Tugas Struktur & Fungsi Biomolekul

“Chemical Foundation”

Disusun oleh:
Erika Rahmawati

1806185254

Departemen Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Indonesia
2020
1.2 Dasar Kimia

Biokimia tujuannya untuk menjelaskan bentuk dan fungsi biologis dalam bidang
kimia. Menjelang akhir abad kedelapan belas, para kimiawan telah menyimpulkan bahwa
komposisi materi yang hidup sangat berbeda dari komposisi dunia mati. Antoine-Laurent
Lavoisier (1743-1794) mencatat kesederhanaan kimia relatif dari "dunia mineral" dan
mengontrasnya dengan kompleksitas "dunia tumbuhan dan hewan"; pada akhirnya, dia tahu,
hal itu terdiri dari senyawa yang kaya akan unsur karbon, oksigen, nitrogen, dan fosfor.
Selama paruh pertama abad kedua puluh, penyelidikan biokimia pararel dari
pemecahan glukosa dalam ragi dan pada sel otot hewan mengungkapkan kesamaan kimia
yang luar biasa dalam dua jenis sel yang tampaknya sangat berbeda ini; pemecahan glukosa
dalam sel-sel ragi dan otot melibatkan 10 perantara kimia yang sama, dan 10 enzim yang
sama. Studi selanjutnya dari banyaknya proses biokimia lainnya di berbagai organisme yang
berbeda yang sudah mengkonfirmasi generalisasi pengamatan ini, dirangkum dengan rapi
pada tahun 1954 oleh Jacques Monod: "What is true of E.coli is true of elephant."
Pemahaman saat ini bahwa semua organisme memiliki asal evolusi yang sama sebagian
didasarkan pada universalitas zat antara dan transformasi kimia yang diamati ini, sering
disebut "kesatuan biokimia."

Kurang dari 30 dari kira-kira 90 elemen kimia yang terjadi secara alami sangat
penting bagi organisme. Sebagian besar unsur dalam makhluk hidup memiliki jumlah atom
yang relatif rendah; hanya tiga yang memiliki nomor atom di atas selenium, 34 (Gbr. 1-13).
Empat unsur paling banyak dalam organisme hidup, dalam hal persentase jumlah total atom,
adalah hidrogen, oksigen, nitrogen, dan karbon, yang bersama-sama membentuk lebih dari
99% massa sebagian besar sel. Atom-atom tersebut merupakan elemen paling ringan yang
mampu membentuk satu, dua, tiga, dan empat ikatan secara efisien; secara umum, elemen
paling ringan membentuk ikatan terkuat. Elemen jejak (Gambar 1–13) mewakili sebagian
kecil dari berat tubuh manusia tetapi semuanya penting bagi kehidupan dan karena atom
tersebut penting untuk fungsi protein spesifik termasuk enzim-enzimnya. Misalnya, kapasitas
pengangkutan oksigen dari molekul hemoglobin benar-benar bergantung pada empat ion besi
yang hanya membentuk 0,3% dari massanya.

Biomolekul Adalah Senyawa Karbon dengan Berbagai Gugus Fungsional

Kehidupan organisme diatur di sekitar karbon, yang menyumbang lebih dari setengah
berat kering sel. Karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan atom hidrogen, dan ikatan
tunggal dan ganda dengan atom oksigen dan nitrogen (Gbr. 1-14).
 Yang paling penting dalam biologi adalah kemampuan atom karbon untuk
membentuk ikatan tunggal yang sangat stabil hingga empat atom karbon lainnya. Dua atom
karbon juga dapat berbagi dua (atau tiga) pasangan elektron, sehingga membentuk ikatan
rangkap (atau rangkap tiga). Empat ikatan tunggal yang dapat dibentuk oleh proyek atom
karbon dari nukleus hingga empat apeks tetrahedron (Gambar 1–15), dengan sudut sekitar
109,58 antara dua ikatan dan panjang ikatan rata-rata 0,154 nm.

