PANDUAN MOLECULAR DOCKING

A. Tujuan
1. Mahasiswa dapat melakukan molecular docking (penambatan molekul)
menggunakan aplikasi Autodock 4.0
2. Mahasiwa dapat memprediksi aktivitas dan interaksi ligand obat dengan reseptornya
dari hasil uji molecular docking

B. Pendahuluan

Database informatika saat ini sangat berlimpah. Kita dapat mengakses dengan
mudah di internet dari database protein, database genomic dan sekuens, hingga sekuens
RNA-DNA. Terkhusus database protein, terdapat banyak software yang ditawarkan dan
bisa kita akses dengan mudah. Salah satu diantaranya Protein Data Bank (rcsb.org) yang
menyediakan informasi terkait protein (kode protein, macromolecule, small
molecule/ligand native, dsb). Database bank biologis ini bermanfaat tak hanya untuk
tujuan diagnostik (desain dan identifikasi genetik) tapi juga dapat dimanfaatkan untuk
desain obat (model interaksi ligan dan reseptor).

Dalam usaha menemukan obat baru, dibutuhkan waktu yang sangat lama. Dimulai
dari identifikasi penyakit, sintesis senyawa, uji preklinik, scale up dan formulasi, hingga
uji klinik dan akhirnya bisa dipasarkan menghabiskan waktu sekitar 23 tahun. Adanya
teknologi komputasi dalam desain sintesis obat dapat mengakselerasi penemuan obat
sehingga memangkas waktu menjadi lebih efektif dan efisien. Salah satu metode
komputasi yang banyak dikembangkan saat ini adalah molecular docking. Molecular
docking membantu kita dalam memprediksi afinitas ikatan antara satu ligan senyawa
dengan suatu molekul protein target.

Melihat realitas diatas, tantangan sekaligus peluang sintesis obat baru di masa
mendatang memicu para peneliti, intelektual dan tak terkecuali untuk turut serta
berupaya menguasai teknologi komputasi ini. Dalam upaya untuk menguasai teknologi
komputasional ini, maka dihadirkan praktikum molecular docking ini. Diharapkan dari
praktikum ini, mahasiswa dapat memahami teori sekaligus cara mengaplikasikan
molecular docking.
 Ada banyak software yang bisa kita gunakan dalam molecular docking. Diantaranya
sebagai berikut

Pada kesempatan praktikum molecular docking ini, digunakan software AutoDock

4.0. Software ini efektif digunakan untuk mentautkan (docking) antara protein-ligand.
AutoDock 4.0 tersedia dibawah lisensi GNU General Public License (GPL). Dalam software
ini terdiri dari dua program utama, yaitu (1) AutoGrid untuk melakukan prekalkulasi pada
grid yang telah ditentukan pada Grid Box, dan (2) AutoDock berfungsi untuk melakukan
kalkukasi docking dari ligand terhadap grid yang menduduki situs aktif dari protein target.

Beberapa format file yang perlu diketahui dalam software Autodock 4.0

 PDB → Protein Data Bank Format File

 PDBQT → Protein Data Bank, Partial Charge (Q), and Atom Type (T) format

 GPF → Grid Parameter File

  GLG → Grid Log File

 DPF → Docking Parameter File

 DLG → Docking Log FIle

C. Operasional
1. Alat
• Komputer/PC/laptop dengan operating system : Windows/MacOS/Linux
• Tetikus (mouse)
• Perangkat lunak (software)
o AutoDock : https://ccsb.scripps.edu/autodock/autodock4/
o MGLTools : https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/
o XQuartz : https://www.xquartz.org (dipasang jika akan menggunakan
MacOS)
o Marvin Sketch
2. Bahan
• Protein target (kode protein dari PDB)
• Struktur senyawa (ligand)
3. Cara Kerja
a) Instalasi perangkat lunak

No. Prosedur Kerja Perhatian

1. Pada Dekstop, pastikan kita memiliki, tiga unsur berikut
Dalam pembuatan folder atau
direktori JANGAN menggunakan

Folder Workspace, untuk SPASI agar tidak terjadi kesalahan

menyimpan seluruh berkas dari
dalam proses. Sebagai gantinya
preparasi hingga docking
dapat menggunakan _ (underscore)

Berkas instalasi AutoDock

Berkas instalasi MGLTools

 2. Pemasangan MGLTools - Klik Next dan Yes di setiap
perintah, termasuk ‘I accept the
terms of the license agreement’
- Letakkan software pada direktori
C: Program Files

