Trend kasus dan masalah keamanan ke depan, seperti

bioinformatik.

Bioinformatika yaitu ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasional untuk

mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bioinformatika merupakan ilmu
gabungan antara ilmu biologi dan ilmu teknik informasi (TI). Pada umumnya,
Bioinformatika didefenisikan sebagai aplikasi dari alat komputasi dan analisa untuk
menangkap dan menginterpretasikan data-data biologi. Ilmu ini merangkup berbagai
disiplin ilmu termasuk ilmu komputer, matematika dan fisika, biologi, dan ilmu
kedokteran, ilmu ini saling membantu dan saling bermanfaat satu sama lainnya. Ilmu
bioinformatika ini merupakan insiatif para ahli ilmu komputer berdasarkan artificial
intelligence. Mereka berpikir bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa dibuat
secara artificial melalui simulasi dari gejala-gejala tersebut. Berbagai kajian baru
bermunculan, sejalan dengan perkembangan TI dan disiplin ilmu yang didukungnya.
Aplikasi TI dalam bidang biologi molekul telah melahirkan bidang Bioinformatika.
Kajian ini semakin penting, sebab perkembangannya telah mendorong kemajuan
bioteknologi di satu sisi, dan pada sisi lain memberi efek domino pada bidang
kedokteran, farmasi, lingkungan dan lainnya.

Bioinformatika mencangkup ruang lingkup yang sangat luas dan mempunyai peran
yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang pelayanan kesehatan
Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang menyebabkan peningkatan
pelayanan kesehatan. Bioteknologi modern ditandai dengan kemampuan manusia
untuk memanipulasi kode genetik DNA. Berbagai aplikasinya telah merambah sektor
kedokteran, pangan, lingkungan, dsb. Kemajuan ilmu Bioinformatika ini dimulai dari
genome project yang dilaksanakan di seluruh dunia dan menghasilkan tumpukan
informasi gen dari berbagai makhluk hidup, mulai dari makhluk hidup tingkat rendah
sampai makhluk hidup tingkat tinggi.

Bioinformatika bukan hanya sekedar bagi seorang ahli biologi yang sedang
menggunakan komputer untuk menyimpan dan mengambil data tapi tahap lebih dari
itu, dimana komputer merupakan software dalam melakukan penelitian terhadap data
biologis, yaitu:

a. Komputer dari sel-sel hidup

Usaha para ilmuwan untuk mengembangkan komputer dari selsel hidup mulai
memperoleh hasil. Sejumlah ilmuwan di Universitas Princeton, Amerika Serikat
berhasil menumbuhkan bakteri yang dapat bertingkah laku mirip komputer. Bakteri-
bakteri tersebut saling merakit satu sarna lain membentuk formasi yang komplek
sesuai instruksi yang diberikan pada kode genetiknya.

b. Forensik komputer

Kita tentu biasa mendengar mengenai ujian DNA yang dijalankan ke atas seseorang
bagi mengenal pasti keturunan, penyakit dan sebagainya dalam industri perobatan
dunia. Begitu juga ujian forensikyang dijalankan ke atas mayat-mayat bagi
mengenalpasti pelbagai kemungkinan punca kematian dan faktor-faktor
berkaitan.Bagaimanapun, sebenarnya teknologi forensik dalam bidang pengobatan
juga kini telah diaplikasikan dalam dunia teknologi pengkomputeran digital yang
semakin mencatatkan perkembangan pesat.

c. Bioinformatika berkaitan dengan teknologi database.

Pada saat ini banyak pekerjaan bioinformatika berkaitan dengan teknologi database.
Penggunaan database ini meliputi baik tempat penyimpanan database seperti
GenBank atau PDB maupun database pribadi, seperti yang digunakan oleh grup riset
yang terlibat dalam proyek pemetaan gen atau database yang dimiliki oleh
perusahaan-perusahaan bioteknologi.

Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Hal ini dapat
dimaklumi karena penggunaan komputer sebagai alat bantu belum merupakan
budaya. Bahkan di kalangan peneliti sendiri, barangkali hanya para peneliti biologi
molekul yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan
menggunakan perangkat-perangkat bioinformatika untuk analisa data.Sementara di
kalangan TI masih kurang mendapat perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA,
protein) yang bersifat terbukalgratis merupakan peluang besar untuk menggali
informasi berharga daripadanya.Database genom manusia sudah disepakati akan
bersifat terbuka untuk seluruh kalangan, sehingga dapat di gali atau diketahui
kandidat-kandidat gen yang memiliki potensi kedokteran atau farmasi.

SEJARAH

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk

mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian,
penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data
dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak
tahun 1960an. Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi
protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali
perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data
sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat,
sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di
Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European
Molecular Biology Laboratory). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat
pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA
yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu
pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan
kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan
lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika.

Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan
ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut
serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran
program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan
dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan
pengembangannya.

