Target Spesifik dari Cas12 adalah DNA untai tunggal, karena Cas12a dapat memotong DNA

untai tunggal setelah diaktifkan oleh molekul DNA target yang cocok dengan urutan spacernya.

Target spesifik dari Cas9 adalah DNA untai Ganda. Cas9 akan membuat pemecahan DNA untai
ganda yang tumpul, selanjutnya akan diperbaiki melalui penggabungan ujung non-homolog
dengan templat DNA donor untuk membuat pengeditan khusus lokasi.

Target Spesifik Dari Cas 13 adalah RNA ia akan diaktifkan oleh sekuens ssRNA yang saling
melengkapi dengan spacer crRNA-nya, dan akan melepas aktivitas RNase nonspesifik.