MAKALAH BIOKIMIA

ASAM NUKLEAT

OLEH

KELOMPOK : IV

1. ULFIYAH : 191051301008
2. FITRIYANI : 191051301040
3. YUDININGSIH : 191051301050
4. INDRA PRATAMA ALI AMAN : 191051301047

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

PROGRAM PASCA SARJANA UNIVERSITAS NEGERI MAKASSAR (UNM)

2019

ii
 KATA PENGANTAR

ّ ‫الحمد هلل‬
‫ أ ّما بعد‬.‫رب العالمين والصالة والسالم على اشرف األنبيآء والمرسلين سيّدنا مح ّمد وعلى آله واصحابه أجمعين‬
Puji syukur kita haturkan kehadirat Allah SWT, atas rahmat-Nya maka
penyusun dapat menyelesaikan makalah ini dengan judul “Asam Nukleat” yang
merupakan tugas dari mata kuliah Biokimia.
Shalawat serta salam kami tunjukan kapada Rasul kita Nabi Muhammad
SAW yang telah memberikan pencerahan kepada kita dengan agama rahmatan lil
alamin agama Islam.
Dengan selesainya penulisan makalah ini tidak lepas dari bantuan serta
dukungan dari semua pihak baik moril ataupun materil sehingga makalah ini dapat
terselesai dengan baik. Dan semoga makalah ini dapat memberikan manfaat kepada
kita semua terlebih-lebih bagi kelompok kami yang mengerjakan makalah ini.
Dalam penyusunan makalah ini, penyusun merasa masih banyak kekurangan-
kekurangan baik pada teknik penulisan maupun materi, mengingat akan kemampuan
yang dimiliki penyusun. Penyusun menerima saran dan kritik yang bersifat
membangun dan dapat lebih menyempurnakan makalah ini. Semoga Allah SWT
senantiasa memberikan hidayah-Nya, Amin.

Makassar, 27 September 2019

2
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR i
DAFTAR ISI ii
BAB I PENDAHULUAN

A. Latar Belakang 1

B. Rumusan Masalah 2

C. Tujuan 2

BAB II PEMBAHASAN

A. Pengertian Asam Nukleat 3

B. Funsi Asam Nukleat 4

C. Struktur Asam Nukleat 5
D. Nukleosida, Nuklelotida, dan Polinukleotida 8
E. Metabolisme Asam Nukleat 14
F. DNA 15
G. RNA 21
BAB III PENUTUP

A. Kesimpulan 28
B. Saran 29

DAFTAR PUSTAKA 30

ii
 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Tubuh manusia tersusun atas berbagai macam senyawa organik salah satunya
adalah apa yang kita kenal sebagai Asam Nukleat. Asam Nukleat terdapat didalam
inti sel, hal ini mengindikasikan pentingnya Asam Nukleat dalam menopang seluruh
proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya, memang kode genetik yang
tesimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat protein.
Berawal pada tahun 1868, Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang
mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,
dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada
nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer
dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein.
Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan
dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa
tetapi tidak larut dalam asam. kemudian zat ini dinamakan “nuclein” sekarang dikenal
dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan
salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal.
Asam nukleat utama dalam inti sel adalah DNA yang memiliki gula pentosa
deoksiribonukleat sebagai salah satu konstituen kimianya. Kini DNA diketahui
sebagai materi genetik. Tipe lain asam nukleat adalah RNA yang memiliki ribosa
sebagai konstituen kimianya. RNA berperan utama dalam transmisi informasi genetik
dari DNA menjadi protein.
DNA di dalam setiap sel yang kita miliki, dikemas sedemikian rupa dengan
protein yang disebut protein protein histon. DNA yang dikemas dengan protein histon
disebut nukleosom. Rangkaian nukleosom disebut kromatin, kemudian rangkaian
kromatin dikenal dengan kromosom. Secara singkat, bila kita urutkan, unsur paling
kecil adalah gen dan yang paling rumit adalah kromosom.

1
B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang diatas maka penulis dapat merumuskan beberapa
masalah yang akan dibahas selanjutnya. Adapun rumusan masalah tersebut adalah:
1. Apa yang dimaksud dengan asam nukleat?
2. Apa fungsi asam nukleat?
3. Bagaimana struktur dan komponen penyusun asam nukleat?
4. Apa yang dimaksud dengan nukleosida, nukleotida, dan polinukleotida?
5. Bagaimana metabolisme asam nukleat?
6. Apa yang dimaksud dengan DNA?
7. Bagaimana struktur DNA?
8. Bagaimana proses replikasi DNA?
9. Apa yang dimaksud dengan RNA?
10. Bagaimana struktur RNA?
11. Bagaimana proses replikasi RNA?
C. Tujuan
Sejalan dengan latar belakang dan rumusan masalah diatas, adapun tujuan
yang ingin dicapai adalah sebagai berikut:
1. Untuk mengetahui pengertian asam nukleat.
2. Untuk mengetahui struktur dan komponen penyusun asam nukleat.
3. Untuk mengetahui fungsi asam nukleat.
4. Untuk mengetahui pengertian nukleosida, nukleotida, dan polinukleotida.
5. Untuk menjelaskan proses metabolisme asam nukleat.
6. Untuk mengetahui pengertian DNA.
7. Untuk mengetahui struktur DNA.
8. Untuk menjelaskan proses replikasi DNA.
9. Untuk mengetahui pengertian RNA.
10. Untuk mengetahui struktur RNA.
11. Untuk menjelaskan proses replikasi RNA.

