MODUL 1.

PENGENALAN WEBSITE BIOINFORMATIKA

Instruksi Umum
1. Poin a-e merupakan tugas yang harus anda kerjakan pada lembar/template yang telah
diberikan. Lengkapi tugas tersebut dan submit jawaban anda via email ke:
bioinformatika3103@gmail.com dengan subjek “BIOINFORMATIKA 1_
_NAMA_NIM_2020”. Ganti nama file template dengan identitas anda seperti subjek email.
Deadline pengiriman tugas adalah hari Senin, 2 September 2020 23.59
2. Jika ada perubahan informasi, akan disampaikan informasi di kelas atau melalui ketua
kelas.

Pengenalan NCBI (Gene Bank)

1. Pada browser Anda buka alamat berikut, www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Pada kotak query ketik kata “insulin”, lalu klik *Search
a. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh?
b. Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?
c. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang Anda peroleh?
3. Klik link hasil DATA [Pubmed]
4. Scroll ke bawah, cari box [Search Details]
d. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “insulin” yang Anda masukkan
untuk data Pubmed ini?
5. Scroll ke atas sampai bagian menu search. Pada tombol pull-down, ganti opsi
“PubMed” menjadi opsi “MeSH” (Medical Subject Heading), lalu klik *Search
e. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh sekarang?
f. Berbedakah dengan jumlah DATA awal?
6. Scroll ke bawah, lihat box [Search Details]
g. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “insulin” Anda sekarang?
7. Kembali ke halaman muka NCBI (klik logo [NCBI] di sudut kiri atas)
8. Pada pull-down menu “search” pilih opsi “Nucleotide”
9. Pada kotak search ketik kata “insulin”, lalu klik *Search
h. Berapa entry yang muncul?
10. Buka pada tab baru entry yang pertama (klik Nomor Akses yang di-highlight pada
entry yang kelima)
i. Berasal dari organisme apakah entry nukleotida tersebut? Berapa pasang basa sekuen
nukleotida pada entry tersebut? (Print screen full browser, lingkari bagian informasi)
11. Kembali ke halaman muka NCBI
12. Pada pull-down menu “Search” pilih opsi “Taxonomy” pada kotak query ketik
“Salmonella”, klik [Search]
j. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang muncul?
13. Buka pada tab baru, opsi “nucleotida”
k. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang ada pada genus Salmonella?
14. Buka pada tab baru, opsi “protein”
l. Berapakah jumlah DATA Protein yang ada pada genus Salmonella?
15. Kembali ke halaman muka NCBI
16. Pada pull-down menu “Search” pilih “Nucleotida”, pada kotak query ketik
“Salmonella”, lalu klik [Search]
m. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang diperoleh?
17. Masih pada halaman nucleotide, arahkan kursor ke kiri layar dan klik pilihan
*mRNA. Selanjutnya pilih tab *advance. Pada halaman advanced search builder, klik
pilihan *organisme di pull-down menu, dan ketik Salmonella pada row disebelah
kanan. Selanjutnya klik tab [search]
18. Cari box [Search Details]

6
 n. Tulis kembali query yang tertulis pada kotak tersebut!
19. Kembali ke halaman advance search. Pilih “organisme” pada pull-down menu pertama,
dan ketik kembali mycobacterium. Selanjutnya Pilih “And”, dan tambahkan filter “title”
pada pull-down menu kedua. Ketik “polymerase” pada row di sebelah kanan dan
terakhir klik tombol [search]
o. Berapa jumlah DATA yang muncul? Apakah judul hasil subjek pertama? (Print screen
full browser, lingkari bagian informasi)

Pengenalan Website Bioinformatika Protein

A. Uniprot
1. Buka www.uniprot.org
2. Search in: (UniprotKB) dengan query “s-hbsag”
a. Ada berapa jumlah data yang muncul?
3. Buka pada tab baru salah satu entry (klik Nomor Akses yang di-highlight pada
entry yang pertama)
b. Tuliskan Accesion Number yang tercantum!
c. Tuliskan nama protein tersebut!
d. Apa Gen Name dari protein tersebut?
e. Berasal dari organisme apakah protein tersebut? (Print screen full browser,
lingkari bagian informasi)

B.PDB
1. Buka www.pdb.org
2. Pada search engine, ketik “ s-protein”, klik tombol “Go”
a. Ada berapa jumlah data “structure hits” yang muncul?
b. Klik tab “Citations”, Sebutkan judul jurnal pada urutan pertama! (Print screen
full browser, lingkari bagian informasi)
c. Berapa nomor ID protein dari jurnal di atas?
3. Klik nomor ID protein artikel tersebut
d. Apa nama molekul tersebut dan berapa panjangnya?
e. Metode apa yang digunakan untuk mendapat gambar molekul tersebut? (Print screen
full browser, lingkari bagian informasi)