LAPORAN PRAKTIKUM

NUTRIGENOMIK DAN APLIKASI TEKNIK MOLEKULER

PRAKTIKUM 1 “PENELUSURAN GEN PADA SITUS NCBI DAN BLAST”

Dosen Pengampu:
Dr. Diana Nur Afifah, S.TP., M.Si.
Faizah Fulyani, S.Si., M.Sc., Ph.D.

Disusun oleh:
Kelompok 1 Kelas B
Jean Amelia Putri Marbun 22030120110030
Ria Irmelin Br Barus 22030120120002
Laela Kholisoh Widyaningsih 22030120120020
Wayu Taruli Octavia Sihotang 22030120120022
Fathin Nur Hidayati 22030120130036
Galuh Regganis Nugrahaini 22030120130044
Reghina Afrisyia Suparman 22030120130050

PROGRAM STUDI S-1 GIZI

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS DIPONEGORO
2023
I. TUJUAN PRAKTIKUM
Tujuan Umum:
1. Mengetahui cara penelusuran data gen yang tersimpan pada bank data NCBI
dengan
menggunakan kode identitas gen (identifiers) atau dengan menggunakan
sequence DNA dan BLAST
2. Mampu menjelaskan berbagai jenis data gen yang tersimpan pada NCBI terutama
nucleotide sequence, mRNA sequence dan protein sequence
3. Mampu menjelaskan keterkaitan antara nucleotide sequnce, mRNA sequence dan
protein sequence dan cara mengaksesnya.
4. Mengetahui fitur dan jenis data yang terdapat NCBI dan mengetahui cara
mengakses data dalam format fasta.

Tujuan Khusus:
Adapun tujuan khusus pada percobaan ini adalah mampu mengekstrak dan
menganalisis informasi gen leptin yang terdapat pada data base NCBI.
1. Mengetahui tiga kode spesifik yang dapat digunakan untuk mengakses gen leptin
(kode : NC_; NM_; dan NP_)
2. Mengekstrak informasi penting pada Gen Bank Flatfile Format (GBFF) dari gen
leptin (organisme asal, nama gen, dst).
3. Mengetahui lokasi gen leptin pada genome meliputi kromosom dan posisi
nucleotidenya (locus region).
4. Mengetahui jumlah dan letak segmen intron dan exon dari data gen leptin.
5. Mengidentifikasi gen‐gen yang terletak di sekitar gen leptin (region 5` dan region
3`).
6. Mengetahui fungsi biologis dari gen leptin.
7. Mengetahui ukuran (bp) dari genomic sequence, mRNA sequence, dan protein
sequence dari leptin.
8. Mampu mengekstrak informasi urutan asam amino pada protein yang dikode oleh
gen leptin.
9. Mampu mengestrak informasi urutan nukleotida mRNA yangg dikode oleh gen
leptin.
2
 10. Menentukan daerah Coding sequence (CDS) pada gen leptin, posisi start codon,
stop codon dan daerah untranslated region (UTR).
11. Mampu menjelaskan alasan perbedaan ukuran genomic sequence dan mRNA
sequence.
12. Mampu menyimpan data urutan DNA gen leptin dalam bentuk fasta format.
13. Mampu melakukan analisis kekerabatan GSTM2 dengan menggunakan BLAST.

