Nama : Dewi Ayu

NRP : 170117036

UJIAN TENGAH SEMESTER (UTS) BIOINFORMATIKA

Soal 1
a. Yang saya ketahui tentang bioinformatika dan biokomputasi yaitu :
- Bioinformatika adalah manajemen dan analisis informasi biologis yang disimpan
dalam database. Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang
merupakan perpaduan antara biologi dan teknologi informasi. Bidang ini mencakup
penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk
memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens
DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik
utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis,
penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan
bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan
analisis ekspresi gen.
- Biokomputasi adalah algoritma yang digunakan untuk menemukan suatu cara
dalam memecahkan masalah dari sebuah data input. Data input disini adalah sebuah
masukan yang berasal dari luar lingkungan sistem. Komputasi ini merupakan
bagian dari ilmu komputer berpadu dengan ilmu matematika. Biologi komputasi
meliputi pengembangan dan aplikasi dari data-analitis dan teoretis metode,
pemodelan matematika dan simulasi komputasi teknik untuk mempelajari biologi,
perilaku, dan sistem sosial

b. Latar belakang munculnya bioinformatika yang dimana pada mulanya bidang kajian ini
muncul atas inisiatif para ahli biologi molekul dan ahli statistik, berdasarkan pola pikir
bahwa semua gejala yang ada di alam ini bisa dibuat secara artificial melalui simulasi
dari data-data yang ada. Bioinformatika muncul dilatarbelakangi dengan masalah yang
ada dalam bidang klinis, identifikasi agent penyakit baru, diagnose penyakit baru serta
penemuan obat-obatan yang dimana dengan munculnya bioinformatika memudahkan
orang-orang untuk menyimpan data meliputi data analisa. Dengan data ini dokter akan
bisa menentukan obat yang sesuai dengan kondisi pasien tertentu dan lebih jauh lagi,
dengan dibacanya genom manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit
genetik seseorang, sehingga penanganan terhadap pasien menjadi lebih akurat. Selain
itu keuntungan penggunaan bioinfomatika lainnya yaitu, pada database platform
terdapat software untuk mendisain primer, baik yang gratis maupun yang komersial
didalam bioinformatika. Hal lainnya dalam bioinformatika meliputi fungsi untuk
analisa posisi sejauh mana suatu virus berbeda dengan virus lainnya.

c. 2 contoh ide aplikasi bioinformatika pada penelitian yaitu :

- Bioinformatika dalam Bidang Klinis
Aplikasi dari informatika klinis ini berbentuk manajemen data-data klinis dari
pasien melalui Electrical Medical Record (EMR). Data yang disimpan meliputi data
analisa diagnosa laboratorium, hasil konsultasi dan saran, foto rontgen, ukuran
 detak jantung, dan lain lain. Dengan data ini dokter akan bisa menentukan obat yang
sesuai dengan kondisi pasien tertentu dan lebih jauh lagi, dengan dibacanya genom
manusia, akan memungkinkan untuk mengetahui penyakit genetik seseorang,
sehingga penanganan terhadap pasien menjadi lebih akurat.
- Bioinformatika untuk Identifikasi Agent Penyakit Baru dalam Bidang Medic
Contohnya adalah identifikasi agent penyakit SARS (Severe Acute Respiratory
Syndrome). Dalam rentetan proses ini, Bioinformatika memegang peranan penting.
Pertama pada proses pembacaan genom virus Corona. Karena di database seperti
GenBank, EMBL (European Molecular Biology Laboratory), dan DDBJ (DNA
Data Bank of Japan) sudah tersedia data sekuen beberapa virus Corona, yang bisa
digunakan untuk mendisain primer yang digunakan untuk amplifikasi DNA virus
SARS ini. Software untuk mendisain primer juga tersedia, baik yang gratis maupun
yang komersial. Contoh yang gratis adalah Webprimer yang disediakan oleh
Stanford Genomic Resources (http://genome-www2.stanford.edu/cgi-
bin/SGD/web-primer), GeneWalker yang disediakan oleh Cybergene AB
(http://www.cybergene.se/primerdisain/genewalker), dan lain sebagainya. Untuk
yang komersial ada Primer Disainer yang dikembangkan oleh Scientific &
Education Software, dan software-software untuk analisa DNA lainnya seperti
Sequencher (GeneCodes Corp.), SeqMan II (DNA STAR Inc.), Genetyx
(GENETYX Corp.), DNASIS (HITACHI Software), dan lain lain.
Kedua pada proses mencari kemiripan sekuen (homology alignment) virus yang
didapatkan dengan virus lainnya. Dari hasil analisa virus SARS diketahui bahwa
genom virus Corona penyebab SARS berbeda dengan virus Corona lainnya.
Perbedaan ini diketahui dengan menggunakan homology alignment dari sekuen
virus SARS. Selanjutnya, Bioinformatika juga berfungsi untuk analisa posisi sejauh
mana suatu virus berbeda dengan virus lainnya.
Soal 2
a. 2 senyawa metabolit sekunder yang berpotensi untuk menurunkan kadar kolesterol
tinggi (hypercholesterolemia) pada manusia yang saya gunakan adalah :
− P-Cymene (1-methyl-4-propan-2-ylbenzene) dari tanaman; Aprikot (Prunus
armeniaca)
− Terpinen-4-ol (4-methyl-1-propan-2-ylcyclohex) dari tanaman; Jahe Liar
(Asarum sieboldii)
Cara mencari senyawa metabolit
sekunder tanaman tersebut dengan
membuka website: IJAH pada link:
http://ijah.apps.cs.ipb.ac.id lalu klik
plant input> (nama disease) > klik
search hypercholesterolemia yang
diinput pada search.

