Makalah Bioinformatika

Pembuatan Pohon Filogenetik dari Leuconostoc citreum dan

Leuconostoc mesenteroides

Disusun oleh:
Muhammad Farhan
1608103010034

Jurusan Kimia
Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Universitas Syiah Kuala
Banda Aceh
2019
 Filogenetika dikenal sebagai bidang yang berkaitan dengan ilmu biologi.
Filogenetika menyediakan fasilitas dalam bidang epidemiologi manusia, ekologi, dan
evolusi biologi. Analisis filogenetika tidak terlepas dari evolusi biologis. Evolusi adalah
proses gradual, suatu organisme yang memungkinkan spesies sederhana menjadi lebih
komplek melalui akumulasi perubahan dari beberapa generasi, Keterununan akan
mempunyai beberapa perbedaan dari nenek moyangnya sebab sedang berubah dalam
bentuk evolusi. Dalam mempelajari variasi dan diferensiasi genetika antar popilasi, jarak
genetika dapat dihitung dari jumlah perbedaan basa polimorfik suatu lokus gen dan
masing-masing populasi berdasarkan urutan DNA (Martadinata, 2011).
Konstruksi pohon filogenetika adalah hal yang terpenting dan menarik dalam studi
evolusi. Terdapat beberapa metode untuk mengkonstruksi pohon filogenetika dari data
molekuler. Analisis filogenetika dari keluarga sequence nukleotida atau asam amino
adalah analisis untuk untuk menentukan bagaimana keluarga tersebut diturunkan selama
evolusi. Hubungan evolusi diantara sequence digambarkan dengan menempatkan
sequence sebagai cabang luar dari suatu pohon.Hubungan cabang pada bagian dalam
pohon merefleksikan tingkat di mana sequence yang berbeda saling berhubungan.
Analisis filogenetika sequence asam amino dan protein biasanya akan menjadi wilayah
yang penting dalam analisis sequence. Selain itu, dalam filogenetika dapat menganalisis
perubahan yang terjadi dalam evolusi organisme yang berbeda (Martadinata, 2011).
Membuat konstruksi pohon filogenetik dapat dilakukan dengan menggunakan
aplikasi MEGA dan untuk nukleotida dapat dicari pada web National Center For
Biotechnology Information (NCBI). Web tersebut memuat informasi tentang informasi
kesehatan dan bioteknologi di seluruh dunia. Adapun langkah yang dilakukan dalam
pembuatan konstruksi pohon filogenetik sebagai berikut:
 Gambar 1. Tampilan web NCBI

Langkah pertama yaitu mencari suatu bakteri gram positif yaitu Leuconostoc
citreum yang merupakan suatu bakteri asam laktat.
Langkah kedua, setelah mencari di bakteri, maka diunduh data bakteri tersebut
dalam format FASTA
 Gambar 2. Tampilan unduh data Leuconostoc citreum
dalam format FASTA

Lalu kemudian diklik tulisan create file untuk mengunduh data bakteri dalam format
FASTA.

Langkah ketiga yaitu setelah diunduh, maka buka web NCBI BLAST, untuk
memblast sequence yang telah diunduh. Lalu, kemudian pilih pada option choosen file
untuk membuka sequence yang telah diunduh tadi, atau dengan cara lain mengcopy format
FASTA pada tampilan web sebelumnya dan mempaste pada kotak yang telah disediakan.
Kemudian diklik tombol BLAST pada bagian bawah dan ditunggu proses nya.
Gambar 3. Tampilan web NCBI BLAST

Gambar 4. Proses BLAST sequence

 Langkah keempat yaitu setelah proses blast selesai, maka akan diperoleh beberapa
sequence. Pada penulisan ini, penulis hanya mengambil satu sequence yang asli sebagai
kontrol dan 20 sequence lainnya yang mempunyai nilai persen kemiripan yang <100%.
Selanjutnya tiap sequence yang dipilih, diunduh data nya dalam bentuk format FASTA.