2
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat (nucleic acid) adalah makromolekul biokimia yang kompleks,
berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung
informasi genetik. Asam nukleat dinamakan demikian karena sifat molekulnya yaitu
asam dan keberadaan umumnya di dalam inti sel (nukleus).
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat
penting dalam biosintesis protein. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan
protein ini disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer
seperti protein, tetapi yang menjadi monomer bukan asam amino, melainkan
nukleotida.
Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang
tersusun dari monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan
fosfodiester. Fungsi utama asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetik. Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel anak
melalui proses replikasi.
Asam nukleat adalah biopolimer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya yaitu mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer materi genetik, kemudian
menerjemahkan informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi
masing-masing sel. Mononukleotida tersusun dari 3 molekul yaitu gugus phosphat,
gula 5 karbon, dan basa nitrogen.
Sel memiliki dua jenis asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat
(deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic acid/RNA). Asam
nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida, disebut asam
deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri-dari unit-unit ribonukleaotida disebut
asam ribonukleaotida (RNA).

3
 Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu
gabungan antara asam nukleat dengan protein, misalnya pada DNA dan RNA yang
merupakan anion pada umumnya terikat pada protein yang mempunyai sifat basa,
contoh DNA dalam inti sel terikat pada histon.
Untuk memperoleh asam nukleat dari jaringan-jaringan tersebut, dapat
dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu menggunakan larutan
garam 1 M. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan atau dipecah menjadi
protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali
secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan mengendapkan
protein.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan
enzim pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan
asam triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein dalam
campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya denaturasi
asam nukleat itu sendiri. Oleh karena asam nukleat itumengandung pentosa, makabila
dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan memberikan
warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p-bromfenilhidrazina.
Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam, DNA akan memberikan
warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat
digunakan untuk keperluan identifikasi asam nukleat.
B. Fungsi Asam Nukleat
Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu,
menyimpan informasi genetik dan menurunkannya kepada keturunanya. Susunan
asam nukleat yang menentukan apakah mahluk itu menjadi hewan, tumbuhan,
maupun manusia. Begitu pula susunan dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot
maupun sel darah.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara (intermediary metabolism) dan
reaksi-reaksi informasi energi; sebagai koenzim pembawa energi; sebagai koenzim

4
pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; dan sebagai
koenzim reaksi oksidasi reduksi.
C. Struktur Asam Nukleat
Struktur asam nukleat dibentuk oleh ikatan-ikatan nukleotida yang merupakan
rangkaian dari mononukleotida dan dihubungkan satu sama lain dengan sambungan
fosfodiester. Struktur asam nukleat dapat dilihat pada gambar berikut ini:

Gambar II.1. Struktur dan Penyusun Asam Nukleat

Ikatan phospodiester terbentuk antara gugus PO4 pada atom C5 (gula pentosa)
dari nukleotida satu dengan gugus OH pada atom C 3 (gula pentosa) dari nukleotida
yang lain. Mononukleotida tersusun dari 3 molekul yaitu basa nitrogen heterosiklik
(mengandung C dan N), gula pentosa, dan gugus fosfat.

5
a. Basa Nitrogen Heterosiklik
Basa nitrogen heterosiklik terikat secara kovalen dengan pentosa
dalam ikatan N-β-glikosil/N-glikosida. Basa nitrogen heterosiklik terbagi
atas dua yaitu turunan purin dan pirimidin.
1) Purin dan turunannya
Purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang mempunyai
lingkar pirimidina dan imidazol yang berimit.

Gambar II.2. Struktur Purin

Turunan purin yang merupakan penyusun asam nukleat adalah

adenin atau 6-aminopurina dan guanin atau 2-amino-6-oksipurina.

Gambar II.3. Struktur Adenin dan Guanin

2) Pirimidin dan turunannya

Pirimidin termasuk senyawa heterosiklik sederhana lingkar 6,
dengan 2 atom nitrogen sebagai heteroatomnya.

6
 Gambar II.4. Struktur Pirimidin

Turunan-turunan pirimidin yang meupakan penyusun asam

nukleat adalah sitosin atau 2-oksi-4-aminopirimidina yang disingkat C,
timin atau 2,4-dioksi-5-metilpirimidina yang disingkat T dan urasil atau
2 4-dioksipirimidina yang disingkat U.

