NAMA : AMELIA PRAMESWARI

NPM : 230110200147

KELOMPOK : 4 (EMPAT)

Pertemuan ke-5 Olah Data

Keragaman Genetik

Menurut Liu et al. (1998), keragaman genetik (polimorfisme) adalah ragam atau variasi
yang terdapat pada suatu lokus dan ditemukan diantara individu dalam suatu populasi yang
dapat diwariskan serta dapat dideteksi. Penyebab munculnya keragaman genetik
(polimorfisme) ini adalah interaksi sel dengan lingkungannya sehingga semua organisme
mengalami mutasi (Liu dan Cordes 2004). Sementara menurut Arifin dkk. (2017),
polimorfisme muncul karena setiap individu memiliki bentuk-bentuk gen yang khas dan dapat
bertambah apabila keturunan menerima kombinasi gen dan kromosom melalui rekombinasi
gen oleh induknya saat proses reproduksi. Proses rekombinasi gen ini mengatur ulang alel
secara acak yang menyebabkan muncul kombinasi yang berbeda-beda sehingga keragaman
genetik dapat meningkat (Arifin dkk. 2017)

Polimorfisme yang tinggi berperan sangat penting dalam mencegah kepunahan spesies
dalam populasi untuk dapat bertahan pada perubahan kondisi lingkungan (Irmawati 2016).
Oleh ahli genetik, polimorfisme dijadikan sebagai dasar pertimbangan konservasi, pemuliaan,
pengelolaan dan pemanfaatan sumberdaya genetik secara berkelajutan. Polimorfisme ini dapat
diungkap dengan menggunakan bantuan teknologi penanda genetik (marka molekular).
Melalui pendekatan genetik, polimorfisme dapat dideteksi secara genotip dengan melihat
DNA. DNA merupakan sumber informasi dasar organisme yang potensial, akurat dan memiliki
tingkat polimorfisme lebih tinggi dimana terdistribusi merata di seluruh genom baik pada
jaringan hidup maupun yang mati dibandingkan dengan molekul lainnya (Liu 2007, Zulfahmi
2013, Irmawati 2016). Pendeteksian keragaman genotip berfungsi sebagai strategi dalam
pemijahan induk pada tiap keturunan dalam upaya mempertahankan superioritas ikan.

Keragaman genotip berdasarkan sekuen fragmen DNA dapat dianalisis melalui

perhitungan jumlah larik nukleotida polimorfik yang muncul pada tiap nukleotida yang diuji.
Terdapat manfaat lain dari pendeteksian polimorfisme yaitu dapat digunakan dalam berbagai
kebutuhan pada kegiatan budidaya seperti menganalisis hubungan kekerabatan atau jarak
genetik antar populasi, program seleksi induk, mengidentifikasi spesies atau strain,
penggolongan suatu spesies dalam taksonomi hingga penentuan asal usul individu dan lain-
lain (Irmawati 2016, Buwono dkk. 2018)

Hasil amplifikasi DNA (PCR) yang didapatkan pada praktikum sebelumnya adalah
fragmen DNA hasil PCR acak menggunakan primer RAPD. Sehingga analisis hasil PCRnya
juga merupakan analisis fingerprinting DNA untuk melihat hubungan kekerabatan
menggunakan metode RAPD. Pita-pita yang timbul pada agarose merupakan representasi dari
fragmen DNA yang teramplifikasi. Setiap pita yang terbentuk pada agarose mempunyai
panjang DNA yang berbeda. Panjang urutan basa DNA dapat diketahui dengan
membandingkan jarak migrasi DNA yang standar digunakan. Grafik log panjang basa standar
DNA terhadap jarak migrasi, menghasilkan persamaan regresi. Persamaan regresi selanjutnya
digunakan untuk menjadi acuan dasar menentukan panjang fragmen DNA pada setiap pita yang
muncul.

Data kualitatif didapatkan dari pita-pita yang tervisualisasi dan tidak tervisualisasi.
Data tersebut dikuantifikasi dalam bentuk matriks biner. Pita yang terlihat memiliki arti
numerik satu (1) dan pita yang tidak terlihat memiliki arti numerik nol (0). Pita yang dapat
dianalisis merupakan pita yang dapat dibedakan secara nyata dengan menggunakan bantuan
computer. Pita-pita tersebut ditampilkan dalam matriks biner dan selanjutnya akan dianalisis
untuk mencari hubungan kekerabatan sampel ikan uji.

Hubungan kekerabatan dapat diketahui dengan menghitung indeks kesamaan

menggunakan program Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System (NTSYS)
pada komputer. Hasil yang diperoleh berupa diagram pohon kekerabatan (Phylogenetic tree).
Berikut ini merupakan langkah-langkah yang ditempuh untuk mendapatkan pohon kekerabatan
dari gabungan analisis beberapa software diantaranya CorelDraw X7, Microsoft Excel dan
NTSYSpc 2.02.