II. HASIL PRAKTIKUM

1. Identifikasi data yang terdapat pada GenBank Flatfile format (GBFF) meliput
locus, panjang rantai asam amino, entry date, dll.
Jawab: lokus : XP_005250397, panjang rantai asam amino : 166 asam amino, enty
date : linear PRI 05-APR-2022
2. Identifikasi asal organisme dari gen leptin.
Jawab: Homo sapiens (Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata;
Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini;
Catarrhini; Hominidae; Homo).
3. Identifikasi urutan asam amino (rantai polipeptida) yang dikode oleh gen leptin.
Atg (metionin)
61 cat(histidin) tgg (triptofan) gga (glisin) acc (threonine) ctg (leusin)tgc
(cystein) gga (glisin) ttc (ffenilalanin) ttg (leusin) tgg (tripsin/w) ctt (leusin)tgg
(w/triptofan) ccc (proline) tat (Y/tirosin) ctt (leusin) ttc (fenilalanin) tat (Y/tirosin)
gtc (valin) caa (glisin) gct (alanin)
121 gtg (valin) ccc (proline) atc (isoleusin) caa (glisin) aaa (lisin) gtc (valin)
caa (glisin) gat (aspartate) gac (aspartate) acc (threonine) aaa (lisin) acc (threonine)
ctc (leusin) atc (isoleusin) aag (lisin) aca (threonine) att (isoleusin) gtc (valin) acc
(threonine) agg (arginin)
181 atc (isoleusin) aat (asparagain) gac (aspartate) att (isoleuisin) tca (serin)
cac (histidine) acg (threonine) cag (glisin) tca (serin) gtc (valin) tcc (serin) tcc
(serin) aaa (lisin) cag (glisin) aaa (lisin) gtc (valin) acc (threonine) ggt (glisin) ttg
(leusin) gac (aspartate)
241 ttc (fenilalanin) att (isoleusin) cct (proline) ggg (glisin) ctc (leusin) cac
(histidine) ccc (proline) atc (isoleusin) ctg (leusin) acc (threonine) tta (leusin )tcc
(serin) aag (lisin) atg (metionin) gac (aspartate) cag (glisin) aca (threonine) ctg
(leusin )gca (alanin) gtc (valin)
 301 tac (tirosin) caa (glisin) cag (glisin) atc (isoleusin) ctc (leusin) acc
(threonine) agt (serin) atg (metionin) cct (proline) tcc (serin) aga (arginin) aac
(asparagin) gtg (valin) atc (isoleusin) caa (glisin) ata (isoleusin) tcc (serin) aac
(asparagin) gac (aspartate) ctg (leusin)
361 gag (asam glutamat) aac (asparagin) ctc (leusin) cgg (arginin)
gat(aspartate) ctt (leusin) ctt (leusin) cac (histidine) gtg (valin) ctg (leusin) gcc
(alanin) ttc (fenilalanin) tct (serin) aag (lisin) agc (serin) tgc (sistein) cac
(histidine) ttg (leusin) ccc (proline) tgg (triptofan)
421 gcc (alanin) agt (serin) ggc (glisin) ctg (leusin) gag (asam glutamate) acc
(threonine) ttg (leusin) gac (aspartate) agc (serin) ctg (leusin) ggg (glisin) ggt
(glisin) gtc (valin) ctg (leusin) gaa (asam glutamate) gct (alanin) tca (Serin) ggc
(glisin) tac (tirosin) tcc (serin)
481 aca (threonine) gag (asam glutamate) gtg (valin) gtg (valin) gcc (alanin)
ctg (leusin) agc (serin) agg (arginin) ctg (leusin) cag (glutamin) ggg (glisin) tct
(serin) ctg (leusin) cag (glutamin) gac (aspartate) atg (metionin) ctg (leusin) tgg
(triptofan) cag (glutamin) ctg (leusin)
541 gac (aspartate) ctc (leusin) agc (serin) cct (prolin) ggg (glisin) tgc (sistein) tga
4. Dimanakah letak gen leptin pada genome.
Jawab: 7q32.1 artinya gen leptin terletak pada kromosom ke 7, pada lengan
panjang, region 3, sub region 2, pita nomor 1.
