Nim. : 06101181823015
Mata Kuliah : Metabolisme dan Informasi Genetik (Pertemuan Ke-7)
Materi : Gen
Kelas : Indralaya
GEN
a. Kode Genetik
Gen dikendalikan oleh struktur polipeptida. Urutan 4 pasang basa DNA dapat
mengotrol 20 asam amino pada protein. Molekul mRNA berperan untuk menentukan
urutan asam amino dari polipeptida. Dalam proses penentuan diperlukan kodon yang
terdiri dari triplet yang ikut menentukan asam amino yang akan terbentuk.
Tiga Nukleotida Per Kodon
Saat translasi, 20 asam amino berbeda yang digabungkan. Hal ini berarti
bahwa ada 20 kodon tersebut harus dibentuk dengan 4 simbol (basa) melalui
mRNA. Fakta utama mengenai kode genetika adalah fakta tentang kode triplet
( tiga nukleotida per kodon). Penelitian Crick (1961) dan temannya membuktikan
bahwa kode genetik terdiri atas kode triplet yang diperolehnya dari penelitiannya
tentang suatu penyebab mutasi pada suatu mutasi yang terjadi pada suatu alel rII
dari fage T4. Jika kita menengok kembali ulasan mengenai hasil yang kejadian atas
suppressor mutaions lebih cukup daripada back-mutations yang berasal dari tempat
aslinya. Penelitian Crick dan temannya beralasan jika original mutation yang
tunggal berdasarkan pasangan penjumlahan atau pengurangan maka suppressor
mutations harus menjadi pasangan tunggal baik dari pengurangan atau penjumlahan
berturut- turut dari kejadian tempat satu ke tempat yang lebih dekat dengan mutasi.
Pasangan yang tunggal dari penjumlahan atau pengurangan akan mengubah
reading frame pada gen dan mRNA untuk bagian dari gen distal pada mutasi. Hal
ini menandai bahwa penjumlahan dari tiga pasangan atau pengurangan dari tiga
pasangan bagian kiri distal yang ada di gen dengan memperbaiki reading frame.
Hasil ini dapatdijadikan harapan jika hanya masing-masing kodon yang
mengandung tiga nukleotida.
Penerjemahan kode
Penerjemahan kode ditentukan oleh :
1. Kodon yang spesifik dengan asam amino
2. Jumlah dari kemungkinan 64 kodon yang digunakan
3. Bagaimana kode dijelaskan
4. Apakah spesies yang berbeda menggunakan kodon yang sama atau tidak
Penemuan MW Nirenberg (penerima hadiah nobel 1968) dan JH Matthei
dan kemudian S. Ochoa (penerima hadiah nobel 1959) dan rekan kerjanya
menunjukkan bahwa sintesis molekul RNA dapat digunakan sebagai mRNA buatan
untuk sintesis protein in vitro. Ketika ribosom, tRNA aminoasil, dan faktor-faktor
protein terlarut yang dibutuhkan untuk penerjemahan yang dimurnikan dari mRNA
alami, komponen ini dapat dikombinasikan in vitro dan dirangsang untuk
mensintesis polipeptida dengan penambahan molekul RNA disintesis secara kimia.
Jika komposisi sintesis molekul-molekul mRNA diketahui, komposisi sintesis
polipeptid dapat digunakan untuk menentukan kodon asam amino. Penetapan
kodon pertama (UUU untuk fenilalanin) dibuat ketika Nirenberg dan Mathaei
mendemonstrasikan bahwa Polyuridylic acid [poly U= (U)n] didahului oleh sintesis
fenilalanin [(fenilalanin) n]. Ochoa melanjutkan dengan menggunakan RNAs
sintesis dengan urutan acak dari komposisi nukleotda yang telah diketahui.
Frekuensidari triplet yang berbeda ini dapat dengan mudah di kalkulasi.
Degenerasi dan Ketidakstabilan
Semua asam amino kecuali metionin dan triptofan ditentukan oleh lebih dari
satu kodon. Khususnya tiga asam amino, leusin, serin, dan arginin, yang masing-
masing ditentukan oleh enam kodon yang berbeda. Isoleusin memiliki tiga kodon.
Asam amino lainnya masing-masing memiliki dua atau empat kodon. Terjadinya
lebih dari satu kodon per asam amino yang disebut degenerasi. Degenerasi dalam
kode genetik tidak secara acak, sebaliknya, hal ini terjadi dengan teratur. Beberapa
kodon menentukan suatu asam amino hanya dengan pola tertentu yaitu base ketiga
atau 3 'dari kodon. Terdapat 2 jenis degenerasi yaitu:
1. Degenerasi parsial terjadi ketika base ketiga dapat berupa salah satu dari dua
pyrymidines (U dan C) atau sebaliknya, salah satu dari dua purin (A dan G).
Dengan degenerasi parsial, mengubah base ketiga dari purin ke pirimidin, atau
sebaliknya, akan mengubah asam amino yang ditentukan oleh kodon.
