Pengantar Bioinformatika

Hand Out 1
Sejarah Bioinformatika

Majunya tehnik biologi molekuler untuk mengungkapkan sekuens biologis dari

protein pada waktu awal 1950-an serta asam nukleat pada waktu 1960-an inilah yang
mengawali perkembangan basis data serta tehnik analisis sekuens biologis. Basis data
sekuens protein sudah mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat,
sementara basis data sekuens DNA sudah dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika
Serikat dan Jerman pada European Molecular Biology Laboratory. Penemuan tehnik
sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya
ledakan jumlah sekuens DNA yang telah berhasil diungkapkan pada 1990-an, menjadi salah
satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, sehingga meningkatkan
kebutuhan untuk pengelola dan analisis sekuens serta pada akhirnya menyebabkan lahirnya
bioinformatika.
Pada tahun 1980-an bioinformatika pertamakali dimunculkan untuk mengacu pada
pengaplikasian ilmu komputer dalam bidang biologi, tepatnya istilah bioinformatika
pertamakali dikenalkan pada 1979 oleh Paulien Hogeweg, dimana kemajuan ilmu
bionformatika didesak lagi oleh projek mengenai genom yang dilaksanakan di seluruh dunia
serta telah menghasilkan tumpukan informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari
makhluk hidup tingkat rendah sampai makhluk hidup tingkat tinggi. Pada tahun 2001,
genoim manusia yang terdiri dari 2.91 juta base pare pasangan basa telah selesai dibaca,
terbaru ini genom mikroba Plasmodium penyebab malaria serta nyamuk Anopheles yang
menjadi vektor mikroba tersebut juga telah berhasil dibaca dan masih banyak lagi gen-gen
dari makhluk hidup lainnya yang sudah dan sedang dibaca.
Istilah bioinformatika sendiri muncul pada pertengahan era 1980- an hal ini mengacu
pada penerapan komputer dalam materi biologi. Namun, penerapan bidang-bidang pada
bioinformatika seperti pembuatan basis data dan pengembangan algoritma untuk
menganalisis sekuens biologis sudah ada sejak tahun 1960-an.
Lahirnya bioinformatika modern tidak lepas pada perkembangan bioteknologi di era
tahun 1970-an, yang mana seorang ilmuan Amerika Serikat telah melakukan inovasi dalam
mengembangkan teknologi tentang DNA rekombinan. Dengan adanya penemuan ini lahirlah
perusahaan bioteknologi pertama didunia yaitu Genentech di Amerika Serikat, yang
kemudian memproduksi protein hormone insulin dalam bakteri yang dibutuhkan oleh
penderita diabetes karena selama ini insulin hanya bisa didapatkan dalam jumlah sangat
terbatas dari organ pankreas sapi. Perkembangan internet yang sangat pesat juga mendukung
berkembangnya bioinformatika. Basis data bioinformatika yang terhubung melalui internet
sangat memudahkan ilmuwan mengumpulkan hasil dari sekuensing ke dalam basis data
tersebut, maupun untuk memperoleh sekuens biologis sebagai bahan analisis. Penyebaran
program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan mengakses
program-program tersebut dan kemudian memudahkan dalam pengembangannya.
Ledakan data atau informasi biologi telah mendorong lahirnya bioinformatika karena
boinformatika merupakan bidang yang relatif baru, masih banyak kesalahfahaman mengenai
definisinya. Komputer sudah lama digunakan untuk menganalisis data biologi, misalnya
terhadap data-data krista ografi sinar X dab NMR (Nuclear Magnetic Resonance) dalam
melakukan penghitungan transformasi Fourier (H. Gavaghan, 1997). Bidang ini disebut
sebagai biologi komputasi. Bioinformatika muncul atas desakan kebutuhan utuk
mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data biologis dari database DNA, RNA,
maupun protein. Untuk mewadahinya beberapa jurnal barulah bermunculan (misalnya
Applied bioinformatics), atau berubah menjadi nama seperti Computer Applications in the
Biosciences (CABIOS) menjadi bioinformatic yang berubah kembali menjadi official journal
dari International Society for Computational Biology (CSB) (C. Sander, 2001).
Keberadaan database merupakan syarat pokok pada aalisa bioinformatika, database
informasi dasar telah tersedia saat ini, untuk database DNA yang utama yaitu GenBank di
Amerika Serikat. (D. Benson dkk, 1993). Sementara itu bagi protein nama database nya
adalah Swiss-Prot (A. Bairoch and R. Apweiler, 1998) , untuk sekuen asam aminonya berada
di Protein Data Bank atau PDB di Amerika Serikat, untuk struktur 3D nya data yang biasanya
dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti.
Tak kalah penting dari data eksperimen tersebut adalah keberadaan database paper
yang ditempatkan di medline, link terhadap publikasi asli biasanya selalu tercantum dalam
data asli sekuen. Perkembangan pubmed terakhir yang penting adalah tersedianya fungsi
mencari paper dengan topik sejenis dan link kepada situs jurnal onlie sehingga dapat
membaca keseluruhan isi paper tersebut.
Setelah informasi terkumpul dalam database langkah berikutnya adalah menganalisa
data pencarian database umumnya berdasarkan hasil alignment atau pensejajaran sekuen,
baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan berdasarkan kenyataan bahwa
sekuen DNA protein basa berbeda sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein
haemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Salah
satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi
standar sekaran adalah BLAST.
Di Indonesia bionformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas, di kalangan
peneliti sendiri mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit banyak mengikuti
perkembangannya karena keharusa menggunakan perangkat-perangkat bioinformarika untuk
analisa data, sementara itu dikalangan TI masih kurang mendapat perhatian. Ketersediaan
database dasar (DNA Protein) yang bersifat terbuka atau gratis merupakan peluang besar
untuk menggali informasi berharga daripadanya sedah disepakati database genom manusia
misalnya akan bersifat terbuka untuk seluruh kalangan dari padanya bisa digali kandidat-
kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran atau farmasi. Dari sinilah indonesia dapat
ikut peran mengembangkan bioinformatika. Kerjasama anatara peneliti bioteknologi yang
memahami makna biologis data tersebut degan praktis IT seperti programer akan sangat
berperan dalam kemajuan buoinformatika indonesia nantinya.
Namun Pada bidang pendidikan indonesia sendiri memiliki perkembangan
bioinformatika cukup pesat, beberapa perguruan tinggi sudah menawarkan mata kulah
bioinfomatika dari program S1 maupun magister diantaranya yaitu ITB, Universitas Atma
Jaya Jakarta, Universitas Indonesia, bahkan pada program S3 di UGM juga ada program
proteimik dan bioinformatika.
Riset bioinformatika protein dilaksanakan sebagai bagian dari aktivitas riset rekayasa
protein pada laboratorium rekayasa protein, pusat penelitian bioteknologi lembaga ilmu
pengetahuan indonesia atau disebut LIPI di cibunong, bogor. Bahkan pada lembaga biologi
molekul eijkman jakarta secara khusus memiliki laboratorium bioinformatika sebagai fasilitas
penunjang kegiatan risetnya, selain itu basis data sekuens DNA mikroorganisme asli
indonesia sedang di kembangkan di UI.

