1) Letak mutasi nukleotida bioedit

New aligsequence aligfileimport filehapus NNN (mode edit)acessor

appCAGpilih urutan bedafilegraphic viewone letterlihat mutasi
sekuens berapa
2) Suatu urutan a. amino gen apa blast
Ncbiblastprotein blastcopy urutanblastmuncul nama gen & %
homologi
3) Letak perbedaan sekuens protein blast
Ncbiblatprotein blastcopy sekuenscentang align two or morecopy
sekuen ke2->blast
4) Bentuk 3D protein
- PDB (www.rcsb.org) : search proteinpilih salah satudownload pdb
filemasukin pymol
- Swiss model: masuk websitestart modbuka ncbicari proteincopy
fastabuild modelsave modelbuka di pymol
5) Rancang mutasi project hope
Masuk websiteinputmasukan kodesubmit seqnomer mutasitarget
proteinconfirm
6) Docking HEX
File-open-receptorfile-open-ligandcontrol-molecule-hbondcontroldocking-ubah range jd 15activate
7) Kesamaan struktur dg zat lainncbi pubchem
Ncbipubchem compoundchemical structure
searchsubstruc/superstructlaunch rancangcopy
ccccid,smilespastesearch
8) Docking small molecule & bikin obat swissdock
http://www.swissdock.ch/docking --> isi semua kolom start docking
9) Molecular pathway
- http://string-db.org : buka websmultiple namesketik
proteingocontinuecentang continue
- http://www.pantherdb.org/# : buka webskeik protein submit
allgambar pie mf pie di kotak pilih pathway
10)
Human genome: http://www.mirbase.org/ browsehumanhomo
sapienskode accession miRNA bisa di kopi ke Diana
11)
Target miRNA: http://diana.imis.athena-innovation.gr tarbasemasukan
kode access
12)
Untuk cari miRNA yang hambat gen: Diana
softwaremicroT_CDSketik gen ->pilih satu yang ada interaksi mincul
miRNA name yg dicopy ke mirPath
13)
Untuk cari pathway/mekanisme KEGG
Dianasoftwaremirpath pastekan miRNA namerun examplepilih salah
satu pathway
14)
miRNA yang terupregulasi: miRNA yg nargetkan gen yang menurun
mirdb.org ketik gen yang menurunpilih yg paling atas
15)
nama small RNA : mirbase.orgklik search ataspada kotak bawah
copykan sekuens yg sudah diketahui
16)
identifikasi protein uniprot: uniprot.orgblastmasukkan sekuens
protein
17)
Ikatan keduanya:
1. Unduh format db dari rcsb.org
2. Buat ikatan pada pymol (cara kayak no.4)
18)
Desain siRNA untuk terapi: http://dharmacon.gelifesciences.com/ search
targetklik siRNA on target yg human

Primasari, 2015

Page 1

19)
Desain obat: cari target obat http://bidd.nus.edu.sg/group/ttd/ttd.asp -->
cari PDB code masukkan ke swissdock
20)
Desain vaksin: http://tools.iedb.org/main/ B cell tool buka ncbi di tab
baru Protein: hepatitis B surface antigen pilih salah satu copy fastanya
kembali ke tab sebelumnya prediction of linear paste fasta coba
berbagai metode bandingkan dan cari yg overlap & length panjang copy
sekuens untuk dicek di blast makin baik jika makin jauh dr 100% ident nya

Primasari, 2015

Page 2