucor himeralis (Wehmer), Rhizopus nigricans
(Ehrenberg) dan Aspergillus sp. pada sampel domestic maupun exotic wood, dapat ditemukan
koloni T. viride, Aspergillus flavus, Alternaria sp., P. verucosum dan Fusarium sp. Uji koloni
yang mengandung sampel bahan berbasis kayu menunjukkan spesies berikut: T. viride, M.
himeralis, R. nigricans dan Aspergillus sp. Spesies yang paling sering ditemukan adalah T.
viride dan Aspergillus sp. jamur. Jamur ini ada di sarang utama; koloni mungkin terinfeksi oleh
serangga.
Wojcik, A dan B. Andreas. 2015. Mildew fungi found in termites (Reticulitermes lucifugus) and
their nests. Journal of Entomological and Acarological Research 47:2184