Regulasi Masa Hidup

Biomolekul Protein
Elin Julianti, Tutus Gusdinar
Fungsi Protein
• Protein terdiri atas urutan asam amino yang sangat
presisi, yang memungkinkan untuk melipat membentuk
struktur 3 dimensi tertentu; disebut konformasi.

• Proteins merupakan material yang tidak kaku, sehingga

konformasinya dapat direkayasa secara tepat untuk
suatu kerja mekanik yang terkopel dengan berbagai
reaksi kimia.

• Gerakan dan reaksi kimia yang terkopel inilah yang

memberi protein kemampuan luar biasa yang
mendasari proses dinamis dalam sel hidup
• Bagaimana protein mengikat molekul terpilih
lainnya dan bagaimana aktivitasnya tergantung
pada pengikatannya

• Kemampuan untuk mengikat molekul lain

memungkinkan protein bertindak sebagai katalis,
reseptor sinyal, sakelar, motor, atau pompa.
Semua protein berikatan dengan
molekul lain
Sifat biologi dari molekul protein tergantung pada interaksi
fisiknya dengan molekul lain.
Contoh :
Antibodi menempel pada virus atau bakteri sebagai penanda
untuk proses penghancuran.
Enzim heksokinase berikatan dengan glukosa dan ATP
sehingga terjadi reaksi katalisis
Molekul aktin berikatan satu sama lain membetuk filamen
aktin, dll
 Semua protein berikatan dengan molekul lain
• Pada kasus tertentu pengikatan terjadi sangat kuat, namun
pada peristiwa lain sangat lemah dan masa hidupnya
pendek.

• Namun, pengikatan tersebut sangat spesifik, artinya hanya

satu atau sedikit saja di antara ribuan molekul yang dapat
berikatan.

