LAPORAN SEMENTARA

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

“BIOINFORMATIKA”

Disusun Oleh :
Nama : Muhammad Bagus Firdaus
NPM : 18025010179
Golongan : A3

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS PEMBANGUNAN NASIONAL “VETERAN” JAWA TIMUR
SURABAYA
2021
 I. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Setelah diselesaikannya proyek pengurutan sekuen genom manusia (human
genome project) pada tahun 2001, semakin banyak peneliti dalam ilmu biologi yang
terlibat dalam kegiatan pengurutan sekuen genom organisme lainnya. Genom
adalah DNA total yang dimiliki organisme hidup dalam keadaan haploid. Tujuan
pengurutan sekuen genom adalah untuk mengungkap berbagai fakta baru dari
sistem kehidupan ini.
Hingga saat ini data biologis terus dihasilkan secara masif dan berakumulasi
sebagai hasil dari berbagai penelitian dan kajian biologi molekuler di seluruh dunia.
Penanganan data yang besar ini dalam file dan buku catatan eksperimental semakin
sulit dari hari ke hari. Hal ini telah mendorong munculnya suatu ilmu pengetahuan
baru sebagai bagian dari tren penelitian masa depan terkait penanganan data biologi
yang besar dengan bantuan komputer, yaitu bioinformatika (Goel dan Padole, 2019;
Sharma, 2015).
Sebagaimana dinyatakan oleh Hogeweg (2011), istilah "bioinformatika"
pertama kali digunakan pada tahun 1970 dan digunakan untuk menyatakan "studi
proses informatika dalam sistem biotik." Sejak saat itu, bioinformatika secara
bertahap mendapatkan tempat dalam komunitas ilmiah ditandai misalnya dengan,
pembuatan CABIOS tahun 1985 (Computer Applicotions in the Biosciences, yang
sekarang dikenal sebagai Bioinformatika (Oxford, Inggris).
Pada dasarnya bioinformatika adalah suatu bidang interdisiplin yang
merupakan pertemuan antara biologi molekuler dan teknologi komputasi (Heo et
al., 2017). Bioinformatika didefinisikan sebagai bidang ilmu yang merupakan
pertemuan berbagai disiplin ilmu seperti biologi, komputasi, dan teknologi
informasi dengan tujuan bertujuan mengatur dan menyimpan sejumlah besar
informasi biologis yang didorong oleh kemajuan yang dihasilkan dalam genetika,
biologi molekuler, dan bioteknologi (Lesk, 2014). Berdasarkan hal tersebut,
pentingnya dilakukan praktikum Bioinformatika.
1.2 Tujuan
Tujuan praktikum materi ini adalah praktikan mampu memahami
bioinformatika dan mampu secara mandiri menggunakan beberapa aplikasi
bioinformatik (program/software baik online maupun offline) untuk keperluan
analisis sekuens gen.
 II. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Pengertian Bioinformatika

Bioinformatika adalah konseptualisasi biologi molekul dan aplikasi teknik
informatika (yang berasal dari berbagai ilmu seperti matematika terapan, ilmu
komputer dan statistik untuk mengetahui dan mengelompokan informasi yang
terkait dengan molekul yang dianalisis pada skala yang luas. Bioinformatika
merupakan seni dan ilmu pengetahuan yang fokus pada penggunaan komputer
untuk area penelitian biologi seperti genomik, transkriptomik, proteomik, genetik
dan evolusi 4. Tujuan utamanya adalah mampu memberikan pandangan baru dalam
mencapai prespektif global yang menunjang perkembangan bioteknologi di masa
depan. Analisis dalam bioinformatika difokuskan pada tiga jenis dataset: urutan
genom, struktur makromolekul dan percobaan genomik fungsional. Tetapi analisis
bioinformatika juga diterapkan pada berbagai data lain, seperti pohon taksonomi,
data tentang hubungan jalur metabolik, teks artikel ilmiah dan statistik. Berbagai
macam teknik yang digunakan termasuk pencocokan sekuen, struktur protein 3D,
konstruksi pohon filogenetik, prediksi dan klasifikasi struktur protein, prediksi
struktur RNA, prediksi fungsi protein, dan ekspresi kluster data. (Ismaun dan
Amirullah, 2017). Secara umum ada dua pengertian bioinformatika:
1. Bioinformasi klasik yang menitikberatkan pada analisis sekuen.
2. Bioinformatika baru (pasca genom), yang dimulai ketika pekerjaan
rekayasa pemetaan genom manusia sudah selesai. Di sini sudah bias
melakukan perbandingan genom dari berbagai spesies yang berbeda,
mengukur jumlah relative dari kopi/cetakan dari sebuah pesan genetic,
menemukan fungsi dan keterkaitan dari gen, dan melihat kerja fungsi
genom (Irianto, 2019).

