Jurnal 2

Studi pemodelan struktural dan molekuler mengungkapkan mekanisme baru aksi klorokuin dan hidroksi
klorokuin terhadap infeksi SARS-CoV-2

○Abstrak

Munculnya baru-baru ini patogen virus SARS-coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang baru bertanggung jawab
atas pandemi di seluruh dunia. Menggunakan kombinasi pendekatan pemodelan struktural dan
molekuler, penelitian ini menunjukkan bahwa kloroquin (CLQ), salah satu obat yang saat ini sedang
diselidiki untuk perawatan SARS-CoV-2, mengikat asam sialat dan gangliosida dengan intensitas tinggi.
Penelitian ini menunjukkan bahwa, dengan adanya CLQ [atau turunannya yang lebih aktif,
hydroxychloroquine (CLQ-OH)], protein S virus tidak lagi mampu mengikat ganglioside. Identifikasi
mekanisme baru aksi CLQ dan CLQ-OH ini mendukung penggunaan obat-obatan yang diposisikan ulang
ini untuk menyembuhkan pasien yang terinfeksi dengan SARS-CoV-2

Pendahuluan

Munculnya baru-baru ini virus SARS patogen patogen 2 bertanggung jawab atas pandemi
global , dan ada kebutuhan mendesak untuk mengidentifikasi agen antivirus aktif. Beberapa
obat telah diuji, di antaranya chloroquine , obat antimalaria yang terkenal, adalah salah satu
yang paling menjanjikan karena telah menunjukkan kemanjuran yang nyata dalam pengobatan
pneumonia terkait COVID-19 dalam studi klinis baru-baru ini . Namun, mekanisme aksi CLQ
terhadap SARS-CoV-2 tidak jelas karena obat tampaknya mengerahkan berbagai efek antivirus
potensial . Oleh karena itu, meskipun CLQ secara klasik dianggap sebagai penghambat jalur
endositik melalui peningkatan pH endosom.

Salah satu karakteristik penting dari coronavirus manusia adalah bahwa selain reseptor
membran proteinnya, mereka juga bergantung pada glikoprotein dan gangliosida yang
mengandung asam sialat yang bertindak sebagai faktor perlekatan primer di sepanjang saluran
pernapasan . Penelitian menggunakan kombinasi pendekatan pemodelan struktural dan
molekul untuk menyelidiki interaksi potensial antara CLQ dan asam sialic. Situs pengikatan
ganglioside dalam domain N-terminal dari glikoprotein lonjakan dari SARS-CoV-2
diidentifikasi, dan CLQ ditunjukkan sebagai penghambat potensial interaksi S-ganglioside yang
terjadi pada awalnya. 

Selain itu, potensi antivirus CLQ dan turunannya hydroxychloroquine terhadap SARS-CoV-2

dibandingkan. Secara keseluruhan, penelitian ini menemukan bahwa CLQ dan CLQ-OH dapat
digunakan untuk melawan virus corona manusia yang patogen , termasuk SARS-CoV-2

METODE

Analisis in-silico dilakukan menggunakan Hyperchem dan Molecular viewer seperti yang
dijelaskan . Pada langkah berikutnya, ganglioside dimasukkan dalam kotak periodik yang
dilarutkan dengan 1128 molekul air. Ganglioside kemudian bergabung dengan domain NTD
protein SARS-CoV-2 S yang diperoleh dari file pdb # 6VSB . Kondisi awal terkait dengan
struktur minimal yang diperoleh dengan algoritma Polak-Ribière.

Kompleks berlabuh kemudian diserahkan ke siklus iteratif dari dinamika molekuler

menggunakan gaya CHARMM36 yang dioptimalisasi untuk karbohidrat . Energi interaksi
dihitung dari kompleks stabil menggunakan fungsi Inspektur Energi Ligand dari Molegro . Asam
N-acetylneuraminic dihasilkan dengan database Hychrenchem. Asam 9-O-asetil-N-
asetilneuramin diambil dari fi lm pdb 6Q06 .
○3. Hasil

(3.1.) Analisis struktural dan konformasi CLQ dan CLQ-OH dalam air

Struktur kimia CLQ dan CLQ-OH ditunjukkan pada Gambar. Satu-satunya perbedaan antara
kedua molekul adalah adanya gugus terminal hidroksil di CLQ-OH. Ketika direndam dalam
kotak periodik 31,5 A˚ 2 dengan 1042 molekul air, sistem mencapai, pada
kesetimbangan, energi interaksi diperkirakan -92 kJ. Mol − 1, terhitung untuk 56 molekul air
yang memecahkan CLQ-OH Gbr.

(3.2.) Asam sialat sebagai target molekul CLQ dan CLQ-OH

etika CLQ digabung dengan Neu5Ac, kecocokan sesaat terjadi antara dua molekul, yang
bentuk globalnya dalam air secara geometris saling melengkapi. Karena coronavirus secara
istimewa berinteraksi dengan asam 9-O-asetil-N-asetilneuramin [10], penelitian ini
menggunakan pendekatan pemodelan molekul yang sama untuk menilai apakah CLQ juga
dapat berinteraksi dengan asam sialat yang spesifik ini. 2 , dengan energi interaksi -45
kJ. Dalam hal ini, gugus karboksilat dari asam sialat berinteraksi dengan gugus kationik dari
cincin CLQ yang mengandung nitrogen.