5. Hitung jumlah exon yang terdapat pada gen leptin.
Jawab: 3 exon yaitu terdiri dari exon 1-29, exon 30-201, dan exon 202-3427
6. Identifikasi gen lain yang berada di sekitar gen leptin. Kelompokkan menjadi gen-
gen yang berada pada daerah 5’ dan pada daerah 3’.
Jawab:
- LOC124901744 (uncharacterized LOC105375493)
- MIR593 (microRNA 593)
- MIR129-1 (microRNA 129-1)
- LOC106728418 (LEP5’ regulatory region)
- LOC121175363 (Sharp-MPRA regulatory region 322)
- LOC100418961 (aurora kinase A pseudogen)
7. Terlibat dalam fungsi apakah gen leptin yang anda teliti ini
 Jawab: Gen leptin berfungsi dalam pengikatan DNA, aktivitas hormon,
pengikatan reseptor leptin, pengikatan reseptor hormon peptida, dan pengikatan
protein.
8. Identifikasi informasi yang terdapat pada GBF meliputi locus, ukuran panjang
nukleotida, entry date, dll.
Jawab: Lokus : NM_000230, panjang nukleotida : 3427 bp, entry date : mRNA
linear PRI 08-FEB-2023
9. Bandingkan data ukuran nucleotide pada halaman data mRNA dengan ukuran
nucleotide pada data genomic DNA. Mengapa ukuran nucleotida antara genomic
DNA dan mRNA gen LEP berbeda?
Jawab:
Pada halaman data mRNA data ukuran nucleotide berjumlah 3427 bp
sedangkan pada data genomic DNA ukuran nucleotide berjumlah 16,429 nt. Hal
ini disebabkan pada organisme eukariot sebagian besar struktural gen berada pada
tingkat tinggi yang tersusun atas ekson (segmen gen/basa nukletida yang
mengkode asam amino) serta intron (segmen gen/basa nukleotida yang tidak
mengkode asam amino). Pada saat transkripsi, ekson akan disambugkan kembali
menjadi mRNA yang matang. Selain itu, intron juga akan ditranskripkan, namun
akan dipotong dari transkrip (mRNA). Hasil transkrip mRNA yang sudah matang
akan ditanslasi menjadi urutan asam amino. Pada proses transkripsi, intron harus
dihilagkan secara sempurna karena apabila intron tidak dihilangkan secara
sempurna maka sel akan membuat protein yang salah atau bahkan tidak membuat
protein sama sekali.1
Untuk DNA yang bersifat non-coding tidak memberikan instruksi untuk
membuat protein. Dahulu peneliti mengira bahwa non-coding DNA tersebut
merupakan sampah, namun ternyata non-coding DNA memiliki sekuen yang
bersifat regulatory elemen. Non-coding DNA memiliki berbagai tipe elemen
regulator seperti promotors, enhancers, silencers, dan insulator. Beberapa non-
coding DNA region lain yang disebut intron terletak di gen protein coding, tetapi
dihapus sebelum protein tersebut dibuat. Elemen regulator seperti enhancers
berlokasi di intron. Sedangkan, region non-coding yang lain ditemukan diantara
gen-gen yang disebut intergenik region.2,3,4
10. Pada urutan nucleotida yang terdapat pada bagian “origin” identifikasi daerah
CDS, posisi start codon, stop codon, dan 5’ UTR dan 3’ UTR.
 Jawab: Daerah CDS yaitu daerah yang tidak ditranslasi menjadi asam amino
(daerah yang tidak diblok coklat).
Start codon = AUG (metionin) sedangkan stop codon = UGA.
5’ UTR  GTA sedangkan 3’UTR  TGC
11. Copy urutan nucleotide mulai dari string
Jawab:
Hasil translasi asam amino : (sesuai)
Start kodon = AUG = metionin
Stop kodon = UGA