Ruang Lingkup Bioinformatika

Pada tahun 1979, Paulen Hogeweg menciptakan suatu ilmu yang mempelajari tentang
proses informasi pada sistem biotik yaitu Bioinformatics. Menurut R. Khalid (2010)
bioinformatics dapat didefinisikan sebagai aplikasi dari teknologi komputer untuk mengelola
informasi biologis. Bioinformatics dapat diartikan sebagai pembuatan konsep biologis dengan
istilah molekul (memiliki arti yang sama dengan kimia fisik) dan menggunakan teknik
informasi (berdasarkan disiplin seperti ilmu komputer dan statistik). Hal ini bertujuan untuk
memahami informasi terkait dengan molekul pada skala yang luas (Luscombe N et.,al 2001)
Maka dapat diartikan bahwa bioinformatics irisan antara ilmu komputer dan biologi.
 Dari pengertian bioinformatics, terdapat cabang-cabang disiplin ilmu. Berikut
beberapa bidang yang terkait dengan bioinformatics.

1. Biophysic

Biologi molekul merupakan pengembangan dari biophysics. Biophysics adalah

suatu bidang yang mengaplikasikan teknik-teknik dari ilmu fisika, dengan tujuan
untuk memahami struktur dan fungsi biologi. Bidang ini terkait dengan bioinformatics
dikarenakan dalam ilmu fisika pada penggunaan teknik-teknik untuk memahami
struktur membutuhkan penggunaan TI (Teknologi Informasi).

2. Computional Biology

Fokus dari computional biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi
teoritis. Biologi molekul juga cukup penting dalam computional biology, namun itu
bukanlah inti dari disiplin bidang ilmu ini. Penerapan computional biology dengan
model-model statistika untuk fenomena biologi. Hal ini cukup baik karena pada
dasarnya eksperimen pada fenomena biologi cukup sulit. Tidak semua dari
computional biology merupakan bioinformatics, contohnya seperti Model Matematika
yang bukan merupakan bioinformatics.

3. Medical Informatics

Medical Informatics menurut Aamir M, Z (2004) adalah sebuah disiplin ilmu

sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma yang
bertujuan untuk meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi
medis. Dalam kaitannya dengan bioinformatics adalah data-data yang didapatkan
pada level biologi yang lebih “rumit” yaitu seperti informasi dari sistem-sistem
superseluler.

