1. Download reseptor pada link RSCB PDB https://www.rcsb.

org/

2. Download ligan pada link PubChem https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

3. Buka aplikasi discovery kemudian klik file, open, pilih file ligan yang
sudah di download
4. Kemudian save file tersebut dan diberi nama “ligan.PDB”
5. Kemudian buka aplikasi AutoDockTools, klik ligand, input, open,
kemudian masukkan file ligan.PDB tadi

6. Klik edit, chargers, compute gasteiger

7. Klik edit, hydrogen, add, polar only, ok

8. Klik, hydrogen, merge non polar

9. Klik ligan, torsion tree, detect root
10. Klik ligan, output, save as, choose torsion, done (Nama file = ligan.pdbqt)
11. Kemudian klik grid, macromolekul, open
12. Masukkan file reseptor yang sudah di download, save file dengan nama
Reseptor.pdbqt
13. Klik edit, hydrogen, add, yes, polar only, ok
14. Klik edit, chargers, add kollman chargers, ok
15. Klik edit, hydrogen, merge non polar, continue
16. Klik grid, set map types, choose ligan, ligan, select ligan

17. Klik grid, grid box

18. Spacing 1 angstrom dan diatur semua agar masuk kedalam kotak

19. Masukkan angka yang sudah didapat dari

langkah sebelumnya ke notepad
20. Kemudian ketik angka berdasakan data yang di dapat seperti gambar
dibawah ini
21. Selanjutnya buka Command Prompt, dan cobalah jalankan program
pemanggilan vina.exe dengan cara lihat lokasi vina.exe lalu copaskan
lokasi vina.exe tersebut ke dalam Command Prompt (jika software
vina.exe terdapat di data D, maka masukan terlebih dahulu :D kemudian
tekan enter, lalu copaskan lokasi vina.exe

22. Setelah dimasukan dan dijalankan, agar tidak perlu menghafal perogres
dan masukan data, terdapat cara yang lebih cepat yaitu daftarkan lokasi
software vina.exe kedalam program, dengan cara buka Control Panel
kemudian pilih System and Scecurity, kemudian pilih System, kemudian
pada bagian kiri pilih Advanced System Settings, lalu pilih Environment
Variables
23. Setelah itu pilih variabel Path, kemudial pilih edit, kemudian pada jendela
edit pilih New, lalu masukan lokasi vina.exe yang di copaskan tadi (pada
langkah no.21)
24. Setelah selesai maka tekan saja OK, dan selamat vina.exe telah terdaftar
dalam Program File
25. Selnajutnya jalankan ulang kembali Command Prompt, lalu tulis vina.exe ,
maka pemanggilan vina.exe langsung akan keluar

26. Setalah berhasil memanggil vina.exe , selanjutnya masukan lokasi bahan

yang akan di docking, lalu tekan enter, kemudian ketik dir, setelah itu
ketik vina.exe makan prosessing doking akan dijalankan dan tunggulah
sampai 100%, maka docking telah selesai