3. Pemasangan AutoDock Catat!

autodock4.exe dan autogrid4.exe

dibutuhkan pada proses docking
(diletakkan dalam satu folder dengan
file preparasi lainnya)

b) Preparasi protein reseptor

No. Prosedur Kerja Perhatian

1. Unduh kode protein pada web rcsb.org. Pada Download dalam bentuk PDB format
kesempatan praktikum ini kita gunakan 6COX, sebuah
protein berupa enzim dengan inhibitor selektif SC-
558
2. Atur preferences ke dalam folder direktori yang akan Pastikan dalam satu direktori kerja
kita gunakan terdapat 5 file seperti dibawah ini
File > Preferences > Set

3.

4. Buka protein dengan cara klik kanan pada All

Molecules > buka file 6cox.pdb > open
5. Terdapat 2 chain yang identik pada 6cox Gunakan salah satu chain
6. Hapus salah satu chain (kita gunakan chain A sehingga File 6cox dengan satu chain (A)
menghapus chain B).
Klik chain B > Edit > Delete > Delete Selected Atoms
> Continue
7. Simpan protein yang telah menyisakan satu chain
dengan cara
File > Save > Write PDB > simpan dengan nama
6cox_A.pdb > OK
8. Pada tahap preparasi protein selanjutnya, hapus
semua ligand native non standard dengan cara meng-
klik semua ligand native yang ada

Edit > Delete > Delete Selected Atoms > Continue

9. Hapus molekul air
Edit > Delete Water
10. Tambahkan Hidrogen
Edit > Hydrogens > Add > OK
11. Tambahkan muatan Gasteiger
Edit > Charges > Compute Gasteiger
12. Simpan sebagai .pdb (6cox_A_reseptor.pdb)
File > Save > Write PDB > simpan dengan nama
6cox_A_reseptor.pdb > OK
 c) Preparasi senyawa ligan

No. Prosedur Kerja Perhatian

1. Panggil Kembali file 6cox.pdb
File > Read Molecule > 6cox.pdb > OK
2. Pilih ligand native (S58). Balik seleksi dengan cara
Select > Invert Selection
Kemudian hapus atom yang telah diseleksi
Edit > Delete > Delete Selected Atoms
3. Tambahkan hydrogen
Edit > Hydrogens > Add
4. Simpan sebagai .pdb
File > Save > Write PDB > Save as S58.pdb > OK
5. Pilih ligand dengan cara
Ligand > Input > Choose > klik S58 > Select Molecule
for AutoDock4
6. Kemudian lakukan Langkah sebagai berikut
Ligand > Torsion Tree > Detect Root,
kemudian lanjutkan dengan
Ligand > Torsion Tree > Choose Torsions > Done

7. Simpan sebagai .pdbqt

Ligand > Output > Save as PDBQT

d) Validasi docking

No. Prosedur Kerja Perhatian

1. Buka protein reseptor dengan cara Otomatis akan terbuka opsi simpan
Grid > Macromolecule > Open > .pdbqt (6cox_A_reseptor.pdbqt) >
6cox_A_reseptor.pdb (all types) > Open > OK Save
2. Tutup semua molekul yang sudah disimpan (baik
reseptor maupun ligand native)
3. Buka reseptor dengan cara Akan muncul peringatan seperti
Grid > Macromolecule > Open > dibawah ini
6cox_A_reseptor.pdbqt (all types) > Open

Klik Yes

OK
4. Buka ligand native yang telah dipreparasi
Grid > Set Map Types > Open Ligand > S58.pdbqt >
Save
5. Pilih ligand
Grid > Set Map Types > Choose Ligand > klik S58 >
Select Ligand
6. Buat Grid Box Posisi Grid box di tengah ligand
Grid > Grid Box
Atur Grid box sehingga bergesar ke posisi tengah pada
ligand
Center > Center on ligand
Kemudian
File > Close saving current

7. Simpan dengan format .gpf

 Grid > Output > Save GPF > 6cox.gpf > Save
8. Atur Makromolekul (protein reseptor) pada opsi Set
Rigid Filename
Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename
6cox_A_reseptor.pdbqt > Open
9. Pilih ligand yang akan digunakan (S58)
Docking > Ligand > Choose > klik S58 > Select Ligand
Keluar jendela berikut