Ada rotasi bebas di sekitar setiap ikatan tunggal, kecuali saat gugusnya besar atau
bermuatan yang melekat pada karbon, maka rotasinya dibatasi. Ikatan rangkap lebih pendek
(sekitar 0,134 nm) dan kaku, dan hanya memungkinkan rotasi terbatas pada sumbunya. Atom
karbon yang terhubung secara kovalen dalam biomolekul dapat membentuk rantai linier,
rantai bercabang, dan struktur siklik. Nampaknya ikatan karbon yang fleksibel, dengan
dirinya sendiri dan dengan unsur-unsur lain, merupakan faktor utama dalam pemilihan
senyawa karbon untuk mesin molekuler sel mencari asal dan evolusi organisme hidup. Tidak
ada unsur kimia lain yang dapat membentuk molekul dengan ukuran, bentuk, dan komposisi
yang berbeda. Sebagian besar biomolekul dapat dianggap sebagai turunan dari hidrokarbon,
dengan atom hidrogen digantikan oleh berbagai gugus fungsional yang memberikan sifat-
sifat kimia spesifik pada molekul, membentuk berbagai gugus senyawa organik. Yang khas
dari ini adalah alkohol, yang memiliki satu atau lebih gugus hidroksil; amina, dengan gugus
amino; aldehida dan keton, dengan gugus karbonil; dan asam karboksilat, dengan gugus
karboksil (Gbr. 1-16).
 Banyak biomolekul bersifat polifungsional, mengandung dua atau lebih jenis gugus
fungsional (Gbr. 1–17), masing-masing dengan karakteristik dan reaksi kimianya sendiri.
"Kekhasan" senyawa kimia ditentukan oleh gugus fungsional kimia dan disposisi mereka
dalam ruang tiga dimensi.

Sel Mengandung Set Universal dari Molekul yang Kecil

Terlarut dalam fase berair (sitosol) dari semua sel adalah kumpulan mungkin seribu
molekul organik kecil yang berbeda (Mr, 100 hingga, 500), dengan konsentrasi intraseluler
mulai dari nanomolar hingga milimolar. Ini adalah metabolit sentral dalam jalur utama yang
terjadi di hampir setiap sel — metabolit dan jalur yang telah dikonservasi selama evolusi.
Kumpulan molekul ini meliputi asam amino umum, nukleotida, gula dan turunannya yang
terfosforilasi, dan asam mono, di-, dan trikarboksilat. Molekul mungkin polar atau
bermuatan, dan larut dalam air. Mereka terperangkap dalam sel karena kedapnya membran
plasma terhadap mereka, meskipun transporter spesifik membran dapat mengkatalisis
perpindahan beberapa molekul ke dalam dan keluar dari sel atau antara kompartemen dalam
sel eukariotik. Kejadian universal set senyawa yang sama dalam sel hidup mencerminkan
konservasi evolusi jalur metabolisme yang berkembang pada saat sel baru.
Ada biomolekul kecil lainnya, khusus untuk jenis sel atau organisme tertentu. Sebagai
contoh, tanaman vaskular , dalam penambahan set universal, molekul kecil yang disebut
metabolit sekunder, yang memainkan peran khusus untuk kehidupan tanaman. Metabolit ini
termasuk senyawa yang memberikan aroma dan warna khas pada tanaman, dan senyawa
seperti morfin, kina, nikotin, dan kafein yang dihargai karena efek fisiologisnya pada
manusia tetapi digunakan untuk keperluan lain oleh tanaman.
Seluruh kumpulan molekul kecil dalam sel yang diberikan saat kondisi tertentu
tdisebut metabolom, paralel dengan istilah "genom." Metabolomik adalah karakterisasi
sistematis dari metabolom dalam kondisi yang sangat spesifik (seperti pemberian obat atau
sinyal biologis seperti insulin).
 Makromolekul Merupakan Konstituen Utama Sel
Banyak molekul biologis adalah
makromolekul, polimer dengan berat molekul di atas,
5.000 yang dikumpulkan dari prekursor yang relatif
sederhana. Polimer yang lebih pendek disebut
oligomer (oligos Yunani, “sedikit”). Protein, asam
nukleat, dan polisakarida adalah makromolekul yang
terdiri dari monomer dengan berat molekul 500 atau
kurang. Sintesis molekul makro adalah aktivitas utama
sel yang mengkonsumsi energi. Makromolekul sendiri
dapat dirakit lebih lanjut menjadi kompleks
supramolekul, membentuk unit fungsional seperti
ribosom. Tabel 1–1 menunjukkan kelas utama
biomolekul dalam sel E. coli
Protein, polimer panjang asam amino, merupakan fraksi terbesar (selain air) sel.
Beberapa protein memiliki aktivitas dan fungsi katalitik sebagai enzim; lainnya berfungsi
sebagai elemen struktural, reseptor sinyal, atau pengangkut yang membawa zat tertentu
masuk atau keluar sel. Protein mungkin yang paling serbaguna dari semua bio-molekul;
katalog fungsi mereka banyak dan akan sangat panjang. Jumlah semua protein yang berfungsi
dalam sel yang diberikan adalah proteom sel, dan proteomik adalah karakterisasi sistematis
pelengkap protein ini pada kondisi tertentu. Asam nukleat, DNA dan RNA, adalah polimer
nukleotida. Mereka menyimpan dan mengirimkan informasi genetik, dan beberapa molekul
RNA memiliki peran struktural dan katalitik dalam kompleks supramolekul. Genom adalah
seluruh urutan DNA sel (atau dalam kasus virus RNA, RNA-nya), dan genomik adalah
karakterisasi struktur komparatif, fungsi, evolusi, dan pemetaan genom. Polisakarida,
polimer gula sederhana seperti glukosa, memiliki tiga fungsi utama: sebagai penyimpan
bahan bakar yang kaya energi, sebagai komponen struktural dinding sel yang kaku (pada
tanaman dan bakteri), dan sebagai elemen pengenal ekstraseluler yang berikatan dengan
protein pada protein lain. Polimer gula yang lebih pendek (oligosakarida) yang melekat pada
protein atau lipid pada permukaan sel berfungsi sebagai sinyal seluler spesifik. Glisens sel
adalah semua molekulnya mengandung karbohidrat. Lipid, turunan hidrokarbon yang tidak
larut dalam air, berfungsi sebagai komponen struktural membran, penyimpanan bahan bakar
yang kaya energi, pigmen, dan sinyal intraseluler. Molekul yang mengandung lipid dalam sel
merupakan lipidomnya. Dengan penerapan metode sensitif dengan kekuatan penyelesaian
yang besar (spektrometri massa, misalnya), dimungkinkan untuk membedakan dan
menghitung ratusan atau ribuan komponen ini, dan oleh karena itu untuk mengukur variasi
mereka dalam menanggapi perubahan kondisi, sinyal, atau obat-obatan. Sistem biologi adalah
suatu pendekatan yang mencoba untuk mengintegrasikan informasi dari genomik, proteomik,
glikomik, dan lipidomik untuk memberikan gambaran molekuler dari semua aktivitas sel di
bawah serangkaian kondisi tertentu, dan perubahan yang terjadi ketika sistem terganggu oleh
sinyal atau keadaan eksternal atau oleh mutasi.
Protein, polinukleotida, dan polisakarida memiliki sejumlah besar subunit monomer
dan dengan demikian berat molekulnya tinggi — dalam kisaran 5.000 hingga lebih dari 1 juta
untuk protein, hingga beberapa miliar untuk asam nukleat, dan dalam jutaan untuk
polisakarida seperti pati. Molekul lipid individu jauh lebih kecil (Mr 750 hingga 1.500) dan
tidak diklasifikasikan sebagai makromolekul. Tetapi mereka dapat mengasosiasikan secara
nonkovalen ke dalam struktur yang sangat besar. Selaput sel dibangun dari agregat besar
noncovalent dari molekul lipid dan protein.
 Dengan rangkaian subunit kaya informasi
yang khas, protein dan asam nukleat sering disebut
informasi makromolekul. Beberapa
oligosakarida, seperti disebutkan di atas, juga
berfungsi sebagai molekul informasi.