• Senyawa kimia yang terikat oleh protein – baik berbentuk

ion, molekul kecil, ataupun makromolekul disebut ligan
spesifik untuk protein tersebut (bahasa Latin ligare artinya
“berikatan”).
• Kemampuan protein untuk berikatan secara selektif dan dengan afinitas
yang tinggi tergantung pada pembentukan berbagai ikatan non kovalen
lemah seperti ikatan hydrogen, interaksi elektrostatik, vanderwals dan
interkasi hidrofobik.
• Karena masing-masing ikatan tersebut lemah, ikatan efektif terjadi
hanya jika berbagai ikatan ini terbentuk secara simultan
• Hal ini hanya mungkin terjadi jika kontur permukaan molekul ligan
sangat pas dengan molekul protein
• Bagian protein yang berikatan dengan ligan, disebut tempat/tapak
ikatan, biasanya berupa cekungan pada permukaan protein yang
terbentuk karena keunikan susunan asam amino.
• Asam amino tersebut dapat berasal dari beberapa bagian rantai
polipeptida yang terjadi saat pelipatan (folding) molekul protein.
Konformasi permukaan protein
menentukan sifat kimianya
• Protein mempunyai kemampuan kimia untuk berinterkasi dengan
molekul lain karena gugus-gugus kimia yang berdekatan pada
permukaannya berinterkasi sedemikian rupa sehingga meningkatkan
reaktivitas rantai samping asam aminonya.
• Interaksi dibagi menjadi dua kategori :
1. Interaksi bagian yang berdekatan dari rantai polipeptida dapat
membatasi akses molekul air ke tempat pengikatan ligan-protein. Hal
ini penting karena molekul air siap membentuk ikatan hidrogen yang
bisa bersaing dengan ligan pada permukaan protein. Protein dan ligan
membentuk ikatan hidrogen yang kuat (dan interkasi elektrostatik)
jika protein dapat mengeluarkan air dari tempat pengikatan
2. Kelompok rantai samping asam amino polar yang berdekatan dapat
mempengaruhi reaktivitasnya. Jika lipatan protein mendorong sejumlah
rantai samping bermuatan negative bersama melawan tolakan antara
mereka. Contoh afinitas pengikatan terhadap ion yang bermuatan positif
menjadi meningkat. Selain itu jika rantai samping asam amino berinteraksi
satu sama lain melalui pembentukan ikatan hidrogen, biasanya rantai
samping yang tidak reaktif (seperti -CH2OH pada serin) menjadi reaktif,
sehingga memungkinkan masuk ke dalam reaksi-reaksi yang membentuk
atau memecah selektif ikatan kovalen
• Oleh karena itu permukaan masing-masing protein
mempunyai reaktivitas kimia yang unik yang
tergantung bukan saja pada rantai samping asam
amino yang terekspos tapi juga pada orientasi satu
sama lainnya. Dua konformasi yang sedikit berbeda
dari protein yang sama dapat memberikan
perbedaan yang sangat besar pada sifat kimianya.
Protein Berikatan dengan Protein Lain
Melalui Beberapa Jenis Antarmuka
Protein dapat mengikat protein lain setidaknya
dengan tiga cara.
1. Bagian permukaan protein yang satu kontak
dengan loop rantai polipeptida yang kedua.
• 2. Tipe antarmuka protein-protein yang terbentuk
ketika dua α helix, satu dari masing-masing protein,
berpasangan satu sama lain membentuk coiled-
coil. Tipe ini ditemukan pada beberapa protein
pengatur gen.
3. Berpasangan dengan tepat satu permukaan yang kaku dengan yang
lainnya. Interaksi seperti itu bisa sangat kuat, karena sejumlah besar ikatan
lemah dapat terbentuk antara dua permukaan yang cocok dengan baik.
Dengan alasan yang sama, interaksi permukaan-permukaan seperti itu
bisa sangat spesifik, memungkinkan protein untuk memilih hanya satu
pasangan dari ribuan protein berbeda yang ditemukan dalam sel.
Tempat Pengikatan Antibodi
Sangat Serbaguna
• Semua protein harus mengikat ligan tertentu untuk menjalankan
berbagai fungsinya
• Kapasitas untuk pengikatan selektif yang ketat ditunjukkan pada tingkat
yang luar biasa oleh antibodi
• Antibodi, atau imunoglobulin, adalah protein yang diproduksi oleh
sistem kekebalan tubuh sebagai respons terhadap molekul asing, seperti
yang ada pada permukaan mikroorganisme penginfeksi.
• Setiap antibodi berikatan dengan molekul target tertentu dengan sangat
ketat, sehingga menonaktifkan target secara langsung atau
menandainya untuk dihancurkan.
• Antibodi mengenali targetnya (disebut antigen) dengan spesifisitas luar
biasa. Karena ada miliaran antigen berbeda yang mungkin ditemui,
sehingga tubuh harus dapat menghasilkan miliaran antibodi yang
berbeda.
• Antibodi adalah molekul berbentuk Y dengan dua situs pengikatan
identik yang saling melengkapi dengan sebagian kecil permukaan
molekul antigen.
• Tempat pengikatan antigen pada antibodi terbentuk dari beberapa loop
rantai polipeptida yang menonjol dari ujung sepasang domain protein
yang berdekatan.
• Keragaman yang sangat besar dari situs pengikatan antigen yang dimiliki
oleh berbagai antibodi dihasilkan dengan mengubah hanya panjang dan
urutan asam amino dari loop ini, tanpa mengubah struktur protein
dasar.
• Loop jenis tersebut ideal untuk menangkap molekul lain.
Memungkinkan sejumlah besar gugus kimia mengelilingi ligand sehingga
protein dapat berikatan dengan berbagai ikatan lemah. Oleh karena itu
bagian Loops digunakan untuk tempat pengikatan ligand pada protein
Kekuatan Pengikatan diukur dari
Tetapan Kesetimbangan
• Molekul-molekul dalam sel bertemu satu sama lain sangat
sering karena gerakan termal acak yang berkelanjutan.
• Ketika molekul yang bertabrakan memiliki permukaan yang
tidak cocok, sedikit ikatan nonkovalen terbentuk, dan dua
molekul terdisosiasi dengan cepat saat mereka bergabung.
• Pada kasus lain yang ekstrim, ketika banyak ikatan
nonkovalen terbentuk, asosiasi dapat bertahan untuk waktu
yang sangat lama.
• Interaksi yang kuat terjadi dalam sel setiap kali fungsi
biologis mensyaratkan bahwa molekul tetap terkait untuk
waktu yang lama — misalnya, ketika sekelompok molekul
RNA dan protein berkumpul untuk membuat struktur
subseluler seperti ribosom.
• Kekuatan di mana dua molekul mengikat satu sama lain dapat diukur
secara langsung.
• Setiap populasi molekul antibody dan ligannya akan mencapai steady
state atau equilibrium, dimana jumlah yang berikatan akan sama
dengan jumlah yang tidak berikatan persatuan waktu
• Dari konsentrasi ligan, antibody dan kompleks
antibody pada saat kesetimbangan dapat dihitung
konstanta kesetimbangan (K) dari kekuatan ikatan.
Enzim merupakan katalis yang
kuat dan sangat spesifik
• Banyak protein dapat melakukan fungsinya hanya
dengan mengikat molekul yang lain. Contoh
Molekul aktin, hanya perlu berikatan dengan aktin
lainnya untuk membentuk filament aktin
• Namun, ada protein lain yang mengikat ligan hanya
merupakan langkah pertama yang diperlukan
dalam fungsinya. Ini adalah kasus untuk kelas besar
dan sangat penting dari protein yang disebut enzim
• Enzim berikatan dengan satu atau lebih ligan yang
disebut dengan substrat dan mengubahnya
menjadi produk
Klasifikasi Enzim
Enzyme–Substrate Binding
• In an enzyme-catalyzed reaction, the enzyme binds to the
substrate (one of the reactants) to form a complex.

• The formation of the complex leads to the formation of the

transition-state species, which then forms the product.

