MODUL 4.

PREDIKSI RESTRIKSI DAN KLONING

Instruksi Umum
1. Selama praktikum, ikuti petunjuk pengerjaan yang tertera pada modul dan yang
disampaikan oleh dosen
2. Poin a-e merupakan tugas yang harus anda kerjakan pada lembar/template yang telah
diberikan. Lengkapi tugas tersebut dan submit jawaban anda via email ke:
bioinformatika3103@gmail.com dengan subjek “BIOINFORMATIKA_4_
NAMA_NIM_2020”. Ganti nama file template dengan identitas anda seperti subjek email.
Deadline pengiriman tugas adalah hari Senin pukul 23.59 WIB

SCREEN TEST

Sebelum memulai untuk mengerjakan tugas ini, silahkan download sofware SnapGene
terlebih dahulu di link berikut ini
https://drive.google.com/file/d/1vh6uJwBvg4h8ELmEzP4NF0nSktA7NcPR/view?usp=sharin
g

Bagian I
1. Buka website NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2. Ganti all database menjadi nucleotide, kemudian cari alpha-amylase dari organisme B.
strearothermophilus

3. Cari sekuens yang memiliki keterangan “complete CDS”

1) Mengapa harus mengambil Complete CDS? Agar akurasi dalam percobaannya tinggi
dan kemiripan antara CDS (sekuens) dengan Gen nukleutida bisa mendekati 100%

2) Apa yang dimaksud dengan CDS? Coding sequens adalah urutan nukleutida
(DNA/RNA) yang sesuai dengan urutan asam amino dalam protein

4. Download file fastanya kemudian simpan

5. Buka website NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ untuk mencari vektor

1) Apa yang dimaksud dengan vektor? Yaitu pembawa Kloning DNA

2) Apa fungsi vektor? Pembawa DNA kloning yang berbentuk DNA sirkular -> Plasmid
3) Bagian-bagian apa saja yang dapat ditemukan di vektor pET21b? F1ORI, KanR,
ORI,rop,lacl,lacl promoter, T7 Terminator

1
6. Di bagian search “pBR322” dan dowload sekuens fastanya

7. Buka SnapGene dan masukkan sekuens DNA “alpha-amylase” yang telah diunduh dan
beri nama pada “file name”

8. Di tab yang berbeda masukkan file fasta “pBR322” dan beri nama pada “file name”

9. Tentukan enzime restriksi yang dapat memotong sekuens alpha-amylase dengan klik

pada panel

1) Apa yang dimaksud enzim restriksi? Adalah penggunting molekuler

2) Apa fungsi enzim restriksi?
 sebagai gunting molekuler yang memotong pada titik tertentu ( Situs
pengenalan /recognition site ) :

• Berupa 4-8 pb dan bersifat palindom (Urutan basa yang identik ketika dibaca
dari arah 5-3 dan 3-5)

• Memutuskan Ikatan fosfodester melalui hidrolisis

3) Ada berapa banyak enzim restriksi yang dapat memotong sekuens alpha-amylase? 198
4) Ada berapa enzim restriksi yang memiliki daerah pemotongan yang unik? 52
Pemotongan unik

2
5) Bandingkan hasil prediksi enzim restriksi pada SnapGene dengan yang ada di web
berikut ini http://heimanlab.com/cut2.html

3
10. Buka file vektor “pBR322 ” kemudian klik Actions  insert fragment

11. Pilih enzim restriksi BamHI dan SacI untuk memotong vektor, akan muncul tab baru.

4
12. Pada tab baru terdapat “insert” maka pilih insulin di bagian “source of insert”. Lakukan
pemotongan denga enzim yang sama seperti pada vektor

13. Amati hasil penggabungan fargamen, jika masih terdapat gap maka, harus di ganti orientasi
insert pada bagian “orientation of insert” sampai bisa menyatu dengan vektor.

5
14. Lakukan “clone” jika fragmen sudah masuk dengan sesuai.

15. Konfirmasi hasil kloning pada tab history

6
Bagian II

Lakukan hal yang sama untuk “insert two fragment”, gunakan fragment dibawah ini!

aeBlue: BBa_K1685005
atggcctccctggtgaagaaagatatgtgcattaagatgaccatggaagggacggtcaacggccatcacttt
aagtgcgtgggagaaggggaaggtaaaccgtttgaagggacccaagttgagaaaattcgtatcacggaggga
ggccctctgccatttgcctatgatatcctcgcaccatgctgtatgtatggtagcaagacgttcattaaacat
gtgagcggtatcccggattatttcaaagagtctttcccagaaggctttacctgggaacgtacgcagatcttt
gaagacggggggtatttgactattcatcaggacaccagtttgcaagggaataacttcattttcaaggtaaac
gtcatcggtgcgaactttccggccaatggaccggttatgcagaagaaaacagcgggttgggaaccgtgtgtt
gagatgctttatccgcgcgatggtgtgctgtgtgggcagtctctgatggcattgaagtgcacggatggcaat
catttaaccagccatttgcgtactacctaccgctcccgtaagccatcaaacgcagttaatatgccggaattt
cattttggtgaccaccgtattgaaatcctgaaagcggaacagggaaaattttatgaacagtatgaatcggcg
gtagctcgttattgtgaagcagcaccgagtaaactgggtcatcactaataa

7
8
Konfirmasi hasil kloning pada tab history