>NM_000230.3 Homo sapiens leptin (LEP), mRNA

GTAGGAATCGCAGCGCCAGCGGTTGCAAGGCCCAAGAAGCCCATCCTG
GGAAGGAAAATGCATTGGGGAACCCTGTGCGGATTCTTGTGGCTTTGG
CCCTATCTTTTCTATGTCCAAGCTGTGCCCATCCAAAAAGTCCAAGATG
ACACCAAAACCCTCATCAAGACAATTGTCACCAGGATCAATGACATTT
CACACACGCAGTCAGTCTCCTCCAAACAGAAAGTCACCGGTTTGGACT
TCATTCCTGGGCTCCACCCCATCCTGACCTTATCCAAGATGGACCAGAC
ACTGGCAGTCTACCAACAGATCCTCACCAGTATGCCTTCCAGAAACGT
GATCCAAATATCCAACGACCTGGAGAACCTCCGGGATCTTCTTCACGT
GCTGGCCTTCTCTAAGAGCTGCCACTTGCCCTGGGCCAGTGGCCTGGA
GACCTTGGACAGCCTGGGGGGTGTCCTGGAAGCTTCAGGCTACTCCAC
AGAGGTGGTGGCCCTGAGCAGGCTGCAGGGGTCTCTGCAGGACATGCT
GTGGCAGCTGGACCTCAGCCCTGGGTGCTGAGGCCTTGAAGGTCACTC
TTCCTGCAAGGACTACGTTAAGGGAAGGAACTCTGGCTTCCAGGTATC
TCCAGGATTGAAGAGCATTGCATGGACACCCCTTATCCAGGACTCTGT
CAATTTCCCTGACTCCTCTAAGCCACTCTTCCAAAGGCATAAGACCCTA
AGCCTCCTTTTGCTTGAAACCAAAGATATATACACAGGATCCTATTCTC
ACCAGGAAGGGGGTCCACCCAGCAAAGAGTGGGCTGCATCTGGGATTC
CCACCAAGGTCTTCAGCCATCAACAAGAGTTGTCTTGTCCCCTCTTGAC
CCATCTCCCCCTCACTGAATGCCTCAATGTGACCAGGGGTGATTTCAGA
GAGGGCAGAGGGGTAGGCAGAGCCTTTGGATGACCAGAACAAGGTTC
CCTCTGAGAATTCCAAGGAGTTCCATGAAGACCACATCCACACACGCA
GGAACTCCCAGCAACACAAGCTGGAAGCACATGTTTATTTATTCTGCA
TTTTATTCTGGATGGATTTGAAGCAAAGCACCAGCTTCTCCAGGCTCTT
TGGGGTCAGCCAGGGCCAGGGGTCTCCCTGGAGTGCAGTTTCCAATCC
CATAGATGGGTCTGGCTGAGCTGAACCCATTTTGAGTGACTCGAGGGT
TGGGTTCATCTGAGCAAGAGCTGGCAAAGGTGGCTCTCCAGTTAGTTC
TCTCGTAACTGGTTTCATTTCTACTGTGACTGATGTTACATCACAGTGTT
TGCAATGGTGTTGCCCTGAGTGGATCTCCAAGGACCAGGTTATTTTAAA
AAGATTTGTTTTGTCAAGTGTCATATGTAGGTGTCTGCACCCAGGGGTG
GGGAATGTTTGGGCAGAAGGGAGAAGGATCTAGAATGTGTTTTCTGAA
TAACATTTGTGTGGTGGGTTCTTTGGAAGGAGTGAGATCATTTTCTTAT
CTTCTGCAATTGCTTAGGATGTTTTTCATGAAAATAGCTCTTTCAGGGG
GGTTGTGAGGCCTGGCCAGGCACCCCCTGGAGAGAAGTTTCTGGCCCT
 GGCTGACCCCAAAGAGCCTGGAGAAGCTGATGCTTTGCTTCAAATCCA
TCCAGAATAAAACGCAAAGGGCTGAAAGCCATTTGTTGGGGCAGTGGT
AAGCTCTGGCTTTCTCCGACTGCTAGGGAGTGGTCTTTCCTATCATGGA
GTGACGGTCCCACACTGGTGACTGCGATCTTCAGAGCAGGGGTCCTTG
GTGTGACCCTCTGAATGGTCCAGGGTTGATCACACTCTGGGTTTATTAC
ATGGCAGTGTTCCTATTTGGGGCTTGCATGCCAAATTGTAGTTCTTGTC
TGATTGGCTCACCCAAGCAAGGCCAAAATTACCAAAAATCTTGGGGGG
TTTTTACTCCAGTGGTGAAGAAAACTCCTTTAGCAGGTGGTCCTGAGAC
CTGACAAGCACTGCTAGGCGAGTGCCAGGACTCCCCAGGCCAGGCCAC
CAGGATGGCCCTTCCCACTGGAGGTCACATTCAGGAAGATGAAAGAGG
AGGTTTGGGGTCTGCCACCATCCTGCTGCTGTGTTTTTGCTATCACACA
GTGGGTGGTGGATCTGTCCAAGGAAACTTGAATCAAAGCAGTTAACTT
TAAGACTGAGCACCTGCTTCATGCTCAGCCCTGACTGGTGCTATAGGCT
GGAGAAGCTCACCCAATAAACATTAAGATTGAGGCCTGCCCTCAGGGA
TCTTGCATTCCCAGTGGTCAAACCGCACTCACCCATGTGCCAAGGTGG
GGTATTTACCACAGCAGCTGAACAGCCAAATGCATGGTGCAGTTGACA
GCAGGTGGGAAATGGTATGAGCTGAGGGGGGCCGTGCCCAGGGGCCC
ACAGGGAACCCTGCTTGCACTTTGTAACATGTTTACTTTTCAGGGCATC
TTAGCTTCTATTATAGCCACATCCCTTTGAAACAAGATAACTGAGAATT
TAAAAATAAGAAAATACATAAGACCATAACAGCCAACAGGTGGCAGG
ACCAGGACTATAGCCCAGGTCCTCTGATACCCAGAGCATTACGTGAGC
CAGGTAATGAGGGACTGGAACCAGGGAGACCGAGCGCTTTCTGGAAA
AGAGGAGTTTCGAGGTAGAGTTTGAAGGAGGTGAGGGATGTGAATTGC
CTGCAGAGAGAAGCCTGTTTTGTTGGAAGGTTTGGTGTGTGGAGATGC
AGAGGTAAAAGTGTGAGCAGTGAGTTACAGCGAGAGGCAGAGAAAGA
AGAGACAGGAGGGCAAGGGCCATGCTGAAGGGACCTTGAAGGGTAAA
GAAGTTTGATATTAAAGGAGTTAAGAGTAGCAAGTTCTAGAGAAGAGG
CTGGTGCTGTGGCCAGGGTGAGAGCTGCTCTGGAAAATGTGACCCAGA
TCCTCACAACCACCTAATCAGGCTGAGGTGTCTTAAGCCTTTTGCTCAC
AAAACCTGGCACAATGGCTAATTCCCAGAGTGTGAAACTTCCTAAGTA
TAAATGGTTGTCTGTTTTTGTAACTTAAAAAAAAAAAAAAAAGTTTGG
CCGGGTGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAA
GGTGGGGGGATCACAAGGTCACTAGATGGCGAGCATCCTGGCCAACAT
GGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAACACAAAAGTTAGCTGAGCGTGGT
GGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCCACTCGGGAGGCTGAGACAGGAGAA
TCGCTTAAACCTGGGAGGCGGAGAGTACAGTGAGCCAAGATCGCGCCA
CTGCACTCCGGCCTGATGACAGAGCGAGATTCCGTCTTAAAAAAAAAA
AAAAAAAAGTTTGTTTTTAAAAAAATCTAAATAAAATAACTTTGCCCC
CTGC

