Nama : Hafidz Ar Rashif Habibi

NPM : 230110200159
Kelas : Perikanan C
Praktikum Bioteknologi Perikanan

Resume Ke-6 “Analisis Data”

Pendahuluan
DNA merupakan kepanjangan dari Deoxyribo Nucleic Acid. DNA merupakan suatu Asam
Nukleat yang menyimpan segala informasi biologi dari setiap makhluk hidup yang menentukan
jenis rambut, warna kulit dan sifat-sifat khusus dari manusia. DNA dapat mereplikasi membentuk
salinannya sendiri dan setiap untainya berisi atas unit berulang yang disebut nukleotida.

History of DNA Sequencing

1953 : Discovery of the structure of the DNA double helix
1972 : Development of recombinant DNA technology
1977 : The first complete DNA genome to be sequenced id that of Bacteriophage ΦX174 &
Frederick Sanger publishes “DNA sequence with chain terminating inhibitors”
1984 : Medical research council scientists decipher the complete DNA sequence of the Epstein
barr virus, 170 kb
1987 : Applied biosystems markets first automated sequencing machine the model ABI 370
1990 : The U.S. National Institutes of Health (NIH) begins large-scale sequencing trials on M.
capricolum, E. coli Caenorhapditis elegans and S. cerevisiae.
1995 : Craig Venter Hamilton Smith and colleagues publish the 1st complete genome of bacterium
H. influenza (whole-genome shotgun sequencing)
1996 : Pal Nyren and his student Mostafa Ronaghi at the Royal Institute of Technology in
Stockholm publish their method of Pyrosequencing
1998 : Phil Green and Brent Ewing of the University of Washington publish “phred” for sequencer
data analysis
2001 : a draft sequence of the human genome is published
2004 : 454 Life Sciences markets a parallelized version of Pyrosequencing
2006 : Era of next generation sequencing - 454 sequencing, illumine, etc.
Prinsip Dasar Sekuensing DNA
- DNA sequencing menggunakan menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction)
sebagai pijakannya
- DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan (template)
- Kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi
PCR
- Namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu seperti buffer, dNTPs dan ddNTP.
Proses ini dinamakan cycle sequencing
Metode Sanger
Metode yang pertama kali dikembangkan oleh Frederick Sanger pada tahun 1975, yaitu
dengan melakukan reaksi cycle sequencing pada empat tabung terpisah yang masing-masing berisi
semua pereaksi yang dibutuhkan.
1. DNA utas sebagai template DNA
2. Primer yang sesuai (sepotong kecil DNA yang berpasangan dengan template DNA dan
berfungsi sebagai starting point untuk replikasi
3. DNA polymerase (enzim yang mengkopi DNA, menambahkan nukleotida baru ke ujung 3
dari template
4. Sejumlah kecil di deoxynucleotide yang dilabel (radioaktif atau dengan pewarna
fluorescent)
5. Template DNA direplikasi melibatkan nukleotida normal tetapi secara random
dideocynukleotida diambil (dipasangkan)
6. Penambahan dideoxynukleotida menyebabkan reaksi berhenti. Khusus untuk ddNTP, yang
ditambahkan hanya 1 jenis untuk setiap tabung. Setiap tabung diberi tanda, A jika yang
ditambahkan adalah ddATP, G jika ddGTP, C jika ddCTP, dan T jika ddTTP.
7. Karena tiap panjang yang berbeda bergerak dengan kecepatan yang berbeda selama
elektroforesis, maka urutannya dapat ditentukan
Faktor Penentu Keberhasilan Sekuensing DNA
1. Ekstraksi DNA untuk sekuensing DNA
2. Sekuensing menggunakan Dye Terminator
3. Sekuensing dengan bahan kimia
4. Sekuensing menggunakan Dye Primers
Cara Analisis Data
Analisis data menggunakan dua aplikasi, yaitu Bioedit dan Mega X. Sebelum melakukan
analisis data maka perlu untuk mendownload dua aplikasi tersebut. Cara mendownload aplikasi
tersebut sebagai berikut :
1. Silahkan download file software bioedit dan mega X
2. Setelah itu install dengan klik setup.exe
3. Aplikasi siap digunakan
4. Namun jika tidak dapat digunakan, dapat download via link berikut:
MEGA X : https://www.megasoftware.net/
5. Silahkan sesuaikan dengan jenis laptopnya (Windows/MacOS dll), untuk Graphical
(GUI) tidak perlu diubah, dan silahkan sesuaikan dengan jenis laptopnya (32 bit/64 bit)
biasanya jika windows 7 kebawah menggunakan 32 bit.
6. Selanjutnya scroll agreementnya dan klik ACCEPT
7. Selanjutnya silahkan isi keterangan ini terlebih dahulu untuk download, setelah itu klik
download
8. Lalu install file yang sudah di download dengan mengklik file format …exe
9. Download aplikasi BioEdit pada link berikut
BioEdit : https://bioedit.software.informer.com/7.2/
10. Klik download
11. Jika muncul iklan atau tawan lainnya klik NO
12. File akan terdownload dengan format zip maka silahkan diunzip terlebih dahulu, lalu
install file dengan format .exe

