BAB II

PENGUMPULAN DATA MOLEKULER

1. Dasar Teori
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) adalah sebuah alat komputasi
yang digunakan untuk membandingkan sekuen nukleotida atau protein dengan
database besar yang berisi ribuan atau jutaan sekuen. Gao et al. (2022) menyatakan
bahwa BLAST dapat digunakan untuk mengidentifikasi kesamaan antara sekuen yang
baru dengan sekuen yang telah dikenal sebelumnya, sehingga membantu dalam
mengklasifikasikan atau memahami fungsi dari sekuen tersebut. Altschul et al. (1990)
menyatakan bahwa metode dasar BLAST melibatkan memecah sekuen yang akan
dibandingkan menjadi fragmen-fragmen kecil dan mencari kesamaan antara fragmen
tersebut dengan fragmen-fragmen di dalam database. BLAST menggunakan algoritma
heuristik yang cepat dan efisien untuk mencari fragmen yang cocok, sehingga dapat
memproses database yang sangat besar dalam waktu yang relatif singkat.
BLAST juga memiliki variasi dan variasi yang disesuaikan untuk tujuan
spesifik. Salah satunya adalah PSI-BLAST (Position-Specific Iterative BLAST), yang
dikembangkan untuk mengidentifikasi homologi sekuens dalam protein yang
berkaitan dengan protein yang telah diketahui. PSI-BLAST (Position-Specific
Iterative BLAST) menggunakan teknik iterative untuk meningkatkan akurasi
pencocokan sekuens, dengan mengidentifikasi potensi kandidat protein homolog
melalui iterative beberapa putaran pencocokan, kemudian memperbarui profil
konsensus untuk pencarian berikutnya. Program BLAST 2 Sequences yang digunakan
untuk membandingkan dua sekuen biologis dan mengidentifikasi kesamaan di antara
keduanya (Altschul et al., 1990).
BLAST dapat digunakan untuk mencari kesamaan antara sekuen biologis
dengan database yang luas, termasuk database nukleotida dan protein. Johnson et al.
(2020) menyatakan bahwa Database yang dapat digunakan untuk BLAST antara lain
GenBank, RefSeq, UniProt, dan PDB (Protein Data Bank). GenBank adalah database
nukleotida yang dikelola oleh NCBI dan berisi lebih dari 250 juta catatan nukleotida
dari berbagai organisme. RefSeq adalah database kurasi NCBI yang berisi catatan
nukleotida dan protein yang dikurasi secara manual dari berbagai organisme. UniProt
adalah database protein terbesar di dunia dan berisi catatan protein dari berbagai
organisme. PDB adalah database struktur protein dan asam nukleat, yang berisi
informasi tentang struktur 3D protein dan asam nukleat.

2. Cara Kerja
2.1 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
• Langkah pertama, situs NCBI (National Center for Biotechnology
Information) dibuka dan kemudian dipilih nucleotide lalu dicari sesuai nama
Accession number: AB047756.1

Gambar 1. Tampilan halaman pencarian NCBI

• Selanjutnya, RUN BLAST dipilih

Gambar 1.1. Tampilan halaman pencarian NCBI

• Seteleh ‘RUN BLAST’ dipilih maka akan tampak tampilan seperti gambar
berikut:

Gambar 1.2. Tampilan halaman BLAST pada situs NCBI

• Kemudian layar digulirkan ke bagian bawah dan tekan ‘BLAST’ dan akan
muncul data gen yang kita cari serta semua data sekuen gen yang mirip
dengannya.

Gambar 1.3. Tampilan halaman BLAST pada situs NCBI

 Gambar 1.4. Tampilan daftar data sekuens sesuai Accession number
• Selanjutnya, di download dan dipilih FASTA (complete sequence) kemudian
data tersebut diubah ke dalam bentuk fasta dengan bantuan Notepad++.

Gambar 1.5. Tampilan daftar data sekuens yang akan di download

• Terdapat beberapa spesies yang memiliki kesamaan gen dengan gen yang kita
telah masukkan Accession number-nya dan telah diurutkan sesuai dengan
Accession length (panjang basanya) yaitu diantaranya:
-Hedycium sp. dengan panjang basa 2543
-Zingiber sulphureum dengan panjang basa 2605
-Zingiber acuminatum dengan panjang basa 2605
-Zingriber wrayi dengan panjang basa 2605
-Zingiber corallinum dengan panjang basa 2607
• Selanjutnya, file tersebut diubah ke dalam bentuk FASTA dengan bantuan
Notepad++. Agar file tersebut memiliki format fasta maka pilih ‘save as’ lalu
simpan sesuai nama yang diinginkan (….fasta) selanjutnya pada type file pilih
all type, dengan otomatis file tersebut akan dirubah ke dalam format fasta.

Gambar 1.6. Tampilan file yang akan diubah dalam bentuk fasta

2.2 Pensejajaran Sekuen

2.2.1 Pensejajaran Sekuen dengan Menggunakan MEGA 11
• Langkah pertama, aplikasi MEGA 11 dibuka dan kemudian item “align”
dipilih lalu tekan “Edit/Build Alignment” dan selanjutnya pilih “Create a new
alignment”.

Gambar 2. Tampilan halaman aplikasi MEGA 11

 Gambar 2.1 Tampilan ketika akan membuka file fasta
• Selanjutnya, pilih file fasta yang telah disimpan dan file akan tampak seperti
berikut:

Gambar 2.2 Sekuen yang akan disejajarkan

• Lalu, pilih salah satu sekuen dan kemudian Ctrl+A da pilih menu pada bar
yaitu Alignment lalu pilih Align by ClustalW
 Gambar 2.3. Tampilan sekuen yang telah disejajarkan
2.2.2 Pensejajaran Sekuen dengan Menggunakan BioEdit
• Langkah pertama yaitu software BioEdit dibuka

Gambar 3. Tampilan aplikasi BioEdit

• Selanjutnya, klik ‘Open’ dan file dengan format fasta dipilih sesuai dengan
nama yang telah disimpan.
 Gambar 3.1. Tampilan file fasta yang telah dimasukkan ke BioEdit

• Selanjutnya, klik ‘Accessory Application’ dan ‘ClustalW Multiple

AAlignment’ dipilih.

Gambar 3.2. Tampilan aplikasi BioEdit ketika sekuen disejajarkan

• Selanjutnya, periksa pada bagian number of bootstrap yaitu 1000 lalu Run
ClustalW ditekan dan ditunggu proses pensejajaran sekuen selesai.
 Gambar 3.3. Tampilan aplikasi BioEdit ketika akan mensejajarkan sekuen

Gambar 3.4. Tampilan aplikasi BioEdit ketika pensejajaran sekuen berlangsung

• Pensejajaran sekuen pada aplikasi BioEdit hasilnya tampak pada gambar di

bawah ini.
 Gambar 3.5. Tampilan aplikasi BioEdit setelah sekuen disejajarkan

DAFTAR KEPUSTAKAAN
Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. (1990). Basic local alignment
search tool. Journal of Molecular Biology, 215, 403-410.
Gao, S., Miao, Y., Liu, F., Liu, L., Song, Y. (2022). Comparative Analysis Of
Variant Calling Tools For Single-Cell RNA-Seq Data. BMC Genomics.
Johnson LS, Eddy SR, Portugaly E. (2010). Hidden Markov model speed heuristic and
iterative HMM search procedure. BMC Bioinformatics, 11, 431433.

Darussalam, 10 April 2023

Praktikan, Mengetahui,

(Yusfida Mariatul Husna) (Filzatul Wafi)