12. Berapakah jumlah data urutan nucleotide (hits) yang match dengan query yang
anda input
Jawab: 100 sequences selected
13. Analisis apa arti kode warna yang ditampilkan pada hits yang ditampilkan
Jawab: Warna merah (>200) menunjukan kemiripin gen yang tinggi
14. Apakah identitas gen pada baris pertama dan apa yang terjadi apabila anda klik
hyperlink accession code nya?
 Jawab: Homo sapiens leptin (LEP), mRNA. Maka kembali pada halaman awal
mRNA Leptin
15. Apa maksud tanda “|” dan tanda “-“ pada data alignment “penyejajaran sequence”
tersebut
Jawab: Alignment (persejajaran) bertujuan ntuk mengetahui kemiripan antar
sekuen baik inter maupun intra-spesies dengan membandingkan homologi sekuen
dan variasi genetik yang dimiliki.5
Tanda "|" menunjukan kecocokan dan ketidakcocokan. Sedangkan, tanda “-“ pada
data alignment “penyejajaran sequnce” tersebut menunjukkan tidak ada atau
digunakan sebagai pengatur jarak untuk memisahkan setiap posisi dengan jelas.
16. Berapakah nilai E-value dati HITS yang anda pilih.
Jawab:
Nilai E-value dari HITS adalah 0,0. Hal ini menunjukan bahwa sekuen sampel
memiliki tingkat homologi yang sangat tinggi. Semakin besar nilai E-value maka
semakin rendah homologi (kemiripan antara sekuen primer dengan urutan target)
antara kedua sekuen, sebaliknya semakin rendah nilai E-value maka semakin
tinggi homologi antara kedua sekuen.5 Semakin tinggi tingkat kemiripan yang
diperoleh maka semakin tinggi tingkat homologi kedua sekuen. Homologi yang
tinggi mengindikasikan rendahnya variasi genetik antar spesies tersebut.6