Setelah klik search akan muncul table yang menggambarkan konektivitas. Tabel
yang pertama menunjukan nama tanaman yang berpotensi untuk menurunkan kadar
kolesterol tinggi (hypercholesterolemia) yaitu tanaman Prunus armeniaca dan
Asarum sieboldii. Tabel kedua menunjukkan senyawa (metabolit sekunder) yang
terkandung dalam tanaman, sedangkan yang ketiga adalah disease familial
hypercholesterolemia yang berkolerasi dengan Terpinen 4-ol yang dihasilkan
tanaman Asarum sieboldii dan P-Cymene yang dihasilkan tanaman Prunus
armeniaca.
b. Senyawa ditelusuri pada database PubChem dan menginput nama senyawa pada
database.

Kemudian dicari informasi penting mengenai compound seperti compound id dan

canonical SMILES-nya yang dirangkum dalam table berikut :

Nama Senyawa Pubchem Canonical SMILES

CID
P-Cymene 7463 CC1=CC=C(C=C1)C(C)C
(1-methyl-4-propan-
2-ylbenzene)
Terpinen-4-ol 11320 CC1=CCC(CC1)(C(C)C)O
(4-methyl-1-propan-
2-ylcyclohex)
c. Prediksi protein target dari masing-masing senyawa herbal dilakukan dengan membuka
platform Way2Drugs.
Lalu ke web “ Pass
Server” > klik “GO
for prediction”,
dan login terlebih
dahulu.

Kemudian mucul tampilan seperti dibawah ketika telat mengklik get prediction, dan
kita dapat melihat biological activity dari compound target masing-masing yaitu P-
Cymene dan Terpinen-4-ol. Jika suatu compound Pa-nya diatas 0,7 berarti sudah valid
insilico/ in vivo/ invitro, sedangkan Pa 0,2-0,4 compound tsb baru diuji secara insilico
dan in vitro / less valid.