4. Cheminformatics

Tujuan dari cheminformatics adalah untuk penemuan dan pengembangan obat

dengan mengkombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis, dan pendekatan
 data-mining. Dalam menemukan dan mengembangkan obat perlu perencanaan secara
cerdas dan dengan mengotomatiskan proses-proses yang terkait dengan sintesis
kimiawi. Oleh karena itu sangat dibutuhkan penggunaan TI. Sehingga dapat lebih
cepat dan taget tersebutlah yang merupakan inti dari cheminformatics.

5. Genomics

Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan

seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.

6. Proteomics

Ilmu yang mempelajari proteome, disebut dengan proteomics. Proteomics

pertama kali digunakan untuk menggambarkan kumpulan dari protein-protein yang
tersusun (encoded) oleh genom. Namun saat ini tidak hanya semua protein didalam
sel, tetapi juga kumpulan dari semua bentuk isoform dan modifikasi dari semua
protein. Michael J. Dunn adalah seorang pemimpian redaksi dari proteomics
mendefinisikan kata “proteome” sebagai : “The PROTEin complement of the
genOME”. Dan mendefinisikan proteomics : “studi kuantitatif dan kualitatif dari
ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri”.

7. Pharmacogenomic

Merupakan aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi pada identifikasi

dari target-target obat. Contohnya adalah menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di
dalam baik patogen maupun induk selama terjadinya infeksi, atau dengan memeriksa
ciri-ciri dari pola ekspresi yang ditemukan dalam tumor. Pada pendekatan
bioinformatics yaitu dengan pengumpulan dan pemrosesan informasi yang berkaitan
dengan ilmu farmasi dan genetika.

8. Pharmacogenetic

Pharmacogenetics merupakan bagian dari pharmacogenomics dengan

menggunakan metode genomik/bioinformatics untuk mengidentifikasi hubungan-
 hubungan genomik. Contoh salah satunya disiplin ilmu ini juga dapat digunakan
untuk mengoptimalkan dosis kemoterapi obat pasien-pasien tertentu.

Dari gambaran diatas, sebagian bidang-bidang yang terkait dengan bioinformatics

memperlihatkan bahwa bioinformatics mempunyai ruang lingkup yang sangat luas dan
memiliki peran yang sangat besar. Dahulu istilah Bioinformatics berkaitan dengan penciptaan
dan pemeliharaan database untuk menyimpan informasi biologis, seperti database nukleotida
dan asam amino. Namun pada zaman sekarang sudah berubah, bioinformatics termasuk
penentuan data yang signifikan secara biologis dan analisisnya. Terdapat banyak program
yang tersedia untuk mengelola informasi serta analisis biologis. Pada analisis lebih lanjut,
bioinformatics sebagai alat untuk mengidentifikasi kemiripan urutan. Alat yang digunakan
salah satunya adalah BLAST dan FASTA. Maka bioinformatics mencakup sejumlah alat
terkomputerisasi untuk menganalisis, membandingkan, memvisualisasikan data dan untuk
memprediksi.
Bioinformatics dapat berfungsi dengan membangun database biologis dengan cara
mengklasifikasikan, mencari, dan mendistribusikan pengetahuan biologis khususnya tentang
genom dan proteom. Dengan bantuan sistem manajemen basis data, database bioinformatics
dibuat. Data diproses dan diubah menjadi komponen informasi yang dapat dikombinasikan
untuk menghasilkan pengetahuan.

Referensi

A. Bairoch, and R. Apweiler, 1998, The Swiss-Prot Protein sequence data bank and its
supplement. Nucleic Acid Research 26, 38-42.
Aamir M, Z 2003, Medical Informatics Faq, Internet Faq Archives, dilihat 12 Juli 2019,
(http://www.faqs.org/faqs/medical-informatics-faq/)
Abdushshomad Elfaizi, M & Astuti Aprijani, D 2004, ‘BIOINFORMATIKA: Perkembangan,
Disiplin Ilmu dan Penerapannya di Indonesia’.
C. Sander, 2001, Bioinformatics challenges. Bioinformatics 17, 1-2.
D. Benson, D.J. Lipman, and J. Ostell , 1993 , GenBank. Nuclei Acid Research 21, 2963-
2965
H. Gavaghan, 1997, Running to catch up in Europe. Nature 389, 420-422.
Luscombe N, M, Greenbaum, D & Gerstein, M 2001, ‘What is bioinformatics? An
introduction and overview’, Department of Molecular Biophysics and
Biochemistry, Yale University, New Haven, USA.
R. Khalid, 2010, ‘Aplication Of Data Mining In Bioinformatics’, Indian Journal of Computer
Science and Engineering, vol. I, no. 2, hh. 114-118.