III. KESIMPULAN
Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa
penelusuran gen dapat dilakukan dengan bank data NCBI menggunakan kode
identitas gen atau dengan sequence DNA dan BLAST. Hal ini dapat dilihat dari hasil
penelusuran data gen leptin yang dapat diketahui lokasi gen leptin pada genome
seperti kromosom, posisi nucleotide, jumlah dan letak intron dan exon, serta
identifikasi gen-gen yang terletak disekitar gen leptin. Selain itu, dapat diketahui juga
fungsi biologis gen leptin, dan susunan asam amino dari gen leptin.
 DAFTAR PUSTAKA

1. Nugroho ED. Rahayu DA. 1st ed. Pengantar Bioteknologi: Teori dan Aplikasi.
Yogyakarta: Deepublish. 2018.
2. Maston GA, Evans SK, Green MR. Transcriptional Regulatory Elements in The Human
Genome. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2013;7:29-59. Review. PubMed:
16719718.
3. ENCODE Project Consortium. An Integrated Encyclopedia of DNA ElemTnts in the
Human Genome. Nature. 2012 Sep 6;489(7414):57-74. doi: 10.1038/nature11247.
PubMed: 22955616; Free full text available from PubMed Central: PMC3439153.
4. Plank JL, Dean A. Enhancer Function: Mechanistic and Genome-Wide Insights Come
Together. Mol Cell. 2014 Jul 3;55(1):5-14. doi: 10.1016/j.molcel.2014.06.015. Review.
PubMed: 24996062.
5. Wahjudi M, Setiawan E, Tofinastri EN. Penggunaan Gen E6 Sebagai Target Deteksi
Human Papillomavirus Tipe 11 dengan Metode Polymerase Chain Reaction.
Indonesian Journal of Clinical Pharmacy. 2020;9(3):205–218.
6. Novita H, Sunarto A, Andriyanto S. Kloning Gen Putative Cleavage Protein 1 (Pcp-1)
Pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei) Yang Terserang Infectious Myonecrosis
Virus. Media Akuakultur. 2016;11(1):27-33.