Gambar II.5. Struktur Sitosin, Timin, dan Urasil

b. Pentosa atau Gula Penyusun
Dalam nukleotida penomoran atom karbon pada gula pentosa
menggunakan tanda prime (‘). Gula pentosa penyusun asam nukleat yaitu
2-deoxy-D-ribosa dan D-ribosa. Ribosa merupakan penyusun RNA dan 2-
deoksiribosa merupakan penyusun DNA. Dalam struktur kimia asam
nukleat, kedua pentosa tersebut terdapat dalam bentuk lingkar furanosa.

7
 Gambar II.6. Struktur Gula Pentosa

Atom- atom dalam cincin furansa pada gula ditandai dengan 1′, 2′,
3′, 4′, 5′ untuk membedakannya dengan atom-atom cincin basa.
c. Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam
ortofosfat. Fosfat ini berupa kristal berbentuk orto-rombik pada suhu 250C,
tak stabil dan melebur pada suhu 42,350C.

Gambar II.7. Struktur Asam Fosfat (H3PO4)

Fosfat ini tergolong asam lemah atau sedang dan bervalensi tiga
jenis garam natrium. Garam natrium tersebut dapat terbentuk pada suhu
kamar yaitu, Natrium fosfat (Na3PO4), Natrium hidrogen fosfat (Na2HPO4),
dan Natrium dihidrogen fosfat (NaH2PO4).
D. Nukleosida, Nuklelotida, dan Polinukleotida
1. Nukleosida
Molekul nukleotida yang gugus fosfatnya mengalami hidrolisis dinamakan
dengan nukleosida. Nukleosida memiliki dua karakteristik komponen yaitu basa
nitrogen heterosiklik dan gula pentosa.

8
 Gambar II.8. Struktur Nukleosida
Molekul nukleosida di dalam struktur asam nukleat terdiri atas pentosa
(deoksiribosa atau ribosa) yang berikatan dengan suatu basa (derivat purin dan
pirimidin).
Pada nukleosida purin, ikatan kovalen antara pentosa terjadi pada gugus C-1’
pada pentosa dengan nitrogen nomor 9 pada purin. Sedangkan nukleosida pirimidin,
ikatan kovalen antara pentosa terjadi pada gugus C-1’ pada pentosa dengan nitrogen
nomor 1 pada pirimidin.
Nukleosida purin atau pirimidin yang berikatan dengan pentosa jenis
deoksiribosa disebut deoksiribonukleusida, dan yang berikatan dengan pentosa jenis
ribosa disebut ribonukleosida. Berikut ini digambarkan struktur dari ribonukleosida
yang mengandung adenin, dan deoksiribonukleosida yang mengandung timin.

Gambar II.9. Struktur Adenosin dan Deoksitimidin

9
 Untuk memudahkan penamaan ikatan kovalen yang terjadi antara pentosa
dengan basa nitrogen heterosiklik dapat dilihat pada tabel berikut ini:
Basa Ribonukleosida Deksiribonukleosida
Adenin Adenosin Deoksiadenosin
Guanin Guanosin Deoksiguanosin
Urasil Uridin Deoksiuridin
Sitosin Sitidin Deoksistidin
Timin Ribotimidin Deoksitimidin/ timidin

Tabel II.1. Jenis Ribonukleosida dan Deoxynukleosida

2. Nukleotida
Nukleotida memiliki tiga karakteristik komponen yaitu basa nitrogen
heterosiklik, gula pentosa, dan gugus fosfat. Struktur nukleotida dapat dilihat pada
gambar di bawah:

Gambar II.10. Struktur Nukleotida

Dalam molekul nukleotida, gugus fosfat terikat oleh pentosa pada atom C-5.
Gugus fosfat terikat pada karbon 5’ gula pentosa melalui mekanisme esterifikasi
sehingga dinamakan ikatan fosfoester. Nukleotida berfungsi sebagai gudang
informasi genetik. Struktur protein dan metabolisme biomolekul dan komponen
selular lainnya merupakan produk informasi yang sudah terprogram dalam
nukleotida.
Nukleotida purin atau pirimidin yang berikatan dengan pentosa jenis
deoksiribosa disebut deoksiribonukleutida, dan yang berikatan dengan pentosa jenis

10
ribosa disebut ribonukleotida. Berikut ini digambarkan struktur dari ribonukleotida
yang mengandung adenin, dan deoksiribonukleotida yang mengandung timin.

Gambar II.11. Struktur AMP dan dTMP

Ribonukleotida dan deoksinukleotida dalam sel tidak hanya berbentuk 5’-
monofosfat tetapi juga dapat berbentuk 5’-difosfat dan 5’-trifosfat. Untuk
memudahkan penamaan ikatan kovalen yang terjadi antara fosfat, gula pentosa
dengan basa nitrogen heterosiklik dapat dilihat pada tabel berikut ini:

Tabel II.2. Jenis Ribonukleotida 5’-fosfat dan Deoxynukleotida 5’-fosfat

Adenosin 5’-monofosfat (AMP), Adenosin 5’-difosfat (ADP) dan Adenosin
5’-trifosfat (ATP) yang berperan penting dalam transfer gugus fosfat untuk menerima

11
dan mengantar energi. Nukleotida yang terdapat bebas dan mempuyai fungsi penting
dalam sel.
Nukleotida lain yang berbentuk siklik seperti Adenosin 3’-5’- siklik
monofosfat (AMP siklik atau cAMP) berperan sebagai kurir sekunder dalam
mengendalikan metabolisme hormon adrenalin. Nukleotida bebas lain adalah:
guanosin siklik monofosfat (GMP siklik = cGMP) yang berfungsi sebagai
penghambat enzim yang dirangsang oleh cAMP.
Beberapa trifosfonukleotida berperan dalam berbagai reaksi dalam sel,
contoh: CTP: terlibat dalam biosintesis lipid; UTP: berperan dalam biosintesis KH;
CTP dan UTP: juga digunakan dalam biosintesis RNA dan DNA.

