Laporan Praktikum Mikrobiologi (BIO211)

Semester Ganjil Tahun Akademik 2021/2022

NIM : G8401201040

Nama : Rafnindita Aura Putri Wijaya

Departemen : Biokimia

Kelompok Praktikum : P3

Judul Praktikum : Identifikasi Bakteri Melalui Pendekatan Molekuler

Tujuan Praktikum : Praktikum bertujuan mengisolasi DNA genom bakteri,

menganalisis konsentrasi dan kemurnian DNA,
mengampilifikasi gen 16S rRNA, serta melakukan analisis
bioinformatika

Asisten praktikum : Dwinda Nur Azizah (G34180074)

Luwita Qori Lutfiah (G34180038)
M.Roykhan Dwidasa Ramadhan (G34190083)

Hasil Pengamatan dan Pembahasan

1. Lengkapilah hasil pengamatan dan jawablah pertanyaan dibawah ini
(Laporan 4A)

Tabel 1. Konsentrasi dan Kemurnian DNA Genom Bakteri

No Isolat bakteri Konsentrasi Asam OD260 OD280 OD260/OD2

. Nukleat (ng/µl)
80
1. A1 127,3 2,545 1,273 1,999
2. A2 226,1 4,522 2,970 1.522
3. A3 73,3 1,460 3,255 0.449

1. Lengkapi tabel isian diatas (pada kolom OD260/OD280)

2. Berdasarkan perhitungan tersebut, sampel manakah yang kemurnian DNA-nya

paling tinggi? Mengapa?
Jawab : Sampe yang kemurnian DNA-nya paling tinggi adalah isolat bakteri A1
karena nilai perhitungannya yang mencapai 1,999. Prinsip isolasi DNA
adalah memisahkan DNA dari kandungan biomolekul lainnya serta
menjaga keutuhan struktur primernya. Tingkat kemurnian DNA dapat
dilihat dari rasio konsentrasi aliquot DNA pada absorbansi 260 nm
dibandingkan dengan konsentrasi aliquot DNA pada absorbansi 280 nm.
Rasio nilai DNA yang menunjukkan kemurnian berkisar antara 1.8-2.0
(Triandini 2013). Nilai yang dihasilkan A1 termasuk dalam rasio tersebut
artinya kemurnian isolat bakteri A1 paling tinggi.
 Laporan Praktikum Mikrobiologi (BIO211)
Semester Ganjil Tahun Akademik 2021/2022

3. Sampel mana yang kemurniannya paling rendah? Mengapa?

Jawab : Isolat bakteri yang rendah adalah sampel A3 karena nilai yang dihasilkan
hanya 0.448. Seperti yang dijelaskan diatas batas kemurnian yang biasa
dipakai dalam analisis molekuler pada rasio A260/A280 adalah 1,8-2,0. Hal
ini diperkuat dengan pendapat Nugraini et al. (2016) jika rasio kurang
dari 1,8 menunjukkan adanya pengotor protein atau fenol sehingga
kemurniannya rendah sedangkan lebih dari 1,8 menunjukkan adanya RNA.

4. Berikan analisis Anda terhadap penyebab rendahnya kemurnian sampel pada

pertanyaan nomor 3, Apakah ada tahapan isolasi yang kurang maksimal? Pada
tahap
yang mana?
Jawab : Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan
lain seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi
DNA ada tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA
dari bahan padat seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA.
Konsentrasi DNA akan berdampak pada kualitas fragmen hasil amplifikasi.
Penyebab rendahnya kemurnian pada sampel 3 adalah konsentrasi asam
nukleat yang digunakan sangat kecil nilainya. Konsentrasi DNA yang
terlalu rendah akan menghasilkan fragmen yang sangat tipis pada gel atau
bahkan tidak terlihat secara visual sehinga kemurniannya rendah,
sebaliknya konsentrasi DNA yang terlalu tinggi akan menyebabkan
fragmen terlihat tebal sehingga sulit dibedakan antara satu fragmen dengan
fragmen lainnya. Konsentrasi hasil ekstraksi DNA dipengaruhi oleh 2
faktor yaitu kecepatan ekstraksi pada waktu ekstraksi dan komposisi
penambahan lisis buffer. Faktor kecepatan ekstraksi merupakan faktor
paling berpengaruh karena pada tahap lisis sel dan presipitasi pengambilan
supernatant harus dilakukan per sampel, sehingga beberapa sampel terjadi
pengendapan DNA (Harahap 2017).

2. Lengkapilah tabel dibawah ini (Laporan 4B)

Tabel 2. Komposisi campuran PCR

Komposisi Komposisi Komposisi komponen

No Komponen komponen komponen (dalam (dalam 25 µl)
(dalam 25 µl) 25 µl)
Sampel A1 Sampel A2 Sampel A2

volume [akhir] volume [akhir] volume [akhir]

1. GoTaq Green 12,5 µl 1X 12,5 µl 1X 12,5 µl 1X

Master Mix,
2X
2. Primer 1387r 2,5 µl 1 µM 2,5 µl 1 µM 2,5 µl 1 µM
(10 mM)
3. Primer 64f 2,5 µl 1 µM 2,5 µl 1 µM 2,5 µl 1 µM
 Laporan Praktikum Mikrobiologi (BIO211)
Semester Ganjil Tahun Akademik 2021/2022

