TUGAS BIONFORMATIKA:

MEMBUAT POHON FILOGENI MENGGUNAKAN PROGRAM MEGA 5.05

Misalnya akan dicari sekuen nukleotida penyandi fosfoprotein pada astrosit, dimana Homo
sapiens digunakan sebagai query. Langkah-langkah yang dilakukan adalah sebagai berikut:

1) Buka situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov)

2) Pilih All Databases
3) Ketik protein yang akan dicari sekuen nukleotidanya pada kolom search (contoh:
phosphoprotein Homo sapiens)

4) Klik search, maka akan masuk ke homepage Entrez seperti berikut:

5) Klik Nucleotide, maka akan keluar hasil dari seluruh database sekuen nukleotida yang
menyandikan fosfoprotein pada berbagai organisme. Homo sapiens sebagai query terletak
pada urutan pertama dari hasil pencarian.

6) Checklist pada kolom query dan pilih format FASTA, selanjutnya akan muncul tampilan
sebagai berikut yang menyajikan seluruh sekuen nukleotida dalam format FASTA.
7) Copy seluruh sekuen nukleotidanya
8) Buka program Mega 5.05
9) Pilih Align pada toolbar menu
10) Klik Do Blast Search

11) Paste sekuen pada kolom yang telah disediakan

12) Pilih Others
13) Pilih Somewahat similar sequences (blastn)
14) Checlist Show results in a new window
15) Klik BLAST, maka selanjutnya akan tampil hasil yang menggambarkan tingkat similaritas
sekuen nukleotida penyandi fosfoprotein antar organisme atau subjek (dalam berbagai warna
kunci)
16) Di bawah tampilan perbandingan tingkat similaritas terdapat keterangan mengenai nomor
aksesi query dan berbagai subject, beserta deskripsinya.
Max score menunjukkan jumlah basa penyandi fosfoprotein, sehingga dapat dibandingkan
antara yang satu dengan lainnya.
Query coverage menunjukkan persentase similaritas sekuen dengan query.

17) Klik max score pada query, maka secara otomatis akan diarahkan kepada lokasi link query.
18) Klik kanan pada link nomor aksesi, pilih open in new window, maka akan muncul tampilan
mengenai informasi keseluruhan dari sekuen tersebut.
19) Klik Add to Allignment.
20) Beri label pada first word, second word, third word, dan fourth word.
21) Klik OK.

22) Prosedur diulangi mulai dari open in new window pada link nomor aksesi. Dipilih beberapa
subject yang memilki persentase query coverage tertinggi yang mendekati query.
Misalnya, dipilih subject Pongo abelii, Nomascus leucogenys, dan Macaca fascicularis.
Sehingga, seluruh sekeun nukleotida dari keempat organisme tersebut akan muncul di dalam
MEGA 5.05.
Catatan: MEGA 5.05 hanya dapat melakukan alignment untuk tiga sekuen atau lebih (min.3)
23) Pilih menu alignment dan klik align by ClustalW.

24) Klik OK, setelah itu akan mucul tampilan seluruh sekuen yang telah dialignment.
25) Pilih menu Data, klik Export Alignment, dan klik MEGA Format.
26) Masukkan judul data dan klik OK.

27) Selanjutnya akan muncul konfirmasi: Protein-coding nucleotide sequence data?, pilih Yes.
28) Pilih menu Phylogeni pada tampilan awal MEGA 5.05, dan pilih Construct Neighbor-
Joining Tree. Diambil data yang telah diberi judul dan telah disimpan dalam format MEGA
pada tahap sebelumnya.

29) Klik Compute.

30) Akhirnya akan diperoleh pohon filogeni yang menunjukkan hubungan antara query dengan
berbagai subjectnya