Nama : M.

Naufal Shidqi

Kelas : Ilkomp-1

NIM : 0701162025

Pengertian Bioinformatika

Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang merupakan perpaduan
antara biologi dan teknologi informasi. Menurut Durso (1997) bioinformatika adalah
manajemen dan analisis informasi biologis yang disimpan dalam database.

Ilmu ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan mengorganisir miliaran bit informasi genetik
dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika terutama didukung uleh studi genomik, biologi
komputasi, dan teknologi komputer. Menurut Roderick (lihat Hieter & Boguski, 1997),
genomik adalah studi yang berhubungan dengan pemetaan, sekuen, dan analisis genom.
Walaupun belum jelas, secara umum Genomik bisa diartikan sebagai penggunaan informasi
genom secara sistematis, dengan data eksperimental baru untuk menjawab permasalahan
biologis, medis, maupun industri (Jordan, 1999).

Bioinformatika sendiri mencakup kajian yang lebih mendalam dari genomik. Dalam studi
bioinformatika digunakan komputer yang mampu menyimpan data dalam jumlah yang sangat
banyak dan didukung berbagai macam software untuk menganalisis jutaan data yang berasal
dari mahluk hidup.

Perkembangan Bioinformatika

Studi Bioinformatika mulai tumbuh sebagai akibat dari perkembangan berbagai metode
sekuens baru yang menghasilka data yang sangat banyak. Hal tersebut, secara kebetulan,
didukung pula oleh teknologi penyimpanan, manajemen, dan pertukaran data melalui
komputer. Inovasi dalam pemetaan dan sekuensing memiliki peran penting dalam proses
pengambilan data biologis. Penggunaan Yeast Artificial Chromosome (YAC), sangat
membantu dalam konstruksi peta fisik genom kompleks secara lengkap (Touchmann &
Green, 1998). Untuk mengklon fragmen-fragmen DNA besar (sekitar 150.000 pasangan
basa) digunakan bacterial Artificial Chromosome (BAC).

Kemungkinan, teknologi yang paling banyak kontribusinya adalah teknologi PCR. Walaupun
tergolong tua (PCR ditemukan tahun 1985), meode ini sangat efektif, dan telah mengalami
penyempurnaan selama bertahun-tahun.

Perkembangan teknologi sekuensing dimulai dan semi-automatic sequencer yang pertama

pada tahun 1987, dilanjutkan dengan Taq Cycle sequencing pada tahun 1990. Pelabelan
Flourescen fragmen DNA dengan Sanger dideoxy Chain Termination Method, merupakan
dasar bagi proyek sekuensing skala besar (Venter et. al., 199).

Seluruh perkembangan tersebut sia-sia saja tanpa obyek yang diteliti, yang memiliki nilai
komersil tinggi dan data yang berlimpah. Gampang ditebak, pasti Manusia melalui Human
Genome Project.

Selain perkembangan dalam bidang Genomik, Bioinformatika sangat dipengaruhi oleh

perkembangan di bidang teknologi informasi dan komputer. Pada fase awal (sekitar tahun 80-
an) perkembangan yang paling signifikan adalah kapasitas penyimpanan data. Dari hanya
baeberapa puluh byte (1980), hingga mencapai Terabyte (1 terabyte=1 trilyun byte),

Setelah pembuatan database, selanjutnya dimulai perkembangan pemuatan perangkat lunak

untuk mengolah data. Awalnya, metode yang digunakan hanya pencariaan kata kunci, dan
kalimat pendek. perkembangan selanjutnya berupa perangkat lunak dengan algoritma yang
lebih kompleks, seperti penyandian nukleotida, menjadi asam-asam amino, kemudian
membuat struktur proteinnya. Saat ini, perangkat lunak yang tersedia meliputi pembacaan
sekuens nukleotida dari gel elektroforesis, prediksi kode protein, identifikasi primer,
perbandingan sekuens, analisis kekerabatan, pengenalan pola dan prediksi struktur. Dengan
perkembangan seperti diatas, ternyata masih belum cukup. Kurangnya pemahaman terhadap
sistem biologis dan organisasi molekular membua analisis sekuens masih mengalami
kesulitan. Perbandingan sekuens antar spesies masih sulit akibat variabilitas DNA.

Usaha yang dilakukan saat ini, baru mencoba mempelajari eori-teori tersebut melalui proses
inferensi, penyesuaian model, dan belajar dari contoh yang tersedia (Baldi & Brunac, 1998).
Perkembangan perangkat keras komputer juga berperan sangat penting. Kecepatan prosesor,
kapasitas RAM, dan kartu grafik merupakan salah satu pendorong majunya bioinformatika.
Terakhir perkembangan bioinformatika sangat dipengaruhi oleh pertumbuhan jaringan
Internet. Mulai dari e-mail, FTP, Telnet (1980-an), Gopher, WAIS, hingga ditemukannya
World Wide Web oleh Tim Berners-Lee pada tahun 1990, mendukung kemudahan transfer
data yang cepat dan mudah. Saat ini, telah tersedia sekitar 400 database biologis yang dapat
diakses melalui internet.
Potensi dan Aplikasi Bioinformatika

Potensi komersial dari aplikasi bioinformatika sangat menggiurkan. Pada tahun 1998 saja,
pangsa pasarnya mencapai sekitar $290 juta, dan diperkirakan akan mencapai $2 milyar pada
tahun 2005.