Prosedur Analisis Data CorelDraw dan Ms. Excel

1. Dibuka CorelDraw X7.

2. Diimport gambar hasil elektroforesis amplifikasi DNA kedalam CorelDraw X7.
3. Disesuaikan gambar agar dapat dilihat dengan jelas dan diolah, selanjutnya di crop
bagian spesifik agar memudahkan analisis
4. Setelah di-crop, dilihat ke pojok kiri atas grid
5. Di-drag menu tersebut hingga batas atas pertama sumur
6. Selanjutnya dibuka Ms.Excel 2010.
7. Kemudian dibuat bar Y, Log dan M
8. Dibuka kembali data yang dianalisis dalam CorelDraw tadi.
9. Ditarik garis dari grid atas ke setiap marker
10. Selanjutnya pada tarikan garis di setiap marker, dilihat berapa nilai Y dipojok kiri atas
11. Kemudian di-copy dan di-paste (diinput) ke dalam Ms.Excel sebagai nilai Y
12. Setelah semua nilai Y marker sudah didapatkan, dibuat jarak basepair mulai dari marker
yang paling bawah pada kolom M
13. Selanjutnya untuk mendapatkan nilai Log digunakan rumus =LOG (drag kolom M) .
14. Untuk mengetahui apa arti nilai persamaan dan R2 dari nilai Y dan Log dari data yang
telah dianalisis, maka diblock kolom Y dan Log kemudian dipilih insert pada menu bar
dan dipilih grafik bar
15. Untuk memunculkan persamaan maka pada pojok kanan atas grafik, diklik tanda plus
(+) kemudian diklik pilihan “Trendline”, dipilih tanda panah (>) yang terdapat
disampingnya, kemudian dipilih “more options”
16. Tahap berikutnya dibuat kolom Marker
17. Kemudian dimulai menganalisis data dengan mendrag garis dari atas grid ke bagian
fragmen Fragmen yang tervisualisasi memiliki arti numerik satu (1) dan tidak ada
fragmen yang tervisualisasi memiliki arti numerik nol (0).
18. Untuk mendapatkan nilai pada kolom Y (Nilai Log), dimasukan persamaan dari grafik
chart (y = -0,012x + 3,8271) Nilai Y (Nilai Log) tersebut merupakan nilai log dari jarak
fragmen (kolom X).
19. Untuk mendapatkan nilai pada kolom Y (jarak BP), dimasukan =10^kolom Y (nilai
Log). Nilai Y (jarak BP) tersebut merupakan nilai jarak fragmen dengan satuan basepair
(bp) yang dihitung sesuai dengan marker yang digunakan.
20. Selanjutnya dibuat file baru di MS.Excel, dipojok kiri atas seperti pada gambar 38
diinput angka 1, 15, 7. Angka 1 merupakan format yang harus dituliskan pada data yang
akan dianalisis menggunakan program NTSYSpc 2.02, angka 15 merupakan jumlah
banyaknya fragmen (dilihat dari kolom X (jarak fragmen)), angka 7 merupakan jumlah
banyaknya sampel yang digunakan dalam penelitian ini. File MS. Excel data biner yang
dibuat harus dibuat persis sama dengan format yang telah ditentukan agar data dapat
terbaca pada program NTSYSpc 2.02.
 Prosedur Analisis Data NTSYSpc 2.02

1. Dibuka Ntedit
2. Dipilih File > import Excel > dipilih using OLE > akan terdapat menu Overwrite lalu
dipilih YES > File > Save File As, beri nama file tersebut bebas sesuai kebutuhan,
sebagai contoh AW1 (perlu diperhatikan .NTS tidak dihapus saat membuat nama dan
tanda (*) didepannya boleh dihapus)
3. Selanjutnya dibuka program NTSYSpc 2.02 > pilih Similarty > pilih SimQual >
masukan file yg tadi (AW1) pada menu Input File. Di menu Coefficient diklik lalu
diubah menjadi DICE, kemudian untuk menu Output File beri nama AW2 untuk
membedakan dengan file sebelumnya seperti pada gambar 39 dan mudah diingat,
terakhir diklik Compute.
4. Berikutnya dibuka tempat penyimpanan file AW2 (Output file) tadi selanjutnya diklik
kanan 1x kemudian rename, ditambahkan (.NTS) dibelakang file AW2 sehingga
menjadi (AW2.NTS)
5. Dibuka NTSYSPC 2.02 kembali > dipilih Clustering > dipilih SAHN > diinput data
AW2.NTS yg sudah diubah tadi. Diberi nama pada menu Output Tree File AW3, pada
in case of ties : WARN diubah menjadi FIND
6. Klik pada yang tombol berbentuk fenogram
7. Pilih option untuk mengedit seperti memberi nama pada fenogram dan lainnya.
8. Setelah selesai diedit, pilih File > Save Metafile > beri nama sesuai yang diinginkan
kemudian Save.
9. Untuk melihat catatan kegiatan yang telah dilakukan dalam program NTSYSpc 2.02,
klik View Listing pada menu
10. Untuk menampilkan output indeks kesamaan sampel uji, digunakan menu General dan
klik menu Output kemudian dimasukkan file data AW2.NTS pada input file, terakhir
klik compute
 Tabel Olah Data Analisis RAPD

Jarak Nilai
G4 P7 MK3 S6 MK4 log BP
Fragmen BP
81 0 1 0 0 0 3000 3,477121
97 1 1 0 0 0 800 2,90309
108 1 0 0 0 0 300 2,477121
112 0 0 0 1 0 200 2,30103
114 0 0 1 0 0 200 2,30103
117 0 0 0 0 1 100 2

Jarak fragmen log BP Ukuran Pita

81 3,477121 258344
97 2,90309 42521,15
108 2,477121 8699,067
112 2,30103 4161,24
114 2,30103 4161,24
117 2 1024

Scatter olah data analisis RAPD

log BP
4

3,5

2,5
y = -0,0388x + 6,6492
2 R² = 0,9865
1,5

0,5

0
0 20 40 60 80 100 120 140
Gambar 1. Hasil Elektroforesis
 G4

P7

MK3MW MK3

S6

MK4

0.00 0.13 0.25 0.38 0.50

Coefficient

Gambar 2. Hasil Olah Data Menggunakan Apk NTYSpc