Nama : Gilang Ramadhan

NIM : 14116055
Prodi : Teknik Informatika

MODUL 1. PENGENALAN WEBSITE BIOINFORMATIKA

A. Pengenalan NCBI (Gene Bank)

1. Pada browser Anda buka alamat berikut, www.ncbi.nlm.nih.gov

2. Pada kotak query ketik kata “insulin”, lalu klik *Search

a. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh?

Jawab : Literature ( PubMed sebanyak 417,910 data).

b. Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?

Jawab : Genomes ( Nucletoida sebanyak 213,439 data).
c. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang Anda peroleh?
Jawab : Genomes ( Taxonomy sebanyak 0 data).

3. Klik link hasil DATA [Pubmed]

4. Scroll ke bawah, cari box [Search Details]

d. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “insulin” yang Anda

masukkan untuk data Pubmed ini?
Jawab : Pada dasarnya interpretasi query dengan kata kunci “insulin’
adalah dengan cara mengklasifikasikan skema kata kunci tersebut
sehingga ketika user menginput sebuah kata kunci (ex. insulin) maka
data yang ditampilkan akan selalu ada string yang diinputkan.
Adapunn tambahan yang diberikan yakni dengan nomor akses atau
nomor GI secara langsung sistem akan menampilkan catatan
sequence.

5. Scroll ke atas sampai bagian menu search. Pada tombol pull-down, ganti opsi

“PubMed” menjadi opsi “MeSH” (Medical Subject Heading), lalu klik *Search
e. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh sekarang?
Jawab : 429 data.
f. Berbedakah dengan jumlah DATA awal?
Jawab : Ya, berbeda.
6. Scroll ke bawah, lihat box [Search Details]

g. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “insulin” Anda sekarang?

Jawab : "insulin"[MeSH Terms] OR insulin[Text Word].

7. Kembali ke halaman muka NCBI (klik logo [NCBI] di sudut kiri atas)

8. Pada pull-down menu “search” pilih opsi “Nucleotide”

9. Pada kotak search ketik kata “insulin”, lalu klik *Search

h. Berapa entry yang muncul?

Jawab : 213,439 data dengan data species :
Animals(74,882), Plants(584), Fungi(2,689), Protists(405), Bacteria(107,676),
Archaea(9), Viruses(251)

10. Buka pada tab baru entry yang pertama (klik Nomor Akses yang di-
highlight pada entry yang kelima)

i. Berasal dari organisme apakah entry nukleotida tersebut? Berapa pasang basa sekuen
nukleotida pada entry tersebut? (Print screen full browser, lingkari bagian informasi)
11. Kembali ke halaman muka NCBI

12. Pada pull-down menu “Search” pilih opsi “Taxonomy” pada kotak query
ketik
“Salmonella”, klik [Search]
j. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang muncul?
Jawab : 1 data (Genomes)
13. Buka pada tab baru, opsi “nucleotida”

k. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang ada pada genus Salmonella?

Jawab : 3,295,956 data (Genomes)

14. Buka pada tab baru, opsi “protein”

l. Berapakah jumlah DATA Protein yang ada pada genus Salmonella?

Jawab : 61,199,253 data (Proteins)

15. Kembali ke halaman muka NCBI

16. Pada pull-down menu “Search” pilih “Nucleotida”, pada

kotak query ketik “Salmonella”, lalu klik [Search]

m. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang diperoleh?

Jawab : 3,295,956 data (Genomes)

17. Masih pada halaman nucleotide, arahkan kursor ke kiri layar dan klik
pilihan *mRNA. Selanjutnya pilih tab *advance. Pada halaman advanced
search builder, klik pilihan *organisme di pull-down menu, dan ketik
Salmonella pada row disebelah kanan. Selanjutnya klik tab [search]

18. Cari box [Search Details]

n. Tulis kembali query yang tertulis pada kotak tersebut!

Jawab : "Salmonella"[Organism] AND biomol_mrna[PROP]

19. Kembali ke halaman advance search. Pilih “organisme” pada pull-down

menu pertama, dan ketik kembali mycobacterium. Selanjutnya Pilih “And”,
dan tambahkan filter “title” pada pull-down menu kedua. Ketik
“polymerase” pada row di sebelah kanan dan terakhir klik tombol [search]
o. Berapa jumlah DATA yang muncul? Apakah judul hasil subjek pertama?
(Print screen full browser, lingkari bagian informasi)