BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Bioinformatika, sesuai dengan asal katanya yaitu “bio” dan “informatika”,
adalahgabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya,
Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk
menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merupakan ilmu baru
yang yang merangkup berbagai disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan
fisika, biologi, dan ilmu kedokteran, dimana kesemuanya saling menunjang dan saling
bermanfaat satu sama lainnya.
Istilah bioinformatics mulai dikemukakan pada pertengahan era 1980-an untuk mengacu
pada penerapan komputer dalam biologi. Namun demikian, penerapan bidang-bidang
dalam bioinformatika (seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk
analisis sekuens biologis) sudah dilakukan sejak tahun 1960-an.
Ilmu bioinformatika lahir atas insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial
intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa diuat secara
artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Untuk mewujudkan hal ini
diperlukan data-data yang yang menjadi kunci penentu tindak-tanduk gejala alam
tersebut, yaitu gen yang meliputi DNA atau RNA. Bioinformatika ini penting untuk
manajemen data-data dari dunia biologi dan kedokteran modern. Perangkat utama
Bioinformatika adalah program software dan didukung oleh kesediaan internet
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya
bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru
dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan
bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya
ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme,
sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000
nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara
menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3
milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun,
walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida
yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.
Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah ilmu yang mempelajari penerapan
teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini
mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk
memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA
dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang
ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens
(sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein
maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk
mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-
metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah
biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino.
Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi
hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan
struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis
ekspresi gen.
Bioinformatika pertama kali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu
kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan
bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan
pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak
tahun 1960an.
Membicarakan bioinformatika, tak dapat lepas dari proses lahirnya bidang
tersebut. Sebagaimana diketahui, bioteknologi dan teknologi informasi merupakan dua di
antara berbagai teknologi penting yang mengalami perkembangan signifikan dalam
beberapa tahun terakhir ini. Bioteknologi berakar dari bidang biologi, sedangkan
perkembangan teknologi informasi tak dapat dilepaskan dari matematika. Umumnya
biologi dan matematika dianggap sebagai dua bidang yang sangat berbeda, dan sulit
untuk dipadukan. Tetapi perkembangan ilmu pengetahuan terkini justru menunjukkan
sebaliknya. Perpaduan antara biologi dan matematika, menghasilkan embrio suatu cabang
pengetahuan baru yang memiliki masa depan yang menjanjikan di abad 21 ini. Embrio
itulah yang bernama bioinformatika. Bioinformatika merupakan perpaduan harmonis
antara teknologi informasi dan bioteknologi, yang dilatarbelakangi oleh ledakan data
(data explosion) observasi biologi sebagai hasil yang dicapai dari kemajuan bioteknologi.
Contohnya adalah pertumbuhan pesat database DNA pada GenBank. Genbank adalah
database utama dalam biologi molekuler, yang dikelola oleh NCBI (National Center for
Biotechnology Information) di AS.

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak

awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data
dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan
pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA
dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium
Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).
Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi
landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an
dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek
 pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis
sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.
Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika.
Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan
ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta
memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-
program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam
mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

B. Rumusan Masalah
1. Dapat memahami data nukleus pada pangkalan data genebank
2. Dapat memahami data protein pada pangkalan data genebank
3. Dapat memahami mata rantai nukleus dan protein pada pangkalan genebank

C. Tujuan
Untuk mengetahui data nukleus, protein dan mata rantai protein dan nukleus dari
pangkalan data genebank Serta untuk memenuhi tugas yang diberikan oleh dosen mata
kuliah.
 BAB II
PEMBAHASAN
Genbank, dioperasikanoleh NCBI (National Center for Biotechnology Information)
mengakomodasi semua publikasi sequences of DNA, dengan annotations (penjelasan atau
catatan), yang secara konstan akan selalu berkembang dan diperbaharui.• Penjelasan meliputi
identifikasi suatu gen, produk gen (ika diketahui), link informasi lain yang terkait dengan sumber
database lain.• NCBI berisi informasi dari sekuens DNA yang sama dengan sekuens DNA
Dalam EMBL (European Molecular Biology Laboratory) Dan DDBJ ( DNA Data Bank of
Japan)