Biological Activity P-Cymene Biological Activity Terpinen-4-ol

Protein target dari masing-masing senyawa yaitu :
- Protein BCHE dari senyawa Terpinen-4-ol
- Protein FTL dari senyawa P-Cymene
Untuk mendapatkan 1 protein target dari masing-masing senyawa dibuka website:
STITCH PREDICTION (http://stitch.embl.de), kemudian klik bagian chemichal
structure > paste SMILES masing-masing senyawa yang diperoleh dari PubChem >
search
Muncul tampilan seperti atas >klik tombol continue pada masing-masing senyawa.
Berikut merupakan query
Muncul tampilan seperti atas > di klick garis antara FTL ke P-cymene untuk melihat
combined score, combined score didapat adalah 0.800

Garis antara BCHE ke Terpinen-4-ol combined score yang didapat adalah 0.818
d. Sequence protein dianalisis menggunakan platform uniport. Untuk mencari protein
yang ingin dianalisa, ditulis nama protein target analisis pada kolom search dan data
pada table yang berisi informasi tentang entry, nama protein, organisme dan panjang
protein.
Di klik salah satu nomor entry yang ada pada table. Dalam gambar ini di klik entry
P02792 – Homo Sapiens (human), setelah di klik akan diarahkan pada informasi
lengkap tentang protein akan muncul.
Pada bagan berwarna biru di samping kiri terdapat menu sequence, kemudian di-klik
dan akan muncul sequence protein target FTL

Dalam gambar ini di klik entry P06276 – Homo Sapiens (human), setelah di klik akan
diarahkan pada informasi lengkap tentang protein akan muncul. Pada bagan berwarna
biru di samping kiri terdapat menu sequence, kemudian di-klik dan akan muncul
sequence protein target BCHE
Dari data tersebut FASTA di-download dan akan muncul sequens protein dari protein
target, yang dituliskan sebagai berikut :
Nama Sequence Protein Organisme
Protein
Target
FTL MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDVALEG Homo
VSHFFRELAEEKREGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKTP
DAMKAAMALEKKLNQALLDLHALGSARTDPHLCDFLETHFLDEEV Sapiens
KLIKKMGDHLTNLHRLGGPEAGLGEYLFERLTLKHD (Human)

BCHE MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIATKNGKVRGMNLTVF Homo

GGTVTAFLGIPYAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCCQN
IDQSFPGFHGSEMWNPNTDLSEDCLYLNVWIPAPKPKNATVLIWIYGG Sapiens
GFQTGTSSLHVYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGALGFLALPGNPEAP (Human)
GNMGLFDQQLALQWVQKNIAAFGGNPKSVTLFGESAGAASVSLHLLS
PGSHSLFTRAILQSGSFNAPWAVTSLYEARNRTLNLAKLTGCSRENETE
IIKCLRNKDPQEILLNEAFVVPYGTPLSVNFGPTVDGDFLTDMPDILLEL
GQFKKTQILVGVNKDEGTAFLVYGAPGFSKDNNSIITRKEFQEGLKIFFP
GVSEFGKESILFHYTDWVDDQRPENYREALGDVVGDYNFICPALEFTKK
FSEWGNNAFFYYFEHRSSKLPWPEWMGVMHGYEIEFVFGLPLERRDNY
TKAEEILSRSIVKRWANFAKYGNPNETQNNSTSWPVFKSTEQKYLTLNT
ESTRIMTKLRAQQCRFWTSFFPKVLEMTGNIDEAEWEWKAGFHRWNN
YMMDWKNQFNDYTSKKESCVGL

Sedangkan sequence nucleotida dianalisis menggunakan platform NCBI. Pada

homepage di bagian kanan ada popular resources, di-klik tulisan BLAST.
Kemudian diklik t-blastn Protein > Nucleotida. Kemudaian di-masukkan Protein
sequences.
Data hasil BLAST dirangkum dalam table berikut ini :
Nama Sequence Nucleotida Organis Quary Per
Protein -me Cover Identity
Target
Sequence ID FTL : AB528331.1
FTL Query 1 Homo- 100% 93.14%
MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLG Sapiens
FYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKR 60

MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLG
FYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKR
Sbjct 10
MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLG
FYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKR 189

Query 61
EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKTP
DAMKAAMALEKKLNQALLDLHALGSA 120

EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKTP
DAMKAAMALEKKLNQALLDLHALGSA
Sbjct 190
EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKTP
DAMKAAMALEKKLNQALLDLHALGSA 369
Sequence ID BCHE : NM_000055.4
BCHE Query 1 Homo- 100% 97.67%
MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIATK Sapiens
NGKVRGMNLTVFGGTVTAFLGIP 60

MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIATK
NGKVRGMNLTVFGGTVTAFLGIP
Sbjct 119
MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIATK
NGKVRGMNLTVFGGTVTAFLGIP 298

Query 61
YAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCC
QNIDQSFPGFHGSEMWNPNTDLSEDC 120

YAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCC
QNIDQSFPGFHGSEMWNPNTDLSEDC
Sbjct 299
YAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCC
QNIDQSFPGFHGSEMWNPNTDLSEDC 478
e. Similaritas sekuens nukleotida dari masing-masing protein didapatkan dengan cara,
sebagai berikut :
- Sequence protein dianalisis menggunakan platform uniport. Untuk mencari protein
yang ingin dianalisa, ditulis nama protein target analisis pada kolom search dan data
pada table yang berisi informasi tentang entry, nama protein, organisme dan
panjang protein.
- Di klik salah satu nomor entry yang ada pada table. Dalam gambar ini di klik entry
P02792 – Homo Sapiens (human), setelah di klik akan diarahkan pada informasi
lengkap tentang protein akan muncul.
Pada bagan berwarna biru di samping kiri terdapat menu sequence, kemudian di-
klik dan akan muncul sequence protein target FTL

Dalam gambar ini di klik entry P06276 – Homo Sapiens (human), setelah di klik
akan diarahkan pada informasi lengkap tentang protein akan muncul. Pada bagan
berwarna biru di samping kiri terdapat menu sequence, kemudian di-klik dan akan
muncul sequence protein target BCHE
- Didapatkan sequence protein dengan men-download FASTA. Gambar dibawah
merupakan hasil FASTA dari protein FTL – Homo Sapiens (Human).

Gambar dibawah merupakan hasil FASTA dari protein BCHE – Homo Sapiens
(Human).
- Sequence nucleotida dianalisis menggunakan platform NCBI. Pada homepage di
bagian kanan ada popular resources, di-klik tulisan BLAST.

- Kemudian diklik t-blastn Protein > Nucleotida. Kemudaian di-masukkan masing-

masing Protein sequences.
- Setelah itu untuk mengindentifikasi similaritas sekuens nukleotida dari masing-
masing protein dilihat “Sequences producing significant alignment” macam macam
asam amino yang sama. Semakin rendah E value maka makin signifikan.
Similaritas sekuens akan dibandingkan antara masing-masing Homo Sapiens dari
protein target dengan hewan tertentu.
- Pada gambar di bawah ini yang akan dibandingkan dengan Homo Sapiens dari
protein target FTL adalah PREDICTED: Pan Paniscus fernitin light chain, Sequence
ID: XM_008960293.2; Length: 883; Number of Matches: 1.

Pada gambar di bawah ini yang akan dibandingkan dengan Homo Sapiens dari
protein target BCHE adalah PREDICTED: Pan Paniscus butyrylcholinesterase
(BCHE) mRNA, Sequence ID: XM_003817698.2; Length: 2454; Number of
Matches: 1
 - Tabel similaritas sekuens Nucleotida
Sequences Nucleotide Organism Query Per.
Cover Ident
FTL – Homo Sapiens (HUMAN)
Query 1 100% 92,57%
MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSLGFYFDRDDV Pan Paniscus
ALEGVSHFFRELAEEKR 60 fernitin
Sbjct 208
MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYLSL
GFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKR 387
Query 61
EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKT
PDAMKAAMALEKKLNQALLDLHALGSA 120
Sbjct 388
EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKT
PDAMKAAMALEKKLNQALLDLHALGSA 567

BCHE – Homo Sapiens (HUMAN)

Query 1 100% 96,84%
MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIATKNGKVRGMN Pan Paniscus
LTVFGGTVTAFLGIP 60 fernitin
Sbjct 168
MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIAT
KNGKVRGMNLTVLGGTVTAFLGIP 347
Query 61
YAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYANSCCQNIDQSFPG
FHGSEMWNPNTDLSEDC 120