2. Degenerasi lengkap terjadi ketika salah satu dari empat basa dapat hadir pada
posisi ketiga dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino
yang sama. Misalnya, valin ditentukan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG.
Kode genetik telah dipastikan memiliki peran dalam meminimalisir mutasi
yang bersifat letal. Adanya penambahan basa pada posisi kodon ketiga tidak
mengubah asam amino yang ditetapkan oleh kodon. Oleh karena degenerasi kode
gen, harus ada beberapa tRNA berbeda yang mengenali kodon yang baru agar dapat
menentukan asam aminonya atau antikodon dari tRNA yang diberikan harus sesuai
dengan beberapa kodon yang baru. Terdapat beberapa tRNA untuk asam amino
tertentu, dan beberapa tRNA mengenali lebih dari satu kodon. Ikatan hidrogen antar
basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA muncul untuk mengikuti aturan
pemasangan basa yang terikat kuat, hanya untuk dua basa kodon pertama. Pasangan
basa yang melibatkan ketiga kodon terbaik yang tampak kurang kuat , sering
disebut dengan “goyah atau tidak stabil”.
Berdasarkan jarak molekuler dan sterik ( tiga - struktur dimensi ) dipertimbangkan ,
ketidakstabilan tersebut akan menghasilkan beberapa jenis tertentu.,yaitu pasangan
pada dasar kodon ketiga dalam interaksi kodon-antikodon. Hal ini mengharuskan
bahwa setidaknya ada dua tRNA untuk setiap asam amino yang menunjukkan
degenerasi kodon lengkap di posisi ketiga. Hipotesis wobble memprediksi
terjadinya tiga tRNA untuk kodon enam serin. tRNA serin telah ditandai sebagai
berikut.
1. tRNAser 1 (antikodon AGG) mengikat kodon UCU dan UCC
2. tRNAser 2 ( antikodon AGU ) mengikat kodon UCA dan UCG ,
3. tRNAser 3 ( antikodon UCG ) mengikat untuk kodon AGU dan AGC
Organisasi Genom
DNA unting ganda (double stranded, "ds") merupakan komponen
pembentuk genom kebanyakan organisme dan semua sel. Namun demikian, virus
RNA memiliki genom RNA ds atau unting tunggal (single stranded, "ss"). Secara
umum, setiap molekul asam nukleat genom dapat disebut sebagai kromosom.
Genom prokariota (organisme tanpa inti sel, contohnya bakteri) biasanya berupa
molekul tunggal dsDNA sirkular, walaupun dapat pula terdapat DNA
ekstrakromosom berbentuk plasmid sirkular yang menyandikan produk gen yang
menguntungkan namun tidak esensial. Sementara itu, genom eukariota (organisme
berinti sel, contohnya manusia) biasanya berupa sejumlah molekul dsDNA linear.
Istilah genom inti (nuclear genome) pada eukariota mengacu pada informasi
genetik berupa kromosom, dan kadang kala juga fragmen DNA ekstrakromosom, di
dalam inti sel. Genom ekstranuklear sel eukariotik mencakup genom mitokondria
dan kloroplas, yang berupa molekul dsDNA sirkular seperti pada prokariota.
Kebanyakan prokariota memiliki satu kromosom saja. Karena itu, prokariota
umumnya mengandung satu salinan setiap gen dan dengan demikian bersifat
haploid. Sementara itu, eukariota umumnya memiliki dua salinan setiap gen dan
secara genetik bersifat diploid. Ada pula organisme (misalnya, tumbuhan) yang
memiliki lebih dari dua set kromosom dalam inti setiap sel tubuhnya, atau disebut
bersifat poliploid.
Ukuran genom, jumlah gen, dan densitas gen
Secara umum, terdapat perbedaan ukuran genom, jumlah gen, dan densitas
gen antara prokariota dan eukariota. Prokariota memiliki genom yang lebih kecil
dengan jumlah gen lebih sedikit dan densitas gen lebih besar bila dibandingkan
dengan eukariota. Bakteria dan arkea umumnya memiliki genom berukuran sekitar
1–6 juta pasangan basa (Mb) yang mengandung 1.500–7.500 gen. Misalnya, genom
bakteri Escherichia coli berukuran 4,6 Mb dan mengandung sekitar 4.300 gen.
Sebaliknya, eukariota memiliki genom lebih besar dengan jumlah gen lebih banyak.