Struktur Tiga Dimensi Dijelaskan oleh

Konfigurasi dan Konformasi
Ikatan kovalen dan gugus-gugus fungsional
dari suatu biomolekul, tentu saja, merupakan pusat
dari fungsinya, tetapi demikian juga susunan atom
penyusun molekul dalam ruang tiga dimensi —
stereokimia. Senyawa yang mengandung karbon
umumnya ada sebagai stereo, molekul dengan ikatan kimia yang sama dan formula kimia
yang sama tetapi konfigurasi berbeda, pengaturan spasial atom yang tetap. Interaksi antara
biomolekul selalu bersifat stereospesifik, membutuhkan konfigurasi spesifik dalam molekul
yang berinteraksi.
Gambar 1–18 menunjukkan tiga cara untuk menggambarkan stereokimia, atau
konfigurasi, molekul sederhana. Diagram perspektif menentukan stereokimia dengan jelas,
tetapi sudut ikatan dan panjang ikatan pusat-ke-pusat lebih baik diwakili dengan model ball-
and-stick. Dalam model pengisian ruang, jari-jari setiap "atom" sebanding dengan jari-jari
van der Waals, dan kontur model menentukan ruang yang ditempati oleh molekul (volume
ruang dari mana atom dari molekul lain tidak termasuk).
Konfigurasi diberikan dengan adanya (1) ikatan rangkap, di mana ada sedikit atau
tidak ada kebebasan rotasi, atau (2) pusat kiral, di mana kelompok-kelompok substituen
diatur dalam orientasi tertentu. Karakteristik pengidentifikasi stereoisomer adalah bahwa
mereka tidak dapat dipertukarkan tanpa secara temporer memutus satu atau lebih ikatan
kovalen.