Gambar II.12. Struktur AMP, ADP, ATP

Adenosine triphosphate (ATP) memiliki struktur adenosin yang terikat dengan
tiga gugus fosfat seperti pada Gambar 3.12. Adenosin adalah nukleosida yang
mengandung basa nitrogen adenin dan gula pentosa ribosa. Tiga gugus fosfat yang
terikat pada gula pentosa dilabeli dengan nama α, β, dan γ. Gugus fosfat tersebut
merupakan gugus konstituen yang kaya akan energi.
Ikatan energi tinggi fosfoanhidrat jika mengalami hidrolisis akan
menghasilkan energi. Energi yang dilepaskan berasal dari perubahan kimia ke tingkat

12
energi yang lebih rendah. Hidrolisis ATP terlibat dalam metabolisme selular seperti
mekanika, transport dan kimia. Di dalam sel, energi dari reaksi eksergonik hidrolisis
ATP akan digunakan untuk reaksi endergonik. Reaksi eksergonik adalah reaksi yang
akan menghasilkan energi sedangkan reaksi endergonik adalah reaksi yang
memerlukan energi. ATP dapat mengalami regenerasi dengan membentuk siklus
melalui reaksi katabolisme dan anabolisme. Hidrolisis ATP akan menghasilkan
adenosine diphosphate (ADP) dan gugus fosfat anorganik (Pi).
ATP + H2O ⇆ ADP + Pi + energi bebas

Tabel II.3. Nomeklatur Nukleotida dan Asam Nukleat

3. Polinukleotida
Dua nukleotida yang dihubungkan dengan satu ikatan phospodiester disebut
dengan istilah dinukleotida. Nukleotida-nukleotida yang bergabung satu sama lain
melalui ikan fosfodiester antara C 3’ pada satu nukleotida dengan C 5’ pada nukleotida
sebelahnya yang terjadi secara berulang-ulang membentuk ikatan yang disebut
polinukleotida. Jadi polinukleotida adalah asam nukleat, yang terdiri dari DNA dan
RNA.

13
 Gambar II.13. Struktur Polinukleotida dengan Ujung 3’ dan 5’
E. Metabolisme Asam Nukleat
Jalur metabolisme asam nukleat terbagi dua, yaitu:
1. Jalur De novo.
Sintesis nukleotida dimulai dengan prekursor metaboliknya: asam amino, ribosa-5-
fosfat, CO2, dan unit satu karbon. Nukleus fosfat yang menyusun purin dan pirimidin berasal
dari PRPP. PRPP berasal dari Ribosa 5 fosfat + ATP. Ribosa 5 fosfat berasal dari HMP
shunt. PRPP ini sendiri akan diubah menjadi fosfo ribosil 1 amin. Dengan enzim
amidofosforibosil transferase dengan bantuan glutamin sebagai pendonor NH 3. Lalu melewati
10 rangakaian reaksi akan membentuk IMP. IMP ini sendiri akan membentuk adenilosuksinat
dan xantilat. Adenilosuksinat akan membentuk AMP sedangkan xantilat akan membentuk
GMP.
2. Jalur Salvage / Salvage pathway.
Salvage pathway (recycle) yaitu dari degradasi pirimidin dan purin dari sel yang mati
(regenerasi) atau dari makanan. Jalur Salvage adalah proses sintesis nukleotida dengan daur
ulang dari basa bebas atau nukleosida yg dilepaskan dari pemecahan asam nukleat. 5-
Phospho- -D-ribosyl-1-pyrophosphate (PRPP) yang merupakan intermediet salvage pathway
yang berasal dari ribosa 5 phosphat akan diubah menjadi purin-ribonukleotida. Contohnya
Adenin + PRPP jadi adenilat + Ppi.