Genom khamir bersel tunggal Saccharomyces cerevisiae (tergolong fungi),
misalnya, berukuran sekitar 12 Mb, sedangkan kebanyakan tumbuhan dan hewan
multisel memiliki genom lebih dari 100 Mb. Sementara itu, jumlah gen dalam
genom eukariota dapat mencapai 5.000 pada fungi bersel tunggal sampai dengan
40.000 pada makhluk multiselular. Selain itu, eukariota secara umum memiliki
jumlah gen yang lebih sedikit per pasangan basa dibandingkan dengan prokariota,
yaitu densitas gennya lebih rendah. Misalnya, manusia memiliki genom dengan
ukuran ratusan sampai ribuan kali lebih besar daripada bakteri, tetapi jumlah
gennya hanya 5 sampai 15 kali lebih banyak.
c. Kromosom
Kromosom merupakan pembawa bahan genetik yang terdapat di dalam inti sel
setiap makhluk hidup. Kromosom berbentuk batang panjang atau pendek dan lurus atau
bengkok. Kromosom tersusun atas molekul DNA yang membawa keterangan genetik,
oleh karena itu kromosom mempunyai arti penting dalam genetika. Nama kromosom
diberikan oleh Waldeyer pada tahun 1888, sedang Morgan dalam tahun 1933
menemukan fungsi kromosom dalam pemindahan materi-materi genetik. DNA
merupakan persenyawaan kimia pembawa materi genetik. Di dalam kromosom
terdapat 35% DNA dari keseluruhan kromosom. DNA merupakan molekul hidup dan
dapat mengadakan replikasi (menggandakan diri). Karena mengandung molekul DNA,
kromosom pun dapat menggandakan diri. Selain itu, DNA merupakan tempat
penyimpanan informasi genetika yang akan diwariskan kepada keturunannya.
Kromosom dikatakan sebagai benang pembawa sifat, karena sifat-sifat makhluk hidup
pada dasarnya tersimpan di dalam DNA yang terdapat di dalam kromosom.
(sumber : situsbiologiindonesia.blogspot.com)
Suatu kromosom terdiri dari beberapa bagian yaitu kromatid, kromomer, sentromer
atau kinetokor, satelit, dan telomer.
d. . Kromatid
Kromatid adalah salah satu dari dua lengan hasil replikasi kromosom. Kromatid masih
melekat satu sama lain pada bagian sentromer. Istilah lain untuk kromatid adalah
kromonema. Kromonema merupakan filamen yang sangat tipis yang terlihat selama
tahap profase (dan kadang-kadang pada tahap interfase). Kromonema sebenarnya
merupakan istilah untuk tahap awal pemintalan kromatid. Jadi, kromonema dan
kromatid merupakan dua istilah untuk struktur yang sama.
e. Kromomer
Kromomu adalah penebalan-penebalan pada kromonema. Kromomer ini
merupakan struktur berbentuk manik-manik yang merupakan akumulasi dari materi
kromatin yang terkadang terlihat saat interfase. Kromomer sangat jelas terlihat pada
kromosom politen (kromosom dengan DNA yang telah direplikasi berulang kali tanpa
adanya pemisahan dan terletak berdampingan sehingga bentuk kromosom seperti
kawat).
f. Sentromer
Sentromer adalah daerah konstriksi (lekukan primer) di sekitar pertengahan
kromosom. Pada sentromer terdapat kinetokor. Kinetokor adalah bagian kromosom
yang yang merupakan tempat perlekatan benang spindel selama pembelahan inti dan
merupakan tempat melekatnya kromosom.
g. Lekukan kedua
Pada beberapa kromosom terdapat lekukan kedua yang berada di sepanjang lengan
dan berhubungan nucleolus. Oleh karena itu disebut dengan NOR (Nucleolar
Organizing Regions).
h. Satelit
Satelit adalah bagian kromosom yang berbentuk bulatan dan terletak di ujung
lengan kromatid. Satelit terbentuk karena adanya kontriksi sekunder di daerah tersebut.
Tidak semua kromosom memiliki satelit.
i. Telomer
Telomer merupakan istilah yang menunjukkan daerah terujung pada kromosom.
Telomer berfungsi untuk menjaga stabilitas bagian terujung kromosom agar DNA di
daerah tersebut tidak terurai. Karena pentingnya telomer, sel yang telomer
kromosomnya mengalami kerusakan umumnya segera mati.
Gb. Struktur kromosom Gb. Kromomer dan Kromonema
(sumber : situsbiologiindonesia.blogspot.com)
Letak sentromer pada kromosom membedakan jenis kromosom. Berdasarkan letak
sentromer, kromosom dibedakan menjadi:
1. Telosentrik : sentromer terletak di ujung kromosom sehingga kromosom hanya
memiliki sebuah lengan dan berbentuk seperti huruf I. Kromosom manusia tidak
ada yang berbentuk telosentrik.
2. Akrosentrik : sentromer terletak di dekat ujung kromosom. Satu lengan kromosom
sangat panjang, sedangkan lengan lainnya sangat pendek.
3. Submetasentrik : sentromer terletak di submedian (ke arah salah satu ujung
kromosom) dan membagi lengan kromosom menjadi dua lengan yang tidak sama
panjang. Satu lengan panjang dan satu lengan pendek, seperti huruf L.
4. Metasentrik : sentromer terletak di tengah, membagi lengan kromosom menjadi dua
lengan yang hampir sama panjang seperti huruf V.
Daftar pustaka :
Gardner, dkk. 1991. Principles of Genetiks Eight Edition. Canada : John Wiley & Sons,
Inc.
https://id.scribd.com/doc/299380773/Gen-Genom-Kromosom