Pertanyaan

1. Apa fungsi dari aplikasi Megga?

ProgramMEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis) merupakan program
aplikasi komputer yang didesain untuk membandingkan dan menganalisis sekuens gen yang
homolog. Program ini menganalisis jauh dekat hubungan kekerabatan berdasarkan identik
atau tidak identiknya pasangan nukleotida antar individu atau spesies yangberbeda. Program
ini tidak hanya memungkinkan menggunakan metoda statistik dan komputasi tetapi juga
membantu saintis untuk memilihmetoda dan algoritma terbaik untuk memahami fungsi,
evolusi dan adaptasi gen dan spesies. Software MEGA digunakan untuk dua tujuan pokok
yaitu pengambilan kesimpulan hubungan evolusi dari sekuens yang homolog dan
memperkirakan keragaman evolusi netral dan selektif diantara sekuens. Program ini juga
dilengkapi dengan hasil berupa pohon filogenetik dan matrik jarak evolusi. bermanfaat bagi
para dosen, guru dan mahasiswa untuk memahami hirarki materi genetik, menggunakan
program MEGA untuk merunut kekerebatan antar organisme dan dapat menyusun
kekerabatan phylogenetik organisme berdasarkan kedekatan materi genetik dalam menunjang
pembelajaran biologi baik dalam hal pembelajaran maupun penelitia%

2. Bagaimaan prosedur kerja dari aplikasi Megga?

Prosedur kerja aplikasi Megga yaitu buka website www.NCBI.com pada kolom
taskbar, kemudian isi dengan genus dan spesies dari tanaman maupun hewan kemudian pilih
nucleotide. Setelah itu klik sesuai kode yang diinginkan. Setelah itu akan muncul kode gen
dari 1-601. Kemudian pilih selective dan copy, dan buka aplikasi notepad kemudian paste
hasil dari selective. Kemudian buka kembali aplikasi mega dan klik file, setelah itu klik edit a
text file. Kemudian copy dari note pad dilakukan paste pada aplikasi mega. Kemudian block
hasil yang telah dipaste dan klik utilites. Kemudian pilih format selectedsequence. Setelah itu
pilih remove space dan klik end serta enter. Kemudian buat 4-5 squence yang berbeda dan
lakukan langkah yang sama dengan langkah sebelumnya. Kemudian klik format selected dan
merge multi plelines, pilih align pada aplikasi mega. Kemudian pilih align build dan pilih ok
kemudian klik insert pilih insert a new blank sequence sesuai dengan jumlah sequencenya .
Setelah itu copy semua atau satu persatu kemudian sequence 2 kali ganti nama spesiesnya.
Langkah selanjutnya di klik aligment kemudian pilih clustal w dan klik ok. Plih translated
 protein sentence pada aplikasi meganya kemudian diklik ok. Kembali lagi ke data kemudian
pilih export aligment kemudian pilih mega format. Pilih nama file dan diberi nama
kekerabatan spesies. Setelah itu kembali lagi ke mega awal dan pilih phylogeni. Jika sudah
masuk ke dalam phylogony pilih construct text maximum likely hoad tree. Pilih test of
philosay kemudian pilih boostrap method setelah itu compute. Kembali lagi ke aplikasi mega
tree explore pilih mega awal kemudian analysis pilih distance kemudian pilih compute
pairvise distance kemudian compute dan jumlahkan kekerabatan dibagi dua.

3. Jelaskan hasil yang didapat