Beberapa jenis data biologi di dalam bioinformatika:

1. Manajemen data, termaksud pemeliharaan database dan pemrosesan data,
merupaka tugas paling dasar dan yang paling utama.
Sejumlah besar data yang bisa digunakan bersama dibuat oleh
berbagai lembaga penelitian yang dibiayai public, dan diletakkan di dalam
bank data publik. Anotasi data mentah, yang artinya menambahkan
 berbagai deskripsi dan fungsi, merupakan bagian yang sangat penting dari
pekerjaan ini, dan sebagian besar didanai oleh lembaga penelitian
pemerintah.
2. Struktur dan sekuens protein dan gen
Sekuen digunakan untuk mempersentasikan molekul makro.
Struktur gen yang mengkodifikasi sekuen asam amino di dalam protein
dibuat menggunakan proyek sekuensial genom. Data genomic akan
diterjemahkan menggunakan komputer menjadi sekuens protein.
3. Struktur molekul 3D
Pemodelan komputer bisa mengambarkan struktur ini
menggunakan pengukuran fisik menggunakan sinar X atau resonansi
magnet nuklir.
4. Fungsi dan struktur genom
Genom dari suatu organisme (mahluk hidup) terdiri dari materi
genetik keseluruhan. Informasi fungsi dan struktur genom adalah informasi
detail dasar yang selalu diperbaharui dengan berbagai informasi baru
termaksud tautan ke berbagai database yang lain.
5. Data bibliographic, seperti abstrak dari suatau artikel sains
Jumlah data yang meningkat secara eksponensial, terutama yang
berhubungan dengan proyek genom, seperti protek sekuensial genom
manusia. Data yang saat ini bias diakses public melalui internet merupakan
susunan data dalam bentuk kecil (Ismaun dan Amirullah, 2017).

Pensejajaran sekuen (sequence alignment) merupakan salah satu cara untuk

mensejajarkan sekuen DNA, RNA atau protein untuk mengidentifikasi region yang
memiliki kemiripan yang diduga mempunyai kesamaan hubungan fungsi, struktur
atau evolusi antar sekuen. Multiple sequencealignment merupakan lanjutan dari
alignment berpasangan untuk membandingkan lebih dari dua sekuen pada saat yang
sama. Multiple alignment sering digunakan pada identifikasi region sekuen yang
conserved antar kelompok sekuen (Mount, 2004).
BLAST adalah salah satu metode alignment yang sering digunakan dalam
penelusuran basis data sekuen. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
merupakan alat cepat pembanding sekuen dengan mengkonstruksi alignment untuk
mengoptimasi kemiripan antara sekuen nukleotida dan protein dengan database
sekuen di GeneBank. Program ini dirancang untuk mengeksplorasi semua database
sekuen yang diminta baik berupa nukleotida maupun protein. Program BLAST
juga dapat digunakan untuk mendeteksi hubungan antar sekuen yang hanya
mempunyai kesamaan pada region tertentu. Analisis BLAST digunakan untuk
menbandingkan sekuen nukleotida dan sekuen asam amino lain yang ada pada
GeneBank (Altschul et al., 1990).
 II. METODOLOGI PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat

Praktikum Biologi Molekuler materi III “Bioinformatika” ini dilaksanakan
pada hari Jumat, 26 November 2021 pukul 14.50-16.30 WIB yang dilaksanakan
secara daring di rumah masing-masing praktikan.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 Alat
Alat yang digunakan pada paktikum Bionformatika yaitu alat laptop
atau smartphone dan alat tulis.
3.2.2 Bahan
Bahan yang diperlukan dalam praktikum Bionformatika yaitu mdoul
praktikum Biologi Molekuler, dan video ajar materi Bionformatika.

3.3 Langkah Kerja

a. Mempersiapkan alat dan bahan
b. Membaca dan memahami materi praktikum Bionformatika pada
modul/buku ajar biologi molekuler.
c. Melihat dan memahami video ajar yang telah diberikan.
d. Mencari referensi artikel, jurnal ataupun web dari materi yang telah
dipahami melalui laptop atau smartphone.
e. Membuat laporan dari hasil praktikum yang telah dilakukan.
 IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Tabel 4.1 Prosedur kerja database GenBank (NCBI) untuk identifikasi
sekuens DNA
Tahapan Keterangan
ke-
Apabila sekuens DNA telah dilakukan, selanjutnya melakukan proses
pengeditan secara manual pada software DNAStar atau BioEdit, file
1 sekuens DNA disimpan dalam format rich text format.