Selama bulan Maret tahun 2000 investasi pada bidang ini sedikitberkurang. Hal tersebut
disebabkan oleh pernyataan Presiden AS Bill Clinton dan PM Inggris Tony Blair, yang
membebaskan akses terhadap informasi genom manusia sehingga dianggap menghalangi
paten terhadap genom manusia. Tapi, pada akhir bulan, investasi mulai kembali normal
karena bioinformatika masih dianggap cukup prospektif di masa depan.Menurut laporan
Ventureone di Amerika Serikat pada tahun 2001 dana-dana ventura telah mencapai $700 juta
digunakan untuk pengembangan bioinformatika.Sementara itu, kepala Divisi Teknologi
Khusus untuk Bioinformatika yang pertama di Microsoft menganggap, ini adalah peluang
yang amat besar. Penjualan komputer untuk ilmuwan-ilmuwan akan mencapai $43 juta.

Beberapa aplikasi bioinformatika

1.Transformasi sekuen menjadi informasi genetik.

Intinya adalah menjual data, dalam bentuk gen komplit, atau fragmen, yang dapat digunakan
oleh pihak lain untuk mencari potensi terhadap gen tersebut.

2.Pasien sebagai komoditas

Pasien dengan kecenderungan terhadap penyakit tertentu dapat diketahui, sehingga mudah
sekali bagi perusahaan oba untuk menawarkan produknya.

3.Mencari potensi gen

Potensi dari sebuah gen sangat beragam, bergantung pada ekspresi gen tersebut. Aplikasi
lebih lanjut dapat berupa transgenik, terapi genetik, atau berbagai rekayasa dan pemanfaatan
geneik lainnya. Permasalahan dan tantangan yang dihadapi

Perkembangan yang sedemikian pesat menghasilkan berbagai teknik dan perangkat baru
dalam melakukan manajemen dan analisis data. Karena beragamnya teknik dan perangkat
tersebut, terjadi kesulitan dalam perbandingan, penyimpanan, dan analisis data dari berbagai
platform (Ladd, 2000). Usaha standarisasi sedang dilakukan belakangan ini. Salah satu usaha
standarisasi yang paling terkenal adalah BioStandard Project yang dilakukan oleh European
Bioinformatics Institute (Cambridge, UK). Proyek ini didanai oleh European Bioinformatics
Institute, The European Commission, dan beberapa perusahaan farmasi. Dalam proyek
tersebut, dilakukan pengembangan perangkat lunak pengolah data yang sesuai dengan standar
saat ini maupun masa depan (Murray-Rust, 1994)

Selain standarisasi, bioinformatika juga memiliki masalah lain, yaitu pengolahan data. Saat
ini, data yang berhasil dikumpulkan saat ini, sehingga membutuhkan waktu yang sangat lama
untuk dianalisis. Data dasar yang diperoleh dari data genomik hanya berupa sekumpulan
simbol A, G, T, dan C yang jumlahnya mencapai milyaran bahkan trilyunan. Kesulitannya
adalah bagaimana merubah simbol tersebut menjadi -misalnya- gen penyakit asma. Proses
menganalisis data genomik menjadi informasi yang dapat dimengerti biasa disebut Data
Mining. Dalam proses Data Mining digunakan teknologi pengenalan pola (Pattern
Recognition Technology) dan analisis statistika untuk mengolah data dalam jumlah banyak
(Wedin, 1999). Tujuan dari Data mining adalah untuk mencari korelasi baru, pola, dan trend.
Permasalahan lain pun muncul menghadang. Sebagai disiplin ilmu yang baru terbentuk,
bioinformatika kekurangan SDM yang kompeten. Hal tersebut dijelaskan oleh Craig Benham,
seorang Profesor pada sekolah kedokteran Mount Sinai di New York. Ia mengajar
bioinformatika aplikasi teknologi informasi. Seperti dijelaskan Benham, ia pada tahun 2000-
2001 tidak memiliki murid di program pasca sarjananya. Padahal, diprediksikan bidang ini
membutuhkan sekitar 20.000 tenaga kerja terlatih yang kompeten dalam bidang biologi
sekaligus ilmu komputer.

Bagaimana dengan Indonesia? Saat ini, jarang sekali (adakah???) orang yang kompeten
dalam bidang biologi sekaligus dalam bidang ilmu komputer. Walaupun ada, karena
terbatasnya sarana, mungkin akan sulit bagi orang tersebut untuk mengekspresikan
kemampuannya. Padahal sebagai negara Mega Diversity Indonesia menjadi sasaran bagi para
peneliti asing. Saat ini, sedang berlangsung perlombaan untuk mendapatkan paten terhadap
data keanekaragaman gen untuk kepentingan komersial.