14
F. DNA (deoxyribonucleic acid)
DNA adalah molekul asam nukleat beruntai ganda dan berbentuk heliks yang
tersususun atas monomer-monomer nukleotida dengan gula deoksiribosa.
1. Struktur DNA
DNA di dalam setiap sel yang kita miliki, dikemas sedemikian rupa dengan
protein yang disebut protein protein histon. DNA yang dikemas dengan protein histon
disebut nukleosom. Rangkaian nukleosom disebut kromatin, kemudian rangkaian
kromatin dikenal dengan kromosom yang terdapat di dalam inti sel. DNA yang
berada pada kromosom disebut sebagai DNA kromosom. Selain itu, DNA dapat
dijumpai pula pada mitokondria, sehingga disebut DNA mitokondria. DNA
mitokondria disebut juga dengan DNA maternal, karena DNA mitokondria baik pada
laki-laki ataupun perempuan berasal dari ibunya. Pada saat pembuahan, sel telur
hanya akan menerima kepala dari sperma yang membawa inti sel dan berisi DNA
kromosom, sedangkan badan sperma yang membawa mitokondria tertinggal di luar
inti sel. Setelah terjadi fertilisasi, prosesnya berlanjut pada proses pertumbuhan dan
perkembangan.
Karakteristik Mononukleotida penyusun DNA terdiri dari satu basa nitrogen
yaitu adenin (A), guanin (G), sitosin (C) dan timin (T), satu gula 2-deoksi-D-Ribosa,
dan satu gugus posphat. Bila dirangkai menjadi polinukleotida (DNA). Strukturnya
double heliks atau double strand, strand satu dengan strand kedua bersifat
komplementer atau berpasangan. Kedua strand pada DNA terpilin kekiri. Selain itu,
kedua strand tersebut juga dihubungkan oleh ikatan hidrogen. Apabila nukleotida
pada strand pertama membawa basa Adenin (A), maka nukleotida tersebut akan
berpasangan dengan nukleotida yang membawa basa Timin (T) yang terdapat pada
strand kedua. Kemudian antara kedua nukleotida tersebut akan terbentuk 2 ikatan
hidrogen yang menghubungkan antara basa Adenin (A) dengan Timin (T). Bila
nukleotida strand pertama membawa basa Citosin (C), maka nukleotida tersebut akan
berpasangan dengan nukleotida yang membawa basa Guanin (G) yang terdapat pada

15
strand kedua. Kemudian antara kedua nukleotida tersebut akan terbentuk 3 ikatan
hidrogen yang menghubungkan antara basa Citosin (C) dengan Guanin (G).

Gambar II.14. Struktur DNA

2. Replikasi DNA
Replikasi adalah peristiwa penggandaan DNA yang terjadi pada semua sel
hidup. DNA perlu digandakan untuk pembelahan sel untuk mempersiapkan terjadinya
pembelahan sel karena tiap sel yang baru terbentuk akan memiliki copian DNA yang
sama. Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah
dijelaskan di bawah ini:
a. Inisiasi

Gambar II.15. Pelepasan untai DNA

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal

replikasi, yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein

16
 yang disebut inisiator DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat
asal, sehingga mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim penting
untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke
lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka resleting)
heliks dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan
cara yang tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang
dikenal sebagai garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi
adalah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks
yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat protein (SSB)
mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk menempel kembali.
Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam
dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
b. Sintesis Primer

Gambar II.16. Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang

ada sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA
polimerase. Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam
perbaikan DNA dan rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai
penambahan nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang

17
 disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent-RNA
polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang
ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida.
Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk
mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua
untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai
DNA baru.
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling
(bentukan seperti spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya.
Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase
yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini menciptakan
memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil
tersebut.
c. Sintesis leading strand

Gambar II.17. Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk
ujung 3′ dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam
arah 5′ → 3′ saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan
karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini
dikenal sebagai untaian pengawal (leading strand).

18
 Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung
RNA primer, dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu
replikasi berlangsung, nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus,
sehingga menghasilkan untai baru.
d. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)
Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan
menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→
3’. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk
membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal
sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada
untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

Gambar II.18. Sintesis Lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang
untai terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan
nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk
sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu
bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA
lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak
melalui proses replikasi.
e. Penghapusan Primer

19
 Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada
untai baru terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan
oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan
primer RNA melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan
mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas
polimerase DNA.

Gambar II.19. Menghilangkan Primer RNA

f. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih
mengandung celah antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase
mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan menciptakan
ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan.

Gambar II.20. Proses Ligasi

g. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari
urutan nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus
yang disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik
menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.

20
 Gambar II.21. Proses Terminasi
G. RNA (Ribonukleat acid)
RNA adalah molekul asam nukleat beruntai tunggal yang tersususun atas
monomer-monomer nukleotida dengan gula ribonukleotida.
1. Struktur RNA
Molekul RNA mengandung gula ribosa dimana karbon nomor 2 berikatan
dengan gugus hidroksil; mengandung basa nitrogen adenin (A), guanin (G), sitosin
(C) dan urasil (U); struktur RNA adalah rantai tunggal. RNA dapat dihidrolisis oleh
alkali menjadi 2’, 3’ diester siklik mononukleotida. RNA juga memiliki struktur
sekunder dimana antar basa nitrogen penyusunnya memiliki ikatan hidrogen.