Gambar 1–19a menunjukkan konfigurasi asam maleat dan isomernya, asam fumarat.
Senyawa ini adalah isomer geometris, atau isomer cis-trans; mereka berbeda dalam
pengaturan kelompok substituen mereka sehubungan dengan ikatan rangkap nonrotating
(Latin cis, "di sisi ini" - kelompok di sisi yang sama dari ikatan rangkap; trans, "di" -
kelompok di sisi yang berlawanan). Asam maleat (jantan pada pH sitoplasma netral) adalah
isomer cis dan asam fumarat (fumarat) isomer trans; masing-masing adalah senyawa yang
terdefinisi dengan baik yang dapat dipisahkan dari yang lain, dan masing-masing memiliki
sifat kimia yang unik. Situs pengikatan (pada enzim, misalnya) yang saling melengkapi untuk
salah satu molekul ini tidak akan saling melengkapi, yang menjelaskan mengapa kedua
senyawa memiliki peran biologis yang berbeda meskipun susunan kimianya mirip.
 Pada tipe stereoisomer kedua, empat substituen yang berbeda yang terikat pada atom
karbon tetrahedral mungkin diatur dalam dua cara berbeda di ruang angkasa — yaitu,
memiliki dua konfigurasi (Gbr. 1–20) —menghasilkan dua stereoisomer yang memiliki
bahan kimia yang mirip atau identic sifat tetapi berbeda dalam sifat fisik dan biologis
tertentu. Sebuah atom karbon dengan empat substituen yang berbeda dikatakan asimetris, dan
karbon asimetris disebut pusat kiral (chiros Yunani, "tangan"; beberapa stereoisomer terkait
secara struktural seperti tangan kanan ke kiri). Sebuah molekul dengan hanya satu karbon
kiral dapat memiliki dua stereoisomer; ketika dua atau lebih (n) karbon kiral hadir, mungkin
ada stereo stereo 2n. Stereoisomer yang merupakan gambar cermin satu sama lain disebut
enantiomer (Gbr. 1–20). Pasangan stereoisomer yang bukan gambar cermin satu sama lain
disebut diastereomer (Gbr. 1-21).

Seperti yang diamati oleh Louis Pasteur pertama kali pada tahun 1843 , enansiomer
memiliki reaktivitas kimia yang hampir identik tetapi berbeda dalam sifat fisik yang khas:
interaksi mereka dengan cahaya yang terpolarisasi bidang. Dalam solusi terpisah, dua
enansiomer memutar bidang cahaya terpolarisasi bidang dalam arah yang berlawanan, tetapi
solusi equimolar dari dua enansiomer (campuran rasemat) tidak menunjukkan rotasi optik.
Senyawa tanpa pusat kiral tidak memutar bidang cahaya terpolarisasi bidang.

Key convention: Mengingat pentingnya stereokimia dalam reaksi antara biomolekul (lihat di
bawah), ahli biokimia harus memberi nama dan mewakili struktur masing-masing biomolekul
sehingga stereokimianya tidak berbahaya. Untuk senyawa dengan lebih dari satu pusat kiral,
sistem nomenklatur yang paling berguna adalah sistem RS. Dalam sistem ini, setiap
kelompok yang terikat pada karbon organik ditugaskan sebagai prioritas. Prioritas beberapa
substituen umum adalah