Gambar 5. Proses pemilihan sequence dan pengunduhan sequence

 Gambar 6. Sequence yang telah diblast

Langkah selanjutnya, dalam pembuatan pohon filogenetik, dibutuhkan satu

sequence lagi dari spesies yang berbeda namun dengan genus yang sama. Jadi, sequence
selanjutnya yang diambil yaitu Leuconostoc mesenteroides. Pencarian sequence dilakukan
dengan cara yang sama yaitu mengikuti langkah pertama hingga langkah ketiga. Setelah
diblast, sequence yang dipilih hanya lima saja dengan tingkat kemiripan yang berbeda.
Gambar 7. Sequence bakteri Leuconostoc mesenteroides dalam format FASTA
Gambar 8. Lima sequence Leuconostoc mesenteroides yang telah diunduh
 Langkah kelima yaitu mengabungkan antara kedua sequence untuk dibuat
filogenetiknya menggunakan software MEGA.

Gambar 9. Sequence yang telah digabungkan

 Langkah keenam yaitu setelah membuka software MEGA, klik file kemudian buka
file yang telah digabungkan tadi (LC, LM dan FASTA.txt) kemudian save as file tersebut
dalam format .meg (Han.meg)

Gambar 10. Tampilan awal Mega

Langkah ketujuh yaitu mengubah kode perintah # menjadi kode perintah > dengan
cara mengklik search → find dan akan muncul kotak replace text
Gambar 11. Tombol search dan find

Gambar 12. Kotak replace text

 Gambar 13. Menggantikan kode perintah # menjadi >

Selanjutnya ditekan OK, maka setiap kode perintah # akan terubah menjadi >

Gambar 14. Kode perintah yang telah berubah

Kemudian disave untuk dilanjutkan dalam pembuatan konstruksi pohon filogenetik.

 Langkah kedelapan merupakan langkah dalam mencari kekerabatan makhluk
hidup dengan makhluk hidup lainnya atau diluar makhluk hidup yang belum diketahui
dapat digunakan dengan analisis kekerabatannya berupa gambar pohon filogenetik.
Sebelum dilakukan pembuatan pohon filogenetik maka sequence terlebih dahulu harus
diallign dengan ClustalW.

Gambar 14. Pemilihan nucleotide sequences lalu kemudian ditekan OK

Maka tampilan yang akan keluar seperti pada gambar 15
 Gambar 15. Sequence nukleotida
Selanjtunya diklik select all atau Ctrl + A untuk memblok semua sequence,
kemudian diklik pada alligment dan dipilih pada aliigment by Clustal W. Kemudian akan
keluar panel parameter ClustalW, lalu diklik OK dan proses align akan berjalan.
 Gambar 16. Proses alignment menggunakan ClustalW
Sequence yang telah dialign telah diperoleh sequence yang telah berurutan ,
kemudian disave hasil sequence yang telah dialign.

Gambar 17. Sequence yang telah dialign

Langkah kedelapan yaitu analisis kontruksi phon filogenetik terbagi menjadi 3 yaitu:

1. Metode Neighbor-Joining
Pemilihan sequence untuk berpasangan ditentukan oleh perbedaan logaritma.
Ketika panjang cabang dari pohon yang diketahui topologinya berubah dengan cara
menstimulasi tingkat yang bervariasi dari perubahan evolusi. Metode ini memilih
sequence yang jika digabungkan akan memberikan estimasi terbaik dari panjang cabang
yang paling dekat menampilkan jarak yang nyata diantara sequence sehingga metode ini
yang paling cocok untuk memprediksi pohon dengan benar.
Membuat pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining dapat dilakukan
dengan mengklik analysis -> construct/test maximum neighbor-joining.
 Kemudian akan muncul kotak analysis. Pada pemilihan test of phylogeny dipilih
bootstrap method dan dilakukan pengisian replikasi sebanyak 1000x pada no of bootstrap
replication. Lalu diklik compute. Pada tahap ini data akan diterjemahkan menjadi bentuk
pohon filogenetik

Gambar 18. Proses membuat konstruksi pohon filogenetik menggunakan neighboor-

joining
 Setelah proses selesai, maka diperoleh konstruksi pohon filogenetik. Kemudian
dipilih opsi boostrap consensus tree.