(10 mM)
4. DNA 1,57 µl <200 ng 0,88 µl <200 ng 2,72 µl <200 ng
Template
5. Nuclease 5,93 µl 6,62 µl 4,78 µl
free water
Volume Total (µl) 25 25 25

3. Lengkapilah tabel dan jawablah pertanyaan dibawah ini (Laporan 4C)

Tabel 3. Komponen-komponen elektroforesis dan fungsinya

No Komponen Fungsi
1 Tangki buffer Tangki buffer berfungsi untuk menampung cairan
yang dipompa dan mengkondisika agar tekanan
cairan dari pompa dapat dikendalikan sehingga
tidak terjadi turbulensi dalam proses elektroforesis
(Yahya et al. 2016).
2 Tempat gel Tempat gel berfungsi sebagai media pemisah gel
agarosa (Rohmana et al. 2016).
3 Sisir Sisir dalam elektroforesis berfungsi untuk membuat
sumuran pada gel agarosa (Rohmana et al. 2016).
4 Buffer elektroforesis Buffer elektroforesis dikenal dengan Buffer TAE
(Tris Acetate EDTA) yaitu larutan penyangga yang
digunakan dalam elektroforesis. Larutan ini
berfungsi untuk meneruskan arus listrik sehingga
diterima oleh fragmen DNA yang berada pada gel
agarosa yang terendam (Sinaga et al. 2017).

1. Perhatikan Gambar hasil elektroforesis pada slide No.17. Bagaimana perbedaan

laju migrasi DNA pada Gambar A (sumur 1) dan Gambar B (sumur 1-4)? Mengapa
Hal demikian terjadi ?
Jawab :
2. Berikan interpretasi Anda terhadap proses PCR yang telah dilakukan berdasarkan
hasil elektroforesis Gambar B. Apakah proses amplifikasi gen target (16S rRNA)
telah berhasil atau tidak?
Jawab :
3. Berapakah ukuran fragmen DNA pada Gambar B sumur 1?
 Laporan Praktikum Mikrobiologi (BIO211)
Semester Ganjil Tahun Akademik 2021/2022

4. Lengkapi tabel dan jawablah pertanyaan dibawah ini (Laporan 4C)

No Kode Spesies Percent Query E- Accession

Isolat identity Cover Value Number
(%) (5)
1. A1 Bacillus subtilis 100.00% 100% 0.0 MT37248
9
2. A2 Serratia 100.00% 100% 0.0 CP055161
marcescens
3. A3 Pseudoalteromona 100.00% 100% 0.0 LS483019
s

Berikan penjelasan terhadap istilah-istilah dibawah ini

1. Percent identity : Angka yang menujukkan seberapa mirip kueri sekuens
yang digunakan dengan urutan target atau banyak
karakter disetiap urutan yang identik. Nilai percent
identity yang semakin tinggi menunjukkan bahwa
kecocokan data yang ditemukan semakin signifikan
(Torkian et al. 2020).

2. Query cover : Angka yang menjelaskan seberapa banyak urutan kueri

yang dicakup oleh urutan target. Jika urutan target dalam
databse mencakup seluruh urutan kueri maka nilai query
cover akan mencapai 100%. Angka yang ditunjukkan
memberitahu praktikan berapa lama urutannya dan
kerelatifan satu sama lain (Torkian et al. 2020).

3. E-value : E-value adalah angka yang tidak bergantung pada

panjang, lebih menunjukkan hubungan yang sebenarnya
dari skor yang didapatkan. E-value menunjukkan
keselarasan database. Semakin rendah nilai dan
mendekati 0 nilai e-value yang didapatkan maka semakin
signifikan (Shah et al. 2018).
 Laporan Praktikum Mikrobiologi (BIO211)
Semester Ganjil Tahun Akademik 2021/2022

DAFTAR PUSTAKA

Harahap AS. 2017. Uji kualitas dan kuantitas DNA beberapa populasi pohon kapur
Sumatera. J Anim Sci Agron Panca Budi. 2(2):1–6.
Rohmana A, Ulfin I, Kurniawan F. 2016. Penggunaan Agar - Agar Komersial sebagai
Media Gel Elektroforesis pada Zat Warna Remazol : Pengaruh Komposisi Buffer
, pH Buffer dan Konsentrasi Media. J sains dan seni ITS. 5(2):130–133.
Sinaga A, Putri LAP, Bangun MK. 2017. Analisis Pola Pita Andaliman. J
Agroekoteknologi. 5(1):55–64.
Triandini IGAAH. 2013. Deteksi Molekulerstaphylococcus Aureussebagai Penyebab
Mastitis Pada Payudara. J Chem Inf Model. 53(9):1689–1699.

Torkian, B., Hann, S., Preisner, E. et al. BLAST-QC: automated analysis of

BLAST results. Environmental Microbiome 15(15):1-8 (2020).
https://doi.org/10.1186/s40793-020-00361-y

Shah, N., Altschul, S.F. & Pop, M. Outlier detection in BLAST

hits. Algorithms Mol Biol 13, 7 (2018). https://doi.org/10.1186/s13015-
018-0126-3

Yahya, L.A., Ulfin, I. and Kurniawan, F., 2016. Pemanfaatan Nata de Coco sebagai
Media Gel Elektroforesis Pada Zat Warna Remazol: Pengaruh pH, Waktu dan
Aplikasi Pemisahan Gelatin. Jurnal Sains dan Seni ITS, 5(2).