Gambar II.22. Struktur RNA

21
 Jenis-jenis RNA yaitu mRNA, rRNA, dan tRNA. Molekul messenger RNA
(mRNA), disintesis di dalam inti sel, berfungsi untuk menyampaikan informasi
genetik dari DNA yang akan diterjemahkan menjadi urutan asam-asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein tertentu menggunakan basa nitrogen,
mengarahkan sintesis protein spesifik, dan sebagai template sintesis protein pada
sitoplasma. Molekul transfer RNA (tRNA) terdapat di dalam sitoplsma, berfungsi
sebagai penerjemah antara bahasa asam nukleat dan protein dengan cara membawa
asam-asam amino spesifik yang akan digabungkan dalam proses sintesis protein
(translasi) dan mengenali kodon-kodon yang sesuai dengan mRNA. Transfer RNA
(tRNA) adalah molekul ‘jembatan’ yang menghubungkan kodon mRNA kepada asam
amino yang dia koding. Satu ujung dari setiap tRNA mempunyai sekuens (urutan) 3
nukleotida yang disebut antikodon, yang mana bisa mengikat ke kodon spesifik
mRNA. Bagian ujung tRNA lainnya membawa asam amino yang dikoding oleh
kodon. Molekul ribosomal RNA (rRNA), terdapat pada permukaan membran RE
kasar, berfungsi pada penyusunan dan fungsi ribosom.

Gambar II.22. Struktur mRNA, tRNA, rRNA

22
2. Proses Transkripsi dan Translasi RNA

a. Transkripsi
Transkripsi adalah proses menyalin data yang terdapat pada rantai
sense (3’ –> 5’) DNA. Proses ini terjadi di dalam inti sel dimulai dengan
pembukaan rantai DNA oleh enzim helikase. Setelah itu penempelan enzim
polimerase pada daerah promotor sekuen gen dan barulah enzim
polimerase mulai aktif menyalin kode genetik pada rantai sense DNA
hingga bagian triplet basa nitrogen yang mengandung informasi untuk
mengehentikan proses menyalin.
Hasil dari proses transkripsi adalah mRNA dengan kode pasangan
yang terdapat pada rantai sense DNA. Rantai RNA yang mengandung kode
ini disebut pula dengan kodon. Jadi mRNA adalah kodon. Setelah proses
transkripsi selesai maka mRNA akan segera bergerak meningggalkan inti
sel menuju sitoplasma untuk melakukan proses selanjutnya (translasi).
Dalam proses transkripsi RNA, melalui tiga tahapan yaitu:

23
 1) Pengikatan RNA Polimerase dan Inisisasi Transkripsi
Tempat berlangsungnya pengikatan RNA polimerasi dan
menentukan nukleotida tempat dimulainya sintesis RNA, juga
menentukan untaian DNA mana yang akan diguakan sebagai
cetakan/template yaitu promoter.
Pada Prokaryot (bakteri), RNA polimerase sendiri yang secara
spesifik mengenali dan berikatan dengan promoter, sedangkan pada
eukaryote dengan faktor traskripsi (sekelompok protein) memediasi
pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi. Setelah faktor
transkripsi melekat pada promoter RNA polimerase II dan berikatan
dengan promoter. Keseluruhan dari factor transkripsi dan polimerase II
yang terikat pada promoter disebut kompleks inisiasi transkripsi
(transcription initiation complex). Kedua untaian DNA membuka pada
bagian itu dan enzim mulai mentranskripsi untai cetakan.
2) Elongasi (Pemanjangan untai RNA)
Enzim RNA polimerase membuka puntiran helix ganda,
mengekspor sekitar 10-20 basa DNA untuk berpasangan dengan
nukleotida RNA. Sambil membaca cetakan ini, RNA polimerase
membentuk molekul RNA keluar dari nukleotida, membuat sebuah
rantai yang tumbuh darii 5’ ke 3’. tRNA membawa informasi yang sama
dari untaian DNA non-template (coding).
3) Terminasi trankripsi
Urutan terminator memberikan sinyal bahwa transkripsi RNA
telah selesai. Setelah ditranskripsi selesai, RNA polimerase melepaskan
hasil transkripsi RNA dan melepaskan diri dari DNA.
b. Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan kodon menjadi asam amino
dan menyambungkan setiap asam amino yang sesuai kodon dengan ikatan
peptida menjadi protein. Selama translasi, sel ‘membaca’ informasi pada