CABANG-CABANG YANG TERKAIT DENGAN BIOINFORMATIKA

Dari pengertian Bioinformatika yang telah dijelaskan, kita dapat menemukan

banyak terdapat banyak cabang-cabang disiplin ilmu yang terkait dengan
Bioinformatika, terutama karena bioinformatika itu sendiri merupakan suatu bidang
interdisipliner. Hal tersebut menimbulkan banyak pilihan bagi orang yang ingin
mendalami Bioinformatika.

Biophysics, adalah sebuah bidang interdisipliner yang mengalikasikan teknik-

teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur dan fungsi biologi (British Biophysical
Society). Disiplin ilmu ini terkait dengan Bioinformatika karena penggunaan teknik-
teknik dari ilmu Fisika untuk memahami struktur membutuhkan penggunaan TI.
Computational Biology, merupakan bagian dari Bioinformatika (dalam arti yang paling
luas) yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari computational
biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam
molekul dan sel.

Medical Informatics, Menurut Aamir Zakaria [ZAKARIA 2004] Pengertian dari

medical informatics adalah “sebuah disiplin ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai
pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk
meningkatkan komunikasi, pengertian dan manajemen informasi medis.” Medical
informatics lebih memperhatikan struktur dan algoritma untuk pengolahan data medis,
dibandingkan dengan data itu sendiri. Disiplin ilmu ini, untuk alasan praktis,
kemungkinan besar berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi
yang lebih “rumit”.

Cheminformatics, adalah kombinasi dari sintesis kimia, penyaringan biologis,

dan pendekatan data-mining yang digunakan untuk penemuan dan pengembangan
obat (Cambridge Healthech Institute’s Sixth Annual Cheminformatics conference).
Kemungkinan penggunaan TI untuk merencanakan secara cerdas dan dengan
mengotomatiskan proses-proses yang terkait dengan sintesis kimiawi dari
komponenkomponen pengobatan merupakan suatu prospek yang sangat menarik
bagi ahli kimia dan ahli biokimia.

Genomics, adalah bidang ilmu yang ada sebelum selesainya sekuen genom,
kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha
untukmenganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu
spesies atau lebih. Secara logis tentu saja mungkin untuk membandingkan genom-
genom dengan membandingkan kurang lebih suatu himpunan bagian dari gen di
dalam genom yang representatif.

Mathematical Biology, juga menangani masalah-masalah biologi, namun

metode yang digunakan untuk menangani masalah tersebut tidak perlu secara
numerik dan tidak perlu diimplementasikan dalam software maupun hardware.
Menurut Alex Kasman [KASMAN2004] Secara umum mathematical biology
melingkupi semua ketertarikan teoritis yang tidak perlu merupakan sesuatu yang
beralgoritma, dan tidak perlu dalam bentuk molekul, dan tidak perlu berguna dalam
menganalisis data yang terkumpul.

Proteomics, Istilah proteomics pertama kali digunakan untuk menggambarkan

himpunan dari protein-protein yang tersusun (encoded) oleh genom. Michael J. Dunn
[DUNN2004], mendefiniskan kata “proteome” sebagai: “The PROTEin complement of
the genOME“. Dan mendefinisikan proteomics berkaitan dengan: “studi kuantitatif dan
kualitatif dari ekspresi gen di level dari protein-protein fungsional itu sendiri”. Yaitu:
“sebuah antarmuka antara biokimia protein dengan biologi molekul”.

Pharmacogenomics, adalah aplikasi dari pendekatan genomik dan teknologi

pada identifikasi dari target-target obat. Contohnya meliputi menjaring semua genom
untuk penerima yang potensial dengan menggunakan cara Bioinformatika, atau
dengan menyelidiki bentuk pola dari ekspresi gen di dalam baik patogen maupun
induk selama terjadinya infeksi, atau maupun dengan memeriksa karakteristik pola-
pola ekspresi yang ditemukan dalam tumor atau contoh dari pasien untuk kepentingan
diagnosa (kemungkinan untuk mengejar target potensial terapi kanker). Istilah
pharmacogenomics digunakan lebih untuk urusan yang lebih “trivial” — tetapi dapat
diargumentasikan lebih berguna– dari aplikasi pendekatan Bioinformatika pada
pengkatalogan dan pemrosesan informasi yang berkaitan dengan ilmu Farmasi dan
Genetika, untuk contohnya adalah pengumpulan informasi pasien dalam database.

Pharmacogenetics, adalah bagian dari pharmacogenomics yang

menggunakan metode genomik/Bioinformatika untuk mengidentifikasi hubungan-
hubungan genomik, contohnya SNP (Single Nucleotide Polymorphisms), karakteristik
dari profil respons pasien tertentu dan menggunakan informasi-informasi tersebut
untuk memberitahu administrasi dan pengembangan terapi pengobatan. Gambaran
dari sebagian bidang-bidang yang terkait dengan Bioinformatika di atas
memperlihatkan bahwa Bioinformatika mempunyai ruang lingkup yang sangat luas
dan mempunyai peran yang sangat besar dalam bidangnya. Bahkan pada bidang
pelayanan kesehatan Bioinformatika menimbulkan disiplin ilmu baru yang
menyebabkan peningkatan pelayanan kesehatan.