Gambar 19. Hasil konstruksi pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining

 Untuk melihat tampilan keseluruhan, maka pohon filogenetik dapat disimpan
dalam format PDF maupun PNG. Dengan cara mengklik image lalu memilih opsi save as
PNG/PDF file.
Gambar 20. Hasil akhir pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining dari
bakteri Leuconostoc citreum dan Leuconostoc mesenteroides

2. Metode Maximum-Likehood
Metode ini menggunakan kalkulasi untuk menemukan pohon yang mempunyai
hitungan variasi terbaik dalam set sequence. Analisis metode ini dibentuk pada masing-
masing kolom dalam multiple sequence alignment. Metode ini mempertimbangkan untuk
masing-masing pohon, jumlah perubahan sequence atau mutasi terjadi akan memberikan
variasi sequence. Kekurangan metode ini adalah membutuhkan pekerjaan komputer yang
sangat intensif. Jika menggunakan komputer yang lebih cepat, dapat digunakan untuk
model evolusi yang lebih kompleks.
Adapun langkah untuk membuat konstruksi pohon filogenetik dengan metode ini
yaitu dibuka kembali software MEGA, klik open dan buka file yang sebelumnya
digunakan pada analisis dengan metode neighboor-joining (HAN.meg). Selanjutnya
diklik analysis -> phylogeny -> construct/test maximum likelihood tree. Kemudian akan
muncul kotak yang menyatakan “ Would you like to use the currently active data
(HAN.meg) ? “ lalu klik YES.
 Gambar 21. Proses membuat konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode
likelihood tree
Kemudian akan muncul kotak analysis prefences dan disesuaikan pengaturan
dengan langkah sebelumnya, lalu diklik compute.
Gambar 22. Proses membuat konstruksi pohon filogenetik menggunakan likelihood tree

Setelah proses selesai, maka diperioleh konstruksi pohon filogenetik dengan

metode likelihood tree, selanjutnya dipilih opsi boostrap consensus tree dan disave dalam
format PNG atau PDF untuk dapat melihat konstruksi pohon filogenetik secara
keseluruhan.
Gambar 23. Hasil konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode likelihood
tree
 Gambar 24. Hasil akhir pohon filogenetik dengan metode likelihood tree

3. Metode Maximum-Parsimony
Metode ini memprediksikan pohon evolusi yang meminimalkan jumlah langkah
yang dibutuhkan untuk menghasilkan variasi yang diamati dalam sequence. Posisi ini akan
menampilkan kolom vertikal dalam multiple sequence alignment. Untuk masing-masing
posisi yang disejajarkan, pohon filogenetik membutuhkan perubahan evolusi dalam
jumlah terkecil untuk menghasilkan pengamatan perubahan sequence yang diidentifikasi.
Adapun langkah untuk membuat konstruksi pohon filogenetik dengan metode ini
sama dengan metode kedua yaitu dibuka kembali software MEGA, klik open dan buka
file yang sebelumnya digunakan pada analisis dengan metode neighboor-joining
(HAN.meg). Selanjutnya diklik analysis -> phylogeny -> construct/test maximum-
parsimony. Kemudian akan muncul kotak yang menyatakan “ Would you like to use the
currently active data (HAN.meg) ? “ lalu klik YES.
Gambar 24. Proses pembuatan konstruksi pohon filogenetik dengan metode
maximum-parsimony
 Gambar 24. Proses pembuatan konstruksi pohon filogenetik dengan metode
maximum-parsimony
Kemudian akan muncul kotak analysis prefences dan disesuaikan pengaturan dengan
langkah sebelumnya, lalu diklik compute.

Gambar 24. Proses rendering konstruksi pohon filogenetik dengan metode

maximum-parsimony
 Setelah proses selesai, maka diperioleh konstruksi pohon filogenetik dengan metode
maximum-parsimony, selanjutnya dipilih opsi boostrap consensus tree dan disave dalam
format PNG atau PDF untuk dapat melihat konstruksi pohon filogenetik secara
keseluruhan.
Gambar 25. Hasil konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode maximum-
parsimony
 Gambar 26. Hasil akhir konstruksi pohon filogenetik menggunakan
metode maximum-parsimony

Hasil penjajaran telah dianalisis dengan menggunakan ketiga metode dan uji bootstrap
dengan nilai pengulangan 1000x untuk mengkonstruksi pohon filogenetik. Uji bootstrap
dilakukan untuk mengetahui tingkat kepercayaan dari pohon filogeni, semakin tinggi nilai
bootstrap maka topology pohon filogeni semakin dapat dipercaya.