LAPORAN PRAKTIKUM

BIOTEKNOLOGI FARMASI

“Pengenalan NCBI”

Dosen Pengampu

Destik Wulandari, S.Pd., M.Si

Disusun Oleh

Kelompok 8 (G)

Meldi Sanjaya (23175194A)

Duanty Indi Ardina (26206055A)

Nardila Rahma Paramesti (26206057A)

Reza Dea Kurnilia (26206058A)

Jadwal Praktikum

Selasa, 07 September 2021

14.00 – 16.00

FAKULTAS FARMASI

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

UNIVERSITAS SETIA BUDI

SURAKARTA

2021
A. TUJUAN
a. Mahasiswa dapat memahami cara mencari dan mendapatkan data dari genbank
b. Mahasiswa dapat mengenal NCBI dan fitur sistem informasi yang disediakan

B. PENDAHULUAN / LATAR BELAKANG

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu
institusi yang menyediakan sumber informasi terkait perkembangan biologi
molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik dan
mengembangkan software penganalisis data genom.
Data base terus di perbarui sesuai dengan penemuan terkini yang menyangkut
DNA, protein, senyawa aktif dan taksonomi. NCBI adalah salah satu bank data gen,
protein dan literatur khusunya di bidang kesehatan yang ter lengkap dan di acu oleh
peneliti di dunia. NCBI merupakan bagian dari Amerika Serikat National Library of
Medicine (NLM), sebuah cabang dari National Institutes of Health. Para NCBI ber
lokasi di Bethesda, Maryland dan di didirikan pada tahun 1988 melalui legislasi
disponsori oleh Senator Calude Pepper. Untuk mengakses NCBI dapat dibuka di
http://www.ncbi.nlm.nih.goc/ (Widodo dan Miftahkhunnafisah, 2010).
Beberapa dari banyak manfaat penggunaan NCBI yaitu ketika kita melakukan
penelitian mengenai homologi protein antar-organisme. Dengan memanfaatkan salah
satu tool pada NCBI, dapat dibandingkan kemiripan asam amino yang menyusun
protein. Melalui program blastp pada situs NCBI dapat dilakukan pencarian protein
homolog dari berbagai macam organisme. Literatur jurnal yang tersedia dapat diakses
melalui PubMed. PubMed merupakan alat penghubung pencarian di web yang
menyediakan akses ke lebih dari 11 juta sitasi jurnal di MEDLINE (Dhiantika, 2010).

C. ALAT DAN BAHAN

1. Laptop
2. Koneksi internet
3. Aplikasi/Laman NCBI
4. Sekuen DNA

D. CARA KERJA
1. Mengetik laman (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) di lokasi pencarian browser
2. Memilih search “nukleotida”, lalu mengetik insulin atau INS, lalu tekan ‘search’
 3. Muncul berbagai pilihan urutan gen pengkode INS
4. Memilih urutan gen pengkode insulin manusia, memakai yang complete cds
5. Muncul hasil pencarian urutan gen pengkode insulin manusia
6. Menekan Link FASTA agar mendapatkan sekuen nukleotida dari INS dalam
bentuk FASTA
7. Muncul hasil pencarian urutan gen dalam bentuk FASTA
8. Melakukan copy paste urutan gen ke dalam aplikasi Notepad
9. Melakukan penyimpanan file ke dalam laptop

E. HASIL DAN PEMBAHASAN

HASIL

1. Pseudomonas aeruginosa cds gene for CDP-diglyceride synthetase, complete cds

GenBank: D50811.1

2. Human dioxin-inducible cytochrome P450 (CYP1B1) gene, complete cds

GenBank: U56438.2
 3. Eublepharis macularius INS mRNA for insulin, complete cds
GenBank: LC020048.1

4. Homo sapiens intercellular adhesion molecule 1 (CD54), human rhinovirus receptor

mRNA, complete cds
GenBank: BT006854.1

PEMBAHASAN

Pengenalan situs web NCBI dilakukan dalam pratikum ini. Informasi lebih lanjut tentang
pencarian dan mendapatkan data dari Genebank, yang merupakan penggunaan NCBI, NCBI
merupakan (National Center for Biotechnology Information) adalah lembaga yang
menawarkan dana yang berkaitan dengan pengembangan biologi molekuler. NCBI dapat
diakses melalui data publik dan pengembangan yang menganalisis perangkat lunak secara
inheren dalam database.

NCBI yaitu lembaga yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk
menyimpan dan menganalisis data genetik dan molekuler yang berkembang pesat. Salah satu
tugas paling menantang dalam bioinformatika adalah menyimpan banyak informasi baru
dalam bentuk yang mudah diakses, termasuk urutan seluruh genom, untuk terus menemukan
gen dan produk gen baru, serta menentukan fungsi dan strukturnya.

Data sekuens DNA dari gen yang dicari adalah Pseudomonas aeruginosa cds gene for CDP-
diglyceride synthetase, complete cds , Human dioxin-inducible cytochrome P450 (CYP1B1)
gene, complete cds, Eublepharis macularius INS mRNA for insulin, complete cds, Homo
sapiens intercellular adhesion molecule 1 (CD54), human rhinovirus receptor mRNA,
complete cds. Data ini diperoleh dari penggunaan NCBI sebagai gene bank.

Pada Pratikum kali ini, disimpan dalam bentuk FASTA, format pada FASTA berisi teks
untuk mewakili urutan nukleotida, di mana pasangan dasar atau asam amino ditampilkan
dengan kode huruf tunggal. Penunjukan dan penjelasan berbeda dari urutan, yang diatur pada
baris pertama sebelum simbol ">". Dalam diskusi dengan nuckleotida, seperti dalam
nukleotida pencarian lebih luas dan komplit, sementara gen tidak komplit.

F. KESIMPULAN
Pada praktikum pengenalan NCBI ini. NCBI merupakan server yang memuat database
tentang informasi kesehatan dan bioteknologi data base terus menerus di update sesuai
dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, protein, senywa, aktif dan
taksonomi. Disamping data base NCBI juga menyediakan berbagai macam software untuk
analisis DNA, protein 3D, pencarian primer, pencarian converse domain dan lain sebagainya. NCBI
merupakan salaH satu BANK DATA GEN, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang
terlengkap dan di acu oleh para peneliti dunia. NCBI memiliki database dan sofware (analisis
tools) yang sering digunakan untuk analisis

G. DAFTAR PUSTAKA
Widodo dan Miftahkhunnafisah. 2010. Pengenalan NCBI Untuk Analisis DNA,
Protein dan Senyawa Kimia. Jurnal Biosistem. Vol 1(1) : 1 -22.
Dhiantika. 2010. Pengenalan National Centre For bIotechnology Information (NCBI).

H. LAMPIRAN
1.
2
3.
4