Selanjutnya, CLQ-OH diuji untuk menilai apakah itu bisa, seperti CLQ, berikatan dengan 9-O-
SIA . Kompleks yang diperoleh dengan CLQ-OH sangat mirip dengan yang diperoleh dengan
CLQ [bandingkan Gambar. 3 dengan Gambar. Menariknya, gugus OH CLQ-OH memperkuat
kembali pengikatan CLQ dengan asam sialic melalui pembentukan ikatan hidrogen.

Mol − 1, yang sangat dekat dengan nilai ob- dipertahankan untuk CLQ .

(3.3.) Pengenalan molekuler gangliosides oleh CLQ dan CLQ-OH

Ketika digabung dengan ganglioside, CLQ memiliki dua situs pengikatan yang

berbeda, keduanya terletak di bagian sakarida kutub dari GM1. Situs kedua berada di area
yang luas termasuk persimpangan ceramide-gula dan bagian sakarida. Atom klorin CLQ
diarahkan ke arah sumbu ceramide, memungkinkan cincin CLQ yang mengandung nitrogen
untuk menumpuk ke cincin pyrane dari residu gula pertama . Komplementaritas geometris yang
sempurna dari kedua pasangan Gambar.

4 menyumbang energi interaksi yang sangat tinggi dalam kasus ini . Situasi serupa diamati
dengan CLQ-OH, yang menempati situs pengikatan yang sama dengan CLQ Gambar. Dalam
hal ini, energi interaksi semakin meningkat dengan menstabilkan kontak yang dibangun antara
dua molekul CLQ-OH, mencapai -120 kJ. Secara keseluruhan, data ini menunjukkan bahwa
CLQ dan CLQ-OH memiliki kecocokan yang baik untuk asam sialat, baik yang diisolasi atau
terikat pada gangliosida.

(3.4.) Analisis struktural NTD protein SARS-CoV-2 S

terdiri dari trimer protein S, masing-masing menyimpan dua domain berbeda yang jauh dari
amplop virus: daerah pengikatan reseptor dan NTD. NTD mengandung sekitar 290 residu asam
amino. Ujung NTD sangat menarik, karena menampilkan antarmuka datar. Urutan asam amino
dari permukaan antarmuka planar yang terletak di ujung NTD dianalisis untuk keberadaan
domain pengikat konsensia ganglioside. Motif ini dibatasi oleh tiga serangkai residu asam
amino wajib seperti - Xn - -Xn - . Aplikasi ketat dari algoritma ini tidak memungkinkan deteksi
potensi domain pengikat ganglioside di wilayah NTD ini. Pengamatan ini mendukung gagasan
bahwa ujung NTD dapat menampilkan antarmuka ganglioside-attachment yang besar.

(3.5. )Interaksi molekuler antara gangliosides dan NTD dari Protein SARS-CoV-2 S

Simulasi dinamis molekuler dari motif struktural yang mencakup residu asam amino 100-175
dari NTD Gambar. Seperti yang ditunjukkan pada Gambar. 6, bidang datar dari domain
struktural ini sangat cocok dengan bagian oligosakarida yang menonjol dari sisi
ganglion. Seperti yang diharapkan, penggabungan molekul GM1 kedua dengan kompleks GM1-
NTD yang dibentuk sebelumnya menghasilkan kompleks trimolekul yang terdiri dari dua
gangliosida dalam struktur seperti-piala simetris yang khas di mana NTD dapat memasukkan
domain pengikatan ganglioside antar-muka antar-muka .

(3.6.) Potensi interaksi terkoordinasi antara SARS-CoV-2 dan membran plasma sel inang

Model reseptor ganda seperti itu, konsisten dengan topologi protein SARS-CoV-2 S, diusulkan
pada Gambar. Dengan model ini dalam pikiran, efek potensial dari CLQ dan CLQ-OH
dipelajari, keduanya, menurut untuk data pemodelan molekuler, memiliki tingkat yang tinggi
untuk asam sialat dan gangliosida.

(3.7.) Mekanisme molekuler dari efek antivirus CLQ dan CLQ-OH:

Superposisi ini menunjukkan bahwa NTD dan obat berbagi posisi spasial yang sama ketika
terikat dengan GM1, sehingga GM1 tidak dapat mengikat protein virus dan obat secara
bersamaan. Dalam kasus CLQ dan CLQ-OH, itu adalah cincin yang mengandung nitrogen dari
obat yang bertumpu pada cincin Glc. Perhatikan bahwa cincin Phe-135 dan CLQ-OH terletak di
posisi yang sama . Molekul CLQ-OH lainnya, yang menutupi ujung bagian gula dari
ganglioside, berinteraksi dengan GalNAc ganglioside.

Ketika NTD terikat ke gli- glioside, rantai samping Asn-137 ditemukan dalam posisi yang tepat
ini . Gambar 4 , ikatan protein SARS-Cov-2 S dengan ganglioside yang sama benar-benar
dicegah. Energi yang dibutuhkan untuk mengatasi ketidakcocokan sterik ini diperkirakan
beberapa ratus kJ. Mol − 1, yang terlalu tinggi untuk terjadi.

(3.8.) Analisis keselarasan urutan SARS-CoV-2 dan coronavirus terkait

domain pengikat ganglioside dari NTD sepenuhnya dilestarikan dalam kelelawar RaTG13, yang
menunjukkan hubungan yang erat antara virus kelelawar kelelawar dan isolat manusia yang
saat ini beredar di seluruh dunia. Namun, motifnya sedikit berbeda pada coronavirus yang
terkait dengan kelelawar dan manusia lainnya , menunjukkan evolusi terbaru yang dapat
menjelaskan, paling tidak sebagian, mengapa SARS-CoV-2 lebih menular daripada coronavirus
manusia yang sebelumnya berkarakter.