Nama : Taufik Agung Santoso

NIM : 14116007
TEKNIK INFORMATIKA

MODUL 1. PENGENALAN WEBSITEBIOINFORMATIKA

Pengenalan NCBI (Gene Bank)
1. Pada browser Anda buka alamat berikut,www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Pada kotak query ketik kata “insulin”, lalu klik *Search
a. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh?
Jawab = 417.910

b. Berapa jumlah DATA Nucleotida yang Anda peroleh?

Jawab : 213.439

c. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang Anda peroleh?

Jawab : 0

3. Klik link hasil DATA [Pubmed]

4. Scroll ke bawah, cari box [Search Details]
d. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “insulin” yang Anda masukkan
untuk data Pubmed ini?
Jawab : tidak ditemukan box search details pada halaman tampilan web
terbaru
5. Scroll ke atas sampai bagian menu search. Pada tombol pull-down, ganti opsi
“PubMed” menjadi opsi “MeSH” (Medical Subject Heading), lalu klik*Search
 Tampilan website terbaru tidak memiliki tombol pull-down pada search akan
tetapi jika kembali (hasil pencarian awal) dan klik “MeSH” akan tampil tombol
pull-down dan tampilan seperti yang diminta di soal “d” akan muncul.
e. Berapa jumlah DATA Pubmed yang Anda peroleh sekarang?
jawab : 429
 f. Berbedakah dengan jumlah DATA awal?
Jawab : iya berbeda

6. Scroll ke bawah, lihat box [Search Details]

g. Bagaimana entrez menginterpretasikan query “insulin” Anda sekarang?
Jawab : "insulin"[MeSH Terms] OR insulin[Text Word]

7. Kembali ke halaman muka NCBI (klik logo [NCBI] di sudut kiri atas)
8. Pada pull-down menu “search” pilih opsi “Nucleotide”
9. Pada kotak search ketik kata “insulin”, lalu klik*Search
h. Berapa entry yang muncul?
Jawab : 213.439
10. Buka pada tab baru entry yang pertama (klik Nomor Akses yang di-highlight pada
entry yang kelima)

i. Berasal dari organisme apakah entry nukleotida tersebut? Berapa pasang basa
sekuen nukleotida pada entry tersebut? (Print screen full browser, lingkari
bagian informasi)
Jawab : Homo sapiens
11. Kembali ke halaman muka NCBI
12. Pada pull-down menu “Search” pilih opsi “Taxonomy” pada kotak query ketik
“Salmonella” klik [Search]
j. Berapa jumlah DATA Taxonomy yang muncul?
Jabaw : hanya satu (1) data

13. Buka pada tab baru, opsi “nucleotida”

k. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang ada pada genus Salmonella?
Jawab : 3.292.651

14. Buka pada tab baru, opsi “protein”

l. Berapakah jumlah DATA Protein yang ada pada genus Salmonella?
Jawab : 61.187.650
15. Kembali ke halaman muka NCBI
16. Pada pull-down menu “Search” pilih “Nucleotida”, pada kotak query ketik
“Salmonella”, laluklik [Search]
m. Berapakah jumlah DATA Nukleotida yang diperoleh?
Jawab : 3.292.651

17. Masih pada halaman nucleotide, arahkan kursor ke kiri layar dan klik pilihan
*mRNA. Selanjutnya pilih tab *advance. Pada halaman advanced search builder, klik
pilihan *organisme di pull-down menu, dan ketik Salmonella pada row disebelah
kanan. Selanjutnya klik tab [search]
18. Cari box [Search Details]
n. Tulis kembali query yang tertulis pada kotak tersebut!
Jawab : "Salmonella"[Organism] AND biomol_mrna[PROP]

19. Kembali ke halaman advance search. Pilih “organisme” pada pull-down menu
pertama, dan ketik kembali mycobacterium. Selanjutnya Pilih “And”, dan tambahkan
filter “title” pada pull-down menu kedua. Ketik “polymerase” pada row di sebelah
kanan dan terakhir klik tombol [search]

o. Berapa jumlah DATA yang muncul? Apakah judul hasil subjek pertama?
(Print screen full browser, lingkari bagian informasi)
Jawab : 9 data
Pengenalan Website Bioinformatika Protein
A. Uniprot

1. Buka www.uniprot.org
2. Search in: (UniprotKB) dengan query“s-hbsag”

a. Ada berapa jumlah data yang muncul?

Jawab : terdapat 88 data yang terbagi menjadi 2 yaitu reviewed dan
unreviewed.

3. Buka pada tab baru salah satu entry (klik Nomor Akses yang di-highlight pada
entry yang pertama)

b. Tuliskan Accesion Number yang tercantum!

Jawab : P30019
c. Tuliskan nama protein tersebut!
Jawab :
Recommended name:

Small envelope protein

Alternative name(s):
S glycoprotein
S-HBsAg
Short name:
SHB
Small S protein
Small surface protein
d. Apa Gen Name dari protein tersebut?
Jawab : seperti pada gambar jawaban nomor 3c nama gennya adalah “S”
e. Berasal dari organisme apakah protein tersebut? (Print screen full browser,
lingkari bagian informasi)
Jawab : seperti pada gambar jawaban nomor 3c asal organismenya adalah
“Hepatitis B virus genotype C subtype adr (isolate China/NC-1/1988) (HBV-
C)”
B. PDB

1. Buka www.pdb.org
2. Pada search engine, ketik “ s-protein”, klik tombol “Go”
a. Ada berapa jumlah data “structure hits” yang muncul?
Jawab : 167.124 

b. Klik tab “Citations”, Sebutkan judul jurnal pada urutan pertama! (Print screen
full browser, lingkari bagian informasi)
Jawab : pada tampilan terbaru tidak ada tab citation

Akan tetapi citation akan dapat ditemukan dengan cara klik pada hasil cari :
 c. Berapa nomor ID protein dari jurnal diatas?
Jawab : 5DST

3. Klik nomor ID protein artikel tersebut

d. Apa nama molekul tersebut dan berapa panjangnya?
Jawab : d

e. Metode apa yang digunakan untuk mendapat gambar molekul tersebut? (Print
screen full browser, lingkari bagian informasi)
Jawab : X-RAY DIFFRACTION