Untuk penamaan dalam sistem RS, atom kiral dipandang dengan kelompok prioritas
terendah (4 dalam diagram berikut) yang menunjuk menjauh dari penampil. Jika prioritas dari
tiga kelompok lainnya (1 hingga 3) menurun dalam urutan waktu, konfigurasinya adalah (R)
(Latin rectus, “right”); jika berlawanan arah jarum jam, konfigurasinya adalah (S) (Latin
sinister, “left”). Dengan cara ini setiap karbon kiral ditunjuk (R) atau (S), dan dimasukkannya
 sebutan ini dalam nama senyawa memberikan deskripsi
yang jelas tentang stereokimia di setiap pusat kiral. Sistem
penamaan lain untuk stereoisomer, sistem D dan L, dapat
dinamai secara jelas oleh kedua sistem.
Berbeda dari konfigurasi adalah konformasi
molekul, pengaturan spasial kelompok substituen yang,
tanpa memutuskan ikatan apa pun, bebas untuk
mengambil posisi yang berbeda di ruang angkasa karena
kebebasan rotasi tentang ikatan tunggal. Dalam etana
hidrokarbon sederhana, misalnya, ada hampir seluruh
kebebasan rotasi di sekitar ikatan COC. Banyak
perbedaan, konformasi yang dapat dipertukarkan dari
etana dimungkinkan, tergantung pada tingkat rotasi (Gbr.
1-2). Dua konformasi menarik perhatian: yang terhuyung-huyung, yang lebih stabil daripada
yang lain dan dengan demikian mendominasi, dan yang pudar, yang paling tidak stabil. Kami
tidak dapat mengisolasi salah satu dari bentuk konformasi ini, karena mereka dapat
dipertukarkan dengan bebas. Namun, ketika satu atau lebih atom hidrogen pada setiap karbon
digantikan oleh gugus fungsional yang sangat besar atau bermuatan listrik, kebebasan rotasi
di sekitar ikatan COC terhambat. Ini membatasi jumlah konfigurasi stabil turunan etana.

Interaksi antara Biomolekul Adalah Stereospesifik

Ketika biomolekul berinteraksi, "kecocokan" di antara keduanya harus benar secara
stereokimia. Struktur tiga dimensi biomolekul besar dan kecil — kombinasi konfigurasi dan
konformasi — adalah yang paling penting dalam interaksi biologis mereka: reaktan dengan
enzimnya, hormon dengan reseptornya pada permukaan sel, antigen dengan antibodi
spesifiknya, misalnya (Gbr. 1-23). Studi tentang stereokimia biomolekuler, dengan metode
fisik yang tepat, merupakan bagian penting dari penelitian modern tentang struktur sel dan
fungsi biokimia.

Dalam organisme hidup, molekul kiral biasanya hadir hanya dalam salah satu bentuk
kiralnya. Sebagai contoh, asam amino dalam protein hanya terjadi sebagai isomer L mereka;
glukosa hanya muncul sebagai isomer D-nya. Sebaliknya, ketika suatu senyawa dengan atom
karbon asimetris secara kimiawi disintesis di laboratorium, reaksi biasanya menghasilkan
semua bentuk kiral yang mungkin: campuran bentuk D dan L, misalnya. Sel-sel hidup hanya
menghasilkan satu bentuk kiral dari suatu biomolekul karena enzim yang mensintesis
molekul itu juga kiral.
 Stereospecificity, kemampuan untuk membedakan antara stereoisomer, adalah
properti enzim dan protein lain dan fitur karakteristik dari logika molekuler sel hidup. Jika
situs pengikatan pada protein adalah komplemen untuk satu isomer dari senyawa kiral, itu
tidak akan komplementer dengan isomer lainnya, untuk alasan yang sama bahwa sarung
tangan kiri tidak cocok dengan tangan kanan. Beberapa contoh mencolok dari kemampuan
sistem biologis untuk membedakan stereoisomer ditunjukkan pada Gambar 1-14.

RINGKASAN :
 Karena fleksibilitas ikatannya, karbon dapat menghasilkan beragam kerangka karbon-
karbon dengan berbagai gugus fungsi; kelompok-kelompok ini memberikan
biomolekul kepribadian biologis dan kimianya.
 Seperangkat hampir seribu universal molekul kecil ditemukan dalam sel hidup;
interkonversi molekul-molekul ini di jalur metabolisme sentral telah dilestarikan
dalam evolusi.
 Protein dan asam nukleat adalah polimer linier dari subunit monomer sederhana;
urutannya mengandung informasi yang memberi masing-masing molekul struktur tiga
dimensi dan fungsi biologisnya.
 Konfigurasi Molekul hanya dapat diubah dengan memutus ikatan kovalen. Untuk
atom karbon dengan empat substituen berbeda (karbon kiral), gugus substituen dapat
diatur dalam dua cara berbeda, menghasilkan stereoisomer dengan sifat berbeda.
Hanya satu stereoisomer yang aktif secara biologis. Konformasi molekul adalah posisi
atom dalam ruang yang dapat diubah dengan rotasi tentang ikatan tunggal, tanpa
memutus ikatan kovalen.
 Interaksi antara molekul biologis hampir selalu stereospecific: mereka membutuhkan
kecocokan erat antara struktur pelengkap dalam molekul yang berinteraksi.