Mari Belajar Molecular Docking!

4/27/2011 12:24:00 PM ANGGA RIZQIAWAN 1 COMMENT

TUTORIAL DOCKING

- Bahan
Bahan merupakan data struktur X-Ray kompleks protein yang diunduh dari protein data base
(www.pdb.org) dengan kode akses EQC serta koleksi data base ligan (small molecule) yang
akan berfungsi sebagai inhibitor.
- Alat
Peralatan yang digunakan yaitu perangkat keras berupa Notebook dengan
spesifikasiprocessor Pentium Dual-Core 1,6 GHz dengan RAM 1Gb. S, flashdisk 2 G dan
perangkat lunak berupa program ChemDraw, ChemDraw 3D, OpenBabeIGUI untuk
menggambar senyawa ligan dan konversi ke dalam bentuk format *.pdb,
PyMOL dan Discovery Studio Visualizer 1.5 untuk menampilkan struktur 3D protein, dan
menggunakan Autodock Tools, Autodock Vina dan Autodock4 untuk molecular docking.
Docking menggunakan Autodock4
Persiapan ligan
Pada tahap persiapan ligan dengan tahapan sebagai berikut:
Menggambar struktur 2D senyawa menggunakan program ChemDraw 2D
Kemudian diubah menjadi bentuk 3D dengan menggunakan software ChemDraw 3D lalu
save ke dalam format *.mol
Buka software OpenBabeIGUI. (didownload dari http://OpenBabel.sourforge.net)
Ubah format *.mol ke dalam bentuk format *.pdb

Dibuka program Autodock Tools

Kemudian Klik Ligand Input Open kemudian pilih file *.pdb (misal nama liganA.pdb).
Klik Edit Hydrogen add, kemudian pilih Polar Only, pilih noBonderOrder (for pdb
file) pada Methods dan pilih yes pada Renumber atoms to include hydrogens.
Klik Ok.
Klik Ligand Torsion Tree Chose Torsion kemudian Klik Done.
10. Klik Ligand Torsion Tree Set Number of Torsion kemudian Klik Dismiss.
11. Kemudian Klik Ligand Output Save as PDBQT.
Persiapan makromolekul
Pada tahap persiapan makromolekul dilakukan menggunakan program Autodock Tools.
Protein yang digunakan diperoleh dari hasil pemodelan pada tahap penelitian sebelumnya.
Tahapan persiapan makromolekul dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:
Klik File Read Molecule kemudian pilih file pdb struktur protein dari hasil pemodelan
pada penelitian sebelumnya.
Klik Edit Hydrogens Add kemudian dipilih All
Hydrogens, noBondOrder padaMethod dan pilih Yes pada Renumber atoms to
include kemudian Klik OK.
Klik Edit Hydrogens Merge Nonpolar.
Klik Grid Macromolecule Choose dipilih protein yang akan di docking.
Kemudian program akan menginstruksikan untuk menyimpan file pdbqt struktur protein.

Autogrid
Tahap Autogrid merupakan tahapan penentuan parameter yang digunakan untuk dockingyang
meliputi ukuran grid box dan posisi grid box. Tahapan Autogrid dilakukan sebagai berikut :
Klik Grid Grid Box kemudian dipilih number of point in X, Y dan Z sesuai dengan ukuran
sisi aktif protein, Spacing (angstrom) 1.000, dan diletakkan Center Grid Boxuntuk x centre, y
centre, dan z centre pada sisi aktif makromolekul.
Kemudian Klik File Close Saving Current.
Kemudian Klik Grid Output Save GPF.
Klik Grid Edit GPF OK.
Klik Run (pada start program) ketik cmd.exe OK.