24
messenger RNA (mRNA) dan menggunakannya untuk membuat sebuah
protein. Sebenarnya, mRNA ini tidak selalu mengkoding protein secara
keseluruhan, kadang mRNA hanya mengkoding subunit protein atau
polipeptida (rantai asam amino).
Pada sebuah mRNA, instruksi untuk membuat polipeptida adalah
RNA nukleotida (Adenine, Uracil, Cytosine, Guanine) yang dibaca dalam
kelompok tiga nukleotida, kelompok tiga ini disebut kodon. Ada 61 kodon
untuk asam amino, setiap kodon itu ‘dibaca’ untuk membangun asam
amino tertentu dari 20 asam amino yang biasanya ditemukan di protein.
Satu kodon, AUG, mempunyai fungsi untuk membangun asam amino
methionine dan juga bertindak sebagai start codon untuk memberi sinyal
mulai pada pembangunan protein. (Baca: Metabolisme Seluler)
Ada 3 kodon yang tidak membuat asam amino, kodon ini
dinamakan stop codon, UAA, UAG, dan UGA, yang memberitahu sel jika
pembuatan polipeptida telah selesai. Koleksi hubungan asam amino-kodon
ini disebut kode genetik, karena hal ini memungkinkan sel untuk
mengkoding mRNA menjadi rantai asam amino.
Organel yang aktif melakukan proses penerjemahan kodon adalah
ribosom. Ribosom ini terbuat dari protein dan RNA (ribosomal RNA, atau
rRNA). Setiap ribosom mempunyai 2 subunit, yang besar dan yang kecil.
Ribosom menyediakan set slot di mana tRNA bisa menemukan kodon yang
sesuai dengan cetakan mRNA dan mengirimkan asam aminonya. Slot ini
disebut situs A, P, dan E. Tidak hanya itu, ribosom juga bisa bertindak
sebagai enzim, mengkatalisasi reaksi kimia yang menghubungkan asam
amino bersama untuk membuat sebuah rantai.
Setelah ribosom melekat pada triplet kodon maka tRNA yang
berada di sitoplasma akan membawakan asam amino yang sesuai pada
kodon triplet anti-kodon terdapat pada tRNA. Triplet ini akan berpasangan
dengan triplet kodon sambil membawa sebuah asam amino. Misal GUA

25
akan membawa asama amino valin, UAC akan membawa asama amino
tirosin. Dan dengan bantuan ribosom asam-asam amino tersebut akan
digabungkan dengan ikatan peptida menja diprotein.
Contoh: berikut ini adalah kode rantai DNA pada kedua rantai.
5′TACAGTTGAGGGTTTTCCGTAACT 3′
3′ATGTCAACTCCCAAAAGGCATTGA 5′ –> sense
Yang dijadikan rantai sense adalah rantai 3’ – 5’ sebagai kode. Setelah
proses transkripsi selesai maka akan diperoleh kodon seperti berikut ini:
5′UACAGU GGGUUUUCCGUAACU UGA 3′ –> mRNA
Kemudian terjadi proses translasi yang akan menghasilkan protein yang
tersusun atas asam-asam amino sebagai berikut (gunakan tabel triplet
kodon dengan menggunakan kode pada m-RNA):
UAC AGU GGG UUU UCC GUAACU UGA
tirosin-serin-glisin-fenilalanin-serin-valin-threonin-stop
Ketika diterjemahkan stop (UGA) maka proses translasi akan berhenti
secara otomatis dan proses sintesis protein akan berhenti. Tahapan dalam
translasi sebagai berikut:
1) Inisiasi
Pada tahap inisiasi atau permulaan, ribosom merakit di sekitar
mRNA untuk dibaca dan tRNA pertama yang membawa asam amino
metionin (yang cocok dengan start codon, AUG). Setting ini, disebut
kompleks inisiasi, diperlukan agar tahap translasi bisa dimulai.
2) Elongasi: Memperpanjang Rantai
Elongasi adalah tahap di mana rantai asam amino diperpanjang.
Pada elongasi, mRNA dibaca satu kodon sekali, dan asam amino yang
sesuai dengan kodon ditambahkan ke rantai protein. Selama elongasi,
tRNA bergerak melewati situs A, P, dan E dari ribosom. Proses ini
diulang terus menerus saat kodon baru dibaca dan asam amino baru
ditambahkan ke rantai.

26
3) Terminasi
Terminasi adalah tahap di mana rantai polipeptida dilepaskan.
Proses ini dimulai ketika stop codon (UAG, UAA atau UGA) memasuki
ribosom, membuat rantai polipeptida terpisah dari tRNA dan lepas
keluar dari ribosom.
Setelah terminasi, polipeptida mungkin masih perlu dilipat menjadi
bentuk 3 dimensi, melalui pemrosesan lebih lanjut (seperti pembuangan
asam amino) dan dikirim ke tempat yang tepat di dalam sel, atau
bergabung dengan polipeptida lain sebelum bisa berfungsi sebagai
protein dan melakukan tugasnya.

27
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Berdasarkan pembahasan diatas maka penulis dapat menyimpulkan bahwa:
1. Nukleat (nucleic acid) adalah makromolekul biokimia yang kompleks,
berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang
mengandung informasi genetik.
2. Fungsi asam nukleat yaitu menyimpan, menstransmisi, dan mentranslasi
informasi genetik; metabolisme antara (intermediary metabolism) dan
reaksi-reaksi informasi energi; sebagai koenzim pembawa energi; sebagai
koenzim pemindah asam asetat, zat gula, senyawa amino dan biomolekul
lainnya; dan sebagai koenzim reaksi oksidasi reduksi.
3. Struktur asam nukleat dibentuk oleh ikatan-ikatan nukleotida yang
merupakan rangkaian dari mononukleotida dan dihubungkan satu sama lain
dengan sambungan fosfodiester. Sedangkan komponen penyusun asam
nukleat yaitu basa nitrogen heterosiklik (mengandung C dan N), gula
pentosa, dan gugus fosfat.
4. Apa yang dimaksud dengan nukleosida adalah molekul nukleotida yang
gugus fosfatnya mengalami hidrolisis, nukleotida adalah molekul nukleosida
yang yang mengandung gugus fosfat, dan polinukleotida adalah nukleotida
yang dihubungkan dengan satu ikatan phospodiester yang terjadi secara
berulang-ulang.
5. Metabolisme asam nukleat terbagi dua, yaitu: jalur De novo dan jalur
Salvage / Salvage pathway.
6. DNA adalah molekul asam nukleat beruntai ganda dan berbentuk heliks
yang tersususun atas monomer-monomer nukleotida dengan gula
deoksiribosa.