A. Pangkalan Data nukloetida

Pangkalan data rangkaian biologis dapat berupa pangkalan data utama untuk menyimpan
rangkaian asam nukleat maupun protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif
rangkaian protein dan pada struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam
nukleat. Jadi pangkalan data rangkaian biologis disesuaikan dengan jenis informasi biologis yang
akan disimpannya, sehingga penggunanya dapat menafsirkan, merancang, mengolah dan
menyelenggarakannya. Suatu pangkalan data dikembangkan dari lingkungan yang memerlukan
suatu sistem informasi, di mana pangkalan data tercakup. Suatu pangkalan data untuk keperluan
tertentu dikembangkan berdasarkan suatu arsitektur, dengan alasan bahwa perbedaan tingkat
mengakibatkan setiap pengguna dapat menggapai data yang sama tetapi mempunyai pandangan
berbeda terhadap data yang diinginkan. Pengguna tidak seharusnya terlibat dengan struktur fisik
tempat penyimpanan data, interaksi pengguna dengan pangkalan data tidak bergantung kepada
struktur tempat penyim-panan. Perubahan yang dilakukan terhadap pangkalan data tidak akan
memberikan sebarang akibat terhadap pandangan pengguna, dan perubahan aspek tempat
penyimpanan secara fisik juga tidak memberikan pengaruh pada struktur dalaman pangkalan
data. Pergantian sebarang struktur konseptual tidak akan memberikan sebarang pengaruh
terhadap pengguna.
1) Tingkat luaran Pandangan pengguna tentang pangkalan data, yang menerangkan bagian
pangkalan data yang berhubungan dengan individu pengguna atau sekumpulan pengguna.
Pandangan luaran hanya melibatkan entitas, atribut dan hubungan di dalam lingkungan
sebenarnya yang menjadi perhatian/keperluan pengguna.
2) Tingkat berkonsep Mengandungi struktur berlogika tentang suatu pangkalan data
sebagaimana yang digambarkan oleh administrator pangkalan data. Tingkat ini
 melibatkan pandangan lengkap keperluan data sesuatu organisasi dan tidak bergantung
kepada segi tempat penyimpanan. Tingkat ini digunakan untuk menerangkan sesuatu
pangkalan data melalui entitas, hubungan antara entitas, atribut, kendala data, keamanan
dan keterpaduan data. Tingkat ini mendukung tingkat luaran yang berkaitan dengan
bagian mana saja yang berguna bagi pengguna, semua itu harus dapat diolah atau terdapat
di dalam bagian berkonsep ini. 3) Tingkat dalaman Tingkat ini berkaitan dengan
bagaimana struktur data dan organisasi berkas digambarkan secara fisik terhadap
komputer, meliputi implementasi bersifat fisik pangkalan data untuk menggapai kinerja
larian (run) yang optimum dan penggunaan tempat penyimpanan yang baik. Tingkatan ini
melibatkan alokasi tempat penyimpanan untuk data dan indeks, penjelasan (deskripsi)
rekord, penggantian rekord dan teknik dalam pemadatan rekord. Pertukaran dan larian
baik yang berasal dari sistem manual ataupun sistem berkas biasa ke sistem pangkalan
data memerlukan biaya yang tinggi. Jadi pangkalan data rangkaian protein akan
disesuaikan dengan keperluan komponen pangkalan data pada umumnya, yaitu data
pengguna (dalam bentuk hubungan atau tabel), metadata atau kamus data (uraian tentang
struktur pangkalan data), indeks (untuk tujuan pengurutan dan capaian yang lebih cepat),
dan aplikasi metadata (menyimpan struktur dan bentuk tentang laporan, pertanyaan,
borang dan aplikasi lain).

A. Pangkalan data protein

Metode dasar untuk mendapatkan informasi tentang DNA adalah melalui analisis
rangkaian, yaitu penyejajaran sekuens (sequance alignment). Penyejajaran sekuens adalah
proses penyusunan/pengaturan dua atau lebih rangkaian sehingga persamaan rangkaian-
rangkaian tersebut tampak nyata. Metode ini digunakan untuk mempelajari evolusi
rangkaian dari leluhur yang sama (common ancestor). Hasil dari proses tersebut juga
disebut sebagai sequence alignment atau penyejajaran (alignment) saja. Ketidakcocokan
(mismatch) dalam penyejajaran diasosiasikan dengan proses mutasi, sedangkan
kesenjangan (gap) diberi tanda dengan ”-” diasosiasikan dengan proses penyisipan dan
penghapusan. Baris rangkaian dalam suatu penyejajaran diberi sisipan, secara umum
dengan tanda ”-” sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat karakter yang
 identik atau sama di antara rangkaian-rangkaian tersebut. Misalnya penyejajaran DNA
dari dua rangkaian pendek DNA yang berbeda caatacca dan ccatgggacca sehingga
caat---acca | || |||| ccatgggacca
dengan mana tanda ”—” menunjukkan kecocokan (match) di antara kedua-dua
rangkaian. Sumber utama data rangkaian asam nukleat adalah submisi langsung dari
peneliti pribadi, projek perangkaian genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi
rangkaian asam nukleat, asupan dalam pangkalan data rangkaian asam nukleat umumnya
mengandung informasi tentang jenis asal nukleat, DNA atau RNA, nama organisme
sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan rangkaian asam
nukleat tersebut. Suatu pangkalan data diharapkan dapat mengandung informasi tentang
rangkaian protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan
komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut. Secara
kimia/fisika, bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi sinar-X ataupun
spektroskopi NMR, namun kedua perangkaian protein relatif lebih mudah
mengungkapkan rangkaian asam amino protein. Dengan demikian, pangkalan data dapat
menyimpan model berstruktur berdimensi tiga dari protein dan asam nukleat menurut
hasil penentuan bereksperimen. Penyimpanan data berstruktur ini menggambarkan posisi
atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.