Sbjct 528
LYLNVWIPAPKPKNATVLIWIYGGGFQTGTSSLH
VYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGALG 707

* yang bertanda biru merupakan sekuens nukleotida Homo Sapiens (HUMAN) - (Query)
* yang tidak bertanda biru merupakan sekuens nukleotida pembanding atau sekuens dari
organisme Pan Paniscus fernitin - (Subject).
 f. Kesimpulan berdasarkan hasil data 2a-2e dirangkum dalam table berikut ini :
Nama Senyawa P-Cymene (1-methyl-4-propan-2- Terpinen-4-ol (4-methyl-1-propan-2-
ylbenzene) ylcyclohex)
Nama tanaman Aprikot (Prunus armeniaca) Jahe Liar (Asarum sieboldii)

Penyakit yang Penyakit familial Penyakit familial hypercholesterolemia

berkolerasi hypercholesterolemia
CID 7463 11320
Sekuens MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQASYTYL MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIIIATKN
SLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAEEKREGYER GKVRGMNLTVFGGTVTAFLGIPYAQPPLGRLRFKK
Protein
LLKMQNQRGGRALFQDIKKPAEDEWGKTPDA PQSLTKWSDIWNATKYANSCCQNIDQSFPGFHGSE
MKAAMALEKKLNQALLDLHALGSARTDPHLC MWNPNTDLSEDCLYLNVWIPAPKPKNATVLIWIYG
DFLETHFLDEEVKLIKKMGDHLTNLHRLGGPE GGFQTGTSSLHVYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGA
AGLGEYLFERLTLKHD LGFLALPGNPEAPGNMGLFDQQLALQWVQKNIAAF
GGNPKSVTLFGESAGAASVSLHLLSPGSHSLFTRAIL
QSGSFNAPWAVTSLYEARNRTLNLAKLTGCSRENE
TEIIKCLRNKDPQEILLNEAFVVPYGTPLSVNFGPTV
DGDFLTDMPDILLELGQFKKTQILVGVNKDEGTAFL
VYGAPGFSKDNNSIITRKEFQEGLKIFFPGVSEFGKE
SILFHYTDWVDDQRPENYREALGDVVGDYNFICPA
LEFTKKFSEWGNNAFFYYFEHRSSKLPWPEWMGV
MHGYEIEFVFGLPLERRDNYTKAEEILSRSIVKRWA
NFAKYGNPNETQNNSTSWPVFKSTEQKYLTLNTES
TRIMTKLRAQQCRFWTSFFPKVLEMTGNIDEAEWE
WKAGFHRWNNYMMDWKNQFNDYTSKKESCVGL
Sekuens
nucleotide HOMO SAPIENS (HUMAN) HOMO SAPIENS (HUMAN)
Query 1 Query 1
MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQAS MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIII
YTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAE ATKNGKVRGMNLTVFGGTVTAFLGIP 60
EKR 60
Query 61
Query 61 YAQPPLGRLRFKKPQSLTKWSDIWNATKYAN
EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAED SCCQNIDQSFPGFHGSEMWNPNTDLSEDC 120
EWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLH
ALGSA 120
Protein yang
Berkolerasi FTL BCHE
Sekuens ID
XM_008960293.2 XM_003817698.2
Organisme
yang Pan Paniscus fernitin
berkolerasi
Sekuens
Sbjct 208 Sbjct 168
nucleotide MSSQIRQNYSTDVEAAVNSLVNLYLQAS MHSKVTIICIRFLFWFLLLCMLIGKSHTEDDIII
YTYLSLGFYFDRDDVALEGVSHFFRELAE ATKNGKVRGMNLTVLGGTVTAFLGIP 347
EKR 387
Sbjct 528
Sbjct 388 LYLNVWIPAPKPKNATVLIWIYGGGFQTGTSS
EGYERLLKMQNQRGGRALFQDIKKPAED LHVYDGKFLARVERVIVVSMNYRVGALG
EWGKTPDAMKAAMALEKKLNQALLDLH 707
ALGSA 567
Bioavailibility
Ubiquinol-cytochrome-c-reductase CYP2C12 Subtrat
inhibitor.