Contoh-contoh Penggunaan Bioinformatika :

1. Bioinformatika dalam bidang klinis

Bioinformatika dalam bidang klinis sring juga disebut sebagai informatika klinis
(clinical informatics). Aplikasi dari informatika klinis ini berbentuk manajemen data-
data klinis dari pasien melalui Electrical Medical Record (EMR) yang dikembangkan
oleh Clement J. McDonald dari Indiana University School of Medicine pada tahun
1972. McDonald pertama kali mengaplikasikan EMR pada 33 orang pasien penyakit
gula (diabetes). Sekarang EMR telah diaplikasikan pada berbagai macam penyakit
seperti data analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto rontgen,
ukuran detak jantung, dll.

2. Bioinformatika untuk identifikasi Agent penyakit baru

Bioinformatika juga menyediakan tool yang sangat penting untuk identifikasi agent
penyakit yang belum dikenal penyebabnya. Misalnya saja seperti SARS (Severe
Acute Respiratory Syndrome) yang dulu pernah berkembang.

3. Bioinformatika untuk diagnose penyakit baru

Untuk menangani penyakit baru diperlukan diagnosa yang akurat sehingga dapat
dibedakan dengan penyakit lain. Diagnosa yang akurat ini sangat diperlukan untuk
pemberian obat dan perawatan yang tepat bagi pasien.

Ada beberapa cara untuk mendiagnosa suatu penyakit, antara lain: isolasi agent
penyebab penyakit tersebut dan analisa morfologinya, deteksi antibodi yang
dihasilkan dari infeksi dengan teknik enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA),
dan deteksi gen dari agent pembawa penyakit tersebut dengan Polymerase Chain
Reaction (PCR).

4. Bioinformatika untuk penemuan obat

Cara untuk menemukan obat biasanya dilakukan dengan menemukan zat/senyawa

yang dapat menekan perkembangbiakan suatu agent penyebab penyakit. Karena
perkembangbiakan agent tersebut dipengaruhi oleh banyak faktor, maka faktor-faktor
inilah yang dijadikan target. Diantaranya adalah enzim-enzim yang diperlukan untuk
perkembangbiakan suatu agent.

Trend Bioinformatika Dunia

Ledakan data/informasi biologi itu yang mendorong lahirnya Bioinformatika.

Karena Bioinformatika adalah bidang yang relatif baru, masih banyak
kesalahpahaman mengenai definisinya. Komputer sudah lama digunakan untuk
menganalisa data biologi, misalnya terhadap data-data kristalografi sinar X dan NMR
(Nuclear Magnetic Resonance) dalam melakukan penghitungan transformasi Fourier,
dsb. Bidang ini disebut sebagai Biologi Komputasi. Bioinformatika muncul atas
desakan kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan dan menganalisa data-data
biologis dari database DNA, RNAmaupun protein tadi. Untuk mewadahinya beberapa
jurnal baru bermunculan (misalnya Applied Bioinformatics), atau berubah nama
seperti Computer Applications in the Biosciences (CABIOS) menjadi BIOInformatic
yang menjadi official journal dari International Society for Computational Biology
(ICSB) (nama himpunan tidak ikut berubah). Beberapa topik utama dalam
Bioinformatika dijelaskan di bawah ini.

Keberadaan database adalah syarat utama dalam analisa Bioinformatika.

Database informasi dasar telah tersedia saat ini. Untuk database DNA yang utama
adalah GenBank di AS. Sementara itu bagi protein, databasenya dapat ditemukan di
Swiss-Prot (Swiss) untuk sekuen asam aminonya dan di Protein Data Bank (PDB)
(AS) untuk struktur 3D-nya. Data yang berada dalam database itu hanya
kumpulan/arsip data yang biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti,
namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana penelitian mewajibkan
penyimpanan dalam database. Trend yang ada dalam pembuatan database saat ini
adalah isinya yang makin spesialis.

Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah berikutnya adalah

menganalisa data. Pencarian database umumnya berdasar hasil
alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini
digunakan berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda sedikit tetapi
memiliki fungsi yang sama. Misalnya protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit
berbeda dengan yang berasal dari ikan paus. Kegunaan dari pencarian ini adalah
ketika mendapatkan suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui fungsinya maka
dengan membandingkannya dengan yang ada dalam database bisa diperkirakan
fungsi daripadanya. Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural Network,
Genetic Algorithm dll telah dipakai dengan sukses untuk pencarian database ini. Salah
satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan
menjadi standar sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).
Bioinformatika di Indonesia

Di Indonesia Bioinformatika masih belum dikenal oleh masyarakat luas. Di

kalangan peneliti sendiri, mungkin hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit
banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-
perangkat Bioinformatika untuk analisa data. Sementara itu di kalangan TI masih
kurang mendapat perhatian.