Membuka laman website NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) dan

pilihan BLAST yang tersedia pada laman tersebut diklik serta
2 kotakpilihan “nucleotide BLAST” diklik.

Sekuens DNA disalin (copy) dan ditempelkan (paste) pada kotak

3
“Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)”.

Pilihan “others” pada bagian Database dipilih (untuk sekuens DNA yang
4
bukan berasal dari manusia dan tikus).

Jenis sekuens yang akan ditelusuri dipilih menjadi “Nucleotide

5
collection (nr/nt)”.

Program seleksi dipilih menjadi “Highly similar sequences

6
(megablast)”.

7 Program dijalankan dengan mengklik “BLAST”.

Hasil penelusuran akan keluar beserta informasinya berupa tabel

8
similaritas.

4.2 Pembahasan
Praktikum Biomolekuler kali ini berbicara mengenai Bioinformatika.
Bioinformatika sendiri menurut Hogeweg (2011) merupakan kajian kecil
bioteknologi yang mempelajari tentang kemampuan teknik informasi dalam
mengelola data biologi. Nirmala et al (2017) juga menambahkan bahwa
bioinformatika merupakan gabungan antara ilmu biologi dan teknik informasi.
Topik utama pada bidang bioinformatika meliputi basis data untuk mengelola
informasi biologis, sequence alignment, prediksi bentuk struktur protein maupun
struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis gen.
Prosedur kerja database GenBank (NCBI) untuk identifikasi sekuens DNA
dalam Bionformatika ini ditunjukkan pada Tabel 4.1. Tabel tersebut menunjukkan
bahwa untuk mengidentifikasi sekuens DNA diperlukan databese GenBank.
Menurut NCBI (2009), Database GenBank merupakan suatu bentuk koleksi data
dari semua urutan nukleotida serta hasil translasi berua sequen protein yang dapat
diakses untuk umum. Database ini dihasilkan di National Center for Biotechnology
Information (NCBI) sebagai bagian dari kerjasama internasional dengan
Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (EMBL) , Perpustakaan Data dari Eropa
Bioinformatics Institute (EBI) dan DNA Data Bank of Japan (DDBJ). GenBank dan
kolaborator menerima urutan diproduksi di laboratorium di seluruh dunia dari lebih
dari 100.000 organisme yang berbeda. GenBank terus tumbuh pada tingkat
eksponensial, dua kali lipat setiap 10 bulan. Rilis 134, diproduksi pada bulan
Februari 2003, berisi lebih dari 29,3 miliar basa nukleotida di lebih dari 23,0 juta
urutan. GenBank dibangun dengan pengiriman langsung dari laboratorium
individu, serta dari pengiriman massal dari skala besar pusat sekuensing.
Sekuen data yang akan dianalisis untuk mengidentifikasi suatu gen dimana
konfirmasi sebaik untuk menemukan homolog yang terdekat dengan menggunakan
BLAST. Web berbasis NCBI BLAST (BLASTn) digunakan untuk mengobservasi
sekuen homolog pada non redundan nukleotida database (Bhattacharyya, 2014).
BLAST adalah membandingkan data urutan nukleotida atau protein dengan data
base nukleotida atau protein di seluruh dunia melalui situs dan beberapa situs
lainnya. Selain sekadar menyimpan informasi biologis database itu juga bisa
digunakam untuk menganalisis gen-gen, fungsi-sungsinya dan evolusinya, sebagai
contoh jika ada sebuah gen diklona dan di sekuensing , sekuens itu bisa digunakan
untuk penelusuran yang disebut BLAST terhadap semua sekuens yang diketahui
(Sinaga, 2012).
Data-data sekuens tersebut dihimpun dalam suatu database yang dapat
diakses secara online. Saat ini, terdapat tiga situs penyedia database sekuen
molekular yang tergabung dalam INSDC (International Nucleotide Sequence
Database Collaboration) selain GenBank pada NCBI (National Center
Biotechnology Information-USA), yaitu ada EMBL-Bank (European Molecular
Biology Laboratory) pada EBI (Europe Bioinformatic Institute-England), dan
DDBJ (DNA Datat Bank of Japan) pada CIB (Center for Information Biology-
Jepang). Ketiga situs tersebut bertukar data setiap hari sehingga database ketiganya
relatif serupa. Perbedaan ketiganya hanya format tampilan data. Sedangkan
software yang dapat digunakan untuk mengedit sekuens hasil sekuensing antara
lain: Bioedit, DNAStar, Mega Software, Bionumeric software, DNA Baser, Finch
TV software, dan lain-lain.
Two read direction adalah proses sekuensing yang dilakukan secara dua
arah untuk menentukan ututan basa nitrogen sampel DNA, sekuensing ini
meminimalisasi kemungkinan kesalahan dalam proses sekuensing. Partial gene
atau partial sequence adalah gen yang urutan sekuennya saling berhubungan atau
lengkap. Tujuan analisis VecScreen adalah untuk menemukan secara tepat segmen
urutan asam nukleat yang mungkin dari vektor dan untuk mencari urutan kueri pada
segmen yang cocok dengan urutan yang ada di UniVec. Sedangkan Pensejajaran
bertujuan untuk menemukan kemiripan dua sekuens DNA.
 V. KESIMPULAN