Klik Accept
10. Pada opsi Search Parameters pilih Genetic Algorithm
Docking > Search Parameters > Genetic Algorithm >
Accept
11. Atur Output pada opsi Lamarckian GA (4.2) dan beri
nama file dengan 6cox.dpf
Docking > Output > Lamarckian GA (4.2) > 6cox.dpf >
Save
12. Jalankan AutoGrid Log Filename akan otomatis terisi
Run > AutoGrid
Ubah Program Pathname dan Parameter Filename
dengan file yang ada dalam direktori kerja kita, seperti
gambar dibawah ini
 Klik Launch

13. Jalankan AutoDock Log Filename akan otomatis terisi

Run > AutoDock
Ubah Program Pathname dan Parameter Filename
dengan file yang ada dalam direktori kerja kita, seperti
gambar dibawah ini

Klik Launch

14. Sembunyikan molekul reseptor

15. Buka hasil docking
Analyze > Dockings > Open

Klik OK
16. Lihat konformasi hasil docking dengan cara
Analyze > Conformations > Play

Akan muncul tampilan gambar sebagai berikut. Dalam

gambar terlihat ligand hasil docking berhimpitan
dengan ligand native
 Hasil Docking

e) Docking senyawa kandidat pada protein yang telah divalidasi

No. Prosedur Kerja Perhatian

1. Pada praktikum kali ini digunakan ligand Curcumin.
Buka https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ untuk
mendapatkan gambar struktur ligand yang diinginkan
2. Gambar struktur menggunakan software Marvin
Sketch 5.2.5.1 seperti pada gambar berikut

3. Bentuk sturktur menjadi 3D dengan cara

Structure > Clean 3D > Clean 3D

Sehingga menjadi seperti berikut

4. Simpan dalam bentuk .pdb dengan cara
File > Save as > curcumin.pdb > Save

5. Buka Kembali AutoDockTools-1.5.7 Jangan lupa untuk mengatur

Preferences pada direktori kerja
kita
6. Buka ligand yang kita gunakan (curcumin)
File > Read Molecule > curcumin.pdb > Open
7. Preparasi ligand terlebih dahulu sebelum dilakukan
docking (seperti tahapan preparasi ligand diatas)
Ligand > Input > Choose > klik curcumin > Select
Molecule for AutoDock4 > OK
Ligand > Torsion Tree > Detect Root
Ligand > Torsion Tree > Choose Torsions > Done
Ligand > Output > Save as PDBQT
Ligand curcumin siap digunakan
8. Buka makromolekul (6cox yang telah dipreparasi Jika ada peringatan muatan
dengan format .pdbqt) Gasteiger dan lain-lain diklik Yes/OK
Grid > Macromolecule > Open >
6cox_A_reseptor.pdbqt > Open
9. Pilih ligand yang ingin kita docking
Grid > Set Map Types > Choose Ligand > klik curcumin
> Select Ligand

10. Buat Grid Box Tidak perlu dilakukan rata tengah

Grid > Grid Box pada ligand (Center on Ligand)
Kemudian klik File > Close Saving Current
11. Simpan dengan cara
Grid > Output > Save GPF > 6cox_curcumin.gpf > Save
12. Atur makromolekul dengan cara
Docking > Macromolecule > Set Rigid Filename >
6cox_A_reseptor.pdbqt > Open
13. Pilih ligand dengan cara
Docking > Ligand > Choose > Accept

14. Atur parameter docking dengan cara

 Docking > Search Parameters > General Logarithm >
Accept

15. Atur output docking dengan cara

Docking > Output > Lamarckian GA(4.2) >
6cox_curcumin.dpf > Save
16. Jalankan docking dengan cara Ubah Program Pathname menjadi
Run > Run AutoGrid > Launch autogrid4 yang terletak pada
direktori kerja yang sama. Demikian
pula dengan Parameter Filename
menjadi 6cox_curcumin.gpf. Kolom
Log Filename akan otomatis terisi
(Gambar disamping)

Keluar tampilan sebagai berikut

17. Jalankan AutoDock dengan cara Ubah Program Pathname menjadi

Run > Run AutoDock > Launch autodock4 yang terletak pada
direktori kerja yang sama. Demikian
pula dengan Parameter Filename
 menjadi 6cox_curcumin.dpf. Kolom
Log Filename akan otomatis terisi
(Gambar disamping)

18. Hasil Docking

D. Tugas
Lakukan docking dengan menggunakan senyawa Aspirin dan Parasetamol. Bandingkan hasil
docking antara Ligand Native, Curcumin, Aspirin, dan Parasetamol.