Dituliskan pada layar script yang bertujuan untuk masuk ke folder yang
berisi filebentuk GPF, ligan dan makromolekul dalam bentuk pdbqt dengan script :
cd (spasi)[nama file][enter]
dir [enter]
Kemudian tahap autogrid dilakukan dengan script sebagai berikut:
Autogrid4(spasi)p(spasi)[nama file].gpf(spasi)l(spasi)[nama file].glg(spasi)&[enter]
Autodock
Pada tahap Autodock merupakan proses docking yang dilakukan dengan tahapan sebagai
berikut :
Klik Docking Macromolecule Set Rigid File Name kemudian dipilih file
macromolecule.
Klik Docking Ligand Chose kemudian dipilih ligan.
Klik Docking Search Parameters Genetic Algorithm Accept.
Klik Docking Docking Parameters Accept.
Klik Docking Output Lamarckian GA (42) kemudian save file DPF.
Klik Edit DPF Ok.
Kemudian tahap running docking dilakukan dengan menulis script sebagai berikut :
Autodock4(spasi)p(spasi)[nama file].dpf(spasi)l(spasi)[nama file].dlg(spasi)&[enter]
Docking menggunakan Autodock vina
Persiapan ligan
Pada tahap persiapan ligan dilakukan menggunakan program Autodock Tools. Ligan yang
digunakan diperoleh dari data base ligan (small molecule). Tahapan persiapan ligan
dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:
Dibuka program Autodock Tools
Klik Ligand Input Open kemudian pilih file .pdb
Klik Edit Hydrogens add, kemudian dipilih Polar Only, dipilih noBonderOrder (for
pdb file) pada Method dan pilih yes pada Renumber atoms to include hydrogens.
Klik Ok.
Klik Ligand Torsion Tree Chose Torsion kemudian Klik Done.

Klik Ligand Torsion Tree Set Number of Torsion kemudian Klik Dismiss.
Klik Ligand Output Save as PDBQT.

Persiapan makromolekul
Pada tahap persiapan makromolekul dilakukan menggunakan program Autodock Tools.
Protein yang digunakan diperoleh dari hasil pemodelan pada tahap penelitian sebelumnya.
Tahapan persiapan makromolekul dilakukan dengan tahapan sebagai berikut:
Klik File Read Molecule kemudian pilih file pdb struktur protein dari hasil pemodelan
pada penelitian sebelumnya.
Klik Edit Hydrogens Add kemudian dipilih All
Hydrogens, noBondOrder padaMethod dan dipilih Yes pada Renumber atoms to
include kemudian Klik OK.
Klik Edit hydrogens Merge Nonpolar.
Klik Grid Macromolecule Choose dipilih protein yang akan di docking.
Kemudian program akan menginstruksikan untuk menyimpan file pdbqt struktur protein yang
telah dipilih.

Persiapan parameter grid

Tahap Autogrid merupakan tahapan penentuan parameter yang digunakan untuk dockingyang
meliputi ukuran grid box dan posisi grid box. Tahapan Autogrid dilakukan sebagai berikut :
Klik Grid Grid Box kemudian dipilih number of point in x, y dan z sesuai dengan ukuran
sisi aktif protein, Spacing (angstrom) 1.000, dan Center Grid Box untuk X, Y,dan Z pada sisi
aktif makromolekul.
Kemudian dicatat ukuran Grid Box X, Y, Z dan Center Grid Box untuk x center, y
center, dan z center .
Kemudian dibuat file txt dengan menggunakan notepad yang berisi data sebagai berikut :

receptor = [nama file].pdbqt

ligand = [nama file].pdbqt
out = all.pdbqt

center_x = [diisi dengan angka]

center_y = [diisi dengan angka]
center_z = [diisi dengan angka]
size_x = [diisi dengan angka]
size_y = [diisi dengan angka]
size_z = [diisi dengan angka]
Docking Autodock vina
Docking Autodock vina dilakukan dengan menggunakan script sebagai berikut :
\Program Files\The Scripps Research Institute\Vina\vina.exe(spasi)--config(spasi)[nama
file].txt(spasi)--log(spasi)[nama file]_out.log(spasi)&[enter]
Analisis hasil docking
Analisis dilakukan dengan menggunakan program Autodock Tools untuk mengetahui
interaksi ligan denga sisi aktif protein serta untuk menganalisis energy binding dari
hasildocking menggunakan Autodock4 dan vina.
Sumber: netsains.com