Berdasarkan kegiatan praktikum Biologi Molekuler materi Isolasi DNA

dapat disimpulkan sebagai berikut:
1. Bioinformatika merupakan kajian kecil bioteknologi yang mempelajari
tentang kemampuan teknik informasi dalam mengelola data biologi.
2. Terdapat beberapa website genebank selain NCBI yaitu EBI (Europe
Bioinformatic Institute-England), dan DDBJ (DNA Datat Bank of Japan)
pada CIB (Center for Information Biology-Jepang).
3. Two read direction adalah proses sekuensing yang dilakukan secara dua
arah untuk menentukan ututan basa nitrogen sampel DNA, sekuensing ini
meminimalisasi kemungkinan kesalahan dalam proses sekuensing.
4. Partial gene atau partial sequence adalah gen yang urutan sekuennya saling
berhubungan atau lengkap.
5. Beberapa software yang dapat digunakan untuk mengedit sekuens hasil
sekuensing antara lain: Bioedit, DNAStar, Mega Software, Bionumeric
software, DNA Baser, Finch TV software, dan lain-lain.
6. Analisis VecScreen bertujuan untuk menemukan secara tepat segmen
urutan asam nukleat yang mungkin dari vektor dan untuk mencari urutan
kueri pada segmen yang cocok dengan urutan yang ada di UniVec.
Sedangkan Pensejajaran bertujuan untuk menemukan kemiripan dua
sekuens DNA
 DAFTAR PUSTAKA

Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., & Lipman, D. J. (1990). Basic
local alignment search tool. Journal of molecular biology, 215(3), 403-410.
Bhattacharyya, P. N., Tanti, B., Barman, P., Jha, D. K. 2014. Culture-Independent
Metagenomic Approach To Characterize The Surface And Subsurface Soil
Bacterial Community In The Brahmaputra Valley, Assam, North-East
India,An Indo-Burma Mega-Biodiversity Hotspot. World Journal of
Microbiology Biotechnology.
Goel, P., & Padole, M. 2019. Bioinformatics: An Application in Information
Science. In First International Conference on Artificial Intelligence and
Cognitive Computing (pp. 223-238). Springer, Singapore.
Heo, G. E., Kang, K. Y., Song, M., & Lee, J. H. (2017). Analyzing the field of
bioinformatics with the multi-faceted topic modeling technique. BMC
bioinformatics, 18(7), 45-57.

Hogeweg, P. 2011. The roots of bioinformatics in theoretical biology. PLoS

computational biology, 7(3), e1002021.

Hogeweg, P. 2011. The Roots of Bioinformatics in Theoretical Biology. Plos

Computational Biology, 7 (3):1—5.

Irianto, K. (2019). Biologi Molekuler Teori-Praktikum-glosarium. Alfabeta:

Bandung. hlm: 495.
ISMAUN, M. S., & AMIRULLAH, A. (2017). Analisis Keragaman Fragmen Gen
Penyandi Enzim Kitinase Berbasis Web Berdasarkan Kemiripan
Sekuen (Doctoral dissertation, IAIN Kendari).

Lesk, A. 2014. Introduction to bioinformatics. Oxford University Press.

Mount WD (2004). Bioinformatics: sequence and genome analysis. Cold Spring

Harbor Laboratory Press, New York.
NCBI. 2009. GenBank: The Nucleotide Sequence Database.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21105/. Tanggal akses 2
November 2021.
Nirmala, M., Indriyani, I., Shahensha, M. R., Nieate, M. K., & Diana, N. E. (2017,
August). Studi Literatur Pemanfaatan High Performance Computing dalam
Bidang Bioinformatics. In Seminar Nasional Aplikasi Teknologi Informasi
(SNATI).
Sharma, R. K. 2015. Role of Bioinformatics in Various Aspects of Biological
Research: A Mini Review. Research and Reviews: Research Journal of
Biology, 1-20.

Sinaga, N.R. 2012. Isolasi DNA dan Teknik PCR. Jakarta : PT factorry.