B. Mata rantai nukleotida dan protein

Penyejajaran sekuens memberikan hipotesis atas proses evolusi yang terjadi dalam
rangkaian-rangkaian yang dibandingkan. Misalnya, rangkaian ”caatacca” dan ”ccatgg
gacca” di atas, dapat saja berevolusi dari rangkaian yang sama ”caatgggacca”. Berkaitan
dengan hal itu, penyejajaran juga dapat menunjukkan posisi-posisi yang dipertahankan
selama evolusi dalam rangkaian-rangkaian protein, yang menunjukkan bahwa posisi-
posisi tersebut merupakan bagian penting baik menurut struktur maupun fungsi dari
protein tersebut. Beberapa metode telah diturunkan, seperti metode Needleman-Wunsch,
metode Smith-Waterman, atau metode model markov tersembunyi, yang masing-masing
menggunakan prinsip berbeda dalam menurunkan informasi baru. Ada yang digunakan
untuk menyusun penyejajaran global di antara dua atau lebih rangkaian, yangberlaku atas
keseluruhan panjang rangkaian tersebut. Penyejajaran lokal, digunakan oleh metode lain
atas bagian-bagian dalam rangkaian. Kedua prinsip ini sebenarnya menerapkan metode
program dinamik dan hanya efektif untuk rangkaian berpasangan. Selain itu, digunakan
juga prinsip statistika untuk mengenali dan menganalisis rangkaian. Prediksi struktur
protein berusaha meramalkan protein berdimensi tiga ber-dasarkan sekuens asam amino,
yaitu struktur tersier dan struktur sekunder berdasarkan struktur primer protein. Secara
umum, metode prediksi struktur protein yang ada sampai saat dapat dikategorikan
menjadi dua: metode pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo.
Secara matematis, menurut prinsip aljabar dan topologi struktur suatu protein dapat
dibandingkan dengan struktur protein lain yang sudah diketahui, sehingga dalam satu
sajian dapat diungkapkan keseragaman suatu struktur dengan struktur
lain. Salah satu penerapan ini adalah pemodelan homologi, sebagai penerapan beberapa
aksiomatis teori himpunan dan aljabar, dengan prediksi struktur tersier protein
berdasarkan kesamaan struktur primer protein. Pemodelan ini didasarkan pada teori
bahwa dua protein yang memiliki sifat yang sama sangatlah mirip satu sama lain.
Struktur protein sebagai sasaran ditentukan berdasarkan struktur protein lain yang
dipandang sebagai acuan (template) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan
rangkaian de-ngan protein sasaran tersebut. Pemodelan lain perbandingan rangkaian
didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan rangkaian primer, atau disebut
protein threading, dilatarbelakangi oleh struktur protein dikonservasi dari rangkaian
protein selama evolusi, yang melibatkan bagian-bagian penting dari fungsi protein yang
harus dipertahankan. Struktur protein juga ditentukan dari rangkaian primernya tanpa
membandingkan dengan struktur protein lain, proses mendapatkan informasi ini
dinyatakan sebagai pendekatan de novo atau ab initio. Kemungkinan yang digunakan
dalam pendekatan ini dengan cara menirukan proses pelipatan protein dari rangkaian
primernya menjadi struktur tersiernya, melalui simulasi dinamika molekuler, atau
kemungkinan dengan optimisasi global fungsi energi protein. Dengan demikian, dapat
dikatakan bahwa secara umum beberapa metode di-gunakan untuk mendapat informasi
keseragaman sifat dari suatu protein. Informasi ini berguna dalam memprediksi evolusi
suatu protein dan melihat latarbelakangnya.
 BAB III

PENUTUP

A. KESIMPULAN
Pangkalan data memiliki arsitektur tersendiri sesuai dengan keperluan lingkungan
penerapan pangkalan data. Beberapa persiapan pangkalan data untuk rangkaian biologi
diungkapkan melalui informasi dasar dan turunan. Informasi dasar yang akan direkamkan
ke dalam pangkalan data didasarkan atas bidang keilmuan biologi yang berkaitan dengan
genetika, sedangkan informasi lain sebagai turunan, didasarkan atas beberapa metode
yang dikembangkan, baik secara matematika ataupun statistika, yang secara diskrit telah
dapat diaplikasikan di dalam bidang komputer.
 DAFTAR PUSTAKA

T. K. Attwood & D. J. Parry-Smith, ”Introduction to bioinformatics”, Harlow:

Pearson Education, 1999.
M. K. M. Nasution, ”Mutasi pada anyaman”, EPSILON: Journal Matematika dan
Terapannya 2(2): 29-32, 2001.
M. K. M. Nasution, S. Suwilo & S. Nasution, ”Mutasi simpul dengan quan-tisasi
unting aljabar loop pada suatu permukaan”, Komunikasi Penelitian 13(2): 417-347, 2001.
D. E. Krane & M. L. Raymer, ”Fundamental concepts of bioinformatics”, San
Francisco: Benjamin Cummings, 2003.
M. K. M. Nasution, ”Pengantar DBMS”, Medan: USU Press, 1995.
T. M. Connolly, & C. E. Begg, Database systems, a practical approach to design,
implementation, and management, 3rd edition. Harlow-England: Addison-Wesley, 2002.