• A substrate binds, usually by non covalent interactions, to a

small portion of the enzyme called the active site,
frequently situated in a cleft or crevice in the protein and
consisting of certain amino acids that are essential for
enzymatic activity.
• The catalyzed reaction takes place at the active site, usually in several steps.
1. The binding of substrate to the enzyme
Two important models have been developed to describe the binding process :
A. Lock and Key models, assumes a high degree of similarity between the
shape of the substrate and the geometry of the binding site on the
enzyme.
B. Induced-fit model, the binding of the substrate induces a conformational
change in the enzyme that results in a complementary fit after the
substrate is bound
2. After the substrate is bound and the transition state is
subsequently formed, catalysis can occur.

This means that bonds must be rearranged. In the transition state, the
substrate is bound close to atoms with which it is to react. Both
effects, proximity and orientation, speed up the reaction. As bonds
are broken and new bonds are formed, the substrate is transformed
into product. The product is released from the enzyme.
The Michaelis–Menten Approach
to Enzyme Kinetics
• A particularly useful model for the kinetics of
enzyme-catalyzed reactions was devised in
1913 by Leonor Michaelis and Maud
Menten.
• It is still the basic model for nonallosteric
enzymes
• The mechanism for an enzyme-catalyzed
reaction can be summarized in the form

……1
 ……2

Where  [ES]/ t means the change in the concentration of the complex,  [ES],
During a given time t, and k1 is the rate constant for the formation of the complex

……3

Enzymes are capable of processing the substrate very efficiently, and a steady
state is soon reached

……4

……5
• To solve for the concentration of the complex, ES, it is necessary to know
the concentration of the other species involved in the reaction.
• The initial concentration of substrate is a known experimental condition and
does not change significantly during the initial stages of the reaction.
• The substrate concentration is much greater than the enzyme
concentration.
• The total concentration of the enzyme, [E]T, is also known, but a large
proportion of it may be involved in the complex. The concentration of free
enzyme, [E], is the difference between [E]T, the total concentration, and
[ES], which can be written as an equation:

……6

• Substituting for the concentration of free enzyme [E], in equation 5

……7
 ……8

KM = Michaelis Constant

……9
• In the initial stages of the reaction, so little product is present that no
reverse reaction of product to complex need be considered.
• Thus the initial rate determined in enzymatic reactions depends on the
rate of breakdown of the enzyme–substrate complex into product and
enzyme.
• In the Michaelis–Menten model, the initial rate, V, of the formation of
product depends only on the rate of the breakdown of the ES complex,

……10

• Substitution of the expression for [ES] from equation 9

……11
• If the substrate concentration is so high that the enzyme is completely
saturated with substrate ([ES] = [E]T), the reaction proceeds at its
maximum possible rate (Vmax).
• Substituting [E]T for [ES] in Equation 10

……12

• The total concentration of enzyme is a constant, which means that

• This expression for Vmax resembles that for a zero-order reaction

• Substituting the expression for Vmax into Equation 11
enables us to relate the observed velocity at any substrate
concentration to the maximum rate of an enzymatic
reaction:

• This constant rate, when the enzyme is saturated with

substrate, is the Vmax or the enzyme, a value that can be
roughly estimated from the graph. The value of KM can also
be estimated from the graph
In other words, when the rate of the
reaction is half its maximum value (V = ½
Vmax), the substrate concentration [S] is
equal to the Michaelis constant (Km).
Enzymes Speed Reactions by Selectively
Stabilizing Transition States
Enzymes Can Use Simultaneous Acid
and Base Catalysis
• Many biochemical reactions involve the formation of unstable charged
intermediates that tend to break down rapidly to their constituent
reactant species, thus impeding the reaction. Charged intermediates
can often be stabilized by the transfer of protons to or from the
substrate or intermediate to form a species that breaks down more
readily to products. For nonenzymatic reactions, the proton transfers
can involve either the constituents of water alone or other weak proton
donors or acceptors.
• In the active site of an enzyme, a number of amino acid side chains can
similarly act as proton donors and acceptors. These groups can be
precisely positioned in an enzyme active site to allow proton transfers,
providing rate enhancements of the order of 102 to 105. This type of
catalysis occurs on the vast majority of enzymes. In fact, proton
transfers are the most common biochemical reactions.
Allosteric Enzymes Have Two or More
Binding Sites That Interact
• It was recognized that many enzymes must have at least two different
binding sites on their surface—an active site that recognizes the
substrates, and a regulatory site that recognizes a regulatory molecule.
These two sites must somehow communicate in a way that allows the
catalytic events at the active site to be influenced by the binding of the
regulatory molecule at its separate site on the protein’s surface.
• The interaction between separated sites on a protein molecule is now
known to depend on a conformational change in the protein: binding at
one of the sites causes a shift from one folded shape to a slightly
different folded shape. During feedback inhibition, for example, the
binding of an inhibitor at one site on the protein causes the protein to
shift to a conformation in which its active site—located elsewhere in the
protein—becomes incapacitated.
• (A) The structure of the pump protein, formed from a single subunit of
994 amino acids. (B) A model for ion pumping. For simplicity, only two of
the four transmembrane α helices that bind Ca2+ are shown.