28
 7. Struktur DNA terdiri dari satu basa nitrogen yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C) dan timin (T), satu gula 2-deoksi-D-Ribosa, dan satu gugus
posphat.
8. Proses replikasi DNA terdiri dari beberapa tahap yaitu: inisiasi, sintesis
primer, sintesis leading strand, sintesis leading strand untai tunggal,
penghapusan primer, ligasi, dan terminasi.
9. RNA adalah molekul asam nukleat beruntai ganda dan berbentuk heliks
yang tersususun atas monomer-monomer nukleotida dengan gula
ribonukleotida.
10. Struktur RNA terdiri dari satu basa nitrogen yaitu adenin (A), guanin (G),
sitosin (C) dan urasil (U), satu gula D-Ribosa, dan satu gugus posphat.
11. Proses replikasi RNA terdiri dari proses trankripsi dan translasi yang
masing-masing memiliki tahap inisisasi, elongasi, dan terminasi.
B. Kesimpulan
Sebaiknya bagi para mahasiswa yang juga membahas materi yang sama agar
dapat membahas lebih rinci lagi terutama pada proses metabolisme asam lemak
dimana terdiri atas katabolisme dan anabolisme purin dan pirimidin.

29
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A, dkk. 2010. Edisi 8, Jilid 1. Biologi. Jakarta: Erlangga.

Diliana, Sona Yudha. 24 November 2019. https://www.google.com/url?

sa=t&source=web&rct=j&url=https://www.academia.edu/8959268/ASAM_NU
KLEAT&ved=2ahUKEwiH1J-
RyvXkAhVLX30KHTkWDykQFjACegQIBhAC&usg=AOvVaw0o3iJu7YeYz
0kKLBGvDJA8
DiplomaChemistry.uii.ac.id. 2 November 2019. Jilid 1. Modul Asam Nukleat dan
Nukleotida. https://www.google.com/url?
sa=t&source=web&rct=j&url=https://diploma.chemistry.uii.ac.id/wp-
content/uploads/2018/01/3.-Asam-Nukleat-dan-
Nukleotida.pdf&ved=2ahUKEwi4x4_ayfXkAhWR7HMBHVpTCgsQFjAAeg
QIARAB&usg=AOvVaw3F2-miPO_RbdI8iWHzCnw3
DosenBiologi.com. 28 November 2019. https://www.google.com/url?
sa=t&source=web&rct=j&url=https://dosenbiologi.com/biologi-dasar/proses-
sintesis-
protein/amp&ved=2ahUKEwjCi7OyyvXkAhXW8XMBHR_WD00QFjAKegQ
ICRAB&usg=AOvVaw0P6Aj3jmuKreTy31qMlkSM&ampcf=1
Konsep Biologi: life is beautiful. 28 November 2019. https://www.google.com/url?
sa=t&source=web&rct=j&url=https://konsepbiologi.wordpress.com/2011/09/22
/sintesis-protein-transkripsi-
translasi/&ved=2ahUKEwjCi7OyyvXkAhXW8XMBHR_WD00QFjAHegQID
hAJ&usg=AOvVaw2YeksZMEOjC-SgbCrLczTf
Ngili, Yohanis. 2009. Biokomia: Struktur & Fungsi Biomolekul. Edisi Pertama,
Cetakan Pertama. Yogyakarta: Graha Ilmu.

Nurhayati, Betty dan Sri Darmawati. Bahan Ajar teknologi laboratorium medis
(TML): Biologi Sel dan Molekuler. 2017. Cetakan pertama. Jakarta:
Kementerian Kesehatan Republik Indonesia: Pusat Pendidikan Sumber Daya
Manusia Kesehatan (Badan Pengambangan dan Pemberdayaan Sumber Daya
Manusia Kesehatan)

30
Poedjiati, Anna dan F.M Titin Supriyanti. 2012. Edisi revisi. Dasar-Dasar Biokimia.
Jakarta: UI-Press.

Yulianto, Rahmawan, dkk. 2011. Makalah Biokimia: Asam Nukleat (Nucleic Acid).
Malang: (Agroekoteknologi) Fakultas Pertanian Universitas Brawijaya.
https://www/academia.edu/8580283/MAKALAH_BIOKIMIA_ASAM_NUKL
EAT_NUCLEIC_ACID

31