National Center for Biotechnology Information (NCBI, Pusat Nasional Informasi

Bioteknologi) adalah bagian dari United States National Library of Medicine (NLM), sebuah
cabang dari National Institutes of Health (NIH). NCBI terletak di Bethesda, Maryland dan
didirikan pada tahun 1988 melalui undang-undang yang disponsori oleh Senator Claude Pepper.
NCBI menyimpan serangkaian basis data yang relevan untuk bioteknologi dan biomedis
dan merupakan sumber penting bagi alat-alat dan layanan bioinformatika. Database utama
seperti GenBank untuk urutan DNA dan PubMed, database bibliografi untuk literatur biomedis.
Database lainnya termasuk database NCBI Epigenomics. Semua database tersebut tersedia
secara online melalui mesin pencari Entrez.
BLAST merupakan perangkat lunak berbasis web yang bisa kamu gunakan untuk
melakukan pengecekan beragam data sekuens biologi (DNA dan protein). Cara kerja BLAST
adalah dengan membandingkan data masukan dari pengguna (atau jika perlu, diolah terlebih
dahulu) dengan data referensi. Cara untuk melakukan BLAST adalah dengan cara sebagai
berikut :
1. Mengakses web NCBI pada link berikut [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/]
2. Klik option BLAST
3. Pilih Nucleotide Blast
4. Pilih file yang sebelumnya telah di sequencing di 1st base
5. Download 5-10 sampel blast pada bagian Accession lalu salin ke notepad dan save
6. Edit 5-10 sampel blast pada aplikasi BioEdit
7. Buka aplikasi bioedit lalu pilih file dan import file 5-10 sample blast dan sequencing
kelompok, rapikan lalu simpan dan proses ini akan berlanjut ke aplikasi Mega X
(Molecular Evolutionary Genetics Analysis X)
8. langkah selanjutnya adalah memilih menu “aligh” dilanjutkan dengan “edit/
build alingment”
9. Akan muncul kotak dialog “Select an options” selanjutnya pilih Create a new
untuk mulai membuat halaman baru
10. Selanjutnya akan muncul pilihan DNA atau protein sebagai datatype yang
akan dianalisis keragaman filogeniknya, karena yang akan dianalisis adalah
DNA maka pilih DNA
11. Kemudian masukkan data yang akan dianalisis dengan cara Edit-Insert
sequence from file- pilih file dari computer ( file didapat dari ncbi blast yang
telah diolah di bioedit)
12. Tekan tombol Open- selanjunya akan muncul basa nitrogen dari
masingmasing spesies
13. Kemudian disimpan dalam format MEGA dengan cara Klik Data-Export-
MEGA format
14. Save as dengan mengetikkan nama file
15. Selanjutnya membuat pohon filogeniknya
16. Tampilan Filogenik